在南国边陲对清军发起的多次军事行动，是同盟会整个革命计划的组成部分。虽然这些军事行动并未取得直接成果，但它使同盟会的革命势头日显强劲，并推动其革命方略朝大规模军事活动转变，以期从根本上推翻清王朝。
与南陲军事行动遥相呼应的长江流域的起义，都是同盟会直接或间接地播下的革命火种。这些因准备仓促而以失败告终、但其影响效应独大的起义，都是反清革命总爆发将取得胜利的先兆。
同盟会战南陲之更积极的意义在于，不仅促使孙中山、黄兴等领导人的革命战略重心发生转移，更促使他们形成建立自己军队的思想。他们在修订《同盟会革命方略》时加进了《招军章程》和《招降清朝兵勇条件》，并多次密令党员之负有责任者应转向运动新军并建立新军。而同盟会干部在武昌新军中发展数百人拟建组织，正是这一战略思想得以实行的体现。
浏、醴、萍起义被诛杀者累万。
《革命方略》与青天白日旗
就在中国同盟会于东京举行成立大会的时候，湖南会党首领龚春台、萧克昌、蔡绍南等人，带领浏阳的会党、醴陵的原清兵防营兵勇及江西萍乡的煤矿工人共约三万余众发动了起义。他们占领当地团防局，共夺得两千余支枪。起义得手后，龚春台即以中华革命军南军革命先锋队都督的名义发出讨伐清朝的檄文，并与萧、蔡二人指挥革命军勇猛作战，屡败湘军，势不可当。
孙中山与黄兴从日本的报纸上得知浏、醴、萍起义的消息后，立即分遣胡瑛、宁调元、孙毓筠、禹之谟等入苏、皖、赣、湘、鄂各省运动军界，以图响应。
然而，湘、赣督抚闻革命党在浏、醴、萍起义的凶讯后，立即电奏朝廷。军机处请旨后，急命江西按察使秦炳直率三省军队前往镇压，同时电令张之洞，命湖北新军携大炮前往助战。义军尽管缺枪少弹，仍然敢于同装备精良的清军对阵。经过半个多月的血战，义军最后粮绝弹尽，抵敌不住。由于义军毕竟是未经训练之师，他们在败退之时来不及分散，被诛杀者累万，龚春台等头领也相继牺牲了。
浏、醴、萍起义失败后，孙中山在日本因信息不通，尚不知实情。他仍在以建立中华共和国革命军大总统身份发布照会，赞义军替天行化，吊民伐罪。他还声言，义军其应用军械，本总统自当源源接济。发布照会时，有日本《国民新闻》记者采访他，问中国起义军能否统一中国。孙中山以决然的语气相告：“能！”在场的宋教仁亦兴奋地说：“革命原非一人之事业，乃国民之事业。全国国民有此思想而起革命，则可成功，何不能统一？”
然而三日后，起义发动者、二十二岁的同盟会员刘道一牺牲的消息传到日本。刘道一在起义发动前，按照在日本时与黄兴的约定，给黄兴拍发了密电。可是鄂督却令湖北电报局扣下了密电，并派密探跟踪，在刘道一往长沙运动新军的途中将其捕拿。刘道一被捕后，司道审问他时，他毫不屈服，并大呼：“士可杀，不可辱，死就死罢！”会审官取不到证据，便以其所佩印章“锄非”二字定罪，将他斩杀于长沙浏阳门外。潜往香港策应起义刚刚返回东京的黄兴得知凶讯后，悲痛不已。他与刘道一的胞兄刘揆一抱头痛哭，说：“我每次谋划革命活动，顶数道一考虑得周详。他不仅懂日语，还精通英语，又是辩才，将来是外交方面的绝好人物！可这次他竟牺牲了！”
正当孙中山、黄兴、宋教仁等为湖南会党起义失败和刘道一牺牲伤心之际，又传来胡瑛、刘静庵、张难先等革命党人被捕、武昌的日知会被张之洞封查，禹之谟、宁调元等亦牺牲的恶耗，这更使他们悲愤逾常，决心精心准备，以为他日在国内大举义师，推翻满清王朝。
正在这时，在日本士官学校学陆军的留学生李烈钧、程潜、黄孚、孙传芳等三十余人经人介绍来找黄兴，要求加入同盟会。黄兴甚为高兴，便让他们宣誓入盟。考虑到陆军学生回国后会掌握兵权，黄兴叮嘱他们，入盟后不到同盟会总部往来，其入盟誓书也由自己一人独自保管。
黄兴把李烈军、程潜等学生入盟的消息告诉孙中山，孙中山更是大喜过望，认为是革命将兴之兆。于是，他召集黄兴、章炳麟、宋教仁、汪精卫、胡汉民等同盟会首领在《民报》社日夜聚讨，研究制定《军政府宣言》、《军队之编制》、《军律》、《安民布告》、《对外宣言》等多项阐明同盟会宗旨的文件，并统称《革命方略》。
《革命方略》的总目标，是在推翻满清之后，建立一个民众的共和国。为了设计未来共和国的国旗，孙中山与同盟会众干事亦进行了郑重的讨论。他力主沿用兴中会的青天白日旗，并向众人出示该旗的图形，说：“青天白日旗，为烈士陆皓东所发明，兴中会诸先烈及惠州革命军将士，先后为此旗流血，不可不留作纪念，故将来中华民国国旗拟采用此青天白日旗。”胡汉民、汪精卫对孙中山的提议表示拥护。
但宋教仁对此不表同意，说：“中华民国旗可用十八星，得以代表十八省。”
章炳麟却不同意宋教仁的主张，并提出了自己的看法：“用星条旗，就同美国国旗没有区别。最好用五色旗，以顺中国历史之习惯。”
黄兴对国旗更有自己的主张，他提出：“国旗用井字最宜，代表井田之意。青天白日，形式不美，且与日本旭日旗相近，万不可采用。”
孙中山见黄兴也不接受自己的提议，便接过话头说：“如若认为青天白日旗形式不美，可增红色，以符合自由、平等、博爱之真义。”
然而黄兴却执意不允，宋教仁、章炳麟也各执己见。孙中山见此，执着地说：“我在南洋，托命于是旗者数万人，欲毁之，先摈我可也。”
黄兴见孙中山语气决绝，心中颇为不快，沉默良久后，突然提出退会。宋教仁见黄兴要退会，也跟着说要辞去代理庶务。于是，众同盟会首领为国旗设计一事就此不欢而散。
散会后，胡汉民、汪精卫、章炳麟、刘揆一经商议，分别劝说黄兴、宋教仁以大局为重，不必为此而有碍同心协力推翻满清之大业。黄、宋二人在他们的劝说下，终没有退会辞职。不久，黄兴特致函胡汉民，表示同意孙中山坚持的国旗式样，他说：“名不必自我成，功不必自我立，其次亦功成而不居。孙先生何定须执着第一次起义之旗？然我今为党与大局，已勉强从先生意耳。”
孙中山见黄兴已同意以青天白日旗作为国旗，心绪方安。这时，宫崎突然来他寓所邀他去赴宴。
当孙中山与宫崎来到乌森柳田饭店时，厅内已有多人在座。一名英国教授主动上前与他交谈，并介绍他与日本内务大臣田康哉相识。田康哉委婉地告诉孙中山，他在日本不可久留，请早日离开。田康哉要孙中山理解日本政府的苦衷，还答应资助他出境的旅费。原来，清廷鉴于湖南会党起义时，孙中山以建立中华共和国革命军大总统身份发布照会，便再次要求日本政府驱逐孙中山出境。日本政府只好应允清廷的要求，但不采取公开行动，而是由内务大臣田康哉派人找孙中山的好友宫崎出面，邀孙中山赴宴，在宴会上转告日本政府的意图。
宴会后不久，日本外务省又转托私人宴请孙中山，并面赠旅费五千元。宫崎的密友、造船商铃木得知孙中山要离日，亦赠与他日金一万元。孙中山收下馈金后，即拿出两千元钱作为《民报》的费用，将余款携带在身，准备赴南洋以求发展。
1907年3月初，孙中山怀着沉重的心情离开东京同盟会总部，带着辞去同盟会书记职务的胡汉民、汪精卫及日本友人萱野长知，池亨吉等人，在宫崎的伴送下到神户搭乘德轮离日，拟经香港至新加坡。
孙中山离开东京后，章炳麟、张继、陶成章对孙中山接受日本政府旅费一事大起非议。张继认为孙中山不应接受日本政府的赠款，并怒气冲冲地说孙中山是受贿，被日本政府收买。章炳麟则误以为铃木一万元赠款是专项援助《民报》的，嫌孙中山给《民报》留下的太少。于是二人向众同盟会干事鼓噪，并引起黄兴、宋教仁、谭人风、田桐以及平山周的不满。陶成章还向众人散布，说隐约听人讲，孙中山此番去新加坡，还会得到来自巴黎的巨款，于是众人更加愤愤不平。宫崎得知章炳麟等人对孙中山有误解后，即邀请他们到凤乐园宴饮，以作澄清。但在宴席上任凭宫崎怎么劝说，众人总是闷闷不乐，尤其是章炳麟，他喝醉后回到《民报》，乘着酒兴把《民报》上孙中山的照片撕下来，写上“卖《民报》之孙文应即撤去”的字样寄往香港，以污辱孙中山。
一个E字五万元
孙中山一行抵达新加坡后，仍住晚晴园。然而到达的次日，新加坡政府即要孙中山去华民政务司会见，并派出华籍便衣暗探十余人，由巡长率领日夜守候在晚晴园进行监视。
孙中山见状，知新加坡不可久留，向新加坡的同盟会员张永福、陈楚楠交待要办好《中兴日报》后，便与胡汉民乘轮到越南，由西贡登岸后转往河内去了。
到达后，孙中山化名高达生，胡汉民化名陈同，住进了河内甘必达街六十一号兴中会机关部。次日，在香港下船的池亨吉也来到河内，担任孙中山的英文秘书。
孙中山住下后，即与河内革命同志甄吉亭、黄隆生等人开会，把河内兴中会分会改为同盟会分会。河内因临滇、桂、粤地区，有华侨会员数百人，海防的华侨也不少，并都有一些革命意识；在一所由法国人在河内开办的巴维学堂就读的中国学生更是倾向革命。为了组织起义，孙中山便命胡汉民及从新加坡赶来的汪精卫给华侨和学生讲述革命宗旨，指导他们进行革命活动。同时，鉴于内地会党头目亦多流寓于此，同盟会特设日新楼为饭店，用以招纳各路豪杰。这些会党头领都很佩服孙中山，想向他请教革命道理；但孙中山的行踪保密甚严，他担心暴露自己后不便行动，只托胡汉民、汪精卫对他们进行军纪教育，以帮助提高他们的素质。
然而最困难的事还是军饷问题，孙中山随身带的万余元日币很快就用完了。困顿之中，他抱着试一试的念头，要胡汉民向巴黎发电报，请求一位名叫张静江的清廷驻法使馆随员汇款。
胡汉民拟好电文后，送孙中山过目，孙中山却说：“你只须填写一个A字就够了。”
胡汉民问其缘故，孙中山诡秘一笑，只是说：“落款处你要写上我的真名，不可用化名。”
胡汉民照办了，在电报单上只写了一个A字，填上发报人孙中山的名字。不数日，果然有一万元钱汇至。
收到汇款后，不久孙中山又让胡汉民发了一封只填写有一个E字的电报，接着又有五万元汇至。
胡汉民感到奇怪，便问道：“孙先生，此公是什么人，为何如此大方接济我同盟会的革命事业？”
孙中山听了，神采飞扬地说：“此人真谓奇士，是我去年3月初自马赛启程赴新加坡途中结识的。当时登轮不久，一位跛足体弱的青年来到我面前，对我说：‘您不就是实行革命的孙文君么？闻名久矣！’我暗觉奇怪之际，此人又说：‘我亦深信，非革命不能救中国。我近数年在法国经商，获资数万，甚欲为君之助。君如有需，随时电知，我当悉力以应。’我将信将疑，以为萍水相逢未敢轻信，便说：‘敢问兄之尊姓大名，为何来到巴黎？今欲何往？’这跛足青年说：‘鄙人姓张名静江，是清廷驻法使馆的商务随员。去冬，我与吴稚晖等人在巴黎组织世界社，出版《新世纪》，以鼓吹革命，倡无政府主义。现又设立了中华印字局，此行是去新加坡买印字机，还想招募几个排印工人。’我听了甚是欣慰，对他说：‘你说的吴稚晖我认识，就是去年在日本投水、以死相抗清廷驻日公使不义行为的吴敬恒。看来你我都是同志。你真的有巨资资助革命么？’张静江说：‘不瞒您说，鄙人祖藉是浙江吴兴，家父是上海张园主人，前些年父殁后分得遗产巨万，藉以经营中国古董文物。法国人癖好中国古董者颇多，我的生意很是兴隆，故获利达数万元。听说您在这只船上，便满船寻找，幸好找到了您。’我听了这番话，见其所言朴实，即对他的革命热情予以赞扬，表示愿意接受捐助。张静江当场又和我约定：‘您向我发电报时，用ABCDE五个字母就足够了。’他见我不解其意，遂一一作解说：‘这是互约暗号，A为一万元，B为二万元，C为三万元，D为四万元，E为五万元。您发来一个A，我即寄您一万元；发来一个E，我即寄您五万元。’我笑着点了点头。船至新加坡后，张静江即随我上岸，一同住入晚晴园。当晚，我约见已前来新加坡的张继，成立同盟会新加坡分会，并举张永福为会长。接着，我主持接纳张静江入盟的宣誓仪式，还把张静江介绍给大家，诸同志听说后，都称他是有志于革命的奇人。”
胡汉民听了这番话，亦对张静江敬叹不已，说：“恐怕张静江是同盟会成立后，出资资助革命最多者。”
孙中山感慨地说：“是啊，此公做事为人，只尽义务而不问权利，可敬可佩！”
孙中山有了活动经费，即命胡汉民去香港策应许雪秋的潮、惠起义，胡汉民便携带部分款项遵命前行。
黄冈、惠州起义
黄兴在孙中山离开日本后代理同盟会总理职务，他与宋教仁商定准备向中国东北发展，由宋教仁赴辽东运动绿林武装。数日后，宋教仁偕白逾桓、古川清乘船潜往安东，与大孤山绿林头领李逢春等人会晤，协议成立同盟会辽东支部，并决定由白逾桓在凤凰城一带招兵。但是刚一开始，招兵事泄，白逾桓被清兵捕获。宋教仁见事不妙，急忙改穿日本服装返回东京。黄兴见在东北举事不成，便也改向中国南方发展。
这时，正在香港奉命策划潮惠起义的胡汉民电告孙中山，说正在运动肇庆清军的郭人漳部，需要懂军事者前来指挥。孙中山得电后，即致函黄兴，请其南行任事。
黄兴接函后立即乘轮到香港。他与胡汉民、冯自由、萱野长知等人计议后，决定赴郭营去访见。然而郭人漳部这时已经移驻钦州，因那里发生农民抗捐风潮。黄兴只好打消肇庆之行，计议另作他图。
这时，刘揆一从东京发来急电，告之回国策划起义的女同盟会员秋瑾，派人到东京请求同盟会总部援助饷械，并要黄兴亲往皖浙组织起义。黄兴得电报后，左右为难，因他在香港的活动已被广督派出的密探侦知，清廷正在要求港督引渡他。他显然去不了皖浙，于是只好急匆匆地乘轮返回东京去了。
到东京后，刘揆一即相告：“同盟会内部已发生严重分化。你离去后不久，会员张伯祥、焦达峰、陈新作在东京清风亭发起成立了共进会，参加者有刘公、居正、熊克武、覃振、陶成章等九十余人。共进会把总理‘平均地权’的主张改为‘平均人权’，把活动重点放在两湖地区。”
黄兴得此讯后，顿时大吃一惊。他顾不上休息片刻，即去找湖南同乡焦达峰，质问道：“兄既已入盟，为何要另立门户？”
焦达峰说：“同盟会行动太缓慢，应付不了内地发生的紧急情况。”
黄兴又问：“革命党有两个组织系统，谁是正统？”
焦达峰却答道：“还没有发难，为何这样急着争正统？有朝一日，你们的功劳大，我们就归附你们。我们的功劳大，你们就归附我们。”
黄兴听了不再做声，心情怅然地告辞了。接着他离开东京，再度赴香港，并潜入钦州，想策动郭人漳起义。