朱高炽虽然已经被立为太子，但是争夺储位的斗争并没有因此而结束。汉王朱高煦和赵王朱高燧时刻窥视着皇储的宝座，暗中监视朱高炽，合谋夺取皇太子位。他们对太子身边的近臣，极力诬陷迫害。工部左侍郎陈寿，向监国的朱高炽提出过一些很有见地的意见，朱高炽很欣赏他，曾经看着他走出的背影，回过头来对左右说：“侍郎中第一人也。”明成祖永乐九年（公元1411年），汉王朱高煦向成祖进谗言，陈寿被捕入狱。陈寿的家境实在是太贫寒了，吃饭都成问题，但他坚决拒绝一些官员的馈赠，最后竟然死在狱中，直到仁宗登基后才给他平反。与陈寿一起下狱而死的还有行部左侍郎兼辅导马京和吏部侍郎兼赞善许思温。
不但朱高炽的两个兄弟有夺嫡之心，而且朱棣与皇太子也存在矛盾。为此朱高炽不得不时时小心，事事留意，做太子的20年间处境艰难万分。
成祖朱棣不在南京之时，由太子朱高炽监国。实际上，太子并没有什么权力，大小政事仍由朱棣亲自决定，朱高炽只是处理些常事，如祭祀活动等。明成祖永乐三年（公元1405年），朱棣还对太子的权力进一步限制，明确申谕太子不能治臣下罪，不得授官。而且，朱棣还特别强调，自己不在京师之时，大小官员不许私自觐见太子，违者严惩不贷。这是因为朱棣担心太子监国会损害自己手中的皇权，而且对太子不是很满意，终永乐一朝都似乎如此。由此而知，朱棣、朱高炽父子嫌猜一斑。
在册立皇太子时，朱棣命丘福为太子太师。丘福与朱高煦的关系非同一般，多次请立朱高煦为太子。朱棣让丘福为太子太师似乎有监视朱高炽的意思。明成祖永乐十二年（公元1414年），朱棣北征回师，太子朱高炽遣使迎驾稍迟，朱高煦乘机进谗言。朱棣下令将东宫官属全部下狱，只有兵部尚书兼詹事府詹事金忠因在“靖难之役”中功勋卓著被赦免，密令他监察太子。
金忠并没有按照朱棣的想法去做，而是极力为太子美言。朱棣大怒，金忠摘掉乌纱，顿首流涕，以自己身家性命担保，劝阻成祖朱棣不要废太子。朱棣最终没有废立太子，但是东宫官属黄淮等人系狱达10年之久，直到朱高炽做了皇帝才重见天日。
明成祖永乐十五年（公元1417年）太子监国南京，有个陈姓千户因害民取财被朱高炽调贬往交阯。后来朱高炽又意识到陈姓千户曾随成祖在靖难之役中立有军功，因此宽大处理，改为输栗贷罪。宦官黄俨受到赵王朱高燧指使，谎称成祖判定的罪人，太子曲护。朱棣杀掉陈千户，并将辅佐太子的梁潜、周冕下狱致死。其实，朱棣也知道事情的真相，而且像这样的小案件如何判罚无关紧要，他只是杀鸡儆猴，太子对此也是心知肚明。
此事后不久，朱棣命胡濙巡视江、浙、湖、湘等地，特意嘱咐他在南京多停留几日，调查在南京监国的朱高炽的情况。胡濙回来后，向成祖密陈太子监国七事，说朱高炽诚敬孝谨。听到这些，成祖才稍稍放心。
到了明成祖永乐二十年（公元1422年），朱棣虽然没有了更立太子的想法，但是对太子朱高炽仍有防范之心。这年九月，礼部尚书吕震的女婿张鹤朝参失仪，太子没有怪罪他。后来，成祖知道了这件事情，将礼部尚书吕震和吏部尚书蹇义以在侧不言的罪名问罪，逮捕下狱。不过，不久就将吕、赛二人放出来了，第二年又官复原职。
朱高炽一生也没有赢得他父亲朱棣的欢心，说来实在窝囊，他的这个皇位还是借了儿子朱瞻基的光，至少借了一半，他最疼爱这个孙子。而朱高炽能够最终坐上皇帝的宝座，另一半是靠了他的祖父朱元璋的力量。朱高炽虽然不得父亲朱棣的喜爱，但朱棣标榜他是他爹的好儿子，事事都是按照祖训来行事的，包括那个当时被视作“篡逆”的靖难，他也说是奉天靖难，是朱元璋《皇明祖训》上立的“清君侧”的规矩。所以，朱棣对这个儿子虽然不很待见，但是，一旦废了，朱元璋的老脸怎么办？
再有，朱高炽的母亲徐皇后很喜欢长子，徐皇后是明朝开国功臣徐达的女儿，以贤惠著称，有人把她比作唐太宗的长孙皇后，这自然是牵强附会了。不过，朱棣夫妻感情很深厚，徐皇后死后，朱棣不再立后。朱棣准备封小舅子，就是为了给朱棣通风报信被建文帝杀害的徐增寿为世袭的定国公，徐皇后不同意，恐怕家族太盛，容易招怨。朱棣虽然没有答应，但是，“心甚贤之”。徐皇后这一点倒是很有些大家的风范，朱棣起兵，北平只有徐皇后、朱高炽母子留守。所以，徐皇后一直很喜欢朱高炽，直到临死前，还嘱咐朱棣要善待儿子。
千秋功过
宽刑省狱，重用贤臣；重农恤民，洁身自好
宽刑省狱，重用贤臣经历了长达20年的并不平静的太子生涯，朱高炽即位后在政治上励精图治，想要有所作为。朱高炽之前的近60年，自太祖开创基业以来，虽然战事不断，屡兴大案，但是经过几十年的休养生息，国家版图已定，经济得到了初步的恢复，国家逐渐走上正轨。仁宗朱高炽在此前经营积累的基础上，继续采取重农、用贤、惩贪的一系列政策，加之仁宗本人仁厚，政治环境宽松，由太祖、成祖时期的严急趋向于平稳，大明王朝在平稳中呈现出上升的势头，开创了“仁宣之治”局面，进入了明朝的鼎盛时期。
朱高炽的母亲徐皇后是徐达的女儿，贤良淑德，喜欢读书，人称“女诸生”。在母亲的教育下，朱高炽自幼端重沉静，言行得体。朱高炽喜好学问，让儒臣给他讲授经史典籍，很少有缺席的时候。可能是受到儒家学说的影响，朱高炽形成了仁厚的性格。一次，朱元璋命朱高炽与秦、晋、周三王的世子分别检阅守卫四城的士兵。其他三位世子回来很久了，朱高炽才最后一个回来。朱元璋有些不高兴，问朱高炽怎么用了这么久的时间。朱高炽对曰：“清晨太冷了，我等到他们吃过早饭之后才检阅，所以回来晚了。”之后，朱元璋又命他们分别批阅章奏。朱高炽只是将那些关系到军民利病的奏章向祖父陈奏，对于文字有错误的没有陈奏。太祖朱元璋问朱高炽是不是疏忽了，没有看出错误的地方。朱高炽说没有疏忽，只是认为这些小错误不重要，君主应该关心百姓的疾苦。太祖朱元璋非常高兴，夸朱高炽“有人君之识”。
朱高炽登上皇位后，顺应时代潮流，针对朝政的弊病，采取了一系列减轻民困、调整统治阶级内部关系的措施，开始了他的一系列仁政改革。
“仁政”对于明初的士大夫们来说，实在显得有些陌生。自从明太祖朱元璋登极称帝，实行的便是“刚猛之治”。那些将功臣宿将诛杀殆尽的大案冤狱，人们还记忆犹新。明太祖死后，建文帝登极，这位近于懦弱的青年皇帝也曾想实施“仁政”，但却被燕王朱棣发动的夺位战争所替代。当朱棣从手中夺得皇位之后，那些追求“仁政”的士大夫们遭到了空前残酷的迫害，恐怖政治代替了理想中的“仁政”。出生于明太祖洪武十一年（公元1378年）的朱高炽，几乎亲眼目睹了这一切，坎坷的经历使他更加感到了“仁政”的可贵，因而执政之后便从多方面进行改革。
明仁宗洪熙元年（公元1425年）三月，朱高炽下诏严禁官吏滥用刑法，处理案件要依据事实，依据法律，秉公办案。诏书中说，刑法的作用是要禁止残暴邪恶，引导人民向善，而不是专门用来杀人的；所以，今后断案都要依律拟罪。办案部门不得鞭打囚犯，不得使用宫刑，有敢自宫的人以不孝论处；除非是谋反大罪，其他罪行一概不许株连亲属；对于民间议论，不许以诽谤罪加以压制；如果皇帝因为过于嫉恶而法外用刑，那么法司要上奏劝阻，五次上奏不得可，须同三公、大臣联名上奏，必须等到皇帝答应停止为止。这是一道让臣下和老百姓欢欣鼓舞的诏书。
仁宗常说：“国以民为本，国安民为本，民安则国安。比年牧守不体朝廷恤民之意，侵削扰民，民不聊生”。于是“遣御史分巡天下，考察官吏”，并要求御史汤荧等做到：“无惑于小人，无屈于势要，无私于亲故”。明仁宗洪熙元年（公元1425年）正月，仁宗派遣布政使周干、按察使胡概、参政叶春巡行应天、镇江等八府，“其军民安否，何似何弊当去，何利当建，申求其故，具以实闻，尔等必公必勤，毋徒苟应故事，庶副朕忧悯元元之意。”
当时，左都御史刘观掌管督察院，与其子刘辐、刑部侍郎许惟、御史严皑、李纶等人勾结，玩弄权术、贪赃枉法，包庇不法豪强、为重犯减刑。整个中央机构深受刘观等影响，奢靡成风。杨士奇指出：“贪风始永乐末，今更甚！”明仁宗洪熙元年（公元1425年）五月，仁宗朱高炽谕“吏部慎选御史，以清风纪，咨访可任都御史以闻”。这表明仁宗朱高炽业已开始着手整顿监察机构，重新选任御史，以澄清吏治。
另外，在政治上，明仁宗朱高炽赦免了建文帝时的旧臣和成祖时遭连坐流放边境的官员家属，允许他们返回原籍；平反冤狱，使得许多冤案得以昭雪，如建文朝忠臣方孝孺的冤案，永乐朝解缙的冤案，都在这一时期得到平反，并恢复了一些大臣的官爵；选用贤臣，削汰冗官，任命杨荣、杨士奇、杨溥“三杨”辅政；修明纲纪，废除古代的宫刑；对于流民一改往常的刑罚，采取妥善安置的做法。成祖朱棣朝纲独断，难免有些武断和粗暴，往往因为小事就将大臣逮捕下狱，甚至动辄杀戮，因此朝廷上下多不敢言。仁宗朱高炽即位后，选用一批品行端正、德高望重的大臣，如杨荣、杨士奇、杨溥、金幼孜等人。仁宗朱高炽仁厚，多次颁布诏令，让大臣们直言，辅佐朝政。朱高炽先后赐给蹇义及杨士奇、杨荣、金幼孜、夏原吉等人银章各一枚，上面刻有“绳愆纠缪”字样，告诫他们要齐心协力参与朝政，凡是自己错误的地方，他们可以用此印密封进呈。