马国辅，第九任土司。辅幼英敏，善属文，多才智，赏罚明信，不吝施予，因管理有方，边疆无事，番夷率服，日与亲丁演骑习射，讲礼义化民，劝农课桑，保守地方，以尽其职。天启六年（1626）病逝。授明威将军。其弟马国安袭职。
马国安，第十任土司。天启六年（1626），礼县包大王作乱，马国安率所部同会岷州卫官兵平乱，交战于潘家坝，官兵大捷，乱平。崇祯五年（1632），病逝家中。其弟马国栋袭职。
马国栋，第十一任土司。崇祯十五年（1642）春，岷州外黑峪黄高僧叛变朝廷，率其党徒抢掠宕昌脚力铺、哈达川等处地方。洮岷道牛副总兵、阶文柳参将会同马国栋等征剿。进至占藏里，斩获叛番首领数十，番众败遁后山。后又纠合任藏等族复出，在颠角寨、师婆寨等地大肆抢掠，阶州参将调西固高守备、岷州李守备及宕昌马国栋征剿，斩杀数百，各寨恢复。清顺治二年（1645），原明将蒋登雷从岷州起行，至宕昌叛变，洮岷兵备道副使道向，委国栋征剿，率丁卒追至秦家峪击败。顺治三年（1649），文县白马峪土民为患，开拔两城，残掠人民，韩守备、张知县会请肃王征剿，时饬令侯副总统国栋等至文会剿。土民患胡登旺等断桥拒险，国栋谕以投顺得生，代为请命之语，仍令归去，夜即浮渡精兵数百，进其不意，努力决战，捣其巢窟，土寇遂平。顺治四年（1650），回族同胞为变，陷岷州。总兵孟札委国栋协同赵、佟二副总，领兵剿除。国栋即夜赴，时岷城已陷，与回接战梅川，破之。顺治九年（1652），西和高、石旗反清地方势力占领宕昌良恭地方，进扰临江铺卧台头。岷州守备会同国栋领兵镇压。时硙子坝数处居民愿附宕昌土司，屡呈洮岷兵备道，乃获所请，兼临江、汤瓦二里百姓，并五寨居民粮赋均由马土司管理。顺治十八年（1661），马国栋及群众600多人捐助，和尚郭备义募化，石匠姚义等投工，历时三秋，修通礼县闾井里草坝五行山山崖道路，并立《礼县闾井里草坝修路碑记》。康熙十三年（1674），马国栋随靖逆侯张勇讨吴三桂叛军有功，朝廷授以明威将军执照，委防宕昌。国栋又捐助军饷2000石，草5000束，支给防御官兵。朝廷嘉奖，康熙帝特赐御笔“功高卜式”匾额。康熙二十三年（1684），马国栋病逝。因长子马任远时任文县守备，其长孙马天骥袭职。
马任远虽未承土司职，却是相当土司的马氏重要人物。康熙丙午科举人。十三年赴京会试。考职还，从张提督效用，谓其忠谋能断，镇静缜密，提督甚奇而赏之。初主洛门，治阵肃伍，屡树功绩，敌亦知名惊服。康熙十四年（1675）冬，任文县守备，驻防宕昌事隘，堵御逆贼。十五年委马任远硙子坝、石门、窎草坝要隘地方。秋七月，奉命进取阶文。招获逆兵一百余名，并马匹器械。抵西固，招安伪守备一员黄，伪州同一员吕，守御所掌印苏等。进攻阶州，对垒四十余日，因粮草不济而调回宕昌驻防。康熙十七年（1678）春，会同官兵进剿贼寇，领兵追袭，阵斩伪守备一名白肖儿，并获器械。十八年（1679）二月，奉命为兵马云集宕昌，修造营房二百间，并坍塌城垣、垛口。秋八月，会同官兵进取阶文地方，恢复西固，招获伪游击1员韩，伪州同1员吕，伪守备所守备1员毛，伪守备以及千、把总等官数员，兵400名，并印信、器械、马匹。抵阶州领兵由牛头关一路进征，恢复文县，逆贼闻风逃遁四川。大兵云集，粮草不济，实难支持。任远曰：“吾守此土，民即赤子，忍令困扰乎！”乃禁兵不得滋掠，大张晓示，令各归业，百姓叩头感泣，归输环集。乡绅父老，制绵颂德。康熙十九年（1790）五月，奉敕捐马二匹，送四川巡抚充裨驿站。八月，又捐马六匹。恩威兼济，属吏不敢欺，军士秋毫无犯。时勤检阅，年伍积习，顿为改易。凡系地方利弊，兴革咸宜，士民甚德焉。受职三十年，西征北讨，更任文县、怀远、松潘游击，未获赴任，又题补南川专城，其尽力疆场，有功社稷者，不可屈指数矣。逝年五旬有七。长子天骥承袭祖职。次子天驷业儒，翩翩出众之英也。五十五年，征口外，功加守备。四十一年，题补阶州左哨把总。四十二年，升洮协左部千总。
马天骥，第十二任土司。康熙四十八年（1709），因剿抚杀贼桥黑番有功，颁发指挥使印，正百户印。康熙五十九年（1720）病逝。其子马绣袭父职。
马绣，第十三任土司。乾隆二十三年（1757）病逝。其子马映星袭父职。
马映星，第十四任土司。嘉庆四、五两年，川楚贼匪窜入岷属，映星带领家丁藏族同胞堵御，长子马干带伤，次子马震、堂弟马应碧同时阵亡，并阵亡家丁5人。嘉庆十七年（1812）十一月十五日故。其子马干承袭其职。
马干，第十五任土司。嘉庆二十四年（1819）五月，蒙总督长龄题奏，赴京祝寿。八月十二日，在热河狮子园接驾，十三日引见一次，蒙恩赏蓝顶、朝珠、蟒袍、补褂，照四品赏银四十两，并袍褂、靴、袜、品级大垫以及大小荷包、秋帽、纬缨等物。又蒙站班三次，听戏、看烟火二次，赏刻食等物。召见一次。十六日，蒙天恩赏戴花翎，加正四品。又蒙赏金丝大缎及各色缎匹，并名物等。十九日，叩谢，又蒙赏大缎并各物。二十日自京起身回家。映星少业儒，通经史，入泮，长习武事。为人谦恭好士，明察能断。自任事以后，爱民如子，理家有条，治民有法，恩威兼济，番汉戴之如父母。自京回，日以课子，闲则棚射。各隘口及番汉地方，赖以无事，以乐天年。道光十四年（1834）十一月十四日告终。其子马广臣袭职。
马广臣，第十六任土司。道光二十四年（1844）十一月，杀贼桥后山武坪等族藏族同胞不安，禀报岷州，蒙正堂陈希皋公差州役数10名，广臣亲领家丁、番役前往剿抚，驻扎武坪族番僧寺上，十四日对敌，砍杀贼首川客加纳及道哈等5名。余各百姓，系俱良民，因先感于贼首之言，是以变乱。至贼被杀，皆投顺。民各泣诉冤情，广臣用好言抚谕归农，恩赏之。道光二十六年（1846）四月二十三日病终。其子马荣承袭父职。
马荣，第十七任土司。去世时间无考。其子马承烈承袭父职。
马承烈，第十八任土司。娶卓尼土司杨作霖女为妻，杨土司将所属三角坪、武坪两地作为嫁妆陪赠，宕昌土司辖区扩大至白龙江南岸。光绪三十一年病故。
马继贤，第十九任土司。承烈堂侄。光绪三十二年（1906）由岷州署批文任土司。
马呈瑞，女，第二十任土司。马承烈侧室张氏，马培德养母。民国五年（1916）获北京政府批文任土司。三角坪、武坪藏族同胞种植鸦片，她身带批文去现场禁绝鸦片，获奖并由省督张广建亲题“惠敷粉社”匾额。通文墨，善说理，待人接物不受封建礼教约束。民国十五年（1926）告退，其（养）子马培德继任土司。
马培德，第二十一任土司。1925年毕业于兰州讲习所。改土归流后，原所辖番藏村落改立西津乡，任乡长。1936年成立岷县第五区，任区长。1935年，甘肃省主席朱绍良聘为省参议。1950年10月1日为甘肃省第一届各界代表大会代表。
据《皇清职贡图》载，马土司所辖番族，其服饰与文县番族略有区别：宕昌藏族同胞男毡帽插鸟羽，妇披发，额抹红。兰褐布，杂缀银花玉石，耳垂大环，短衣褐裙，亦有长衣无裙者。文县番男帽插鸡翎，常挟弓矢以射猎为事。番妇以布抹额，杂缀珠石，衣五色褐布缘边衣，近亦多有效民间服饰者。
土司制度是统治阶级借以统治少数民族的工具，它维护了对少数民族地区的政治稳定，推动了中原经济文化与少数民族地区经济文化的交流。但其根本目的是为了加强对少数民族的奴役，造成严重的民族歧视和隔阂。随着经济社会的发展，废除土司制度是一种历史的必然。