近年来国家虽然对高等教育的体制进行了富有成效的改革，但与经济体制改革进程相比还有很大差距，更不能适应知识经济时代的要求，所以要进一步加快高等教育管理体制的改革，增强高等教育主动适应经济和社会发展需要的能力。
一、现行管理体制面临的挑战
我国高等教育管理体制是在改造已有传统体制基础上，模仿原苏联高度计划管理体制而建立的，40多年来经过几次变化过程，大体可分为五个发展阶段：1950——1958年为中央集中管理时期；1958—1963年为地方管理时期；1963—1966年为中央与地方两级管理时期；1966—1978年为分散混乱管理时期；1978年以后为集中领导、分级管理时期。其根本特征是高度集权管理，管理手段采取法律化的指令性计划，并以行政命令方式加以推行，教育资源由政府统一配置，大学是政府机构的附属部分，而不是独立运行实体。这种高度集中的体制导致了许多弊病，首先是国家各级各类行政机关对高等教育活动统得过多，管理得过死，限制了大学的自主权，束缚了大学办学的积极性、主动性、创造性。其次，条块分割，多头领导，一方面整个高等教育系统不能协调、均衡地发展；另一方面造成地区、部门、大学问办学条件悬殊，办学效率低下。再次由于大学自身性质和特点没有得到充分重视，造成了高等教育对国家的依赖性较强，各大学千校一面，缺乏个性和活力，缺乏适应社会需求的能力。另外，国有大学内部人浮于事，冗员比例居全国各行业之首。
1.社会力量举办的大学对现行管理体制提出了挑战。这类大学举办的主体是非政府的各种社会力量，从管理体制来看，这类大学实行的是董事会领导下的校长负责制。从办学经费来源看，主要不是靠政府拨款，而是靠自筹经费、学生缴费及其他社会渠道来解决。这是一类完全不同于政府举办的新型大学，两者同政府之间的关系也因此有很大的不同。
2.政府举办的大学中市场的介入也在引起体制问题。政府改变传统的直接管理为直接和间接管理相结合，以宏观调控为主的管理方式，通过多种形式，把相当一部分举办和管理大学的职能从政府的职能中分离出去，现有大学中的相当一部分与政府的关系已经发生性质上的变化，从而引起权、责、利之间的一系列管理冲突。从当前看，各利益主体之间的权责关系还未得到明确的法律规定，还没有建立起一种科学、合理的管理协调机制，这给教育体制改革的推进带来很大的困难。
3.新的利益机制对教育政策法律提出了全面的挑战。计划经济体制下形成的教育政策与法律调控机制不仅难以适应，甚至出现激烈的体制性冲突。这种冲突表现在政府与学校关系上，就是如何形成一个既有利于政府进行统筹管理，又有利于调动各种社会力量参与办学的积极性，学校又有较大的办学自主权这样一种新型的关系，这意味着政府必须转变职能，在加强宏观管理的前提下向社会、市场和学校放权，这就提出了建立与之相适应的新的权利结构和法律秩序的改革要求。
二、建构我国高等教育政策的支撑体系
教育政策与法律应当成为教育公共治理结构的有力支撑。这一体系应当是在不同力量和主体之间建立起一种参与、协商、谈判的良好合作机制，保证政府、市场与学校，以及举办者、办学者与管理者之间的协调，有效地向社会提供教育产品，满足社会不同利益群体的需求，其基本目标是构成一个“政府调控、市场介入、社会参与、学校自主”的良性互动的治理结构。
1.政府调控。政府应对教育实施宏观调控，提供基本的教育，营造学校问公平竞争的制度环境，促进受教育机会的公平分配。建立政府采购制度，完善公共财政拨款制度，建立公益信托制度，实现公立学校公共财产所有权与经营权的整合，保障教育资源利用的公共性。
2.市场介入。应调整现行法律中有关教育营利性问题的有关规定，放宽国内外民间资本的准人限制，给民间资本进入教育领域以更大的政策空间。应给予民办大学与公立大学同等的法律地位，积极规范教育领域中的市场行为。应区别营利性法人和非营利性法人，对大学法人实施分类管理，通过税收制度对大学法人的营利性行为进行规范。
3.社会参与。现代教育是涉及社会每一个成员的公益性事业，关系到每一位公民的利益和自我价值的实现，需要全社会的积极参与。为此，应建立社会参与的途径和机制，建立完善的法人治理结构，参与教育管理和监督。
4.学校自主。应明确规定大学及其他教育机构的法律地位，把大学及其他教育机构培育成为独立自主的办学实体，按照教育规律办学。同时应明确区分并规范学校教育机构的办学行为，保证教育公益性的实现，使大学教育机构依法办学，政府依法管理，社会依法参与，形成良好的办学秩序。
三、重建我国公共教育权力的分配体制
1.转换政府职能。政府职能是理解权力体制的一个核心问题，为了重构新的权力体制，必须重新确定现代社会中的政府职能。现代社会的政府职能大致可以分为四种类型：一是宪法明文规定属于政府职责范围，而又没有其他竞争者的公共服务项目，如国防、民政、民族事务等。二是宪法明文规定属于政府的职责，但同时有其他竞争者存在的公共服务项目，如义务教育、医疗卫生、体育以及城乡建设等。三是宪法没有明文规定是政府职责，而又存在许多市场竞争者的公共服务项目，如影视业、娱乐业、旅游业和通信业等。四是宪法既无明文规定是政府的职责，但社会又缺乏实际竞争者的公共服务项目，如高等教育、科研事业、消防环保等。上述政府职能中，基本的职能是保证社会公平和提供市场不能提供的公共产品，这是政府的基本责任。将精力集中于自己的基本职能将会提高政府的有效性。这种基本职能表现在教育方面，就是保证教育的公益性和向社会普遍提供统一的义务教育，它包括：提供教育政策和做出合理的制度安排；对教育服务的提供进行政府监督：保证教育市场的公平竞争；为所有社会成员提供市场不能提供的免费义务教育；保护社会弱势群体受教育的权利。
2.重建公共教育权力体制。重建公共教育权力体制应立足于从体制内部的权力下放和向体制外部的权力转移两个方面建立一个多主体的、均衡的公共教育权力体制。一是从政府公共教育权力的体制内下放，改变过去以命令和服从为主要特点的权力关系，在政府各级行政组织机构之间，在中央和地方之间，建立以命令、指导、监督为特征的权力关系，以最大限度地提高地方、各级政府组织和人员的积极性。二是政府的公共教育权力向市场和社会领域的转移，改变主要由政府提供公共教育的状况，把过去由政府提供的具有竞争性的、选择性的公共教育交由市场和社会提供，在政府与市场、社会、大学之间建立以参与、协商、谈判、监管为特征的权力关系。
3.重建中央与地方的关系。为了使公共教育更能适应各个地方社会发展与市场发展的需要，在改革中应赋予地方人民政府和各级授权机构更大的治理教育的权力，进一步解除中央政府对地方和各级授权机构某些传统的制度性约束；在放权以后，对于那些因经济与社会等原因无法实现权能统一，无法保障公共教育有效提供的地方政府和授权组织，中央政府有责任和义务通过转移支付、免税退税和其他特殊政策，帮助地方政府实现权能的统一；权力下放以后，中央政府对于地方政府和各级授权组织如何使用公共教育权力应加强监督，甚至需要针对新的问题提供新的制度。
4.重建政府与大学的关系。参照政企分开与政事分开的原则，结合教育自身的特点，启动和推进政校分开的改革，剥离大学尤其是公立大学与政府之间的寄生关系；真正赋予大学办学自主权，通过建立大学法人制度，使大学和其他教育机构成为面向社会和市场自主办学的非营利性或营利性组织，成为非政府的公共教育的提供者；使政府成为监督和协调教育领域的举办者、办学者与消费者关系的管理者，使政府由公共教育的提供者转变为公共教育质量的评价者、公共教育提供者与消费者关系的裁判者以及公共教育产品的直接与间接的采购者；应区分政府与义务教育机构、政府与非义务教育机构如高等教育、职业教育等的关系，义务教育阶段应更加强调政府的责任，非义务教育阶段则应更注重发挥市场和社会的职能；必须强化政府的服务意识和责任意识，从重点保护大学利益转变为重点保护公共教育产品消费者的利益。
5.重建政府与市场的关系。允许市场领域的营利性组织参与提供原来由政府垄断的非义务教育产品，可以允许有条件的营利性组织参与义务教育产品的提供，形成政府与市场共同提供公共教育产品的格局。充分发挥市场机制配置教育资源的作用，形成由政府机制和市场机制共同配置教育资源的格局。在大学之间引入竞争机制，对于提供义务教育产品的学校和其他教育机构之间也应引入竞争机制，而且政府应保障大学之间平等竞争的制度环境。政府应为教育领域尤其是营利性民办大学的市场化经营行为提供合法性保障，从政策和法律上认可教育领域存在营利性行为的合法性。政府有责任加强对市场提供公共教育产品的行为的激励和监管，并建立完善的税收制度，引导和保障教育领域的营利性行为，实现教育的公益性。
6.重建政府与社会的关系。允许各种类型的非营利性社会组织参与提供原来由政府负责的公共教育产品，形成政府与非政府的社会组织共同提供公共教育产品的格局。政府应培育和引导教育领域教育中介组织的发展，把教育中介组织作为教育领域社会自治的重要力量，明确教育中介组织的法律地位。为民办大学的发展提供宽松环境，赋予民办大学与公立大学相同的法律地位。给予公众参与教育的公共治理的权利，赋予公众对公共教育的选择权和对于教育的公共治理决策的参与权。政府有责任加强对非营利性社会组织行使公共教育权力的激励与监管，并通过建立公益信托制度，把政府管不了和管不好的公共教育事务通过授权、委托方式交由非营利性的社会组织承担。
四、加快高等教育管理体制改革的步伐
管理体制的改革是大学改革的重点和难点，管理体制改革的主要任务是调整结构布局，建立中央和地方政府两级管理、分工负责，在国家宏观政策指导下地方政府统筹协调为主的新体制。因此，要从以下几个方面寻找创新改革的突破口。
（一）降低重心，调整结构
2000年全国有387所普通高校、169所成人高校经合并调整为212所普通高校、20所成人高校。317所高校开展校际间合作办学，形成227个合作办学体。对原中央部门管理的300多所学校除50所左右仍旧归有关部门管理以外，大部分实行中央与地方共建，以地方管理为主，初步实现在地方统筹下各地区比较合理的结构布局。
目前应从以下两方面人手加大改革力度：一是建立中央和省（市、自治区）地方两级政府并举，以地方政府管理为重心的高等教育行政管理制度。以“中央—地方一大学”决策管理过程为垂直轴，其他部门的高等教育活动都置于中央指导之下的地方管理权限之内；垂直管理过程的重心在于地方政府，一方面它起着沟通国家与大学的桥梁作用，另一方面又根据当地高等教育需要，主持高等教育管理工作，维护大学办学自主权。中央以计划、规划、资助、评估、监督等手段在宏观上指导、组织、规范、协调全国高等教育活动。这种以地方为重心的垂直型两级行政管理体制，可以克服高度集中统一的弊病，同时又能积极反映社会经济发展需求，并通过地方一级的缓冲作用而维持一定水平的大学自主性。二是要因地制宜，组建一批各类学科比较齐全的综合大学。从历史上说，我国自1952年院系调整后，就没有一所真正意义上的综合大学，影响了学科间的渗透融合，妨碍了学术水平的提高。从世界各国经验看，世界一流的大学几乎都是综合性大学，而且水平最高的单科学院（如医学院）也常常在综合大学里。要使我国高等教育适应知识经济时代要求，必须建设一批世界一流的综合大学和一批高水平大学。
（二）拓宽路子，培育新的体系
英国高等教育应对社会发展对高等教育需求的办法是“用增设机构、增加高等教育类型，而不是用简单的促进现有机构发展的方法，来对现代的挑战做出比较有效的调整”，英国的经验富有世界意义，因为改革原有体制比发育新型体制具有更大的难度，而在原有的高等教育体制之外发展新型的高等教育体系，交由地方当局管理，既保证原有高等教育学术性的存在和发展，又有利于新建大学能够获得正式地位，迅速实现高等教育的增长。通过多种形式高等教育，特别是多样技术学院发展，不仅可以加强高等职业教育，扩大了高等教育的规模，满足了社会对高等教育的职业性、专业性和工业性课程与日俱增的需求，同时可以密切与当地经济和社会发展关系。现有大学尤其应承认正规教育系统之外获得的能力和知识采取积极扶持的政策。为减少高等教育体制改革的阻力，增设机构、增加高等教育类型办法可作为我国高等教育改革的一个基本方略，其基本思路可以概括为：在旧体制存量不变的情况下，在增量部分首先实行新体制，然后随着新体制部分在总量中所占比重的不断加大，逐步改革旧体制部分，最终完成向新体制的过渡。高等教育管理体制创新，从根本上讲就是要实现“两种创新”：一方面通过提高现有高等教育机构的资源利用效率，扩大内涵发展；另一方面，通过发展多种形式的高等教育，特别是民办教育，在现有体制之外扩大高等教育规模。这是基于我国国情，创新高等教育管理体制，实现高等教育规模扩大的策略选择。
（三）深化内部改革，建立现代大学制度
建立现代大学制度，要继续深化大学内部管理体制改革，其目的是促进管理运行的民主化、法制化。要遵循“从严治教，规范管理”的原则，加强大学制度创新，建设“精简、高效”的学校管理机构，逐步形成“自主管理、自主发展、自我约束、社会督导”的新机制。