1.研制、起草《学校法》。通过明确大学的责任、权利和义务，完善学校法人制度，依法规范大学内部的各种关系，加强大学的规章制度建设，全面推进大学内部管理运行的法制化建设。按照现代公共治理改革的方向，建立和完善大学的领导管理体制和民主监督制衡机制，使高等教育成为面向社会依法自主办学和有效自我约束的法人实体。
2.促进社会对大学管理的监督和参与。规范和完善大学的预算、资产、财务、收费管理制度和审计制度；促进大学管理事务和信息公开、公示制度；积极探索大学管理委员会、家长委员会等推动社区、学生及家长参与大学管理和监督的制度；鼓励职业院校建立由行业、企业代表组成的理（董）事会制度。
3.完善民办大学的举办和内部治理体制。依照2002年12月第九届全国人大常委会通过的《中华人民共和国民办教育促进法》，建立规范的民办大学的准人、退出机制；完善法人治理机制；推动民办大学信息公开，资产、财务管理与会计制度的建设；完善民办大学的教师的聘任、职称评定和职业保障制度；加强民办大学党团组织、教师工会组织建设。
4.实行“党委领导、校长负责、教授治学”的新型管理模式。大学要坚持和完善党委领导下的校长负责制，推进依法办学、民主治校、科学决策，健全大学的领导管理体制、民主监督机制以及教职工代表大会为基本形式的民主管理制度。
5.精简大学党政机构，转变职能，实现行政权力与学术权力相分离。目前，我国大学普遍存在着“官本位”、党政管理机构庞大、办事效率低下等问题。2004年全国普通高等学校有教职工161.07万人，其中专任教师85.84万人。庞大的党政机构使得大学教学和科研的中心地位发生严重错位，因此须打破大学党政领导职务终身制，减员增效，建立精干、务实的党政管理机构。
6.深化大学人事制度改革，按照“按需设岗，公开招聘，平等竞争，择优聘用，严格考核，全面管理”的原则，全面推行聘任制和聘用制。改革大学教师管理模式，引入竞争机制，吸引社会各界优秀人才，改善教师队伍的知识结构，提高教师队伍的整体素质，保证教育质量的全面提高。我国大学教师的管理主要存在三方面问题：一是教师来源渠道单一，“近亲繁殖”现象严重，使得教师队伍缺乏活力；二是没有实施能上能下的聘任制度，缺乏竞争机制和激励机制；三是教师的知识结构单一，缺乏实践经验，不利于创新人才的培养。因而要建立严格的教师聘任制度，引入竞争机制，建立奖惩制度，建立规范化的教师流动和在职培训制度，激发广大教师的积极性、主动性和创造性，优胜劣汰，做到不合格教师不聘。我国大学现行的聘任制度基本上流于形式，不分优劣，不论能力高低，几乎全聘，在一定程度上抑制了教师的积极性和创造性的充分发挥，必须实施严格的聘任制度，才能逐步建立一支结构优化、具有创新能力、掌握现代教育手段和教学方法的大学教师队伍，适应知识经济时代对大学教育的要求。
7.深化校内分配制度改革，完善教职工工资制度，真正体现“多劳多得、优劳优酬”和“效益优先、兼顾公平”的原则。
8.推进后勤进一步社会化。把教育系统联合办后勤和地方政府协调社会力量办后勤相结合，使后勤尽快从大学中剥离出去。推进大学后勤社会化既有利于进一步打破国家包办高等教育的格局，又将有利于突破高等教育规模发展的“瓶颈”制约。
办学体制的创新
1995年《中华人民共和国教育法》明确规定了包括国家、企事业组织、社会团体、其他社会组织及公民个人多元举办主体的办学体制，并且规定大学及其他教育机构是具有独立法人资格的社会机构。但是实践中现行的办学体制面临着许多矛盾和冲突，表现在：一是传统的政府职能尚未得到彻底分化，政府仍然兼为大学教育机构的举办者、办学者和管理者。尽管现有大学中的相当一部分已经开始与政府相分离，构成新的关系，但是举办者、办学者、管理者的角色分化尚不明确，相互之间还没有形成新的制衡，各利益主体之间的权、责关系还未得到明确的法律规定，还没有建立起一种科学、合理的协调机制，这给改革的推进带来很大的困难。二是对民办教育的管理及其政策法规表现出一定的差异。当前最主要的问题是对民办教育的认识偏差，以及由此而产生的明显不同于公办大学的规定，在一定程度上影响了民办教育的健康发展。
深化高等教育办学体制的改革，重要的是解决高等教育实际供给短缺问题，扩大培养规模，占领和把握住教育市场。要做到这一点，办学体制深化必须建立国家办学、地方办学和民间办学并重，形成以地方办学为主体的多种办学体制格局。为此，应采取以下几个方面措施。
一、发展民办高等教育
知识经济是一种比工业经济文明程度更高的经济形态，它的形成不仅仅是几项高新技术的兴起，而是全社会文明程度的巨大变革和提高，1999年美国适龄青年大学入学率为50％，日本为46％，而我国2004年毛入学率才为19％，这种状况与知识经济对全社会文明程度的要求相去甚远，因此必须大力发展私立高等教育，逐步实现高等教育办学形式的多元化。我国从20世纪80年代中期开始，经过十多年的发展，目前社会力量举办的高等教育机构已有785万所，在读学生约1769.36万人。但与我国私营经济及私立中小学的发展规模和速度相比，我国私立大学的发展严重滞后，现有的所谓私立大学大多数缺乏独立的校舍、专任教师及实验设备，有些不能颁发国家承认的学历文凭。纵观世界发达国家高等教育发展历程，大多数国家都是公立大学与私立大学共同发展，许多私立大学如哈佛大学、耶鲁大学、早稻田大学等都是享誉全球的名牌大学。而国外发展高等教育的一条重要经验就是使高等教育走上产业和市场的发展道路，我国私立大学发展缓慢的主要原因有两个方面：一方面在政策及资金上，国家对私立大学没有给予积极扶持，限制了私立大学的发展；另一方面我国高等教育没有走上产业的道路，缺乏市场观念和效益意识，投资效益低下，社会力量办学缺乏应有的积极性。基于以上原因，应从以下五个方面加以改进：①政府要在政策和资金上对私立大学给予扶持，为具备一定条件的私立大学提供无息或低息贷款，免征部分税费。私立大学在建校征地、贷款、城建配套等方面应受到优惠。②加快高等教育的产业步伐，提高投资效益和回报率。私人投资的目的是为了获得收益，事实证明，如果投资兴办私立大学的经济效益较低，投资者就没有积极性，私立高等教育就无法发展，借鉴国外经验，我国私立大学应沿着产业、市场的方向发展。③人事制度方面，要尽快建立私立大学与公立大学教师待遇一致的社会保障机制，使各类大学选择教师的机会均等，解除私立大学教育的后顾之忧，使私立大学逐步建立一支高水平的教师队伍。④加强管理，提高教学质量，同时在招生范围、数量、专业设置、学制年限、收费标准、校办产业的优惠政策等方面与国立大学同等待遇。⑤加强立法，规范运行。通过立法、评估和拨款等宏观调控手段，=规范民办大学运行。
二、发展多元化的办学体系
高等教育体制改革的实质是发展多种办学形式，打破国有部门垄断高等教育市场的局面。为此，一是实行“国有公办，政校分开”，教育主管部门不再下达各种指令性计划指标，应以参与大学理事会形式着重业务指导。二是实行“国有民办”，将某些由国家或地方政府承办的大学转让给由社会各界成员组成的独立法人承办经营。三是实行“民有民办”，由社会力量集资自主办学。四是实行“合资合办”，允许和鼓励国外大学以及其他符合办学条件的社会团体、企业兴办正规学院、社区大学和专业培训学校，鼓励世界一流大学与我国综合大学合办世界一流专业、学院，甚至合办世界一流大学。
三、重建国有综合大学
现有大学要探索要素裂变方式，通过对存量调整努力实现增量发展。当前应从以下几方面采取措施：一是加强现有大学的成人教育和继续教育，发展终身教育，满足社会对高等教育发展的需要，提高现有高等教育资源利用效率。二是大学异地设分校，利用现有大学资源，在经济发展需要的地区设立大学的分支机构，如西北大学在新疆设立分校，由当地提供校舍和设备，西北大学提供师资，联合培养学生，支援欠发达地区的高等教育。三是创建体内附属学院。“体内附属学院”指在现有高校的内部，分流出部分资源，与社会力量进行整合，创办不同于现有学校管理模式的附属学院，或将现有的民办学院合并到体内，形成“一校两制的办学模式”。附属学院的产生有三种方式：①“滋生型”。利用高校师资、设备等条件，吸收社会力量共同创办新型管理学院。高校负责教学计划、师资等条件，必要时也可以提供教学场所，社会力量则通过资金、场地等投入保证教学硬件设备等联合办学，如华东师大和上海市普陀区政府共同创办的“民办华夏学院”属于这一类型。②“吸附型”。即重点大学将学‘科门类相似，地域相对邻近的民办学院“吸收”人体制之中，形成在现有高校体制不变的前提下，增加民办学院的新成分的一种体制。如民办中桥学院与华东师范大学地缘相近，可以联合办学，发展到一定程度，通过考核，华东师大也可以部分地承认其学分并颁发文凭，可以解决现有没有资格颁发毕业证书的民办学院的难题。“吸附型”民办学院的体制，对于推动我国高等民办教育有效发展，深化我国高等教育体制改革意义非凡。③“定向型”。即经济富裕地区出资在大学内设立“技术学院”，培养地方经济所需要的人才。这既提高现有高校的资源利用率，也保证了教学质量，更进一步保证了高等教育面向农村、面向中小城市平衡发展的空间布局。
四、推动高等教育产业的发展
高等教育正在摆脱原来纯消费性的事业性质，逐渐成为一种产业，而且这种产业将可能是知识经济时代一国经济发展的支柱产业。走产业发展之路是21世纪高等教育发展的必然趋势。
1.产业、高等教育产业属性。一般认为，产业是指生产性企业、行业、部门的集合，原本是指“社会物质生产部门和行业”。从经济学角度看，马克思创立了两大部类法，把全社会物质生产部门分为生产资料部门（部类1）和消费资料部门（部类2），两大部类产业都是指物质生产而言的。后来，随着经济的发展，非物质生产部门出现并日益壮大，于是，产生了“第三产业”的概念。当三大产业分类扩展了产业概念（包含非物质生产部门）后，国际上就开始将教育视为第三产业的组成部分之一。20世纪60年代初，美国马赫鲁普教授曾提出“知识产业”的概念，并将其界定为“生产、培育和流通知识的一系列领域中的经济活动”，他认为知识产业包括教育、研究与开发、传媒、信息技术和信息服务行业。教育产业包括学校教育、家庭教育、职业教育、军事教育及政府其他计划教育。
从20世纪80年代中期起，我国按国际惯例把为生产和消费提供各种服务的部门称为。从其层次结构上看，它包括专科、本科、硕士、博士和博士后五个层次。
2.高等教育产业属性问题的争论。持教育不是产业或不具有产业性的观点认为：一是受教育是公民的基本权益，教育是一种社会福利性事业，性质是公共产品或准公共产品，主要由政府提供，学校是非营利性机构，而不是从事经济活动的产业部门，教育不能作为产业市场化；二是教育并非物质生产部门，教育投资不是生产性投资，教育成果具有非物质性，因此不是产业；三是把教育划分为第三产业只是社会统计的划分，并未涉及产业间经济联系的方式，教育与其他产业和部门的经济联系并非一定要通过市场交换；四是教育产业是对教育供给的商品化，是把人才和劳动力视为商品的误导；五是把教育当作产业来发展就会淡化政府的职责，把发展教育的职责推向市场，减少本应由政府担负的投资，并导致教育发展制度的危机；六是危机教育公正，认为教育产业发展的必然后果，就是在政府退出教育经费来源主渠道位置的同时，学校将以利润原则作为其运行的第一法则，使社会成员因为其经济原因而在接受教育的机会中处于不平等地位，并且将从事实上完全改变以学习优异作为接受高等教育决定性因素的基本特征。
持高等教育是一种“特殊产业”的观点者认为：高等教育是一种产业，但它不同于行政管理部门的事业，也是不同于工商、金融、建筑、农业等部门的产业。高等教育产业的有效经营可以带来利润，与教育非营利性的特点并不矛盾。教育产业就是要在教育领域输入产业因素，把高等教育纳入市场经济的框架中去，用中国特色社会主义市场经济理论，指导高等教育产业发展。这种观点没有把教育的“事业性”和“产业性”对立起来。