见众疆臣大多反对新政，光绪帝即与朝中主张新政的大臣商议。军机大臣孙家鼐便奏请从教育入手，开办京师大学堂，倡导学习西学，着眼于长远来变法，光绪帝对此表示赞许。于是孙家鼐不久即进《遵议开办京师大学堂折》，他在折中云：“今中国创立京师大学堂，自应以中学为主，西学为辅；中学为体，西学为用；中学有未备者，以西学补之；中学有失传者，以西学还之；以中学包罗西学，不能以西学凌驾中学。”光绪帝览折后甚喜，便交朝议。朝议时，众多大臣亦纷纷表示同意兴办学堂。光绪帝立即准议，颁旨着孙家鼐等筹办京师大学堂事。
被钦点工部主事后康有为并不到任，
而在南海会馆拟折、读《天演论》，
又与友人创强学会，办《万国公报》
康有为的第三次上书上达光绪帝后，当天即由户部引见钦点工部虞衡主事。但他并不满足，拒不到署上任，而是和梁启超等弟子一起继续在南海会馆草拟上光绪帝第四书。后又代御史王鹏运拟弹劾军机大臣孙毓汶、徐用仪折。康有为的弹劾折虽然使徐用仪离开军机处和总理衙门，亦使已被免职的孙毓汶叠加处罚，但他向光绪帝的第四次上书却被格阻未上达。这使他感到宦途进登颇难，辅清帝行中兴之治的路无望，于是想南归粤城继续讲学著书。
军机章京陈炽、好友沈曾植得知他的打算后，往南海会馆极力挽留，说时有可为，此非仅讲学著书之时，劝他在京城创学会、办报纸。沈增植还特地相告：“北洋水师学堂堂长严又陵，在天津《直报》上发表《论世变之亟》、《原强》、《辟韩》、《救亡语论》四文，影响颇巨。尤其《辟韩》一文所见皆新，言‘国者，斯民之公产也，王侯将相者，通国之公仆隶也。西洋之民，其尊且贵也，过于王候将相；而我中国之民，其卑且贱，皆奴产子也。’《救亡语论》更是大倡鼓民力、开民智、新民德，疾呼废八股、兴西学，设议院。”
康有为听了忙问：“此公是何地人氏？”
沈曾植说：“乃福州侯官人，曾留学英国皇家海军学院。不惟通格致之学，更精西方学术政制。此人颇有复兴中国之抱负，故又改名严复。据传，严公正在译述《天演论》，‘物竞天择，适者生存’，是其书主旨。”
康有为这时两目放光，说：“经年来，我眼中未见此等人。若如此，严又陵是为中国西学第一者。”
说罢，他即要梁启超去天津造访，并借其译作《天演论》以备读。就这样，康有为欣然在京城留了下来。
梁启超奉师命后，即去天津拜访严复。不久，他借了《天演论》译稿返京，呈交给康有为。康有为见之大喜，他用一昼夜时间即将该书读完。读完《天演论》后，康有为觉得自己眼界更开，便想在京城以传播新知为事业，于是与梁启超、麦孟华等商议，创办一份双日刊的报纸，拟由梁启超做主笔，自己出纸墨银。
梁启超早就想办报，听康有为这样说，便一口承应下来，他当即提议报纸取名《万国公报》。康有为听了，称此报名好，事情很快就定下来了。麦孟华对办报也很喜欢，他自告奋勇承担报纸印发之事，并于当天即去《京报》报房联系代印报纸及代送报纸等事。报房见有些钱可赚，便把这两宗事都承应下来。
经过半月的紧张准备，《万国公报》于1895年8月17日在京城面世。京城的官僚大夫初见这份随《京报》送来的报纸时，见其上多是介绍西法之良和强国富民的新政措施，不少人骇然。但两个月后，不少朝士已渐知新法之良，识议为之一变，报纸需求量因而猛增，其印刷量由开始时的一千份增加至三千份。报纸办得成功，康氏弟子心中欢喜。可是康有为却喜中有忧，他忧的是私人难以承付每期报纸的印刷银二两，至中秋节边只得典当衣物以维持出报费用了。幸好有陈炽及张之洞之子、刑部主事张仁权等人解囊资助，出报事才得以维持。
在开办报纸的同时，康有为又与陈炽、沈曾植、张仁权等人筹议组织强学会。参与其事的有沈曾植的弟弟翰林院编修沈曾桐，翰林院侍读学士文廷式，内阁中书杨锐、王鹏运等人。经过运动，光绪帝的两位师傅翁同龢、孙家鼐也答应给学会的筹建以暗中支持。稍后，军机大臣李鸿藻的得意门生张孝谦，奔走李鸿藻之门的观察袁世凯，翰林院编修徐世昌，张之洞的亲信丁立钧等人亦参加了学会筹组活动。至9月中旬，陈炽与康有为等人召集强学会筹备会，落实组织。会议选举陈炽为提调，张孝谦为助理，梁启超为书记员，并推举康有为起草强学会序和章程。筹集经费时，与会诸人都踊跃捐款，袁世凯当即捐银五百两，十分热情。
三日后，康有为将强学会序写成，交与陈炽过目。陈炽览毕，以敬重的口吻说道：“兄真谓才高八斗，寥寥数语，将中国万分危迫的图景勾画出来了：‘俄北瞰，英西睒，法南瞵，日东眈，处四强邻之中而为中国，岌岌哉！况磨牙涎舌，思分其余者，尚十余国。辽台茫茫，回变扰扰，人心皇皇，事势儳儳，不可终日。’我国确处于此境此况中。若再守旧制而不变法自强，国家将亡。”
康有为矜重地说：“故我特地明言中国之危迫在守旧。举地球守旧之国，盖已无一瓦全者。印度、土耳其诸大国皆因守旧不变而亡，亚非各国纷纷消亡都因守旧不变。我中国孱卧于群雄之间，鼾寝于火薪之上，却仍守旧不知变法，若不早图，将成为亡国奴。”
陈炽再次表示赞同，说：“兄在序中亦点明拯救中国之道，在于开学会，讲求变法自强。这正道出了强学会根本。我看这序甚是圆满，无须改动一字，赶紧印发吧。”
康有为听了，笑着点了点头。
强学会序印出后，张孝谦即送一份给孙家鼐。孙家鼐阅罢激动不已，联想起对日战争的失败和赔款割地的耻辱，他止不住热泪横流。为了唤起京中官绅的救危意识，变法新政，他决意尽心扶持强学会，并将后孙公园安徽会馆的一部分腾给强学会作会所。
强学会有了会所，活动便利多了。康有为与陈炽相商在会所开办书藏，设立强学书局。为筹到大量经费，康有为在京城多方活动，又致函各省督抚以求支持。翁同龢得知强学会要设立书局，立刻答应从户部拨给一些银两以添置印书机器。新任直隶总督、北洋大臣的王文韶，署两江总督张之洞及继任者刘坤一等疆臣，在接到康有为的求助信后，迅即捐银各五千两。提督宋庆、聂士成等接信后也都捐银五千两。
屈居在家的李鸿章闻知朝臣疆吏纷纷捐款强学会，亦差门人前去捐银二千两。提调陈炽因他赴日本签约后名声狼藉，故拒收捐银，还对他的门人说：“李鸿章虽身存而名已丧，极不愿他与学会有染。”在场的康有为本想劝阻陈炽，但来不及了。
李鸿章得知自己的捐款被拒绝，又羞又恼，愤愤地说：“老夫有意资助学会，小子陈炽却不识深浅。康有为亦不知好歹，去年朝廷着查《新学伪经考》一案，我有意袒护，奏告康氏之书乃辩刘歆之增窜圣经，以尊孔子，并非离经，只请饬其自行抽毁而未加罪，不意这小子忘恩负义，竟与陈炽一道，拒我美意。这般也好，我就看强学会强到几时。”
当门人禀告拒捐之事主要是陈炽所为时，李鸿章心中火气渐消了一些。
这时，强学会已有会员五十余人，前去参加活动的人益众。为了光大强学会，康有为又以松筠庵对面的嵩云草堂为集会场所，每十日集会一次，每次集会都率先发表演说，鼓动爱国自强。一时间，京城士大夫云从，都以参与集会为荣事。
美国传教士李提摩太、英国传教士李佳白闻知，也来参加集会，同陈炽、康有为等人讨论改革中国之事，并受邀演说。
一日集会，康有为特邀李提摩太演说。李提摩太的讲题是甲午战争后的中国和日本。这位传教士的演说数据准确，材料丰富，颇能打动人心。
在讲到日本时，他以布道般的语调说：
日本仅用八个月的时间同中国打仗，一下子成为亚洲的暴发户。它向中国索赔款库平银二亿两，加上赎辽费三千万两和威海卫日军守备费一百五十万两，共二亿三千一百五十万两，约合三亿四千七百五十万日元。
说到这里，李提摩太顿了顿，提高了声调：
这是一个天文数字。这笔款额相当大清国三年的岁入，日本国家财政四年半收入的总和。日本靠战争发财，用中国的话说，叫做为富不仁。日本还从中国掠夺了包括舰艇、轮船、汽船、军港设备、机器、枪炮弹药、金银、粮食等大量战利品，这些总价值亦愈亿元。据日本报纸云，日本前外务相井上馨这样说过：‘在未得中国赔款前，日本财政部门全部收入只有八千万日元，根本料想不到会有好几亿的日元。现在有三亿五千万日元滚滚而来，无论政府或私人都顿觉无比地富裕。’日本的这种不义之财掠之于中国，使中国更加贫穷。甲午战争前三十余年间，清廷曾向英、德等国商人借债二十五次，总额为四千一百余万两，战前已基本偿清。而去年战争期间，清廷向英商和德商银行的四笔借款就达四千三百多万两。战后为偿付日本赔款，清廷先后向俄、法、英、德四国三次大借款，总计三亿两，连本带利共六亿多两。清国的这些借款，只能以海关税收、苏州、淞沪、九江、浙江厘金及宜昌、鄂岸、皖岸盐厘为担保，偿还期为四十五年。如此之重的债务，中国日后在经济上很难发展。相反日本经济发展迅速。1892年，日本有工厂二千七百余家，其中使用动力的工厂不足千家，共有三万余马力。至今年，工厂增至六千余家，使用动力的工厂增至二千家，共有六万余马力。1893年，日本有七百零三家银行，资本约一亿一千万日元。现银行增至千余家，资本为两亿多日元，差不多翻了一番。日本还拿出偿金五十七万九千元发展钢铁，建立八幡制铁所。值得你等警惕的是，日本用赔款总数的百分之八十五即三亿零五百万日元为军费，以进一步扩军备战。不出数年，日本可能要再次对中国用兵。我作为上帝的和平使者，极不愿意看到可悲战争的重演。
李摩提太的这番演说，像是对日本的控诉，也像是为中国抱打不平，搏得了在场人士的一致喝采，也激起了人们对日本过分贪婪的憎恨，因而李摩提太本人也获得了人们的普遍好感。
强学会的活动引起了徐桐的嫉恨，他想整治一下却又无从下手。一日，他在家中闲坐，送报人又将《万国公报》送上家门，他即怒之以目，吓得送报人丢下报纸后慌忙离去，从此不敢再上门。徐桐看了看《万国公报》，见其上的言论激越叛经，便断定报纸必定是康有为等辈所办。经打听，《万国公报》果然是康有为暗中操持，于是徐桐顿时有了主意，准备上奏折对康有为进行弹劾。
陈炽、沈曾植闻知此情况后，便要康有为离京暂避风头，并停办《万国公报》。康有为只得避走上海。
《万国公报》停刊后，梁启超在京无事，也准备离去。刚好强学会设立译书局，又要出会刊《中外纪闻》，聘他和汪大燮任主笔，染启超就留了下来。而《中外纪闻》在梁启超、汪大燮主持下，办得仍像《万国公报》一样，鼓吹新政。它除赠阅外，还发售于京师，寄销外地。
李鸿章因捐款被拒，担心强学会对自己日后不利，便想对强学会诸人兴狱问罪。他趁李鸿藻赴陵差之机，授意他的亲家、御史杨崇伊上折弹劾强学会私立会党，植党营私，请饬严禁。光绪帝见折后，受迫于慈禧太后，只得着都察院查明封禁。
光绪帝的旨意下达时，强学会助理张孝谦即赶紧往李鸿章处献好，丁立钧等人吓得马上将学会的书籍缴还同文馆。而陈炽则让沈曾植出面邀梁启超、杨锐、汪大燮、王鹏运等人相商，准备具呈力争；同时他自己去拜晤强学会的另一后台翁同龢，请他挽回事态。翁同龢受托，便向光绪帝密奏说：“教育人才，自强之本，未可阻遏，使天下寒心。”待李鸿藻回京后，翁同龢又前往其寓所，与他商议善后事。孙家鼐说：“事已至此，看来较好办法，只有将强学会收编为官书局了。”于是二人授意侍读学士文廷式上折请编洋务书，将强学会改设官书局。文廷式上折后，光绪帝即准奏，令强学会改为官书局，差孙家鼐管理。
康有为离京南下抵上海后，又想在上海办强学会，故往南京游说署两江总督张之洞。张之洞见到他，待若上宾，留他住了二十余日，还隔日一谈，每至夜深。
为扶持开学会，张之洞除私人捐银款五百两外，还拨公款一千两，以充办会费用。他还令幕僚梁鼎芬、黄绍箕与康有为一同至上海，与黄遵宪等人着手成立强学会。
上海强学会在张之洞资助下成立后，康有为又打算办《强学报》。为此，他把弟子徐勤从广州召来担任主笔。
《强学报》出版后，康有为将它寄往南京送张之洞阅。张之洞阅过首期后，觉得它打的是孔子改制的招牌，所传的却是康有为自己的变法理论，有背文尺，便电劝康有为勿言此学。他怕康有为不从所劝，又让梁鼎芬前去陈说利害，说只要放弃孔子改制说，定供养强学会的费用。然而梁鼎芬劝说时，康有为却语气决绝地说：“孔子改制，大道也，岂为一两总督供养而放弃？”他仍我行我素，竟在《强学报》的封面上特书“孔子卒后二千三百七十三年”字样，冠于“光绪二十一年”之前。同时他还在报上发表“孔子纪年说”，又违反清廷规定，擅自公布光绪帝未曾发出的议行十四项新政的上谕。
张之洞见了，认定康有为自改正朔，必有异志，恐祸及自己，于是趁康有为回粤为母祝寿之机，让梁鼎芬劝其独自在广州办一强学会，不再干涉上海强学会事。当康有为去广州后，刚好京师强学会被查封，张之洞便趁势致电上海各报馆，宣布解散强学会，停办《强学报》。