曾国藩此时已无暇计较这些，因为只消让他重新出山，便是对他的最大恩赐，他不再向咸丰皇帝讨要实权，于六月初三接到谕旨，初七即迅速起程。不料石达开却很快回军江西、福建，又进入湖南围攻宝庆，以便进图四川。当曾国藩的好友胡林翼侦知这一消息后，便想趁机为曾国藩谋取四川总督的职位，说动湖广总督满人官文，让他上奏朝廷，并对奏折的内容详加指点，以期为曾国藩争取到总督的地方实权。但是咸丰皇帝于咸丰九年五月二十一日做出谕旨，只令曾国藩带兵入川，却绝口不提川督之事。咸丰皇帝算是认准了一个死理，就是不给曾国藩实权，经曾国藩举荐的塔齐布早就做了从一品的提督，如果说因为塔齐布是满人，那么收回的巡抚却反手给了同为汉人的陶恩培，也许看中的是陶是曾国藩的对头，陶恩培上任没多久，便因武昌城陷而自杀，这巡抚又给了胡林翼，且不说当初投靠曾国藩时仅为一从四品的知府，居然一年多点的时间便连跃五级，官居正二品，而且胡林翼虽说不是湘军嫡系，但说到底也是湘军，至于当初仅以从六品的千总为曾国藩所招募的水军统领杨载福更做到了从一品的提督，他可是地地道道的湘军嫡系，可唯独曾国藩这位湘军的创始人兼总帅却就是一味使用，而不赋实权。看来祁巂藻的那句提醒竟是这样的管用，让咸丰铭记在心，恪守不渝。不止于此，咸丰皇帝还进一步动用了心机，他面对湘军的日益壮大，知道离开湘军不成，却又心怀忌惮，于是他的防范策略便步步升级，先是以满制汉，然后是以汉制汉，最后又以湘制湘，这后者的要害即通过提拔曾国藩以外的湘军头领以达到分化湘军、孤立曾国藩的目的，其用心真可谓既深且阴。
可曾国藩是经过炼狱之人，他已经深谙柔道，初回军营所做的第一件事，就是拜衙，因为他已暗下决心，要同朽败的官场大施柔术，而对于至高无上的皇帝则更需要如此，他已然领悟到一个道理，官是不能要的，不给官也得做事，否则连做事的资格都被剥夺，将会更惨，但做事，必须量力而行，必须首先自己立得住，否则死无葬身之地事小，不仅个人的青云之志将尽付流水，而且于整个朝局都将构成损失。于是他于咸丰九年六月十八日上了《复陈防蜀缓急折》，谢恩、颂圣之后，即详陈兵力之弱及布防之难，正处顾此失彼的窘境，尤其眼下正全力谋取江西重镇景德镇，无暇抽身，而且“臣以区区万人入蜀，剿固不敷，防亦不足。孤军客寄，伤亡难补。以势度之，恐无裨于大局”，若非要入川，必须添水陆之师三万，而这后一点，在当时是根本无法办到的事情。因为曾国藩清楚地知道，倘若入川，必然陷入比在江西更惨的客寄虚悬的窘境，而且，四川距离平灭太平军的主要目标与路径更远。故此他打定主意，同咸丰皇帝周旋。可是咸丰皇帝却于六月二十九日、七月初二又连下两道谕旨，催促曾国藩入川。虽然其后的七月初四及七月十二日曾连发两道谕旨，令曾国藩就近增援安徽徽州或拨兵浙江建德，但直到八月十三日才最后做出“曾国藩缓赴川省”的决定。如此看来，从五月二十一日始命援川到八月十三日取消，其间经历了八十多天，在这八十多天里，曾国藩一是于奏折中申述理由，一是行动上消极迟缓，便拖出了一个机会，因为石达开没有拿下湖南的宝庆（今邵阳），只好撤兵广西，于是曾国藩极不情愿的入川的使命便被他给拖没了，并且结束了一年零两个月类似消防队长四处救火的流浪生涯，终于如愿以偿地回归武汉—九江—安庆—南京这一以上制下的主航道上来。
前文说到，曾国藩帮办团练以后历经五次大的转折，前四次都是拜石达开所赐，而这第五次，则是由太平军的后起之秀干王洪仁玕与忠王李秀成接替石达开完成。清军的江北、江南大营都各自经历了两建两破，其中最后对江南大营的攻破，便是洪仁玕与李秀成的得意之作。他们用的是围魏救赵之计，却比围魏救赵更漂亮，因为他们对魏不止于围，而且还破了。洪与李定计后，由李秀成奔袭杭州，吸引江南大营的清军分兵驰救，李秀成攻占杭州后，在城上遍插旗帜，以为疑兵，然后悄悄地撤离杭州，却又不是径奔江南大营，而是采用迂回战术，盘活外线，最大限度地调动清军力量四处剿堵，从而造成营外空虚，太平军集中优势兵力乘虚而入，形成合围，最后内外夹击，一举将江南大营攻破。
于是一场君臣间新的博弈再次上演。江南大营二次被攻破的时间是咸丰十年闰三月十六日（1860年5月6日），从这时起，直到当年七月下旬的三个多月时间里，君来臣往七八个回合，咸丰皇帝不再是上一次的不动声色，而表现为极度的急迫与无奈，而曾国藩则一反上次的沉不住气，而表现为坚毅如山，其原因恰在于形势已经发生了根本性改变。
江南大营的最后崩溃，标志着清廷在南方的绿营兵已经基本瓦解，由此彻底打破了清廷汉人卖命、满人收功的美梦，不得不转而依靠湘军独拯东南大局。主持江南大营的钦差大臣和春自缢、副帅张国梁战死，两江总督徐桂清逃往上海，随后被革职拿问。正是在这样的背景下，清廷军政双方所有的目光全都集中到曾国藩的身上。因为江南大营一溃，整个江苏南部即苏州、常州、无锡等地的形势都岌岌可危。于是杭州将军满人瑞昌屡次三番奏请咸丰皇帝调曾国藩前往救援，不惜建议咸丰皇帝给曾国藩以事权，借此激励曾氏以迅速前来挽救苏南溃局。面对国家经制兵在自己的眼前无可奈何花落去，咸丰皇帝只好转而寄望于湘军，而且四顾无人，不得不收起防猜之心，起用曾国藩，授予两江总督的地方实权。当然，在两江总督的任命上，咸丰皇帝也曾想绕开曾国藩而授予胡林翼，是首席军机大臣肃顺的建言令咸丰皇帝改变了初衷。由此让我们看了耐人寻味的一幕，即汉臣与满臣的相向转化，当初是汉臣祁巂藻建言唤醒咸丰皇帝对曾国藩的防范，如今却是满臣肃顺令咸丰皇帝放下对曾国藩的猜忌。这不难想象，汉臣若要巩固自己在满人皇帝心中的宠信，必须表现出十足的忠心，包括用牺牲同类来证明自己的忠心；而满臣则由于没有顾忌，反而更能看重对汉臣的使用。
与前次相比，这一次矛盾的焦点不在地方实权的伸手索要与坚执不授，而是用兵方略上的激烈碰撞与反复相争。曾国藩的主张一如既往，坚持以上制下，从长江上游的武汉—九江—安庆，直指太平军的老巢南京，而此时武汉和九江已经由胡林翼和李续宾先后拿下，而作为安庆西路门户的太湖也已由曾国藩和胡林翼协力收复，并分别于江南大营崩溃前四十天做出围城与打援的具体部署，后二十六天由曾国藩的四弟率军进围安庆。但是咸丰皇帝却主张先舍上游，直入苏南，而全力规复下游，以保卫苏常为第一要务，因为这里是清廷的钱库和粮仓。初时，咸丰皇帝还担心曾国藩东下会招致西线太平军的反攻，同时也寄望苏南的清军能够阻滞太平军东征，故此对曾国藩还只是采用商量的口吻。谁料不到二十天时间，常州、苏州、无锡相继失陷，咸丰皇帝再也沉不住气了，便开始严旨催促，也正是这时，才任命曾国藩署理两江总督，要他立即起程赴任，这相当于将曾国藩置于这样一个位置：不再是仅仅为清廷做事，而是去收复自己的领地与衙门。但是曾国藩不为所动，他上书痛陈利害，他同咸丰皇帝讲了一个道理：苏常未失，即宜提兵赴援，以保完善之区；如今苏常既失，则须通筹全局，抓住要害，立足根本。然后从兵势与历史经验入手，向咸丰皇帝建言：“自古平江南之贼，必踞上游之势，建瓴而下，方能成功”，而在此时，则是“非皖莫属”。此时的曾国藩已经成竹在胸：清军整个战局必须服从他的部署，即以湘军为主体，以湖北、湖南、江西为战略基地，以浙江、镇江、扬州、皖南等地为支撑，全力施行以上制下的用兵方略。
形势今非昔比，咸丰皇帝已经失去了往日的权威，尽管他大为恼火，但又奈何不得，只好认可曾国藩的方略：“通筹全局，甚合机宜，即着照所拟办理。”其后又将曾国藩的两江总督由代理变为实授，还委以钦差大臣，督办江南军务，尽管其后还曾借机令曾国藩奔赴苏南，但已如强弩之末，再无强迫曾国藩之力。事情竟是这样的荒诞，太平军好像是曾国藩的清道夫，将挡在曾国藩前面的障碍逐一搬除，以让他来掘自己的坟墓。但是曾国藩终究是咸丰皇帝请出来的，当年的那位傻得可恼可恨又不乏可爱的诤臣，居然同自己扳了十年手腕，最终被扳倒的居然是高居君位的自己，实在是匪夷所思。好在君臣恩怨纠结的所有剧目行将演完之际，又突然续出一个尾声，尽管这尾声几乎形同闹剧，但是却为这难解难分的君臣关系做出了画龙点睛般的归结，从而为咸丰皇帝赚回了脸面。
本文开篇不久即提到过从第一次鸦片战争至第二次鸦片战争有一个间歇，这让咸丰皇帝有了喘息之机，得以全力去应付内患。不幸的是，这间歇终于结束，咸丰十年（1860）七月，英法联军自北塘登陆，攻占天津，进军到北京通州。咸丰皇帝命那位曾经同自己争夺帝位的六弟即恭亲王奕欣留守北京，准备同外国人谈判，自己则慌忙逃往热河。途中接受满人将领胜保的奏请，下旨令各地速派兵进京“勤王”，其中一道下给曾国藩，要他饬派鲍超率精勇二三千速赴京城，交胜保调遣。这其实是胜保的别有用心——欲借机挖走曾国藩麾下号称战神的鲍超，于朝局远水不解近渴，没有实际意义，但于湘军却损失甚大，因为严峻的形势实在离不开鲍超，而咸丰皇帝作为一国之君却不假思索地在臣下的奏折上朱笔一挥，毫不理会这一无益之举会给身居要职的曾国藩造成了多么大的压力。
曾国藩不惜抗命，终于换来了对安庆之围的坚守。这当然是太平军所最不愿意看到的事情。于是，洪仁玕故伎重演，再施围魏救赵之策，组织二次西征，兵分五路，由长江两岸合取湖北，攻湘军之必救，以解安庆之围。南路太平军进入皖南，先攻克宁国府，击毙领军提督周天受，随后攻克徽州府，守城将领李元度逃走。徽州一失，东面粮路即断，直接危及曾国藩扎在距此不远的祁门大营，曾国藩于次日接报，正自焦急万分，忽又接到调鲍超北援的上谕。这一事涉勤王大事，无论是谁，无论何种情境，都必须二话不说，即刻奉旨。但是，事情的实质远非勤王的本义这般庄严，曾国藩对此看得清清楚楚，但是却又无法翻越勤王这道貌似庄严的山脊。那一份诚惶诚恐，那一份心理折磨，平生竟从未有过，如果说犯颜直谏之后是怕被治罪，不过至多是死，但身死还有名在；要实权不授之后涉及的主要是耻辱；那么这一次，则怕的是名节，这让他怕到心的深层，怕到骨子里，他才真正领略到帝王的无上淫威，竟是永无止境。当然，最终还是依靠智慧予以化解，他上折对咸丰皇帝说，勤王这样的大事，鲍超仅一将才是担当不了的，还是在我和胡林翼之间您任选其一吧。表面是请旨，其实是利用往返须费时一月的时间差，延宕此行。
结果真如所愿，和约签订，无须北援。但是曾国藩却还是因此留下一个奸伪的骂名，由此而引发的笔墨官司一直打到今天，还将没完没了地打下去。究其根蒂，正在于君臣名分被视为天经地义的大节，你既生而为臣，便一直到死都要被君像山一样压在底下。
不是吗？咸丰皇帝在给曾国藩出完这最后一道难题，便跑到避暑山庄寄情声色，而曾国藩却要在前敌经历生与死的考验，居然写下遗书，帐悬佩刀，随时准备赴死。几近一年的时间，即咸丰十一年七月十六日（1861年8月21日），咸丰皇帝便在寄情声色中死去，尽管不是寿终正寝，但也葬于正墓。但曾国藩却还要浴血奋战三年，虽说最终建立了当世最大的功勋，但是却还须自裁湘军才能换来清廷的隆重礼遇，从而为功成名就一词做出最堪玩味的诠释。