工作的得心应手，恩师的鼓励和肯定，让李鸿章宛如一只找到了组织的迷途羔羊，他深感：“从前历佐诸帅，茫无指归，至此如识南针，获益匪浅。”
李鸿章曾对其部将刘秉璋说过：
吾从师多矣，毋若此老翁之善教者，其随时、随地、随事，均有所指示。虽寻常赠遗之物，使幕府皆得见之，且询其意。是时，或言辞，或言受；或言辞少而受多，或言辞多而受少；或取乎此，或取于彼。众人言毕，老翁皆无所取，而独抒己见。果胜于众，然后心悦而诚服，受化于无形焉。
在京师之中，曾国藩只为李鸿章授业解惑，两人并无更深的交集。而此时李鸿章就如同一个疯狂的崇拜者，恩师的一言一行都让他受益良多。二人一个是指南明针，一个是明日之星。他们看似一拍即合，琴瑟和鸣。但蜜月期一过，柔情蜜意遮盖住的矛盾便突显出来。
曾国藩弟子薛福成的《庸庵笔记》之《李傅相入曾文正公幕府》中有这样一则轶事：
曾国藩严于律己，生活起居颇有规律，每日黎明即起，巡查营房后便与幕僚们共进早餐。而李鸿章则习惯睡到自然醒，对于每日的晨课很是头疼，他坚持了一段时间后便想偷懒耍滑。
一日，曾国藩按日程表进行到共进早餐这一步骤时，发觉李鸿章缺席，他便派人查问下去，报上来说李鸿章卧病在床。如果遇到另一个人可能就此作罢了，但李鸿章碰到的偏偏是十分认真、执着的曾国藩。曾老师不光严于律己，也不打算宽以待人。他黑着脸发话道：“必待幕僚到齐乃食”，也就是你李鸿章不来，我们就全体绝食等你一人。
躺在暖和的被窝里的李鸿章听到这个消息，吓得跳出被窝“踉跄而往”，他跌跌撞撞地跑入营房，看到的是一脸黑线的众人和面无表情的老师，满面愧色的他悄声坐下来默默地进餐。这顿饭他吃得食不知味，整个营房也只能听见碗筷声、咀嚼声。
饭后众人退去，李鸿章一声不吭地等着老师训话，曾国藩端着茶慢慢地说道：“少荃，既入我幕，我有言相告，此处所尚，惟一诚字而已。”说完他便转身离去，留下李同学自己反思。李鸿章“为之悚然”，擦着额头上的冷汗，进行了深刻的检讨，从此之后“每日起居饮食均有常度”。
这番记载虽颇具戏剧性，细节上也难免有夸大之嫌，但晚年李鸿章也曾对曾国藩的孙女婿吴永说过：
我老师实在厉害，从前我在他大营中，从他办事，他每天一早起来，六点就吃早饭，我贪睡总赶不上，他偏要等我一同上桌，我没法，只得勉强赶起，胡乱盥洗，朦瞳前去过卯，真受不了。迨日久勉强惯了，习以为常，也渐觉不甚吃苦。所以我后来自己办事，亦能起早，才知道受益不尽，这都是我老师造就出来的……我老师总要等我辈大家同时吃饭；饭罢后，即围坐谈论，证经论史，娓娓不倦，都是于学问经济有益实用的话。吃一顿饭，胜过上一回课。
真是与君一餐，胜读十年。
曾国藩曾说过自己培育人才有两大要点：“一曰知人善任，一曰陶熔造就。”光善于识人远远称不上良师，只有懂得树人才可不辜负上苍降下的英才，曾国藩深知李鸿章才华出众，但也免不了恃才傲物，如此血气方刚、锋芒毕露的人若要堪当大任，必须要经过磨炼。曾幕之中人才济济，左宗棠、李元度都“雄谋善辩”，曾国藩为了让李鸿章知道人外有人、天外有天，经常让他们与李鸿章“争口舌之长”。璞玉只有“使玉人理其璞”才能“得宝焉”，在老师“随时、随地、随事”的指导下，李鸿章飞速成长，渐得老师的真传。李子渊的《合肥诗话》中记载其先伯曾祖少荃公：
每日盥毕，据案作书，临摹《怀仁圣教》数百字，饭罢，必绕廊徐行数百眇，历数十年，虽笃老未尝或辍，其坚定有恒，亦秉曾公之遗法也。
生活规律、严谨，做事持之以恒，这不俨然就是另一个曾国藩吗！
遇到知人善教的曾国藩是李鸿章的幸运，而遇到才识过人的李鸿章何尝不是曾国藩的幸运？武林宗师都期盼能有个出众的弟子来接其衣钵，曾国藩也愿意得到一个能薪尽火传的门生。
咸丰十年（1860）二月二十七日，李秀成率部攻破杭州。闰三月，太平军再次击溃江南大营，提督张国梁、钦差大臣和春先后毙命。四月十三日，李秀成会合李世贤军占领苏州，江苏巡抚徐有壬身亡。东南局势已是糜烂不堪，咸丰顿感手足无措。遍观满朝文武，只有曾国藩能为他遮羞挡丑了。无奈之下咸丰只得放下远虑，先解近忧，于四月二十八日授予曾国藩兵部尚书之衔，并着其署理两江总督。不久，咸丰又实授其为两江总督，节制江、浙、皖、赣四省军务，官至一品。
自办团练、历时九载、几经沉浮，始终不能得以舒展。如今终于可伸出头来喘口气，曾国藩自是感慨万端。升迁自是喜事，可最重要的是实权在握，不用再处处看人脸色，受人节制，大展拳脚自是指日可待。
俗话说“一木不成林，百花方为春”，曾国藩从来不是独乐乐之人。曾幕中向来人才辈出，他的部下几乎都经过他的举荐，其中有二十六人成为督抚、尚书……有五十二人成为三品以上……此外道员、知府、知州、县令，更是数不胜数。这一次也不例外，成为一品大员后他立刻上书保举了两个人，那就是李鸿章和黄翼升。
他提议任命李鸿章为两淮河盐运使，黄翼升为淮杨镇总兵。经过一年多的考察，曾国藩越来越看重李鸿章，他认为李鸿章“办事之志甚坚，即千磨百折，仍当埋头做去，期于有成而后已”。所以他在奏折里称赞李鸿章“劲力内敛，才大心细”。李鸿章也确实配得起这些赞许，曾国藩稳重谨慎，凡事思虑周详，但难免就容易犹豫不决，举棋不定；李鸿章则思维敏捷、做事果敢，常能当机立断地助曾国藩做出抉择。曾国藩曾致信郭嵩焘和郭昆焘道：“此间一切取办于国藩与少荃二人之手。”还曾在给沈葆桢的信中写道：“少荃在敝幕半年以来，巨细皆出其手，刻无暇晷。”也就是说李鸿章勤勉至极、事无巨细均能担当，在曾幕绝对称得上骨干力量，堪比曾国藩的左右手。
恩师的一力抬举，李鸿章自是感恩戴德，但咸丰却未识珠玉，只批准了黄翼升的任命。好事总会多磨，况且晚一点走上舞台，并不妨碍李鸿章将来的大放异彩，重要的是他现在已经走在一条正确的道路上。
今天安徽祁门的牯牛降被称为“华东最后的原始森林”，而在咸丰年间，祁门县内更是林木繁茂，青山相连。而从咸丰十年（1860）六月十一日起，曾国藩便率军驻扎于此。
粮草乃兵家大事，祁门靠山却不依水，在陆地运输极不发达的时代，一向以水师为后援的湘军据于此等于是自断生路。李鸿章认为“祁门地形如在釜底，殆兵家之所谓绝地”，所以他提出“不如及早移军，庶几进退裕如”
的建议，他的意见也是曾幕之中每个人的心声，“幕府诸人咸尼其行”。曾国藩向来虚怀若谷，但这一次他却一意孤行，坚持己见，对李鸿章们一而再再而三的陈词，他竟斩钉截铁地答道：“诸君如胆怯，可各散去。”对于别人眼中的“绝地”，曾国藩为什么会如此留恋？在曾国藩的笔下祁门是这样的：
层岩又叠嶂，较之湘乡之云山，尚多四倍。泉甘林茂，清幽可喜。每一隘口，不过一哨，即可坚守，并无须多兵也。
曾国藩出了名的好“结硬寨、打呆仗”，而难攻易守是祁门的关键词，曾国藩俨然已经把这里看成是集居家、旅游、安营扎寨为一体的胜地。所以祁门的每一处缺陷在他的眼中都成了优势，在他看来此处一夫当关、万夫莫开，是根据地的最佳选择。曾国藩老成持重，善于步步为营，他想以此为根据地，“固上游以规下游，防三省以图吴会”
。正是因为这样的想法，才有了后来的“诸将皆谏弗听”、“誓死守”，将坚守祁门进行到底的种种。
人一旦钻入牛角尖，便更容易做出错误的选择，曾国藩就又一次以实践检验了这一真理。
驻于祁门之后，曾国藩将李元度派往徽州前线。此时的徽州就等于祁门的大门，大门一旦打开，祁门则危在旦夕。而李元度却是一个“文人大言”
的人，他文才有余，将才不足，好宽纵属下，军纪松懈，如此之人被派往前线，结果可想而知。
李元度八月十四日赴徽州，二十五日徽州便告失陷。只十来天的工夫，他便把徽州的守门权拱手让人。
为什么一向坚不可摧的湘军会如此不堪一击？让我们看看李元度的军事策略吧！到达徽州后，他便摒弃了曾国藩的“坚壁自守”的方针，“平江营十六到，十七、八、九不令扎营。”“皆散乱于沙洲之上”。如此一盘散沙之态，怎能有得胜之事。李元度书生意气、头脑发热，只想着建功立业，杀敌立功，在无任何把握的情况下便出城迎敌，最后却是士卒不听号令，溃不成军，至使八月十九日丛山关失守。
曾国藩得知此讯后，“为之竟夕不寐”，立即派出四营两千多人前去支援，并指示其将援军置于城外，以护卫道路。但是援军二十一日刚达徽州，“日行一百二十里，锅帐担子必全未到，兵勇未吃饭”，便被李元度派至离城四十里处安营。曾国藩得知之后，又写信告诉他一定要“虚心静气，专办扎营买米二事，不可再躁”。
但是李元度却无视主帅的将令，非但不深挖壕，广囤粮，反而将援军驻扎至离城甚远的牌头村，无法相互照应，然后每日出队巡逻，致使湘军遭遇优势敌军后，一败涂地。
曾国藩此时已无法再信任李元度，他紧急调拨主力鲍超部前去救援，但一切晚矣。二十六日“夜二更，闻徽州廿五日申刻不守，次青不知下落”。曾国藩又是“竟夕不寐”。
更过分的是，丢了城的李元度并没有回营向曾国藩请罪，而是让人不知其“实在下落”，使得曾国藩“殊为凄咽”
。这一切让曾国藩悔恨不已，拍遍了祁门的栏杆，也无解他心中之忧愤。忧的是李元度生死未卜，恨的是其不堪大任，悔的是自己用人不当。既是用人不当，曾国藩决定担失守之责，所以上奏天听称是自己“调度无方，咎无可辞，应请旨交部议处”。
从二十七日失去音讯后，直到九月六日，曾国藩才有了李元度的消息。这天清晨，他接到李元度于二十六日，也就是破城之后发出的信件，信中“多怙过饰非之词”。这让曾国藩彻底失望了，他认为李元度“殆不足与为善矣”。
也就是说，李元度的狡辩之词、推卸之风让曾国藩不齿，认为其是一个没有担当、不思悔改之徒。至此，曾国藩决定上书劾之，决不宽恕，以儆效尤。
那么，让谁来拟这封弹劾书呢？曾国藩马上想到了一向贴心的李鸿章。谁知这次李鸿章却一反常态，不再唯师命是从，“率一幕人往争”。不但如此，他还耍起了牛脾气，胆大包天地撂了挑子，宣称“果必奏劾，门生不敢拟稿”
李鸿章如此一反常态，应该是由此及彼，感同身受之故。
相比曾幕中的众人，李元度与曾国藩更为资深情重。他是曾国藩的“辛苦久从之将”，从道光三十年（1850）便一路追随曾国藩，陪其走过了风风雨雨。
曾国藩也认为：
次青于我，情谊之厚，始终不渝。岳州之败，星驰来赴。靖港之挫，从人皆散，次青追随贱躯，不离左右，出则呜咽鸣愤，入则强颜相慰。浔郡之败，次青耻之，恨贴身尚无劲旅，亟欲招勇，自行训练，以卫护国藩之身。斯二者，皆国藩所镂骨铭心者也。
也就是李元度与我感情深厚，从未改变。当年岳州兵败之时，他星夜赶来，我受靖港之挫时，众人都离我而去，只有次青对我不离不弃。在我面前强颜欢笑，以慰我心，浔郡之败时，次青又屡屡为我招募亲兵，以卫我身，这些事我刻骨铭心。
曾国藩的这番话清楚地道出了李元度对其情深义重、天地可鉴。
中国是一个人情社会，人与人交往，感情往往列于第一位，这才有了门生、故旧之说。在李鸿章看来，李元度与曾国藩之情，曾幕之中无人可比。但即使如此，一旦兵败他便受到如此严惩，实在让人心寒。物伤其类、兔死狐悲，李元度的今天很可能就是他们的明天。
况且，李鸿章早就看出李元度：“其血性足以干事，而知人则不甚明；其才识足以谋事，而带勇则非所长。”李鸿章都能看出的问题，一向知人善用的曾国藩怎会不了解？要不然他也不会在李元度前往徽州之时与其约法五章：“戒浮；戒过谦；戒滥；戒反复；戒私。”也就是耳提面命、絮絮叨叨地告诉李元度要治军严谨、用人得当，不要朝令夕改。明知李元度不善用兵，有阿喀琉斯之踵，还将其置于门户之地，那么战败这一后果主帅自然难辞其咎。如此一来，李鸿章自是心怀不满、愤愤不平，才有了前头带头闹事，撂挑子的一幕。
曾国藩看着意气用事的李鸿章很是恼火，他提起笔来决定“自属稿”。李鸿章本以为曾国藩定会如以前一样从善如流，不想他不但执迷不悟，还要亲笔弹劾自己的亲密战友。这让李鸿章一时怒气冲天，他脱口而出道：“若此门生亦将告辞，不能留待矣。”也就是要是这样我也不再侍候您了！曾国藩怎会听得了这样的要挟之词，他一摔笔硬邦邦地甩下一句“听君之便”，便拂袖而去。
事到如今、话已至此，李鸿章只能背起行囊，踏上归途，这便是曾李二人唯一的一次分手。
李鸿章在咸丰十年（1860）十一月下旬离开了祁门，不知道曾国藩有没有祝他一路顺风。但是在九月十二日的日记里他写道：
日内因徽州之败，深恶次青，而又见同人多不明大义，不达事理，抑郁不平，遂不能做一事。
而在原稿中，在“而”与“又见”之间有圈掉的“少荃”二字，可见曾国藩主要是认为李鸿章“不明大义，不达事理”。直到李鸿章离开祁门，曾国藩的日记中再也没有见到二人交流的记载，可见此时两人之间裂痕已深。
在曾国藩的一生当中，每当他遇到生死存亡之时，都会立下遗嘱准备殉节。他向来推崇顾炎武的“士而不先言耻，则为无本之人”，他认为廉耻是士大夫安身立命之根本。并且曾国藩选将十分注重其个人品质，他所选的下属必须要有“忠义血性”，湘军的特色是“上马杀贼，下马讲学”。李元度此次弃城而逃对他来说是“大节已亏”，毫无血性可言，这已经突破了曾国藩所能承受的底线。所以他才坚持弹劾李元度。这对他来说何尝不是挥泪弹劾，何尝不是怒其不争！虽然曾国藩投入老庄门下后已经大彻大悟，“渐趋圆熟之风，无复刚方之气”，但是李鸿章在他焦头烂额之际没有站在他的立场，与他步调一致，还是让他忍不住大发雷霆。
而李鸿章向来认为“天下熙熙攘攘，皆为利耳，我无利于人，谁肯助我？
董子正其谊不谋其利语，立论太高”。也就是天下间皆以利为先，我若无利于他人，也不会有人帮助于我。董仲舒说做任何事情都是为了匡扶正义而不是为了个人的利益的立论太高，不易实现。所以在李鸿章看来利益远比大义要来得实在可靠。并且作为幕僚，李鸿章因为同仁的遭遇而产生了切肤之痛，所以在此事之上他意气为先、据理力争。在他看来情义并不逊于公理，一个不念旧情的主帅使得他心灰意冷。况且李鸿章对于曾国藩重用一个不如自己的人也心存不满，明知李元度不堪重任，也不起用他李鸿章，这让他心头也淤积一种无法言说的愤懑之情。所以这次他夹枪带棒，将所有的不满一并发泄出来。