孙中山、黄兴等人策动在华南边境地区发动的一系列武装起义，震动了清廷。慈禧太后一面让光绪帝发布严拿党人的上谕，一面悬赏白银二十万两缉拿孙中山，并向法国政府提出引渡要求。法国政府相告，孙中山已被逐出安南，去了南洋，清廷军机处即密令新任粤督张人骏暗派刺客赴新加坡行剌。刺客到新加坡后，清廷驻新加坡总领事不敢怠慢，赶紧协助行事。他见副领事杨圻的寓所靠近孙中山居住的晚晴楼，遂叫刺客住进杨寓待机。然而杨圻是江苏常熟人，十分同情革命，与《中兴日报》主笔田桐相交甚厚。他得知真相后，急忙把粤督派人行刺、刺客已经住进自己寓所一事告知田桐。田桐闻讯后大吃一惊，连夜到晚晴楼向孙中山报信。这时孙中山正在与张永福对奕，汪精卫、陈楚楠等人在旁围观。他听完田桐所言后，呵呵一笑，说：“文岛同盟会同志到处都是，量无人敢对革命党人下手，不然自身难保。”众人出于爱护，都劝他暂且不要出门，以防万一，孙中山倒是从人所劝，说：“防人之心不可无，这倒不可大意。”于是隐身不出。
由于孙中山有了防备，刺客一时下不了手，便想冒险闯入晚晴楼行刺。杨圻获知刺客的意图后，便加劝阻。他对刺客陈说利害，说行刺孙中山不仅自己将无葬身之地，更将祸及满门，一番话吓得刺客不敢下手。后来，田桐又对刺客晓以大义，使其终于感动，放弃行刺行动，悄悄离开了新加坡。刺客离去后，大家心里都松了一口气，但对孙中山的行居仍然严守秘密。孙中山在这段时间一般也不出门，他除以读书为乐事外，同时还关注着黄兴等人在粤省的起义活动。
而黄兴自奉孙中山之命后，一直未停止游说郭人漳，相约与之共同举事反清。他在孙中山离开河内不久，即携谭人凤再次来到郭营，郭人漳热情款待了他们，谈话亦颇融洽。次日，郭人漳为示友好，又邀黄兴和谭人凤一起至钦州。
然而进城后，郭人漳却接到了粤督恢复他兼任钦廉道的命令，于是突然改变了态度。黄兴心细，察觉出郭人漳已经变卦且不怀好意，但他不露声色，却到郭营中开了一张通行令出了城。当郭人漳准备扣留他时，黄兴早已返回了安南。
可是，郭人漳后来并未复任钦廉道职，于是他采取两面手法，对粤督表示效忠朝廷，对革命党表示愿意革命。在黄兴回安南不久，他又派其侄随谭人凤到河内探听革命党实情。黄兴得知此意图后，随即向手下人作了布置。郭侄每有所问，所答的都是革命党兵如何多，饷如何足。入夜，黄兴在宴请客人时，特让谭人凤等人一起作陪。席间，忽有交通送上四封急信。其中两封是报告攻取龙州的军情，信上分别盖有第一军和第二军的大印。另外两封信是用法文写的，黄兴便要翻译来讲，翻译译告他，两信中皆言巴黎将有捐款十万元马上汇来援助革命党。在座的郭侄听了，信以为真，高兴得眉飞色舞。他不知道，这一切都是黄兴事先差人演出的空城记。第二天，郭侄便邀谭人凤一同返回钦州，向郭人漳一一作了禀报。郭人漳以为革命党真的有钱有势，便答应与黄兴合作，但提出军饷接济事，并同谭人凤约好了交接的时间和地点。
黄兴得知情况后，决定将计就计。这时，他从法国商人那里购买的一百多支盒子炮已经交货，从香港购买的子弹也已经运到，于是召集了二百余名华侨准备举事。1908年春，黄兴在法国当局的默许下，率众越过芒街向钦州进发。一入钦州境内，义军就打起青天白日旗，吹起了洋号，并四处张贴中华革命军南军总司令黄兴的告示。沿途百姓见了，纷纷放爆竹欢迎。义军到达小峰后，当地的两营清军听见号声，以为是郭人漳来了，便派三十多人列队迎接。义军见了，举枪便打，其中五人被打死，三人逃走，其余二十多人吓得都交枪投了降。逃走的三人回去报信后，两营清军共六百余人立即倾巢而出，并依山布阵，以待义军。
黄兴见敌军占据了有利地形，就令义军依计而行。两军交战半个时辰后，义军抵敌不住，开始败退，清军乘胜追下山来。这时，黄兴已将队伍分作三路，一路退伏到山上，一路隐藏在庄稼地里，另一路则绕到清军背后以便偷袭。当清军同正面的两路义军交战时，突然背后枪声大作。清军以为有大军埋伏，因而惊恐失色，继之争相溃逃。待其营管带回去召集人马时，总共只剩下五十余名士兵。
统领郭人漳得知部属被黄兴打败，愤恨不已，即亲率全军前来迎战。行至马笃山，郭军与义军相遇，黄兴立即命令义军在山上布阵。郭人漳见了，即派出作战最骁勇的龙管带领三个营的士兵进攻，但义军居高临下，将郭军的几次冲锋全都打退了。最后一次进攻时，黄兴在山上见龙管带骑着马督战，便举枪点击。枪声响起，龙管带应声落马，义军见了欢声如雷，清军官兵则吓得狂奔而逃。黄兴挥军乘胜追击，打死清兵二百多名，掳敌三十余人，一举击败了郭人漳的主力，缴获快枪四百余支，获得了大胜，义军队伍迅速扩大到六百余人。
郭人漳失败后，并不甘心，他重新整顿人马，又亲自带领三千清军来攻，想将义军包围消灭。黄兴并不惧怕郭军势大，他先趁着黑夜派人到郭军军营扔炸弹，使郭军自相惊扰，自己则率领义军乘机猛攻。郭军不知虚实，在义军的猛烈攻击下一哄而散，郭人漳也在护兵的保护下狼狈逃去，他的战旗和坐马被黄兴一并缴获。义军一胜再胜，黄兴从此威名大振。
郭人漳大败后，与钦廉道龚心湛急电粤督张人骏求援。张人骏大惊，慌忙调集一万大军赴钦州，并电请广西巡抚派兵助攻义军。郭人漳见救兵来到，复又趾高气扬，他遍张告示，悬赏三万元要黄兴的脑袋。黄兴在大军压境之际，自知不敌，只好将义军遣散，自己只身潜回河内。在河内机关部的胡汉民见黄兴突然出现在面前，喜出望外，说：“前有传言，说你已死在战场，使我痛心不已，不意乃是误传。这下你来得正好，总理已来电示，说云南河口起义已得手，拟委任你为云南国民军总司令前去指挥。”黄兴一听，顾不上休息，立即动身奔赴河口去了。
河口得而复失。孙中山拟组新军
河口地扼红河，是滇越边境重镇，它对岸是安南老街，滇督在此设有重兵。黄明堂在镇南关炮台复失后，即奉命到河口运动起义。经过大半年的联络，清军防营已有三百余名官兵答应策应举事。就在黄兴与郭人漳军在钦州苦战时，黄明堂与关仁甫、王和顺率部众百余人，在一天凌晨自老街渡河，与防营官兵相合后发动了起义，并向河口进袭。城中警察见到起义讯号，即一齐反正，他们闯进警署将警署局长击毙，在警署房顶上挂起了青天白日旗。黄明堂率起义军与城中起义警察汇合后，很快就占领了河口镇，而此时天还未亮。紧接着，义军分派人攻占了河口镇附近的四座炮台，获得十响毛瑟枪千余杆，子弹二十余万发。至此，整个河口落入了义军手中。
黄明堂占领河口后，即以中华国民军南军都督名义布告安民，还派兵保护领事税关、洋人。由于义军秋毫无犯，故广受百姓拥护，远近来归者日夜不绝，数日内义军增至千余人，声势远振。起义成功后，黄明堂又兵分三路作战，他自己率一路镇守河口，关仁甫率一路西攻蒙自，王和顺率一路北攻蛮耗。
关仁甫率领的几百名西路军和王和顺率领的几百名北路军奉命出击后，节节胜利，一路上无军阻拦，地方兵丁来归者颇众。云贵总督锡良见义军势力日益扩大，急忙派出大军前去抵抗围攻。关仁甫、王和顺见清军势力过于强大，急令义军向河口撤退。
正好黄兴这时赶来河口，他见势后即与黄明堂商议，拟乘虚奔袭昆明。此主张得到黄明堂的赞同后，黄兴即亲率河口义军沿铁路向昆明方向进发。然而行至半路，士兵以疲倦为由，向天开枪，要求停止前进，继而四奔逃散。黄兴只得折回河口，派人去前方把王和顺找回商议，想统率义军各路人马集中进攻蒙自，王和顺和黄明堂认为可行。但由于缺饷少粮，反正的清军士兵都拒绝服从黄兴指挥，黄兴十分恼怒，决心返回河内征集原钦州举事时的义军组成骨干，再赴河口作战。他到河内向胡汉民说明情况后，胡汉民认为事不可为，即劝谏说：“如云南事终不着实，弟意钦廉方面亦难于振作。此事宜主张消极主义，事久无成，费财耗力，知其不可而为之，诚无益也。”
黄兴不听胡汉民劝阻，又乘车北上至老街。法国警察怀疑他是日本人，上车问询他的姓名时，黄兴答以粤语，但讲得不像，遂被法警押送回河内。胡汉民得知后，急忙请华侨头面人物与法国总督交涉。法国总督知道所捕者是黄兴后，即予释放。然而法国总督刚刚放人，即收到粤督张人骏通缉黄兴、胡汉民及汪精卫、田桐、刘揆一、谭人凤等人的布告及请他协助的信函；为了不致得罪清廷，他便差巡警复将黄兴扣押，强行解押至西贡，然后让他乘轮去新加坡。
黄兴到达新加坡后，直奔晚晴楼见孙中山。孙中山闻讯，忙与汪精卫等人出来迎接，当晚置酒为他洗尘。
不久，胡汉民亦从河内潜往香港转至新加坡，来见孙中山。
孙中山见屡次起义均未能获胜，便邀黄兴、胡汉民、汪精卫等讨论今后革命方略。汪精卫对黄兴在两广边境数入险地、屡屡负责举事由衷钦佩，故在讨论时一面对黄兴屡表敬意，一面又为反清事业鼓劲。他语气决然地说：“前些时，我在《中兴日报》发表《发动革命之决心》一文，已提出我党各次起义连遭失败，绝不足证革命之不可行。革命党人在经历过这次的经验之后，将为下一步的行动计划吸收无数的宝贵教训。故革命之事，宜再接再厉。”
孙中山听了说：“此言甚善。精卫君早先发表的《申论革命决不致召瓜分之祸》等文，与汉民君的《驳〈总汇报〉惧革命瓜分说》一文，透言列强之政策了如观火，使读者快慰不已。我不禁五体投地，神圣奉之。革命致中国瓜分不过是立宪保皇派唬人之言，真正可惧者是革命之不成，满清之不倒。”
黄兴点头赞同说：“我固以革命为第一要义。然若要革命成功，会党之人不足为恃，非建立由革命干部训练之革命武装不可。”
胡汉民听了黄兴的话，亦说：“会党人不识大体，应注全力于清廷新军。我在香港时，赵声已离开郭营，正供职广州陆军学校，我与他密商过此事，赵声亦有此看法。”
孙中山略作沉吟，对众人说：“会党性质我固知之，其战略自不如正式军队，然军队中人辄患持重，故不能不以会党发难。诸役虽无成，然影响亦不细。今后军队必能继起。革命党人对于革命之一切失败，皆一切成功之种子也。”
胡汉民即附同说：“先生所言，不啻革命之哲理，党人自应有必收最后胜利之确信。”他进而建议道：“我看军队中标统以上官，往往持重，其部队未有革命之思想，则更无怪其言。军队运动，宜加注重于连排长以下者。”
孙中山深以为然，于是他会同黄兴、胡汉民等人修订《同盟会革命方略》，加进了《招军章程》和《招降清朝兵勇条件》；后又多次下密令于党员之负有责任者，要他们转向运动新军并建立新军。不久，孙中山闻任远重在武昌新军中发展数百人，拟组同盟会，以为良好征兆，心中尤喜。