党风不纯，腐败问题严重，新时期的整党没有采取大轰大嗡、大搞“群众运动”的方式，而采取“不打棍子、不扣帽子、不抓辫子、不装袋子”的政策，取得了可喜的成效。
整党的进程和基本估价
这次整党是在经历十年内乱的灾难之后，国家和社会处于改革、开放、搞活经济的新的历史环境中进行的。“文化大革命”中，在“左”倾错误理论指导下，特别是由于林彪、江青两个反革命集团的倒行逆施，党的思想、作风、纪律、组织遭到了空前破坏，党的优良传统和干部队伍遭到了严重摧残，党在群众中历来享有的崇高威望和声誉遭到了极大损害。经过十一届三中全会以后的拨乱反正，这种状况虽然有了根本改变，但在整党开始前，“文化大革命”遗留下来的党内思想、作风、组织三个严重不纯和纪律松弛的问题，仍相当严重。党和国家工作重点的转移，社会主义现代化建设的开展，坚持四项基本原则，反对资产阶级自由化，实行改革、开放、搞活经济的新政策，给党和人民的事业带来了巨大生机，整个国家和社会生活都处在空前活跃和急剧深刻的变动之中。新情况新问题层出不穷。在这种历史条件下进行整党，一方面党内外群众必然会深切地关注并寄予很高的期望，另一方面必然会遇到许多事前难以完全估计到的问题。这就决定了这次整党具有很大的艰巨性和复杂性，不可能是一帆风顺的。任何一个历史问题，都要把它放在一定的历史环境中去加以考察，这是马克思主义的一个根本要求。我们在总结整党工作时，也应按照这个要求去做。对整党的成绩、存在问题和经验教训，都要放到上述总的历史环境中去分析和估价，以便得到比较符合实际的结论。
这次整党实际上是分三期进行的。第一期是中央、国家机关各部委和各省、区、市一级单位以及解放军各大单位，第二期是地、县两级单位，第三期主要是农村的区、乡、村。三期整党，基本上都是按照中央整党决定中规定的四项基本任务和基本的方针、政策、部署进行的，并注意了从每期整党单位的实际出发，根据整党形势和建设、改革形势发展的需要，在突出解决的重点问题上，各自有所侧重.第一期整党中，为了加强领导，中指委和中央军委共派出了有850人参加的90个整党工作联络员小组，并成立了中央和国家机关10个口的整党工作指导小组。结合整党的过程，中指委先后发出了11个通知和其他文件。这些文件，是中央整党决定精神的具体化，对第一期和以后各期的整党工作都起了重要指导作用。第二期整党开始时，中指委发出专门通知，针对当时党内和社会上出现的几股新的不正之风，及其严重干扰改革和四化建设的顺利进行、严重侵蚀党的组织和干部队伍的情况，明确指出：要把增强党员的党性，纠正新的不正之风，保证改革的顺利进行，促进政治经济形势继续健康地发展，作为地、县两级整党的突出重点来抓。第三期整党开始时，中指委也及时发出专门通知，对农村整党的具体的要求、方法、步骤作了全面安排。各省、区、市共派出宣讲员和联络员63万人，深入农村帮助整党。1986年5月、6月，中指委还分片召开了省、区、市党委书记整党工作座谈会，进一步明确了农村整党的根本指导思想，要求把解决区、乡、村党员干部中存在的严重以权谋私和严重违法乱纪问题，作为突出的重点认真抓好，并切实加强农村领导班子的建设。这些会议，对推进农村整党工作起了很好的指导作用。今年初以来，在党中央的领导下，又在政治思想领域里开展了党内反对资产阶级自由化的斗争，对广大党员普遍进行坚持四项基本原则的正面教育，着重解决政治原则和政治方向的问题。我们应该充分认识这一斗争的重要性。从党的建设角度来说，更应把这项工作看成是整党的深入补课。三期整党作为整党工作的全过程，是相互联系、相互促进的。上一期为下一期提供了经验和教训，下一期反映出来的问题又促进上一期整党单位回过头去进一步解决，形成了“以上启下、以下促上”的特点。这有力他说明，这次整党确定的从党的中央机关到基层组织的自上而下、分期分批展开的原则，是正确的。
综观整党工作的全过程及其各个方面，中指委认为，这次整党是有成绩的，有不少地方、部门和单位的成绩还比较显着，而且一期比一期整得好些，各级党组织和整党办事机构做了大量的认真的工作，广大党员和党员干部积极参加整党，广大党外群众和朋友热情支持整党。总的说来，全党在思想、作风、纪律、组织四个方面，都比整党前有了进步，党内存在的三个严重不纯的状况已经有了改变，同时积累了一些正确处理党内矛盾和问题的重要经验。这些都为新时期党的建设的加强和发展，奠定了一个比较良好的基础。但是，整党工作发展不平衡，有一部分单位包括一些高、中级党政领导机关，没有全面完成整党的四项基本任务，有的甚至走了过场，以致影响和损害了整党工作在群众中的声誉。整党搞得比较好的单位，在党风和其他方面也还遗留了一些问题，需要在今后经常的党的建设中继续加以解决。这就是对这次整党的总的估计。
具体地说，在统一思想方面取得的成绩主要是：（1）全党从高级干部到广大党员，通过认真和比较系统地学习整党文件，澄清了不少模糊认识，加深了对党的十一届三中全会以来的建设有中国特色的社会主义路线的理解，明确了坚持改革、开放、搞活经济和大力发展社会主义有计划的商品经济，是建设富强、民主、文明的社会主义国家的必由之路，并进一步提高了贯彻执行这些马克思主义方针政策的自觉性。（2）通过开展彻底否定“文化大革命’的教育，使广大党员明确了“文化大革命”中的两派都是在“以阶级斗争为纲”、“无产阶级专政下继续革命”的“左”的理论指导下进行活动的，在总体上都是错误的，从而促进了进一步消除派性和“左”的流毒，为增强党的团结和激发党员的改革创新精神，奠定了更坚实的思想政治基础。（3）通过普遍进行党性、理想、宗旨的教育，改变了部分党员共产主义理想和为人民服务观念淡薄的状况，使广大党员提高了思想觉悟，增强了抵制资本主义、封建主义腐朽思想侵蚀的能力。
统一思想方面存在的突出缺点是，在努力清理“左”的错误影响时，对已经存在的右的错误倾向注意不够，斗争不力，没有认真地开展坚持四项基本原则的教育，致使资产阶级自由化思想在一些党员干部和党员中继续有所滋长，严重影响了统一思想任务的全面完成。
在整顿作风方面取得的进展主要是：（1）各地努力查处了一些党员干部和党员严重违法乱纪、严重以权谋私和严重不负责任的官僚主义案件，基本上刹住了党政机关干部经商办企业等新的不正之风，党风有了不同程度的好转。（2）促进了各级领导机关工作作风的转变，官僚主义有所减少，为基层服务的思想得到加强，许多地区和部门的党员领导干部带头深入基层，调查研究，解决建设、改革和群众生活中存在的实际问题，密切了党群关系。（3）在农村整党中大部进行了清理财务的工作，党员和干部带头归还长期拖欠的公款、公物，带头为群众办实事，受到农民群众的欢迎。
但是应该清醒看到，党风方面还存在着许多严重的问题和阴暗面、由于各种“关系网”、派性残余、封建遗毒和以言代法的干扰，有些败坏党风和党的形象的以权谋私、违法乱纪的重大问题还没有揭露出来，有的虽已揭露但没有严肃查处；至于组织、人事工作方面存在的一些不正之风问题，相当一些单位在整党中没有认真触及。
在加强纪律、纯洁组织方面取得的成效主要是：（1）清理“文化大革命”中的“三种人”和犯有严重错误的人，各级党组织花了很大的精力，参加整党特别是核查工作的同志，克服种种困难和阻力，做了许多艰苦的调查取证工作。在整党前已进行的几次清查处理了40万人的基础上，全国（不包括广西壮族自治区）又清理出“三种人”5449名、犯有严重错误的人43074名。广西在这次整党中，专门用了一段时间进行“处理‘文化大革命”遗留问题”的工作，共清理出严重违法乱纪分子27919名（其中干部6042名）、犯有严重违法乱纪错误的人13154名。（2）开展批评自我批评和严格党内组织生活的传统得到恢复和发扬，党员的组织纪律观念较以前有所加强。原来处于瘫痪半瘫痪状态的一些党组织，经过整顿，有了明显的好转。（3）通过党员登记和组织处理，对一批有严重问题和不合格的党员进行了处理。开除党着的有33896人。不予登记的有90069人，缓期登记的有145456人，受留党察看、撤销党内职务和向党外组织建议撤销党外职务、严重警告、警告等党纪处分的有184071人。（4）对一批有问题和软弱涣散的领导班子进行了调整，县级以上领导班子有一半左右进行了不同程度的充实。通过调整和充实，推进了领导班子的建设。一批党性强、作风正派、能带领群众坚决执行党的现行政策的优秀中青年党员走上了各级领导岗位。
在纪律、组织整顿方面存在的主要问题是：相当一批单位对加强纪律的工作不够重视，甚至很不重视，党纪松弛的现象尚未很好地纠正；有些领导班子，包括一些高、中级党政机关领导班子的软、散问题还没有解决好；在党员登记和组织处理工作中，不少单位没有严格按照中央整党决定的要求去做，特别是有些地方、部门和单位，对清理“三种人”和犯有严重错误的人的工作做得不深人，处理上存在偏宽偏松的现象，致使一些“三种人”没有清查出来或没有得到应有的处理，这对保持党组织的先进性和纯洁性，巩固和发展安定团结的政治局面，十分不利。