军机大臣孙毓汶通过探子打听到十八省一千三百名举人在松筠庵谏草堂传观讨论《上今皇帝书》，并准备举行声势浩大的集体上书的消息后，心感愤怒。他惟恐众举人上书成功，阻碍光绪帝批准和约的决心，战事将会再起；于是连夜派人到各省公车聚居的会馆妄造飞言恐吓，又在街头遍贴飞书，说在松筠庵集会是聚众谤议朝廷，绝不可再去集体上书而失了功名。
为了不致和局有变，孙毓汶在众公车集会的次日，即相约军机大臣徐用仪，会同恭亲王奕訢和庆亲王奕劻一道入宫谏请光绪帝批准和约。光绪帝这时仍然迟疑不决，说要稍候一下俄、法、德、美诸国的回电。孙毓汶有些气急，跪下央求道：“事已至此，皇上万不可再等。外夷狡诈，万不可恃，皇上还是早定和议为是。”光绪帝无奈中，问询奕訢等另外三位大臣的意见，可是这三位大臣却沉默无语，僵僵地立候着。光绪帝心急意乱，绕殿来回急步约一个时辰，后顿足流涕，不得已发谕准约。接着，四位大臣又逼着光绪帝立刻在和约上用宝。光绪帝不得已拿出御玺在和约上盖了印，并降旨派联芳和伍廷芳为换约全权大臣。
光绪帝在和约上盖用御玺、批准和约后，消息迅速传开了。众举人见局已大定，不可复救，人心顿时瓦解。当夜，即有数百名举人收回签名知单。这样，《上今皇帝书》的签名者只剩下了六百零三人。至5月4日，松筠庵已冷冷清清，很少见到公车的足迹。于是，原定此日全国举人联名上书都察院的动议遂告夭折。
许多举人得知孙毓汶是破坏上书的罪魁后，愤恨不已，扬言要抬棺材送给孙家，吓得孙毓汶不敢上朝，只好托病告假。随后，孙毓汶遭到兵部主事和礼部主事的联名弹劾，光绪帝见到条陈后，即发谕将他开缺了。
举人们听说孙毓汶开缺，颇感气舒；但康有为却因未能策动在京会考的公车集体到都察院递交《上今皇帝书》，深以为憾。弟子梁启超等人劝他说：“在京会考的公车上书今皇上，实为朝廷二百余年来未有之大举。它首次打破士人无资格上书皇帝言事干政的积习，使震动朝野，这足令老师宽慰了。”康有为看了看手中的《上今皇帝书》，苦笑着点了点头。
《上今皇帝书》虽未上交都察院，但其内容在人们的争相传抄中遍传京都。美国驻京公使田贝，特向康有为面索上书稿一份。他读后感其“煌煌之文，惊天地泣鬼神”，便电发至国内，登在报上。自此，康有为名声大噪。
光绪帝对和约用宝后，心情忧郁。不意两天后，却得到驻日公使的来电，告知俄国会同德、法两国准备干涉日本割占辽东，否则不让如期换约。得此电奏后，光绪帝心绪稍平。
原来，俄国驻日公使奉沙皇之命，在睦仁天皇批准和约后的第三天，即携德、法两国公使一起至东京日本外务省送交备忘录，要求日本政府放弃占领辽东半岛，以免危及中国首都和使朝鲜独立有名无实，且免将来对远东永久和平发生障碍。送交备忘录时，俄国公使以威胁的口气宣称：“日本永久占领辽东半岛，恐有招致冲突之虞。”德国公使也公然警告：“日本必须让步，对三国开仗绝对没有希望。”负责接见的日本外务次官见三国公使态度强硬，感到惊慌，即将三国干涉之事报告陆奥外相。陆奥一听，也吃惊不小，连忙报告首相伊藤，并与伊藤商议起对策来。伊藤说：“俄国干涉我归还辽东，主要是因我占辽东，首先遏制了它在远东的利益和称霸亚洲的政策；德国嘛，不过是想乘干涉之机，在山东获一港口以扩张其远东势力。但法国为何干涉呢？”“法国？”陆奥接口说，“可能是作为俄国的盟友而采取行动，不见得有具体目的。”伊藤听了点点头，接着说：“为对抗俄、德、法三国的干涉，我们只有与英、美、意等国联络，获得它们的支持。”
然而伊藤的打算落空了，当陆奥与英、美、意等国的公使联络时，他们都表示不支持日本。在处境孤立的情况下，日本内阁及大本营重臣急忙在京都举行会议，决定接受三国劝告。会后，陆奥外相即复文俄、德、法三国公使，表示放弃对辽东半岛的永久占领。三国公使接到复文后，见目的已经达到，便同意日本与清国如期换约，但又敦促日本政府早日与清国就还辽事达成协议。
日本政府见障碍已除，为使《中日讲和条约》正式生效，便急派日本全权办理大臣伊东已代治乘轮赴烟台，与清廷钦差换约大臣伍廷芳、联芳举行换约仪式。中日两国换约后，光绪帝明发朱谕，宣示万不得已批准与日定约之苦衷，以求“天下臣民皆应共谅”。朱谕还称：“嗣后我君臣上下惟当坚苦一心，痛除积弊，于练兵、筹饷两大端尽力研求，详筹兴革，勿存懈志，以收自强之效。”
台湾巡抚唐景崧拟自立民主保台不成，乘商船逃至厦门。
名将刘永福毙敌数千后也内渡离台
台抚唐景崧见朝廷明发了朱谕，知割台之事已至危急。他即与众官吏绅民商议如何守土抗敌。台北抚府所属官吏及丘逢甲、陈季同等官绅力主采用假独立、真保台的计策：为了阻止日本割占台湾，可依照《万国公法》实行台湾独立，加紧成立台湾民主国。台抚对外称总统，对内仍是旧名分。一旦割台之事平息，即宣布撤去民主国称号，取消总统名分，面北称臣。唐景崧对此开始有些犹豫，后见事态紧迫，只得勉强同意，说：“身为朝廷命官，只要能保全大清国土，即使赴汤蹈火，也在所不计。我将凭天起誓，永远效忠皇上。”在唐景崧表示同意后，众官绅公推唐景崧任民主国总统，准备新铸金印一颗以授之；公推曾在越南战场大败法军的老英雄刘永福为大将军，以负抗敌之责；制矩形蓝地黄虎旗为国旗，早日正式举行立国仪式。
事情很快准备就绪后，在5月25日这天，唐景崧身着朝服，望阙九叩首，北面受任，大哭而入巡抚衙门，宣布台湾民主国成立，改年号为永清。唐景崧就任后，即以民主国总统名义布告中外，晓谕全台；接着他着手新置机构，新命官员，整编军队以准备抗日。
唐景崧和刘永福原都是署两江总督张之洞的旧部，故张之洞极力支持他们的抗日义举。早在日本海军行将袭击台湾之前，张之洞就拨枪一千六百余支、子弹一百万发及军饷二十万往台，以加强台湾的防守。在李鸿章议和之时，张之洞屡屡上奏，坚谓台湾万不可弃。及收到唐景崧准备率台民坚守台湾的电报时，张之洞即派人将唐景崧的老母接至南京赡养，并电告唐：“君为国尽忠，吾为若尽孝，勿以老母为虑。”继而张之洞又不顾清廷禁令，拨银三十万两经英国汇丰银行汇往台湾，资助唐景崧购置枪械弹药。然而，日军此时已调拨五万大军开往台湾，台湾军民则加紧海防，日夜巡逻，准备全力抗击侵略者。
清廷担心在割台问题上节外生枝，得罪日本，急忙派遣李经方乘德国商轮公义号由上海启航，专程赴台行割台手续。6月2日，李经方与日本政府委派的台湾民政局长水野遵于停泊在台湾海面的公义号船上，商定并缮成中文和日文两份交割文据，由日方署名盖章后完成交割。
交割完成后，日军即兵分三路加紧进攻台湾，并集三万大军直取台北。台北军民虽然顽强抵抗，终因日军势大而不能支。唐景崧见大势已去，只得改装乘商船出逃至厦门。随后，丘逢甲也悄然内渡。
唐景崧、丘逢甲等出逃后不久，台北便告陷落。但大将军刘永福父子置生死于度外，仍率众将士苦撑危局，与日军展开游击战。日军由于不适应热带气候，竟有一万二千人患赤痢或嶂气死亡，这给刘永福军抗敌造成极有利的机会。刘永福更利用险山危路，指挥部队不断给日军以重创，前后消灭日军四千六百余人，并亲手击毙日军近卫师团长北白川宫能久亲王。然而在历时五个多月的多次战斗后，刘永福军最后也弹尽粮绝，陷入了困境。不得已，刘永福只好遣散众部，分批逃亡；他们父子于10月中旬与部将、慕客数人乘英国商船最后内渡离台。
梁启超的出色试卷被压下；
康有为中举后即上折言变法
康有为因领衔联名上书，引起朝中一些守旧老臣的忌恨。待会试后，主考官徐桐即告诫各考官：“粤省卷中有才气者必为康有为，即不予录取。”副主考官李文田阅卷时，见到有份试卷才华出众，便以为是康有为的，即告知徐桐。徐桐忙致书其他考官，说此卷文字皆背绳尺，必非佳士，不可取。李文田则故意在这份试卷上戏谑地批道：“还君明珠双泪垂，恨不相逢未嫁时。惜哉，惜哉！”最后录取登榜时，果然不见有康有为的名字。待只剩下前五名未填写时，徐桐仍不见康有为的名字出现，便洋洋得意，以为他被淘汰无疑。翁同龢半开玩笑地说：“尚有五名，安知无康有为？”果真，当填前五名时，康有为的名字出现了，并且拟为会元。徐桐恼羞成怒，硬将他降为第五名。李文田见事阴差阳错，便去核查试卷，一看才知那份故意不予录取的出色试卷是梁启超的。
发榜后，康有为中式进士前五名的佳音传到南海会馆。他接到喜报后甚感高兴，可是却不想按惯例奉主考官为师，当得知主考官是徐桐后，他更不愿意拜师，说这是无理已甚。使他忘不了的是，七年前为上书三次谒徐府请其代奏，徐桐始终拒而不见。康有为的好友、刑部侍郎沈曾植闻知劝道：“不认座主为师，必连累殿试得元。贤兄还是忍得一时之气吧。”康有为听了，才勉强屈节拜见座主徐桐。
殿试时，阅卷大臣徐树铭把康有为列为第一名，其他阅卷大臣都同意，可是李文田挟嫌反对，不画圈，又加黄签指出卷中冒字下缺一字，据此将康有为降至二甲四十六名。朝考时，翁同龢本欲置康有为第一名，又是李文田作梗，把康有为试卷中的闷、症等字上加黄签，指为误笔，将他降为二等。这样，康有为的朝考卷便失去被光绪帝亲览的机会。尽管如此，康有为在会考中金榜题名，成为天子门生，脸上骤增光彩。他不仅感到了光宗耀祖的满足，更感到宦途进登之路从此可以亨通，辅清帝行中兴之治、强国富民之日也为期不远。
于是，康有为决计再次上书光绪帝。他拟定《为安危大计，乞及时变法，富国、养民、教士、治兵，求人才而慎左右，通下情而图自强，以雪国耻而保疆圉呈》后，以进士身份呈递都察院请代奏。康有为这一次上折倒很顺利，都察院于次日便将奏折递交军机处，军机大臣翁同龢在南书房授读的当天即代呈光绪帝御览。光绪帝览后，对康有为的奏折大为嘉许，示意在早朝时由军机大臣正式呈奏。他还特令军机处抄录三份，一份存西苑勤政殿以便随时阅览，一份存紫禁城乾清宫亦便阅览，一份存军机处旋抄发各省督抚将军会议奏复。抄录后，光绪帝又把原呈和都察院的奏片在当天送颐和园呈慈禧太后懿览。
忍受过甲午败战、割地赔款耻辱的朝臣疆吏，在接读御批的康有为的上书后，大为感奋，他们也纷纷上折言事变法。先是广西臬司胡燏芬上《条陈变法自强事宜折》，继之南书房翰林张百熙上《急图自强敬陈管见折》，接着朝中一些大臣也不断进折，这使光绪帝大受鼓舞，便兴奋地与师傅翁同龢商议起来。
翁同龢说：“臣极愿变法中兴，但恐改行新政，真心拥护者甚少。各省督抚、将军且不说，朝中大臣阻挠者亦多。再者，太后懿意如何尚且不知。”
光绪帝却说：“当此创巨痛深之日，正我君臣卧薪尝胆之时，各将军、督抚，及朝中大臣，受恩深重，具有天良，谅不至畏难苟安，空言塞责。至于皇太后那里，我多请懿旨就是了。还请师傅尽快拟定变法上谕。”
翁同龢见光绪帝锐意变法，由衷高兴，连忙说：“臣肝脑涂地，也要尽辅佐之责，但愿圣上新政指日成功。”说罢，他领旨代拟上谕去了。
翁同龢不出半月即将新政上谕拟成，他细心改定后，才在去南书房授读时将拟稿进呈光绪帝：“臣奉旨代拟上谕，列新政十四项，即修铁路、铸钞币、造机器、开矿产、折南漕、减兵额、创邮政、练陆军、整海军、立学堂、整厘金、核关税、稽荒田、汰冗员。此前十项，其中多含皇上的旨意。大抵以筹饷、练兵为急务，以劝工惠商为本原，皆应立时举办。”
光绪帝微笑着接过代拟的上谕，说：“师傅所拟的这十四项新政，正合我意。我阅览后，向皇太后请了懿旨，即行发布。”
三天后，光绪帝即奉懿旨向全国颁发新政上谕，并令各直省将军、督抚，各就本省情形与藩臬两司及各地方官“悉心筹划，酌度办法，限文到一月内，分晰复奏”。
新政上谕分寄各省后，各省督抚接谕旨后不久即行复奏。军机处将这些陆续回寄的复奏上呈光绪帝，光绪帝即一一阅览。他见到两江总督刘坤一、安徽巡抚福润复奏拥护新政，甚感高兴。然而当他阅览山东巡抚李秉衡的复奏时，见开首就有“法制未可轻变，变法不过添一新奇之弊窦”的明言劝阻，颇为不快，便把它放置一旁，拿起另一份。而另一份是湖北巡抚谭继洵的复奏，它也反对变法。其中言：“人者本也，法者末也，变法者末之末也。”光绪帝生气地把这份复奏放在一边，又拿起河南布政使额勒精额的一份复奏。可是额勒精额在复奏中竟无端指责广西臬司胡燏芬：“胡燏芬之言变法折，必由洋人授意于奸细转交呈进。然泰西之法，只可行之泰西诸国，若用于中国，则是乱天下之道。”见到这两行字，光绪帝不由怒从心起：“这是明斥胡燏芬，暗中责我而已。如此昏庸守旧，如何得了！”