事实证明，那个船长确实没有骗约翰·皮尔庞特·摩根，而约翰·皮尔庞特·摩根定直觉也确实准确，约翰·皮尔庞特·摩根所买下的都是上好的咖啡。不仅如此，不久，巴西就因为受寒潮袭击，咖啡产量锐减，咖啡的供应价格猛涨了2~3倍。约翰·皮尔庞特·摩根这笔交易中获得了可观的利润。
虽然这件事情约翰·皮尔庞特·摩根处理得还是干净利落的，但是，邓肯—舍曼的两位老板邓肯和舍曼却很是不快，因为约翰·皮尔庞特·摩根不听劝阻、擅作主张，邓肯和舍曼因此而限制了约翰·皮尔庞特·摩根的权限。
1861年，24岁的约翰·皮尔庞特·摩根决定离开邓肯—舍曼公司。他的父亲朱尼厄斯·斯潘塞·摩根了解情况后就出资为他在华尔街纽约证券所的对面成立了约翰·皮尔庞特·摩根商行。朱尼厄斯·斯潘塞·摩根相信自己的儿子已有的商业能力并认定他一定会有所成就甚至最终会超越自己。
约翰·皮尔庞特·摩根商行的业务是做乔治·皮博迪银行的纽约代理。
朱尼厄斯·斯潘塞·摩根要儿子驻扎在纽约是要他给远在伦敦的自己提供美国的政治和金融方面的信息及客户公司信贷方面的资料。作为一个银行家，必须要掌握这些信息。
根据父亲的指令与安排，约翰·皮尔庞特·摩根开始留意美国的政治经济状况，他每周会将两份相关内容的书信寄给他在伦敦坐镇的父亲。
1861年，因为当时民选的美国总统林肯要求在美国不得继续蓄奴，并要求让仍然是奴隶的黑人获得自由的主张及其后在议会通过的相关法令遭到不愿执行此法令的美国南方的抵制而导致的美国唯一的一次内战——美国南北战争爆发了。商人约翰·皮尔庞特·摩根也因此而迎来了他的商行的第一笔生意。当时，一个名叫阿瑟·伊斯门的人以每支3.5美元的价格从市政府买下了5000支由于过时而淘汰的卡宾枪。另一个叫西蒙·史蒂文斯的人看中认为这是一个盈利的项目，但是他自己的资金短缺，于是，西蒙·史蒂文斯通过向约翰·皮尔庞特·摩根贷款的方式获得自己需要的20000美元资金，而后他用自己的钱和从约翰·皮尔庞特·摩根那里贷款所得以每支11.55美元的价格从阿瑟·伊斯门手中买下了这批枪。随后，西蒙·史蒂文斯对这批枪进行了改良。改良的方法其实很简单：就是在这批没有来复线的枪膛内设置了来复线，这样就提高了枪的射程和精确度。如此一来，过时的枪支又不过时了。然后，西蒙·史蒂文斯联系到当时的密苏里联邦军队总司令约翰·弗里蒙特，并把这批经过自己改良的枪以每支22美元的价格卖给了密苏里联邦军队。这笔交易从阿瑟·伊斯门开始到西蒙·史蒂文斯完成仅仅用了3个月，而就在这短短的3个月，这批枪就以6倍于原来的价格辗转卖回给美国联邦政府，西蒙·史蒂文斯从中赚到的那笔钱的本金是来自约翰·皮尔庞特·摩根的商行。而约翰·皮尔庞特·摩根从中所得到的利息因为期限短自然也就无法与西蒙·史蒂文斯所获得的暴利相提并论了。
当然，在微薄的利息之外，约翰·皮尔庞特·摩根还是得到了一个他之前没有注意到的好处的，那就是战争所能带来的各种商机。
年轻的商人约翰·皮尔庞特·摩根在南北战争尚未结束时接到部队的征召并非意外，北方军队要求他参军。但是，约翰·皮尔庞特·摩根并未想成为一名在战场上厮杀的兵士。解决的方法在当时是可行的，约翰·皮尔庞特·摩根和其他富家子弟一样，花了300美元找了个替身去代替他服兵役。幸运的是战争结束时，他的替身并没有战死。约翰·皮尔庞特·摩根也一直资助着这个自己的替身。
约翰·皮尔庞特·摩根的父亲朱尼厄斯·斯潘塞·摩根对儿子的第一次婚姻的结局和他在卡宾枪事件的处理方式是不满意的。这倒不是他对儿子对爱人的选择有意见，而是他不希望自己的儿子长时间地因为对亡妻的爱而忘记了自己商人的身份和职责。而卡宾枪事件所暴露出的约翰·皮尔庞特·摩根对于商业的敏感度还不能使之很快成为自己的接班人，这是约翰·皮尔庞特·摩根要解决的一个大问题。
1864年，作为解决问题的方法，朱尼厄斯·斯潘塞·摩根为约翰·皮尔庞特·摩根物色了一个搭档，比约翰·皮尔庞特·摩根年长30岁的查尔斯·达布尼。由朱尼厄斯·斯潘塞·摩根出资为约翰·皮尔庞特·摩根和查尔斯·达布尼成立了一家达布尼—摩根商行继续作为朱尼厄斯·斯潘塞·摩根在纽约的代理机构。而作为新公司的出资人的朱尼厄斯·斯潘塞·摩根保留了公司选择客户和发放信贷的最后控制权。朱尼厄斯·斯潘塞·摩根的目的很简单，他希望查尔斯·达布尼在在潜移默化中影响约翰·皮尔庞特·摩根，使他发生根本的转变。
在父亲的精心安排下，约翰·皮尔庞特·摩根逐渐走出了丧偶的阴影，个人生活也步入了正轨。1865年5月，他迎来了第二次婚姻，妻子叫做弗朗西斯·路易莎·特雷西。弗朗西斯·路易莎·特雷西的父亲查尔斯·特雷西是一位知名的律师，后来为约翰·皮尔庞特·摩根处理法律事务。这段婚姻也使约翰·皮尔庞特·摩根慢慢地恢复了理智。
当摩根父子携手在世界银行业作战的时候，正是全世界银行业的力量急剧扩张的时代。随着银行业的不断发展，金融和商业慢慢地融为一体而不再像过去一样有着明显的界限。
约翰·皮尔庞特·摩根在华尔街做了30年的朱尼厄斯·斯潘塞·摩根的代理。他的父亲用雄厚的资本实力在伦敦支持着他的发展。
1861年，约翰·皮尔庞特·摩根商行成立的时候，华尔街还只是一个人们从事债券交易的简陋场所。
1862年，美国南北战争激战正酣，林肯总统颁布命令，要求北方陆军、海军展开全面的进攻。战争的升级使得战争债券成为人们竞相追逐的投机目标，当时的债券的交易因而异常火爆。华尔街证券交易所也因此门庭若市。
在当时，纽约证券交易所内因为战争而人满为患，一个交易所无法满足投资人（准确地说是投机人）的需求，于是，那些迫切期待进行交易却在纽约证券交易所没有席位的经纪人便在纽约证券交易所的对面成立了一家被称为“开放证券交易所”的交易场所。由于申请席位的人很多，朱尼厄斯·斯潘塞·摩根就通过朋友的帮助为约翰·皮尔庞特·摩根在这个“开放证券交易所”里留了一个交易席位就设在这里。
除了纽约证券交易所和“开放证券交易所”这两个正规的交易所外，当时的华尔街还有一个非正规的黑市交易所。而这个非正规的黑市交易所对约翰·皮尔庞特·摩根的吸引力要比正规的交易所更大一些。事实上，约翰·皮尔庞特·摩根出入这个黑市交易所的次数确实足够多。他可不只是去看热闹，他要从中学习到更多证券交易知识，同时也希望能从中找到好的投资机会。一个名叫克查姆的年轻人帮助了他。克查姆是一位华尔街投资人的儿子。
有一天，约翰·皮尔庞特·摩根与克查姆再次聚到一起闲聊的时候，克查姆提到一个信息，他的父亲在华盛顿得到一个消息，在最近一段时间的交战中，北方军队的伤亡惨重。约翰·皮尔庞特·摩根听到这个信息后马上得出结论：黄金的价格又要上涨了。他的这个结论不是没有依据的，当时南北战争中，北方军队全线出击需要耗费大量的资金，而林肯政府则常常被军费所困扰。为了摆脱军费所带来的困扰，林肯任命波兰·乔伊为财政部长。波兰·乔伊的解决方法是用实施以财政赤字的增加为代价为北方军队筹集军费的政策，说白了就是“赤字政府”的财政政策。波兰·乔伊的解决方法通俗地说就是：除了发行大量的国债外，还发行大量的战争债券，利息高达7%。这就意味着如果北方军队在战争中获胜的话，黄金价格就会因此而下跌，反之，如果北方军队战败，黄金价格则会大幅上涨。据此，约翰·皮尔庞特·摩根判断这是一个绝好的投机机会，要适时大量囤积黄金以攫取利润。克查姆表示认同，两个人精心策划了一番。
不久，北方军队又一次被南方军队打了个大败。为及时补充军备所需，林肯政府的财政部不得不再次紧急发行了数额巨大的战争债券，但是由于战争的不确定因素，美国国内的北方无人愿意认购，而敌对的南方军队所控制的地区就更别想了。身为林肯政府的财政部长的波兰·乔伊唯一能找到的销售地只能是当时欧洲的金融中心——伦敦。而这个消息克查姆很快就得到了。他随即联系约翰·皮尔庞特·摩根，两个人先秘密地囤积了价值在400万~500万美元的黄金，然后留下一半，另一半通过皮博迪银行倒手汇往伦敦。随后又故意放出风声，说英国开始囤积黄金。皮博迪银行购买黄金的消息立刻在美英两国流传开来，黄金的价格随之暴涨。约翰·皮尔庞特·摩根等人自然从中获得了暴利。
通过这两次由战争信息所赚到的大笔钱使得约翰·皮尔庞特·摩根意识到战争可以给他带来的财富及带来财富所需要的时间之短。为了能从战争中获得更多的财富，约翰·皮尔庞特·摩根想尽办法聘到了退役的陆军部电报局的接线员史密斯来为他做电报工作。史密斯虽然有良好的专业技术，但这可不是约翰·皮尔庞特·摩根想尽办法聘用他的主要原因，真实的原因是史密斯有一个好友是北方军队统帅司令部的电报秘书。有这样一个关系在北方军队统帅司令部，就相当于约翰·皮尔庞特·摩根在北军总部有了一个准确快速反应的线人，事实上，约翰·皮尔庞特·摩根也确实在第一时间掌握准确的前线最新军事情报并根据这些最新情报决定是否和如何投资。
1862年10月，约翰·皮尔庞特·摩根收到了父亲朱尼厄斯·斯潘塞·摩根从伦敦发来的电报：林肯政府通过美国驻英国大使亚当斯向英国施压，要求英国停止其造船厂为南方军队提供用来突破北军海上封锁线的炮舰。提醒约翰·皮尔庞特·摩根要特别注意华尔街的动向。
约翰·皮尔庞特·摩根立即通过史密斯向他在北方军队统帅司令部的电报秘书朋友查询，确认了这个的消息，同时还获悉，林肯政府的态度强硬，甚至不惜与英国断交，也要阻止英国将炮舰交给南方军队的行为。
随后，约翰·皮尔庞特·摩根又接到父亲发来的电报，告知他一个绝密的消息，英国政府已经作出决定，答应美国政府的要求，条件是美国政府必须在5天之内提供100万英镑作为对英政府的赔偿。但是，美国政府驻英国大使亚当斯在英国金融界没能筹集到这笔资金，亚当斯已将筹款的事委托给美国的皮博迪公司，并要求在24小时内准备好足额的黄金。朱尼厄斯·斯潘塞·摩根示意约翰·皮尔庞特·摩根可以见机行事。
接到父亲的指令，约翰·皮尔庞特·摩根立刻开始收购黄金。次日，皮博迪公司也在大量购买黄金的消息导致了黄金价格的又一次飞涨，约翰·皮尔庞特·摩根将手中的黄金趁此抛出，又大赚了一笔。
情报的作用远不止这些，随后，约翰·皮尔庞特·摩根通过史密斯得知，在旷日持久的战争中，由于北方军队准备不充分，消耗巨大，枪支弹药等军需物品出现供应紧张的状况，约翰·皮尔庞特·摩根又设法买到一批接近报废的廉价步枪转手卖给了北方军队，约翰·皮尔庞特·摩根再次获利。
随着美国内战的继续升级，林肯政府再一次出现了严重的财政危机。为了能遏制经济的进一步恶化，同时购买大量的武器确保战争的胜利，林肯政府决定继续发行国债，这一次的数额为4亿美元。约翰·皮尔庞特·摩根意识到到赚钱的机会又来了。但是与以往不同的是，这次政府的代表为了发行国债，主动找到了他。由于实施“赤字政府”政策，林肯政府已经多次发行国债，加上这次发行的数额又是如此巨大，使得美国大多数银行家压力很大，无计可施。但是，约翰·皮尔庞特·摩根却是对此信心十足，他承诺承担2亿美元的国债发行。
约翰·皮尔庞特·摩根并不急于先去寻找门路发行国债，他采取了先造势后行动的策略。首先，他开始寻找各种机会频繁在美国新闻界举办的各种聚会上及其他重大公众场合露面，并适时对国家的经济以及战局的发展趋势发表积极的看法，由此分析、推断、阐述购买国债的利益和远景。约翰·皮尔庞特·摩根通过自己热情洋溢的演讲，引起了新闻界的广泛关注，由此，他的观点和言论开始不断地见诸报端，引发了广大民众的共鸣，为自己下一步发行国债的工作创造了有利的条件。
随后，约翰·皮尔庞特·摩根开始了具体的实施计划。他先后到北方各州进行了一系列的宣传游说活动，动员各地民众积极参与到拯救国家的行动之中，慷慨解囊，购买国债。约翰·皮尔庞特·摩根自己当然也购买了一部分。在新闻界的推动下，社会各界确实开始积极购买国债。约翰·皮尔庞特·摩根就这样创造了一个奇迹。
当然，约翰·皮尔庞特·摩根通过这次国债发行，为自己在美国北方的社会各界赢得了美誉的同时也装满了自己的口袋。
1864年南北战争结束后，约翰·皮尔庞特·摩根商行逐渐壮大起来。而在内战爆发之前，美国的中小企业实际上大多都是小规模的家庭式作坊，这些家庭小作坊并不需要过多少资金周转，即使需要，他们通过向银行（商业银行甚至是地下银行）借款就足以应付了。但是，内战结束后的美国进入经济大发展时期，各行业之间的竞争变得尤为激烈，这时就需要大量的资本。在1880年前后，以往的商业银行已经显得资本薄弱而力不从心了，投资银行的兴起则正好弥补了这一空缺，它们可以为企业提供巨额灵活的资本。而各个企业为了能在竞争中求生存，获利润，纷纷开始形成各种形式的联盟与托拉斯。作为美国当时主要的运输手段和投资热门行业的铁路也面临着这样的问题，要想得到更大的发展，在形成庞大的企业联合的同时，就必须投入大量的资本用于增加更多的机械设备以延长铁路线，而需要巨额的投入的铁路企业不得不借助投资银行的力量。约翰·皮尔庞特·摩根当然也不会放过这个大好机会，他运用自己的投资银行系统对铁路进行渗透。
进入19世纪后半期，美国铁路业仍然保持着高速发展的态势，但是同时也暴露出了许多严重的问题，如重复建设、无序的竞争导致投资商各自为政、铁路之间相互衔接困难等，造成了人力、物力、财力的巨大浪费。约翰·皮尔庞特·摩根看到这些弊端后，认为这些规模较大的企业之间相互合作要比竞争有前途得多。于是，他要用自己的实力对全美铁路行业进行一次整合，把铁路的权利集中控制到一处，从而实现行业的“垄断”。