这时，钦、廉二州的农民抗捐风潮渐大。钦州道尹王瑚派兵将带头抗捐的农民捉去关入监牢后，当地会党头领刘思裕迅即发动钦、廉两地农民，组织起万人会集众入城，并救出被关押的抗捐农民。官兵闻讯后前来弹压，击杀了民众数十人。刘思裕即命义军奋起反抗，终将官兵击败。
孙中山得此消息，便派邝敬川至廉州良屋面见刘思裕等抗捐首领，劝他们与革命党人合作，攻打清军，推翻清廷，恢复汉人河山，刘思裕等欣然同意。这时，奉道尹王瑚之请前来钦州镇压农民军的清新军统领郭人漳已率军赶到。郭人漳本是同盟会员，黄兴在桂林活动时曾亲自主盟，吸收他与赵声、林虎等人入会。故郭营中同盟会员不少，赵声在他手下任标统，胡毅生、谭人凤亦在营随时与他有联络。但郭人漳的先人郭松林曾参与同太平军的作战，且是有功之臣。因此之故，郭人漳利禄之心难舍，并不甘心为革命反清冒险。只是在后来降职后，郁郁不得志，才又暗中加紧与革命党往来。
郭人漳率领各部人马行至三那后，即与总兵何长清所率的清军会合，准备合击抗捐义军。孙中山急忙派陈田送信给胡毅生，请他转达郭人漳和赵声，着郭军退兵。然而陈田胆小怕事，未能及时把信送到郭人漳手中。而刘思裕所率的抗捐农民军以为有党人联络，郭军不会攻击，故未作防备。不料郭军到后，即命一标人向义军扑去，义军措手不及，死伤甚众，刘思裕也死于乱军之中。奉命与刘思裕联络的邝敬川为避捉拿，间道行走十余天才到达同登，后乘火车返回河内。
孙中山见邝敬川的双脚因被茅草割破皮已开始腐烂，即亲手为他割除腐肉，并用药水为他洗涤。邝敬川告诉孙中山，有义军首领梁少廷等人仍在钦州王光山中等待接济。孙中山听了，急命人携款前往，委任梁少廷为中华国民军南军副都督，要他坚持忍耐，以备再行举义。
钦、廉二州起义虽然失败，同盟会员许雪秋筹划的黄冈起义却得手。此前，许雪秋曾筹划潮州起义，但事泄失败。后来会党首领余既成、陈涌波又在黄冈挑水巷泰兴号设总部，计划在海阳、揭阳一带同时举义。不意此事又被潮州总兵黄金福手下的密探探知了一些情况，黄金福便派人搜捕，捕去了两名有嫌疑的人。余既成、陈涌波见势不好，便赶赴香港报告许雪秋，打算提前起义。许雪秋将此报告在香港指挥起义的胡汉民，胡汉民要二人等待孙中山的命令。孙中山得信后，急命香港机关部派人前往指挥。但余、陈二人返回黄冈后，清兵搜捕愈急，于是决定提前起义，不再等待。
当日晚，余既成、陈涌波即率众誓师，集七百余人攻打黄冈城。经过几番激战，义军攻占了该城。占领黄冈城后，义军立即举余既成为临时司令，陈涌波为副司令，成立军政府，并布告安民。这时，香港机关部已派陈芸生赶至黄冈，又派许雪秋等赶往汕头接运弹药，部署扩大起义规模，催促党人响应。陈芸生到达黄冈后，余既成、陈涌波即推他为临时司令长，并以孙中山的名义发布告、檄文。
这时，黄金福所部清军已到达汫州，陈芸生得知情况，即命余既成率众连夜出击，与黄金福军展开激战。然而义军因弹药不济，战至次日便难以支持。中午时分，陈涌波率援军赶来助战，义军声势复振。然而清军的大批援兵亦至。义军由于人数较少，遭两路清军夹击，伤亡甚多，不得已退回黄冈，等待军火援助。
可是，去运取军火的许雪秋却未能及时赶到汕头将自日本运来的枪械卸下，以至运械船又将枪弹返运到日本。驻守黄冈的义军得不到继援，弹尽粮绝中只好宣布解散，数百人相继避入香港。孙中山即命香港同盟会机关部安顿这些起义人士，并由南洋同志接他们至新加坡等地避居。安顿好黄冈起义的同志后，孙中山又命许雪秋潜回惠州，再谋起义于汕尾。
这时，党人陈纯奉命在惠州归善七女湖发动了起义，且初战告捷。孙中山得知消息后颇为高兴，便致信日本，要平山周速助款械。惠州的这次起义是孙中山指派邓子瑜指挥的。邓子瑜的祖籍本在惠州归善，他素任侠好义，在新加坡经营旅馆时，会党中人避走南洋的，他都作东热情接待。邓子瑜在香港亦有友人开设旅馆，他通过这些旅馆的友人与内地会党相通声息。早在黄冈起义发动之前，邓子瑜就派出陈纯等人去归善各地活动，为发动起义做准备。经过经月的活动，陈纯等人即在七女湖率众举事，并随即挥军进攻泰尾。驻泰尾的清守军不知虚实，闻讯望风而逃。义军则尾随猛追，继而克杨村、柏塘，接着分进公庄等地。义军得胜后，声势大振，各乡会党纷纷起而响应。这时，清军标统洪兆麟率军前来狙击，与义军在公庄一带激战，结果洪兆麟被陈纯发枪击中落马，清军四散而逃。
洪兆麟所率的清军大败后，坐镇广州的粤督张鸣岐感到惊慌，于是再次调集大军向义军围攻，并命善战的水师提督李准迅即出动，领兵向正在攻打博罗的义军攻袭。而此时围攻博罗县城的义军也受到了顽强抵抗，因械少弹缺，他们便请孙中山火速支援武器。孙中山闻讯后，又一次致信平山周，嘱其速速订购枪械一万支，并先送步枪二千支、子弹二万发至香港。然而孙中山的信才发出，李准所率的大部清军四面向义军围来，邓子瑜得知形势不妙，急命陈纯不可再战，否则有被歼的危险。陈纯闻信，即将义军解散，掩埋好枪支后分路潜走香港。香港英督得知邓子瑜是惠州起义的策动者后，即命华民政务司勒令他离境，邓子瑜不得已，只好与陈纯等人避走南洋。
值惠州七女湖起义将要失败之时，黄兴正应孙中山之召从日本经香港到达河内。孙中山见到他后说：“邀你来此，是想共商革命大计。眼前惠州举事难成，不过粤省仍大有可为。我欲取钦、廉、防城一带沿海地方，以为革命根据地，你意如何？”
黄兴点头说：“先生所言，正合我意。先取中国南部，然后向北取势发展，不愁革命不成、鞑虏不逐。”
孙中山又告知黄兴，之所以属意钦、廉二州，是因清军统领郭人漳更加有意同革命党人共事。黄兴闻言，便提出要马上去钦州面晤郭人漳。然而孙中山又有些忧郁地对他说：“前天我接到冯自由、胡汉民自香港的信函，转告说，刘揆一从东京发来一信，言潮、惠事败后，东京总部内反对我者日众，章炳麟等人更要我向东京总部引咎罪己。”
黄兴却不以为意地说：“此事我已知道。当时章炳麟逼着代理庶务刘揆一开会改选同盟会总理，并拟举我以代之。刘揆一坚持不可，张继却动手打他。刘光汉则提出要改组同盟会总部机构，与之相勾结的日本人北辉次郎、和田三郎等人亦跟着无谓起哄。”
孙中山亦语气平和地说：“冯、胡二人亦告我，说刘揆一见众怒难犯，才致函他们二人的。我接信后，即已复函东京，在信中直言相告：诸同志皆热血青年，在无事时，自不免易生事端。此种党内纠纷，惟事实足以解决，绝无引咎之理由可言。”
黄兴对此颇有同感，说：“此种纠纷实属无聊，是他们不知革命之艰难。我马上复函东京同盟会总部，再向刘揆一解释清楚。”
当夜，黄兴即致书刘揆一，言“革命为党众生死问题，而非为个人名位问题。孙总理德高望重，诸君如欲革命得有成功，乞勿误会，而倾心推拥，且免陷兴于不义。”
可是，章炳麟闻知黄兴信中所言后，不但不听所劝，反而与陶成章等人另行组织东亚亡国同盟会，并自任会长。
徐锡麟拚死反清，秋瑾从容赴难
同盟会员秋瑾1906年从日本愤而归国后，先是在上海独立创办《中国女报》，以鉴湖女侠为笔名发表文章，意在提倡女权，唤醒中国女界“为醒狮之前驱”。然因经济不支，《中国女报》仅出三期即告停刊。在上海无所作为，秋瑾便回到老家绍兴，筹划武装反清之事。经过几个月的活动，至1907年夏准备工作大体完成后，她便派出陈伯平和马宗汉到安庆见安徽陆军学堂监督徐锡麟，商议在皖、浙两地并举发难。
徐锡麟亦是绍兴人，三年前在上海加入光复会后，即返乡联络会党进行反清活动。他结交了一批反清志士，又设立大通师范学堂培养革命人才，并特别注重学生的军事操练。然而，举事最需要的枪械徐锡麟却一时无法得到。为此，他特捐资取得道员职位，进而结交上层人士。在他的活动下，不久被分派任安徽巡警学堂会办。去安庆上任前，徐锡麟特让秋瑾主持大通学堂，并负责联络金华、兰溪等地会党，组织光复军。
任安徽巡警学堂会办后不久，徐锡麟即被加授陆军学堂监督，这就更加有利他策划起义。但是，徐锡麟因心性太急，一到安庆就四处与党人联络，以致他的一些活动引起探警的注意，并被密报两江总督端方。端方得报后，便电告安徽巡抚恩铭，嘱其严防党人，以免起事。
然而巡抚恩铭是个糊涂虫，他只叮嘱徐锡麟严防党人，而根本不怀疑他是革命党。但自此时起，陆军学堂的风声渐紧。徐锡麟见状，便决意在陆军学堂学生暑期举行毕业典礼日举事，不再等待。然而不巧的是，恩铭府中一位亲信幕僚，其母的寿日正好是毕业典礼的这一天。为了给其幕僚之母贺寿，恩铭便令徐锡麟提前两天举行毕业典礼。这一变动，打乱了徐锡麟的计划，于是他只得决定再次提前发动起义。
在举行毕业典礼的这天清晨，徐锡麟即与陈伯平、马宗汉到巡警学堂召集学生训话。学生集齐后，他即开宗明义、直言相告：“我此次来安庆，专为救国，并非为功名富贵到此。诸位也总不要忘救国二字，行止坐卧咸不忘，如忘救国二字，便不成人格。我自到校以来，为日未久，与诸君相处，感情可谓和洽。我于救国二字，不敢自处于安全之地位，考虑有特别意见，并有特别办法，拟从今日实行。诸君当谅我心，务祈有以佐辅我而量力行之，此是我所仰望于诸位君子。”众学生听了他的话，不少人深受震动，接着纷纷表示愿意为革命效力。
上午九时许，巡抚恩铭在护兵拥护下前来出席陆军学堂学生的毕业典礼。徐锡麟恭请他坐在设置在堂前的大案前，自己身着戎装肃立在台阶上，陈伯平、马宗汉则站立在案侧。毕业典礼开始后，徐锡麟以安徽巡警学堂会办身份令官生和兵生分别向恩铭行礼。
待官生行礼毕，他上前对恩铭行举手礼，呈学生名册于案上，并故意大声说：“回大帅，今日有革命党起事！”
恩铭愕然不知所措，急问：“会办从何得此信？”
话未毕，陈伯平猛掷炸弹于案前，但未爆炸，恩铭一惊而起。
徐锡麟急忙上前说：“大帅勿惊，这个革命党，职道当为大帅拿到。”
恩铭急问：“是何人？”
徐锡麟拔出手枪，直击恩铭说：“职道就是。”
陈伯平、马宗汉二人见状，也拔枪向恩铭及在场参加典礼的官员射击。一阵乱射之中，恩铭身中七弹，重伤倒地。
徐锡麟这时大声呼喊：“愿革命者，随我来！”
学生中有三十余人闻声相从响应，他们跟着直奔军械库，想先获取枪械。
可是，新军械库因无库存房钥匙而打不开，所有新枪械一时取不出来。而库存房中所有的旧枪械都坏得无法再用，五门巨炮也缺少机件。
正急乱中，闻讯赶来的清军已将军械库团团围住，于是双方开始激烈枪战。战至下午四时，陈伯平战死，徐锡麟、马宗汉及学生十数人由于缺枪缺弹，悉数被捕。
徐锡麟被捕后，旋即被杀害于抚署东辕门外，时年三十五岁。临刑前，他神色自若，从容让人拍照，并高声对众人说：“功名富贵，非所快意，今日得此，死亦不憾矣！”
清总兵处决徐锡麟后，接着派巡捕搜查他的居室，从居室内搜出光复军大旗一面，讨虏大元帅印一颗，信件数封及枪弹少许。接着，巡捕又奉命将徐锡麟的弟弟徐伟捕了去，拷问之下，徐伟招告其嫂与秋瑾是革命党，正在绍兴筹划起义。
徐锡麟在安庆起事失败的消息传至绍兴，秋瑾闻知悲泣不已。这时金华革命军的起义亦失败，杭州则无消息。大通学堂的学生见此状况，便向秋瑾建议提早举事，先杀知府贵福，以占领绍兴城。可是秋瑾却想联合举事，说要等待嵊县的消息再说。为此，她又分派二十人到杭州城，作为起事内应，这样她身边的势力更弱了。
绍兴知府贵福得到两江总督府发来的秋瑾正在准备举事的官文后，便急到杭州城向总兵张曾扬求救，张曾扬便派防营统领李益智率一标人马直奔绍兴，来捉拿秋瑾。杭州城内的学生探得消息后，急忙前来报告秋瑾，言形势险恶，要她快拿主意。秋瑾见事机虽已泄漏，但要举事决无成功之望，于是叫学生把枪械藏匿起来，不作无谓牺牲。此时她自己已作好就义准备，故既不打算逃走，也不采取任何抵抗行动。
次日，防营兵在李益智带领下来到绍兴，将大通学校团团围住。秋瑾却端坐在校长室内，若无其事。她上身着白衬衫，下身着玄色生纱绸裤，脚穿西式凉鞋。防营兵见了，一拥而上，将她与另六人一齐捉去。
押到县衙后，知府贵福和县令李宗岳坐堂审讯。贵福劈头便问：“秋瑾，你可知罪？”
秋瑾若无其事地反问：“不知何罪之有？”
贵福出示秋瑾写给徐锡麟的两封信，秋瑾即承认信是自己写的。
贵福接着问道：“你可曾用鉴湖女侠之名发表过反对朝廷的诗文？”他出示了《中国女报》一份。
秋瑾答道：“发表过。”
贵福又问：“真是你写的么？写过些什么诗？”
秋瑾淡然地笑着说：“知府大人不相信么？我写的不过是些感愤感时诗，不信不妨念给你听听。”言毕，她诵念出其上的一首《感愤》律诗：
莽莽神州叹陆沉，救时无计愧偷生！
抟沙有愿兴亡楚，博浪无椎击暴秦。
国破方知人种贱，义高不碍客囊贫。
经营恨未酬同志，把剑悲歌涕泪横。
贵福听她一字一顿地念完这首诗后，即逼问道：“你说说，诗中兴亡楚、击暴秦是何意？”
秋瑾平静地说：“这还用问么？”接着她坦然供认了自己所做的一切。
当要她书写所供时，秋瑾莞尔一笑，提起毛笔，蘸满墨水，写了“秋风秋雨愁煞人”七字。
次日，秋瑾即被刑于绍兴轩亭口，时年三十一岁。秋瑾牺牲后，她留日时的好友吴芝英和永贞女士等人闻讯，悲愤不已。吴芝英闻秋瑾家人不敢收尸，与永贞计议后，一起为她收敛入棺，并安葬她于西湖湖畔。永贞女士还特书挽联致哀，其联曰：
悼我神州，值任斯禽兽衣冠，肆意妄行凶手段
嗟尔弱质，居然有党魁名号，与同人上断头台
镇南关上，孙中山、黄兴以亲手持枪发炮击敌为快事
孙中山在河内得知徐锡麟、秋瑾举事未成、英勇就义的消息后，心潮难平。当时他正在撰文，以驳斥南洋保皇党《南洋总汇报》反对革命的论调，供同盟会在新加坡新创刊的《中兴日报》刊用。由于过于激愤，他连手中的文章也撰写不下去了。