在宫廷内外的喜气颐和中，慈禧太后似乎忘记了劳累，然而多日的劳累却不知不觉间加重了她的病情。十五日那天，她稍稍多吃了点乳酪、苹果，至晚上又着了点凉，于是开始发烧，继之小便发赤，后来是严重腹泻，不能入食，以致卧床不起。太医张仲元奉旨至福昌殿入诊过几次，仍然烧不见退，泻不见停。慈禧太后不悦，便自开羚羊五钱令煎服。张仲元不能承旨，慈禧太后怒斥他说：“国家养你们作甚么，净拿苦水灌我，不管治病。”说罢，气喘吁吁地传人将张仲元杖打四十大板。但羚羊煎水饮下后，她反而高烧。
次日，李莲英进宫请安护陪，高烧中的慈禧太后此时脑子里却牵挂着光绪帝，问道：“这几日皇帝怎么不来殿请安了？”
李莲英禀告说：“万岁爷也病重了。”
慈禧太后在躺椅上闻言，安详且无语。过了一会，她却流出几滴眼泪，说：“怎么他也病到这样啊！他的后事多未准备，他还没有地呢。”
李莲英这时跪在地上小声说：“奴才听到宫中盛传袁世凯要废掉皇上，拥立载振为帝。”
慈禧太后听了他这话，将信将疑，病顿时好似去了一半。于是她口传懿旨命北洋第六镇开往涞水，让京旗第一镇镇守京师；同时要庆亲王奕劻去东陵查看菩陀谷万年吉地工程，并嘱择西陵九龙峪为光绪帝陵地。其实，李莲英的这话是载沣兄弟通过隆裕皇后之口传出的，载沣因见袁世凯与奕劻父子相互勾结，权势过大，特放出此谣言，一是以防载振生异心，二是好借慈禧太后之手除掉袁世凯。李莲英亦知慈禧太后年岁已高，便转而媚好隆裕皇后，为她传话，以备自己日后有个依靠。
光绪帝的病重，是从慈禧太后的万寿典庆日开始的。当日他强打精神率百官朝贺后，又伺宴陪看戏，几番劳累，使病体难支，一下子病倒在床，病情迅速恶化。御医们见此状况，惊慌中束手无策。
早在半年前，光绪帝就已经肝肾阴虚、脾阳不足，气血亏损太过，虽然调理多时，但无寸效。后召江苏名医入京诊治，亦不见效。光绪帝对此焦躁绝望，以至拒绝进药，并屡斥御医说：“服药非但无功，而且转增，实系药与病两不相合，所以误事！”不久，他气促口臭，后来竟目睑微嘏白珠露，嘴有涎而唇角动，危象叠见了。
光绪帝宾天的前一天，李莲英暗中告诉隆裕皇后：“万岁爷病已沉重，皇后何不去瀛台看视？”
隆裕皇后说：“没有太后的旨意怎么敢去呢？”
李莲英小声对她说：“老佛爷也病重，这是非常时候。”
隆裕皇后因此在次日去了瀛台。然而当首领太监领隆裕皇后入涵元殿时，光绪帝躺在床上竟不能起。二人相见，涕泪交流。过了一会，光绪帝命太监回避，用手指点了点枕头。隆裕皇后会意，从枕内取出一个小木匣，光绪帝见了点点头，隆裕皇后迅即将它藏在衣袖内离开了涵元殿。回内宫后她打开一看，见是密旨两道：一是“必杀袁世凯”，二是“殊待李莲英”。看罢，她慌忙把小盒子藏起来。
这时，李莲英又慌慌张张跑来禀报：“万岁爷已经宾天！皇后快去。”隆裕皇后即闻声大哭，踉踉跄跄奔至瀛台，大哭不止。哭了一阵，她含着泪为洗净身子的光绪帝穿衣，又摘下自己头冠上的大明珠纳入光绪帝口中。
光绪帝宾天的消息呈报慈禧太后，慈禧太后倒无悲无愁。她安心地召集军机大臣载沣、奕劻、世续、鹿传霖、袁世凯等至福昌殿，降懿旨授时年二十五岁的醇亲王载沣以摄政王监国，宣布立载沣三岁的儿子溥仪为嗣皇帝，入承大统，即日抱宫中教养。
次日，慈禧太后又令军机章京拟好懿旨并宣示：“现予病势危笃，恐将不起，嗣后军国政事，均由摄政王裁定。遇有重大事件，必须请皇太后懿旨者，由摄政王随时面请施行。”宣懿旨后，慈禧太后往椅子上一仰，旋即断气。此时正是响午，可是宫外乌云遮日，天昏地暗，寒气逼人。
侍值宫女见此情景，惊慌不已，李莲英则不慌不忙地从御医所言，请隆裕皇后在宫女协助下将慈禧太后装殓，移至吉祥床上；又唤来院判御医，进殿跪在床之左右诊脉。直至慈禧太后体已僵寒时，御医们这才敢哭。御医一哭，侍立在旁的隆裕皇后、李莲英及众太监宫女随之都大哭起来。
哭了一会，隆裕皇后问李莲英：“李谙达，我可怎么办啊？”
因慈禧太后和光绪帝相继宾天，她茫然没了主张。李莲英说：“主子可传王大臣上来，问主意。”
隆裕皇后于是立即传摄政王载沣、庆亲王奕劻等进殿，对他们说：“皇帝、皇太后都已宾天了，有何办法？”
庆亲王奕劻等大臣禀告道：“都已准备齐全。”
隆裕皇后说：“我的地位呢？”
摄政王载沣对她说：“已奉遗旨，尊为太后。”
隆裕皇后听了，心中畅然，急忙转身对着慈禧太后的遗体说：“吆，我要向皇爸爸谢恩呢。”她泪流不止，感激万分。
自此时起，载沣以摄政王主持国政，他发旨命由内务府遵制办理两宫大丧。大丧过后，隆裕皇太后承慈禧太后所遗的家产，迁居长春宫。她本想要李莲英继续任大内太监总管，但李莲英以自己年老，痛哭恳辞，末了，又向她荐举小德张。隆裕太后见李莲英忠心可嘉，恩赏他原品带职退为休民，赐宅西苑门外北夹道。
三岁新帝即位，摄政王载沣欲诛袁世凯
慈禧太后大丧后十日，摄政王载沣为安社稷，便让其三岁的儿子溥仪即帝位并举行登基仪式，改国号为宣统，定明年为宣统元年。为表示新帝的恩泽，载沣特优赏奕劻“亲王世袭罔替”，赏加张之洞、袁世凯太子太保衔，赏加世续、鹿传霖太子少保衔，用紫缰。
新帝即位后，朝中一些素与袁世凯有矛盾的贵胄、大臣想趁机把袁世凯除掉。御史江春霖、赵炳麟及陈田等人更是跃跃欲试，相继参奏揭发袁世凯。
在优赏上谕颁发的次日，江春霖即上折摄政王载沣，以赏加不当为名参奏奕劻和袁世凯。折云：“伏思庆王在庚子虽稍有微劳，而自当国以来，政以贿行，官以私进，如袁世凯、徐世昌、杨士骧、赵秉钧、冯汝骙、唐绍仪、袁树勋、增韫等，莫不以重贿破格擢用。而袁尤为其腹心，借新政为名，引用私党，遂令官场相习成风，以奔走为事，钻营为能。今者摄政王监国，此风少息，盖以我摄政王素有贤声，将退小人，而用君子。今庆、袁等又邀巨宠矣，不知者以为庆王宠仍不替，宵小之徒，且复弹冠相庆矣，袁等之门又如市矣。造端虽微，而关系于前途者甚巨。我摄政王其重思之。”赵炳麟则上密折，他在密折中言：“袁世凯变诈多端，树植私党，挟制朝廷，他日必生意外之变。若待其党根深蒂固，谋定后动，监国摄政王虽欲去之，亦无可如何。至是时惟有敢怒不敢言，俯首听其所为而已。”
载沣早就对袁世凯恨之入骨，一心想为其兄光绪帝复仇，必诛袁而后快。阅完这些奏折，他脸上掠过一丝笑意，便令人召与自己政见相同的肃亲王善耆进宫相商。
凑巧的是，载沣的弟弟镇国公载泽这时偕肃亲王善耆一同入宫来见。载泽和善耆是在收到康有为从南洋发来的电报，联络他们一齐倒袁，经商议后决定进宫向载沣面劾袁世凯的。载泽说：“今倒袁之势将成，此时摄政王若不速作处置，则内外军政方面，皆是袁之党羽。从前袁世凯畏惧的是皇太后，现皇太后一死，在袁世凯心目中，已无人可以钳制他了。异日他势力养成，削除更为不易，且恐祸不在测，连在海外的康有为也是这样说。”
载沣说：“我也收到了康有为的讨袁电文，他在上书中列数袁世凯罪状，请‘为先帝复大仇，为国民除大蠹’。袁世凯是曹操、王莽式的奸臣，贪权结党，我何尝不知！戊戍变法时先帝破格擢用他，他却出卖先帝，最是不仁不义。我问计于隆裕太后，隆裕太后亦赞成除袁，并出示先帝的手谕。本应早就诛杀他，一则以绝后患，二则为兄报仇。只是鉴于时机不到，我才赏加他太子太保衔，暂把此事搁了起来。”
善耆接口说：“现在时间不是到了么？监国不要再等了，不然大祸将至。此次镇国公本奉摄政王之命清理直隶财政，袁世凯竟敢擅用军机处名义发电，反对度支部去清理。他还企图让隆裕皇太后垂帘听政，其心可知。看来早除袁贼，早安社稷。”
载沣听了这话，正要说什么，忽然他掌管水师的六弟载洵和掌管禁卫军的七弟载涛进宫报告：“外务大臣袁世凯正在与美国谈互派公使事，监国可知道？”
载沣一听勃然大怒，大声说：“袁世凯果真狗胆包天，竟瞒着我擅与美国谈判，不杀更待何时？我现即拟谕旨，将袁世凯革职，拿交法部治罪。”言罢，他随即用蓝笔写好了谕旨，准备颁发。
庆亲王奕劻闻载沣想诛杀袁世凯，首先反对，他说：“杀袁世凯不难，不过北洋军造起反来怎么办？”奕劻这话使载沣颇为不悦，然而这句话打消了他立杀袁世凯的决心。载沣不得不掂量：北洋六镇有五镇操握在袁氏心腹手中，万一造起反来怎么办？正当他难于决断时，张之洞闻讯后也谏阻说：“主上冲龄践祚，而皇太后启生杀黜陟之渐，朝廷有诛戮大臣之名，此端一开，为患不细。吾非为袁计，为朝局计也。”听了张之洞这番话，载沣更加慎重起来，他担心主少国疑时轻诛大臣，确实会引起人心不稳，于是便把诛袁谕旨暂时搁置起来。
袁世凯在屈辱中仓皇出京，送他上火车的只有杨度和严修。
张之洞一病不起，叹道：“国运尽了！”
袁世凯在受加赏后，立刻无端遭众大臣参奏，这既令他恼怒，又使他惧怕。早在慈禧太后患病时，袁世凯就莫名地恐慌。光绪帝先于慈禧太后宾天的那日，他心绪宁静了许多，但还是不大轻松。
以免自己遭诛，袁世凯此时千方百计讨好摄政王载沣。当慈禧太后临终前命由溥仪继皇位，醇亲王载沣为摄政王，召他与其他大臣入宫征求意见时，袁世凯抢先表示全力赞成。出宫后，袁世凯即派长子袁克定将慈禧太后的安排密告英国大使朱尔典并争取他的支持。在朱尔典表示赞同后，袁世凯马上将朱的话转告载沣，并竭力献媚，想让他抛弃夙怨。
然而这时宫中盛传光绪帝先于慈禧太后而死，是袁世凯令西医进毒药毒害所致。至后来，京城的百姓更说的活灵活现，说是皇太后自己在患病时，曾命庆王为皇上寻医。庆王却授意袁世凯推荐西医师屈桂庭进宫为皇上治病。后来皇上忽患肚痛，在床上乱滚，面色发黑，舌亦黄黑，这与前病绝少关系。屈大夫匆匆离宫后，袁世凯即派人保护他。此传言传入袁世凯的耳中后，他深知自己在戊戌年间干出卖勾当，素为载沣等帝系贵胄所切齿，不为所容，便更加恐慌，于是想告假在家不出。次日早朝时，他令两个随从扶掖入宫，以示自己足疾甚重。当得知载泽在查核北洋官费私消的事后，袁世凯深恐自己被加罪诛杀。为了不致在上谕颁发后被辱，他决定出逃。奕劻这时也派人来婉劝他暂出京避一避，于是他在亲信张怀芝陪同下，由继任直隶总督杨士骧之弟、京津铁路督办杨士聪亲自护送，乘夜车微服逃往天津，住进英租界利顺德饭店，想侍机搭船逃亡日本。
在袁世凯出亡天津的当晚，奕劻得知他不会被害的确讯后，即与世续等大臣电告之杨士骧，力陈摄政王绝无诛杀之意。杨士骧得电后，便命长子杨毓瑛去饭店向袁世凯通告，劝他回京。袁世凯在饭店心魂不定之际，得知自己不会遭诛杀的口信后，又深夜乔装返回北京锡拉胡同寓所。他虽然知道自己厄运并没有过去，但总感到逃亡日本不是个办法。在袁世凯回京的第三天，摄政王载沣即发布上谕，言袁世凯“现患足疾，步履难行，难胜职任，着即开缺回藉养疴，以示体恤之意。”奉旨时，袁世凯强装笑颜，感谢“天恩仁厚”。
摄政王载沣开缺袁世凯的谕旨发布后，朝中群臣欢呼。只有学部侍郎严修上折请收回成命，但摄政王载沣对他严加申斥。次日，袁世凯在晋见摄政王谢恩后，即准备动身回项城老家。为防开缺后被进一步加害，他把自己被罢黜的情形告知日本公使，想求得日本的庇护。不意日使因袁世凯任外务部尚书时明显亲英美、疏日本，对他示以冷漠，背后还说袁世凯罪有应得。于是袁世凯只好求助好友莫理逊，莫理逊即写了一篇长文在《泰晤士报》上发表，盛赞袁世凯才能杰出，观念进步，对清廷忠诚，并为袁世凯被放逐抱不平。
1909年1月6日，袁世凯在屈辱中仓皇出京，那天送他去火车站的只有杨度和严修二人，与他往日任总督时出入前呼后拥的情形形成鲜明对照。见如此冷清惨戚，袁世凯以悲凉的语调对杨、严二人说：“二君厚爱我，令我良感至多。顾流言方兴，二君或且被祸，还是都回去吧，不再送行了。”严修听了却说：“聚久别速，岂忍无言！”杨度更是毫不在乎地说：“别当有说，祸不足惧。”
袁世凯开缺不久，朝中另一汉族重臣张之洞也病倒了。张之洞自以体仁大学士身份入军机后，载沣虽以顾命重臣待之，优礼有加，但其政见多不被采纳。1909年春，给事中高润生参劾津浦铁路总办道员李德顺、督办大臣吕海寰营私舞弊，载沣准备以满员代之。张之洞正为亲贵联翩进用而忧形于色，即表示反对，并言舆情不属，必激变。载沣闻言竟称：“有兵在，担心什么激变！”张之洞见此，便不再言，退而叹道：“不意闻亡国之言。”竟咯血而出。自此他肝病加剧，至夏终于一病不起。载沣见他病重，亲往探视，对他亲切地说：“中堂公忠体国，有名望。好好保养。”张之洞答道：“公忠体国，所不敢当，廉正无私，不敢不勉。”然而载沣竟听不明白他话中的寓意，再无续语。载沣告辞后，大臣陈宝琛入内问道：“监国之意若何？”张之洞半响无言，最后叹道：“国运尽了！希冀此辈一悟而未能也。”他自知终期已至，便告诫陪护榻前的子孙，又令诵读自己前已拟就的国是遗折。在其子的诵读声中，七十二岁的张之洞双眼渐渐合上了。
张之洞去世的第三日，上谕加恩予谥文襄，晋赠太保，入贤良祠。翌年，其灵柩归葬故里南皮。