土司制度始于元代。元至元间，在边陲之地设吐蕃宣慰司，由吐蕃头目自行管理。明朝沿袭之，改为世袭制。隶属兵部武选司。
岷州宕昌土司马氏为汉马援之后，源于陕西扶风，至晋，谪戍四川黎州安抚使安置。元至正间，马征因防守哈达川九族，授指挥使职，遂家岷州卫，即岷州城南120里之宕昌。
明洪武四年正月，马征之子马珍被调赴京。马珍于明初即归附朝廷。洪武三年四月，岷州南路木家等七族藏族同胞出没为患，马珍屡奉文剿抚，其地少宁。以功而奉调赴京，领授品字七八号诰命：“朕以威武定天下，凡慕义来归者，皆授之以官，塍兹生番之要。尔马珍，世袭其职，当我师西征，即能来附，朕因嘉之。今擢尔武职，令子孙世世承袭。加尔昭信校尉，管理木家七族百户事。”
陈启生《宕昌历史研究》，对马土司家族研究颇多详尽。马珍初为土司，只是百户校尉官，属正六品，其管辖范围为木家七族。之后的历任土司皆为武将，颇能领兵打仗，其管理范围也随之不断扩大，由七族而至于四十五族，由宕昌近邻而至于白龙江南岸，世袭土司达五百余年。治边守土，延之两朝。
据《宕昌历史研究》载，宕昌土司管辖范围的扩大有三个明显阶段。
明洪武至嘉靖年间，平定宕昌城近郊番族。此乃宕昌土司势力范围初步形成时间。征剿与抚慰兼用，以征剿为主。其管辖范围包括今官鹅沟、大河坝沟、簸箕油房沟番族地区。
明永乐十五年（1417）十一月，首次平定常哈族之乱。洪熙元年（1425）八月，平定岳藏堡等番族之乱。天顺七年（1463），平定力节等番族之乱。嘉靖二十八年（1549）七月，平定六忍（今鹿仁）、常哈（当为铁力哈，今临江铁谷里）番族之乱。嘉靖四十四年（1656），平定着札族（当今簸箕申札）之乱。
万历至清康熙年间，向周边地区发展。其辖区扩展到今南阳、临江一带，管理土族32族、处。万历十九年（1591）九月，平定良恭草川（今兴华境内）过境匪患，委托宕昌土司管理草川地方。万历二十五年（1597），“又蒙委防守凉（良）恭地方”。到了清朝的顺治九年（1652），硙子坝（今兴化境）数处居民乃获所请，愿改属宕昌土司管辖，兼管临江（今南阳杨集）、汤瓦（今宕昌）二里百姓并五寨居民。康熙四十一年（1702），马土司管辖范围“管中马番人一十六族，把守隘口一十六处。东至硙子坝与礼县交界八十里，南至西固交界六十里，西至柏杨林与赵廷贤交界四十里，北至麻龙、闾井与头目赵子英、后君遴交界九十里。”
清康熙至咸丰年间，向白龙江南岸发展，其辖区包括今宕昌沙湾南岸及连片的舟曲藏民地区。康熙四十八年（1709），参与镇压八楞（今属舟曲）藏族同胞起事，八楞归顺的34族归宕昌马土司与黑峪（今舟曲境）黄土司管理。咸丰年间，宕昌土司与卓尼土司互为联姻，卓尼土司将所属三角坪、武坪（均在今舟曲境）作为嫁妆陪赠给宕昌土司。
据马土司家谱载，宕昌土司武能治乱，文能施德。历任土司皆为识文习礼之辈，既懂得诚信服众，又能体恤民众。马珍“慕宋丞相范公（仲淹）之风”；马国辅“幼英敏，善属文，多才智”；马国栋在边境安静，上下无事时，“日与游人达士畅饮怡情，百姓部卒，劝课农桑”；马任远“登贤书”，为武举人，“攻孙、吴之书，缵伏波之业”；马天骥为“翩翩出众之英”；马干“少业儒，通书史，入泮”等等。马氏家训是他们身体力行的家规，也是治民理政的一面镜子。家训中“训番化野，殚其多方”，“事上下”，“祖德攸彰”，“仁人世守，宫箴孔长”等训语，最能体现他们的治民之策，“马氏功绩，有造于民社者，自昭昭在人心目间。”始祖马珍遵循“诚信抚众，士人谳决者，多往质之，平服而退。且慕宋丞相范公（仲淹）之风，婚娶有赏，丧葬有助，以故众多爱戴，劝农课桑”；马国辅“赏罚明信，不吝施予”，“讲礼义化民，劝农课桑”；马国栋“厘牧汉吐蕃民，代完国税，计熟而后取之，视贫乏者免之，物不求盈，恩泽之大，军民佩戴，所以他乡民庶乐为归附”。正因为此，万历之后，辖内民众几乎很少有作乱者，所用兵者，又几乎都是辖外的军事行动。奉调岷州、阶州、迭州、西固、文县、西和、礼县征剿叛乱，足迹几乎踏遍陇南全境，成为朝廷镇边守土的一支重要军事力量。
宕昌土司世袭二十一任，官至指挥使，属正三品。
马珍首任百户土司，正六品。洪武五年阵亡，其弟马虎蛮袭职。
马虎蛮，珍胞弟。因征剿常哈、岳藏等族有功，复迁祖父马纪指挥使职，正三品。洪武二十九年（1796）十一月，马虎蛮随同岷州卫指挥马铧征剿迭州番阵亡。其子马进良袭父指挥使职。
马进良，第三任土司。永乐十五年（1417）十一月，岷州常哈族番为患，前往征剿。洪熙元年（1425）八月，岷州岳藏堡等族番乱起，马进良率亲丁部属千人进剿，番众迎战，斩其魁，余番悉降。宣德五年（1430），马进良卒，其子马都宗袭父指挥使职。
马都宗，第四任土司。天顺七年（1463），岷州立节族番叛。马都宗率丁征剿，受重伤而亡，其子马成袭父指挥使职。
马成，第五任土司。成化二十一年（1485）四月，阶州苟家坪、青石山等番乱，马成征剿获胜。后与力节等番族连战数日，中风回家，以防边不慎，谪降百户职，复为六品。马成卒，其子马应龙袭百户职。
马应龙，第六任土司。正德九年（1514）三月，岷州大峪沟番族叛乱，马应龙率部为官兵前哨引路，会同征剿。嘉靖十年（1531），马应龙随洮岷兵备道征剿阶州黄鹿坝番乱，叛番溃逃。嘉靖二十年（1541）四月，文县洋淌生番为患，洮岷兵备道委调马应龙率部深入番境，抚化归顺。文县知县张某为之庆功。嘉靖二十八年（1549）七月，岷州南路六忍、常哈等番时出扰害。马应龙遣通事（翻译）抚调番首失木肖等十余名，各赏银牌一面，喻以王法利害，各思畏惧，均愿归降，受其统辖。马应龙应功授武略将军。
嘉靖三十一年（1552）三月，岷州拉答族番扰乱地方，洮岷兵备道委派马应龙会同官兵剿抚。赶至脑后山与番交战，官军获胜。马应龙卒，马世福承袭其父武略将军职。
马世福，第七任土司。年富力强，弓马惯熟。嘉靖四十一年（1562）十二月，宕昌忍藏族番出没为患，马世福率本部征剿获胜。嘉靖四十四年（1565），宕昌因札族番出没为患，马世福率兵征剿，番人降顺。万历四年（1576）六月，岷州作布沟番族为害。马世福领所属征剿，在娘娘山相遇交战，斩番数人。又有忍藏族番为患，马世福率部征剿，获胜。万历六年（1578），关子木沟番作乱，马世福四更相遇，夺获所抢人畜。万历十三年（1585），岷州拉达族番为患，马世福率部赶至岗沟坪与之对敌，获胜。万历十九年（1591），岷州良恭防守尚勇呈报，不知何族寇在草川地方抢掠人畜。马世福率所部征剿，番人溃逃，乃令世福管理草川地方。万历二十二年（1594），马世福卒，朝廷加授武毅将军，从五品。其子马存仁承袭父职。
马存仁，第八任土司。万历二十四年（1596）四月，岷州忍藏等九族生番为患，杀伤官军史向等。洮岷道令马存仁为先锋，同土司赵世清、庞指挥等协助张守备进剿，平定之。同年十月，阶州杀贼桥番族为患，马存仁率所部会同官兵进剿，降顺。万历二十五年（1597），宕昌六忍、立节二族番变乱，马存仁率所部随同洮岷兵备道官兵进剿，大破之。同年十月，矿工党伙劫掠宕昌地方，马存仁进剿，生擒数十名。因病去世，赠明威将军。其子马国辅袭父职。