岑春煊刚刚离开京城，奕劻、袁世凯即着手陷害瞿鸿禨。他们让任农工商部侍郎的杨士琦拟参劾瞿鸿禨的奏稿，又用一万八千两银子贿买御史恽毓鼎，要他具名参劾，并允其将来外放为藩司。恽毓鼎被收买后，立即参劾瞿鸿禨“暗通报馆，受意言官，阴结外援，分布党羽”。奏折上后，慈禧太后迅即将瞿鸿禨开缺。
袁世凯见瞿鸿禨开缺回籍，十分得意，便与杨士琦、恽毓鼎相谋进一步加害岑春煊。正当他寻思计谋时，忽有一名叫蔡乃煌的人来督府求见。此人是来献媚求进的。当获知袁世凯想陷害岑春煊的意图后，便入照相馆觅得岑春煊和康有为的影相各一，让人点景合成一片，若似两人聚首密商之态。蔡乃煌将此伪造相片献上后，袁世凯见了大笑不已。在赏过蔡乃煌后，他即将相片交奕劻密呈慈禧太后，指证岑春煊交通乱党。同时，袁世凯又指使恽毓鼎参劾岑春煊“骄蹇不奉朝命，暗结康有为谋为不轨”。假相片与谗言，使慈禧太后信以为真，便将尚在上海装病未到广州赴任的岑春煊开缺回籍。
剪除政敌后，奕劻感到大快。经与袁世凯策议，他准备加紧推行新政。就在岑春煊开缺的次日，奕劻即奏请改考察政治馆为宪政编查馆，在军机处属下综理宪政事宜，调查统计全国各地情况，以备施政更张之资；请统一核定各部院、各省所定单行法及行政法规；并请筹备议院与厘定宪法。接着，他又将《各省官制通则》上奏请准。此两折上后，慈禧太后即令准命光绪帝下诏公布，还命外务部侍郎汪大燮、邮政部侍郎于式枚、学部侍郎达寿再次分赴君主立宪国英、德、日三国考察宪政。
《各省官制通则》本来由奕劻、孙家鼐核定，由光绪帝下诏公布后，袁世凯见铁良削减督抚权力的主张并未采纳，督抚原有权力得以保留，便乘机上折密陈十条，想夺还自己的兵权。他在密折中言：“督练北洋四镇的副都统凤山，初非出身学堂，又未经一战事，才非出众，识非过人，无威望可言，无功绩之足数。举四万众之重任，付诸谬妄人之手，中外腾笑，将士解体。我介乎日俄两强之间，彼方扩张军权，各不下百万之数，我如仍此泄沓瞻徇，几视兵事为儿戏，欲侧于列强而幸免其祸，讵可冀也。应请旨饬下庆亲王奕劻破除情面，慎选输武备人才，方可振兴军政，挽救时艰。”慈禧太后见密折后，即召铁良相问袁世凯参奏凤山可是事实。铁良先是气愤地说所参不实，声言是非自有公论；最后他哭谏说：“袁世凯存心叵测，若不早为抑制，满人势力必不能保全。”慈禧太后见铁良哭谏，又想起十多年前作的那个恶梦，想起那自称为中山樵人的渔翁，复对袁世凯存戒心。铁良则乘机向慈禧太后奏保凤山任督练以来办事异常得力，使凤山获赏头品顶戴。
铁良看破袁世凯确有野心，便与载沣相商，决意剥夺其兵权，于是二人联手运动朝臣对之交章弹劾。先是御史赵炳麟参袁世凯权高势重，并引雍正元年年羹尧为例；接着是陈田参劾袁世凯揽权营私；继之有御史成昌奏言袁世凯门生故吏布满天下，甚非国家之福。三人此折不久，湖北按察使梁鼎芬亦上折奏参奕劻、袁世凯，其折云：“袁世凯之心腹党羽能任朝中要职，皆由于袁世凯言之，庆王行之。袁世凯自握北洋大臣、直隶总督重权，又使其党在奉天、吉林皆有兵权、财权，思之令人寒心。且其人权谋迈众，城府阻深，能谄人，又能用人，是汉末曹操、晋末刘裕之流。今乃令狼抗朝列，虎步京师，臣实忧之。”袁世凯见自己被群起而攻，亦急忙上折奏请慈禧太后明党派，并诬群臣参劾是小人进谗。他在折中言：“党有公私之别，公党利国，私党病国。现值预备立宪，政党将兴，公私之间，毫厘千里，惟望朝廷格外留意，严辨于君子小人之界。嗣后凡有指为党者，必察其所行所为，究竟为公为私，而因示以劝惩焉。庶人人知所趋向，佥壬不得进谗。”
尽管袁世凯竭力为自己辨别，但群臣对他接二连三的参劾使慈禧太后顾虑重重，决意夺其兵权，于是召载沣入见。载沣应召时，即向她进言：“皇太后应立即将袁世凯调离北洋，罢其兵权，以免事久生变。”慈禧太后点点头说：“我正为这事召见你，你说的正合我意。前些日子，我让皇帝电召湖广总督张之洞入京，在军机大臣上学习行走，就是把袁世凯调离北洋作一个垫铺。我这就叫皇帝电召袁世凯进京陛见。”
袁世凯奉旨进京后，慈禧太后对他百般优待，赐食、赏假，最后召见时则示意让他入主军机。袁世凯对自己被召入京早有准备，明白慈禧太后要自己入军机，是要剥夺自己对北洋军的指挥大权。于是他先是含笑谢恩，继之言自己才不胜任，再三力辞不就。然而慈禧太后只是不允，次日便让光绪帝颁旨调袁世凯为军机大臣兼外务部尚书，免去其直隶总督兼北洋大臣职。袁世凯无可奈何，只得到京任职。
谢罪出宫时，袁世凯从殿阶坠地，跌伤右腿。
张蹇出任预备立宪会会长，各省纷纷筹办谘议局
刚刚接任外务部尚书，袁世凯便因苏杭甬铁路修筑权事惹起了民怒。事情的起因是在两年之前。当时，江浙绅商奏请清廷准招股修筑苏杭甬路，并成立商办铁路公司。可是，英国却以1898年订立借款代筑苏杭甬铁路草约为由，不准江浙铁路商办，并要求清廷改订正约。袁世凯应英国的要求，遂请旨慈禧太后命准。慈禧太后从其言，命发谕旨借款修筑苏杭甬铁路，让英国享有筑路权，而江浙商民只准搭股。江浙两省人民见路权被出卖，十分痛惜，立即掀起坚拒借款、收回路权的运动。浙江在京官员闻讯，亦推派代表见袁世凯，请他主持正义，但袁世凯置之不理。军机大臣张之洞见江浙两省人民情绪激愤，即奏请废除与英国所订的草约，以固结民心。载沣对张之洞的奏请极表支持，同意商办。然而袁世凯却扬言，外务部的事情一向独立，军机大臣不得干预。在接待江浙两省代表的求见时，他一再强调：“因与英国订有草约，现催订正约甚急，万难中变。外交首重大信，议约权在朝廷，自己不过是照案执行，并非有意作梗。望各代表兼顾政府，顾全邦交。”江浙代表争辩说：“铁路商办系遵旨而行，亦属铁案。”但袁世凯终不听。
江浙绅商见袁世凯心目中只有英人，不准商办，便将他出卖路权的事公诸舆论。消息传开后，引起众怒。革命党人更以东京来稿的名义，在上海《神州日报》上撰文攻击。有一篇题为《拟国民递呈都察院请将袁世凯明正典恭请代表折》的文章，斥骂袁世凯与历史上的赵高、董卓、曹操、杨国忠、蔡京、秦桧、贾似道、严嵩等乱政亡国权奸毫无二致；云袁氏所作作为，“无非凭借威福，渎乱纲纪，甘心卖国，自速乱亡”；“故伏乞皇太后皇上奋施乾断，立将袁世凯明正典刑。”袁世凯见仅为筑路一事又内为朝中诸臣所忌，外为报刊攻击，便要求开去外务部尚书缺。但慈禧太后只是不允，并召他入宫，面加安慰，令他将路约一事办妥再说。为示笼络，慈禧太后在袁世凯五十大寿时，特赏赐无量寿佛、金佛二尊，汉玉如意四柄，内库纱八卷，江绸八卷，蟒衣一袭，御酒两樽，双龙贡蜡二对，并亲书福寿字各二，寿额两悬。
京师内外百官见皇太后对袁世凯有赏赐，却不知其赏赐是慈禧太后的笼络，于是争相到袁府送贺寿礼。载振作为袁世凯的拜把兄弟，自然也送了不少寿品，并且他还在所赠的寿联上落款“盟弟”。御吏江春霖知悉载振送寿联的事后，即奏参袁世凯借做寿为名，广收礼物，揽权纳贿，结党徇私。他以满族宗室与汉人联谱有干成例，参载振与袁世凯拜盟违背王章，请求严行查办。慈禧太后得奏后，甚感恼怒。她虽将参折留中，但在召见袁世凯时却严加训斥。慈禧太后训斥时语气凌厉，袁世凯惊惶失措，以至他谢罪出宫时，头重脚轻，从殿阶坠地，跌伤右腿。回署后，他对亲信说：“余在万军之中，心极坦然，独朝见皇太后时，不知汗从何处来，而如此之心怯也。”而更使袁世凯惶恐的是，慈禧太后在对自己发怒时已显老态。于是他写信给家兄袁世勋，告诉自己所处的危境：“朝中公正老臣都已谢世，朝政尽入贵胄之手，弟此次得跻高位者，赖有太后之宠眷耳。然而慈宫春秋已迈，犹如风中之烛，一旦冰山崩，皇上独断朝政，岂肯忘怀昔日之仇，则弟之位置必不保。”袁世勋得信后，亦为其弟担忧，劝他不如告归。
1908年夏，清廷的宪法大纲及议院法典编纂告竣。宪政编查馆大臣奕劻、资政院大臣溥伦等会奏宪法、议院法、选举法大纲及九年逐年筹备清单。会奏完毕后，慈禧太后即于当日令降旨照准。
电谕传至上海后，预备立宪会的会所内一片欢腾。会长郑孝胥、副会长张蹇、汤寿潜与会员张元济、夏曾佑、雷奋、许鼎霖等数十人，即就宪法大纲等法典会议讨论。张謇此时尤感兴奋，他不禁想起两年前载泽、端方等大臣出洋考察归来上海时，自己同他们商谈并代为起草《为立宪致各省督抚电》的情景。他觉得自己为宪政奔走有年，精力没有白费。会议时他面呈喜色地说：“朝廷业已颁宪法大纲、议院法、选举法大纲，预备九年逐步完成，尚称稳妥。诸位请看：第一年筹办各省谘议局，修改新刑律，编定民律、商律、刑事民事诉讼律；第二年各省谘议局选举，颁布资政院章程，厘定京师官制，颁布法院编制法和文官考试、任用及官俸章程；第三年资政院开院，编定户藉法；第四年编查各省人口总数、岁出入总数，编定会计法，颁布地方税、厘定国家税章程；第五年城镇乡地方自治初具规模；第六年实行户藉法，设立行政审判院；第七年试办全国决算及新定内外官制；第八年国民识字率达百分之二，乡镇巡警一律完备，乡镇初级审判厅一律成立；设立审计院；第九年宣布宪法、皇室大典，颁布议院法、上下议院选举法，实行选举，国民识字率达百分之五。以愚之见，按此步骤，不出十年即可行宪政，此为国民之幸，亦是中国富强之望。”
汤寿潜亦高兴地说：“若宪政十年之内可行，真可谓国民之幸。我所欣赏者，在宪法大纲。宪法大纲中，法定君上大权计十四条，大清皇帝永永尊戴，神圣尊严不可侵犯，有钦定颁行法律之权、解散议院之权、设官制禄及黜陟百司之权、统率海陆军之权、宣告戒严之权、总揽司法之权等。君主权力虽说过大，但总算有了明确界定，不再是朕即天下了，仅为此我等亦值得庆贺。”
他言犹未了，张元济即说：“大纲中臣民的权利义务虽少了些，但也计有九条，实属进步，令人鼓舞。臣民中有合于法律命令所定资格者，得为文武官吏及议员；臣民于法律范围以内，所有言论、著作、出版及集会、结社等事，均准其自由；臣民非按照法律所定，不加以逮捕、监禁、处罚；臣民之财产及居住无故不加侵扰等，这些都属史无前例，更合世界潮流。日后我辈出版书籍，就有法律保护了。”
夏曾佑对张元济的话颇有同感，亦说：“以前办报，屡屡被查禁，不久前朝廷核定《大清报律》，现又规定言论自由，报业之人今日可算是有法律保障了。”
雷奋则嬉笑着说：“兄不见臣民有纳税之义务么？你看，臣民现完之赋税，非经新定法律更改，悉仍照旧输纳。你可别忘了臣民有遵守国家法律之义务。”
许鼎霖听了此言，也开玩笑说：“纳税是季直兄的事，所营大生纱厂年利数十万两，多数厘捐给国库。”
张謇听了这句玩笑话，心中竟生不快。他想起自己艰难创业，所得利润多被官吏贪污中饱，使企业反而负债。若早日实行地方税，大生纱厂或可兴旺发达。他正待发言，郑孝胥这时说：“朝廷已立意行宪政，此为我国民之福。然我已年迈，不能胜任预备立宪会会长之职，特向诸位告辞，请另选贤能。”
众人都劝他勿辞，可是郑孝胥一味不从，于是大家便选举张謇为会长。
张謇上任后，一面广泛联络京城官员、地方督抚及各省地商绅，一面与汤寿潜等人筹议国会与立宪之事，后又奉旨筹办江苏省谘议局，尤其热心。江苏谘议局在张謇的张罗下率先筹办起来后，湖北、湖南及其他各省的热心宪政者，也都纷纷将谘议局筹办起来了。
光绪帝崩驾。慈禧太后吩咐完后事随即断气
在下诏照准预行宪政后，慈禧太后却是病患不断。1908年农历十月十日七十三万寿日前，她的慢性痢疾又发作了。光绪帝此时更是病虐体虚，双脚浮肿得吓人。但慈禧太后仍将他囚禁在涵元殿，且莫名指责，其心灵的摧残更是加重了他的病情。尽管在办宪政，应说是了却了光绪帝十年前的愿望，然而他早已把这些置身局外了。只是到了慈禧太后的万寿庆典日，他才勉强打起精神支撑着。慈禧太后的精神则在万寿日临近之际变得爽快起来。刚好这年西藏达赖活佛来京朝拜，为此她更是高兴，特地在紫光阁赐宴。万寿典庆日这天，慈禧太后更像是换了个人似的。她清晨即起，显得精神饱满，早膳后即入殿接受群臣庆贺，继之大宴百官。且自寿庆日起，慈禧太后接连六个晚上都在西苑颐年殿赏戏，她自己也是每晚必到，直至散戏才还寝仪銮殿。