章士钊自1903年初任《苏报》主笔后，将报纸版面作了诸多改良，又增添“舆论商榷”一栏，刊登各种政论，直言指斥清廷。6月上旬，《苏报》一连刊登几篇反清文章。先是章士钊自撰的《论中国当道者皆革命党》一文在报上连载，言革命党之发生，是由清廷之残杀、暴政、贪戾、狠毒、横敛暴征所迫，是逼上梁山。继之《苏报》论说栏刊出章炳麟的文章《论革命军》；接着又登出《读严拿留学生密谕有愤》一文，怒骂清廷是贼满人。上海地方官员对《苏报》早就不能相容，及见到这些明目张胆的反清言论，就开始策划捕人。
自4月份爱国学社师生在张园集会演说开始后不久，驻沪商约大臣吕海寰就要上海道袁树勋予以镇压，但因爱国学社在英租界内，袁树勋鞭长莫及。他只好向各国驻沪领袖领事、美国驻沪总领事古纳交涉。
在袁树勋的苦苦请求之下，古纳签字应准捕人，可是租界工部局却以不合租界章程为名，勒令收回成命。工部局还先后六次通知蔡元培诸人，说袁树勋要捉拿他们，但表示只要学社是在讲学，不藏武器弹药，工部局将予保护，不准官厅进租界捕人。吕海寰见袁树勋办事未果，便又向江苏巡抚恩寿密告：“上海租界有所谓热心少年者，在张园聚众议事，名为拒法拒俄，实则希图作乱，请即将为首之人密拿严办。”他还开列了一捕人名单，要求按名单拿人。恩寿见事关重大，不便作主，即报告两江总督魏光寿。魏光寿即同意密拿聚众议事者，并于6月20日电告外务部。
慈禧太后得外务部禀奏后，即命光绪帝宣旨著沿海沿江各省督抚，务将倡演革命诸邪说者严密查办。魏光寿奉旨后，便加派修补道俞明震赴沪，会同袁树勋办理案子。然而俞明震是一位处事圆通的官僚，到沪后采取官场腐败办案的惯用手段：表面上大张旗鼓，背地里走漏风声，以便放走首要，应付了事。
在袁树勋出告示悬赏捉人时，俞明震却亲往《苏报》馆拜会陈范。因陈范深匿未出见，次日他又叫儿子找到吴敬恒，婉劝《苏报》不可再登反清言论，并出示捉人的命令，示意吴敬恒等人暂避风头。吴敬恒先将俞明震此意告知蔡元培，蔡元培这时刚好因中国教育会与爱国学社发生分歧而烦躁，便避走青岛。吴敬恒又特地找陈范暗通信息，陈范不以为意，以为报馆在租界内，地方官员无法入内捕人。故《苏报》不仅照旧倡言无忌，反而发表《杀人主义》等文，在6月底更是将章炳麟的《驳康有为论革命书》的精彩部分摘登出来。
然而就在刊布章炳麟文章的当天，二十余名侦探、巡捕闯入《苏报》馆，出示查禁、捕人的牌告，当场将帐房程吉甫锁去。原来袁树勋在多次交涉未果后，即向英租界会审公廨控告陈范、章炳麟等为朝廷钦犯，租界工部局不得已出票允许拘人待讯。
锁走帐房程吉甫的当天傍晚，章炳麟在吴敬恒随同下去报馆向陈范打听情况，知道自己也在捕之列，但他却说此不过小事扰扰，回学社后便倒头呼呼大睡。次日清晨，吴敬恒来劝章炳麟等人逃避，说“留此身以有待”。他人纷纷散去时，章炳麟仍然若无其事。上午，巡捕即来爱国学社捕人，章炳麟闻讯，不紧不慢地迎了上去，指着自己的鼻子高声说：“余人俱不在，要拿章炳麟，我就是！”巡捕便将他戴上手铐，捉将而去。同日巡捕又到报馆，未捕到陈范，便将他的儿子陈仲歧等人捕了去。章炳麟被押入巡捕房后，一副无所谓的派头，还写信劝邹容和龙泽厚投案。
龙泽厚接信后，连夜前去工部局自首。邹容藏身在日租界一位英国教士家中，接信后也于次日自投捕房。邹容投案时，巡捕见他十分年轻，便说：“你还是个小孩子呢，跑来干什么？”邹容指着牌告说：“我就是朝廷要捉的，写《革命军》的邹容！”巡捕即将他押入捕房。
章炳麟见难不避，被捉进巡捕房后，有人在上海《新闻报》登了《论革命党》一文，讥笑他“不去为愚”。章炳麟在狱中读到后很是气愤，便写了《狱中答新闻报》一文登在《苏报》上。文章云：“夫民族主义炽盛于二十世纪，逆胡膻虏，非我族类，不能变法当革，能变法亦当革；不能救民当革，能救民亦当革。且今日狱事起于满洲政府，以满洲政府与汉种四万万人构此大讼，江督关道则满洲政府之代表，吾辈数人则汉种四万万人之代表。为四万万人者固欲本种之获伸，而不欲其为异种所胜，况满、汉争讼，则裁判之权自非满洲官吏所能有。以英、美诸国中立而判此狱，于法则宜，宁能听其阑出租界，使裁判之权悉归于诉讼人之手乎？去矣，新闻记者！斥鷃井蛙，安足与知鲲鹏之志哉！”
魏光寿的法律顾问的助手古柏，见《苏报》仍敢发表章炳麟的文章，即要求租界会审公廨封报，审判官当即允准，英领事亦签字同意，然而工部局又不执行。袁树勋见此，便用不派人会审他案相抵制，于是工部局在7月7日派人将《苏报》馆封查了。
章、邹等人入狱后，湖广总督端方急电魏光寿、恩寿、袁树勋，要他们设法将章、邹等人解出租界。他的图谋是：将章、邹等人一日解上海，二日发苏州，三日解南京，四日处极刑。军机处亦电令魏光寿对章、邹等犯尽法惩办，勿稍疏纵。魏光寿知道诸领事与袁树勋有协定，要将章炳麟等人解出租界不容易，在与袁树勋、南洋公学学监、美国人福开森会商后，决定请外务部出面与各国公使交涉。外务部以允许出让修筑沪宁铁路的利权，送银十万两的代价引渡章、邹等人；同时答应另送三百两给工部局捕房。
但各国公使对外务部的利诱不置可否，上海工部局更是坚决表示：“租界事，当于租界治之。如若逼之过急，就要放人。”魏光寿、袁树勋见状，只好由租界公廨速行会讯。于是工部局将章炳麟、邹容移送会审公廨。到案后，公廨即命英界会审委员孙士鏻为判官，以英领事馆翻译迪理斯为陪审官。魏光寿延聘古柏为清廷的律师，后又加聘了哈华托。租界则为章炳麟等人聘请了博易作律师，后又加聘了琼斯。
第二次开审时，审判官孙士鏻宣布中国政府到案。
章炳麟谓“载恬小丑”四字未触犯清帝。
驻上海各国领事不同意引渡章、邹
7月15日，租界会审公廨进行第一次会讯，章炳麟、邹容等人在森严戒备下被提上公堂。
会讯一开始，被告的律师博易和琼斯即提问：“本案原告究系何人？其为北京政府呢？抑或江苏巡抚、上海道台呢？请宣示明白。再是，为何拘人？”
这一问，问得审判官孙士鏻不知所措。原告律师古柏、哈华托则答称：“章、邹等犯系奉旨著江苏巡抚饬令拘拿，本分府惟有遵奉上宪札谕行事而已。”说罢将札文示出。
博易却不理睬这些，他当庭要求：“政府律师如不能指出章、邹等所犯何罪，又不能指明交涉之事，应将此案立即注销。”
古柏见此，只得说：“俟政府将交涉事机议妥，然后订期会审。”
于是，会讯仅一刻钟，审判官孙士鏻即宣布退庭。
第二次开审时，审判官孙士鏻宣布中国政府到案。
原告律师古柏即称：“被告邹容作《革命军》，章炳麟则为《革命军》写序，而《苏报》鼓吹《革命军》。《苏报》及章炳麟、邹容故意污蔑今上，诽诋政府，大逆不道，欲使国民仇视今上，痛恨政府，居心叵测，谋为不轨。我代表中国政府提出起诉。”
话尤未了，章炳麟却轻蔑地哂笑起来，插言道：“你自称代表中国政府，以中国政府控告罪人，不在他国法院，而在自己所管辖最小之新衙门，真是千古笑柄！”
孙士鏻连忙打断章炳麟的话，质问道：“被告邹容作《革命军》可是属实？”
邹容不在乎地回答说：“因愤满人专政，故有《革命军》之作。”
孙士鏻继而问道：“章炳麟，《革命军》序文可是你作？”
章炳麟袒言道：“《革命军》序文是我所作。今年二月在爱国学社任教习，因见康有为著文反对革命，袒护满人，故我作书驳之。”
古柏见章炳麟坦率承认，便指斥说：“你等直书今上名字，尤大逆不道。称清帝为小丑，分明是毁谤。”
章炳麟听了呵呵一笑，辩白道：“所指书中‘载恬小丑’四字触犯清帝一语，此言差矣。我只知清帝乃满人，不知所谓圣讳。小丑两字本作类，或作小孩子解，并不毁谤。至今上圣讳，以西律不避，故而直书。我实不明白回避之理，请查清律。”一席话说得古柏哑口无言。
审判官孙士鏻见状，便转而问邹容：“《革命军》是何人所印？”
邹容为保护出资印行者，答道：“所著之书系被盗印，本人并不知晓。”
孙士鏻见又未审出什么名堂，便宣布休庭。
此时，魏光寿已暗中派了五百名便衣在公廨周围及往巡捕房的沿途，想趁章炳麟、邹容解押回巡捕房时劫走他们。然而章、邹等人在押路上，复由英国巡捕陪押。一路上英国巡捕前后马车护卫，还有数十名巡捕防守巷口。这使得魏光寿策划派兵乘隙劫走章、邹二人的阴谋未能得逞。归途中，章炳麟高吟“风吹枷锁满城香，街市争看员外郎”的诗句，满街观者见了，对之佩服不已。
魏光寿见劫人不成，便照会各国驻沪领事要求谈判，同时还联络一些朝臣疆吏积极游说引渡之事。他还责令袁树勋，如不能将章、邹等交涉引渡，押往苏州惩办，就要降职问罪。袁树勋得到命令后，心急如焚，慌忙去找各国驻上海领事会商。英领事康格根本不同意引渡，但他圆滑地说：“这件事本可以商量，但你们既然找了公使，我还得向公使请示。”可是，当外务部与各国驻京公使交涉时，除俄国公使极力主张引渡外，英、日、美等国公使都推说得等驻沪领事的报告。
正当交涉陷于僵局之际，在北京发生了沈荩遭杖毙的事。沈荩本是自立军的右军统领，事败后他潜往上海作了一家报社的记者，后又去北京以记者身份作掩护，图谋中央革命推翻清廷。7月中旬，他在东华门外三条胡同寓所被捕。慈禧太后得奏后，亲谕刑部将其杖毙。行刑时，四名刽子手轮流挥动大棒猛击沈荩，打得他血肉横飞，然而揍了四小时还未断气，便将他以绳子勒死，甚是残惨。沈荩被杖毙的消息传出后，引起中外舆论的极大愤慨。英国公使萨道义告会清廷外务部说：“英国政府在上议院回答质询时，尤认为杖毙新闻记者事其情状野蛮，故本公使不同意引渡上海人犯。”其他各国公使和领事见英国公使反对，也都以沈荩惨死杖下为借口，纷纷拒绝引渡章炳麟和邹容等人。清廷外务部见引渡已绝不可能，便与英使萨道义约定，可免除章、邹死罪，但其罪行仍须会讯定判。
萨道义同意后，会审公廨即设立额外公堂。魏光寿怕事有不周，特派上海知县汪懋琨为主审官进行会审。12月初，汪懋琨在主审时当堂释放了程吉甫等人，后又将陈仲歧、龙泽厚交保具结释放。而对于章、邹二人，汪懋琨则奉魏光寿之命将他们内定为永远监禁。至12月下旬，汪懋琨在再次会审后即当堂宣布审判结果：“章炳麟作《訄书》并《〈革命军〉序》，又在《驳康有为》之一书诬蔑朝廷，形同悖逆。邹容作《革命军》一书，谋为不轨，更为大逆不道。如照律治罪，皆当处决。今逢万寿开科，广布皇仁，援照拟减，定为永远监禁，以杜乱萌，而靖人心。”可是，英国公使萨道义不同意判章、邹二人终身监禁，故额外公堂的这一判决不生效。更有甚者，这一判决宣布后，复又引起舆论的指责。上海《字林西报》言：被告方面以久系囹圄，在法律及道德上均属不合，应将控案注销。工部局也放出风来，说再不重新判决就要将人放掉。清外务部担心工部局真的放人，不得已接受英使的意见，同意缩短刑期。
英国公使见清廷已同意缩短章、邹二人的刑期，就示意工部局不要马上放人，一则为守信用，二则为防章、邹二人遭暗算。然而魏光寿见达不到目的，便又设计在狱中陷害章、邹二人。官司判决后，工部局将章、邹二人转押到会审公廨监狱。
公廨监狱的地址在提篮桥，世称西牢。西牢牢房八尺深，四尺见方，每个犯人独处一间。狱卒多为高大的印度人，他们肆意虐待囚犯，凶狠残暴，打死了犯人，也不负任何法律责任。狱卒被魏光寿派人收买后，对章、邹二人倍加凶狠。章炳麟入狱后，曾两次遭受拳打脚踢，三次被软梏。这软梏比遭打还难受，它是用帆布反缚两手，加以木契，两臂就如针刺。时间一久，章炳麟感到浑身麻木，血流不畅，痛苦不已。为此，他绝食过七天，然而无人理睬。邹容年纪轻，在遭受毒打后，几不能支。章、邹二人不仅饱受毒打折磨，还要罚做苦工，每天八小时。他们先是罚做裁缝，为犯人缝袜底和粗布单衣裤，后又改为犯人烧饭。作苦工之余，章炳麟尚能潜心研读《因明入正论》、《成唯识论》等佛经。邹容因性情暴躁，不能像章炳麟那样通过研读佛经以静心养性，后来竟卧床不起。
自章、邹入狱后，蔡元培、吴敬恒等上海的革命同志都非常关心，常去探监，不断给他们带去新的消息，这给他们以莫大的慰藉。禹之谟、卞鼐、吴樾等一些素不相识的革命志士，亦曾先后前去探望过他们，还寄信相慰问。