刘、马二人离开横滨后，孙中山想到新年马上就要到了，如能在公使馆举行的新年团拜会上提出扑满，影响尤大。于是他特又赶到东京找到刘成禺、马君武等人，要他们利用此机会提出排满口号，鼓动说：“名不正则言不顺，匣剑帷灯之宣传无益。民族革命要在排满，舍排满而言革命，能唤起国内人民之清醒么？吾朋侪中，有勇气、毅力莫如二子，余非依违两可，即临阵脱逃者。二子趁元旦学会团拜之机，提出排满二字救中国，大放其词，自能震动清廷，风靡全国。若如此，此会可谓中国开天大会。”
刘成禺、马君武二人闻言，欣然应命。
孙中山又郑重叮嘱他们：“你二人务要小心才是，不可轻易喝茶饮酒。去年秋，我友郑士良与《中国日报》记者郑贯公、陈和等人，在香港水坑口宴琼林酒楼饮酒后，即感腹痛剧烈，即刻死在回途的车内。经警署人员检验，是中毒所致。后得知，广督德寿探知郑士良是惠州起义的首领，便差人潜入香港，买通郑士良的朋友郑梦唐。郑梦唐在宴间乘其不备，即在他杯中下了烈性毒药。此事使我悲痛不已，二子切记为要，以防满贼收买人再下毒手。”
清廷驻日公使馆举行新年团拜会那天，邀请了数百名学生出席，来日访问的贝子载振亦在驻日公使蔡钧、留学监督汪大燮的随侍下临会。早有准备的刘成禺，在团拜会刚刚开始后，即跨步登台讲演，倡言反满。他历数满清吞灭中国的历史，高呼推翻满清专制统治，恢复汉人主权。他发言慷慨激昂，说到痛心处，声泪俱下，使与会学生受到极大感染，报以热烈鼓掌。载振、蔡钧、汪大燮等突闻此言，惊愕不已。正惊惶间，又见马君武飞步上台，准备讲演。这时，满人留学生长福想发言辩驳。然而他刚一开口，众学生即群起呵斥，使团拜会乱作一团。蔡钧、汪大燮先是相顾失色，继而大叫取消团拜会，护拥着载振离开了会场。
蔡钧气急败坏，一返回使馆，即将此事电告外务部，并请停派留日学生，以免中革命邪说。外务部得电后，即令刘成禺不得入日本士官学校，立刻离开东京，还命鄂督抄没刘家家产。同时，外务部请旨后又照会日本政府，禁止中国学生在日本学陆军。留日学生闻此讯后，表示强烈抗议。东京会馆干事更是为刘成禺出面与汪大燮交涉，迫使汪大燮最后答应给刘成禺六千元费用供赴美留学。然而，刘成禺拿到经费后，却与戢元丞、程家柽等人在东京创办刊物《湖北学生界》，继续宣传排满思想。
章炳麟留分头，赤足登履，腰间勒着一根草绳。
一年四季，手里总爱执一柄团扇
蔡元培有了陈范的支持，很快将学社开办起来了，于1903年春季就开始授课。爱国学社开设的文理科课程最为完备，有伦理、算学、物理、化学、心理、论理、社会、国家、经济、政治、法理、国文、日文、英文、体操等，这是其他学校所难达到的。同时，蔡元培还别出心裁地实行学生自治制度，由学生设评议会，监督学校行政和学生操行。他的这种创举，名震一时，被青年学生称为学界革命。不仅如此，蔡元培还组织爱国学社的学生每周在张园举行演讲会，点评时政，揭露列强对中国的侵掠。学社师生每次讲演的内容，都登载在《苏报》的学界专栏中，在全国影响很大。
为加强爱国学社的师资，蔡元培到处寻聘有先进思想的教师，亦多次致函延请章炳麟。章炳麟自日本归国后，蔡元培即想请他主办《教育杂志》，但章炳麟谢绝了。他想幽居在家潜心修订自己的《訄书》。当蔡元培再三再四致函邀请他赴沪任教时，他的《訄书》正好修订完毕，于是欣然前来上海，直奔爱国学社。
章炳麟到来后，在爱国学社的教师中最是引人注目。他衣着古怪，个性奇特。当时学社的师生都留有辫子，独有他一人留分头，发长五寸许，配上一副眼镜，不中不西。冬天他通常身着长袍，外罩一件特制的日本和服。到夏天，他穿半截长衫，赤足登履，腰间勒着一根草绳。一旦入室，便脱去上衣，袒胸赤臂。一年四季，不管寒暖，他手里总爱执一柄团扇，就好像诸葛亮那样羽毛扇不离手。章炳麟不爱整洁，长年不浴；加之他的爱妾王氏去世，生活无人料理，索性连衣服也不更换了，以至衣袖油光发亮。他教授国文时，讲的多是明清兴废之事，其意并不在学。张园开会，也总少不了他，且言辞最为激烈。无论讲课还是讲演，由于言情激愤，少不了眼泪鼻涕交加，章炳麟每每以袖角擦拭，学生见之往往掩鼻暗笑，他却若无其事。
但章炳麟的学识和胆识颇受在上海的青年学子崇拜。新任《苏报》主笔的章士钊对他也甚为佩服，只要章炳麟做有文章，他争着拿去刊发。章士钊是湖南长沙人，刚刚二十出头，血气正刚，就学南京陆师学堂时就是闹学潮的激进分子，故任《苏报》主笔后极力宣传革命思想。有暇时，章士钊就去与章炳麟约谈。
爱国学社的青年学生邹容也是章寓的常客。邹容本是四川巴县一富商人家子弟，虽年仅十八，却是反清革命的力倡者。自日本归来后，邹容即入爱国学社，并专心于《革命军》的写作。因与章炳麟是师生关系，邹容常常与他讨论革命之事，并将自己做的的文章送给他修改。青年革命志士张继在上海时，更是章寓中的座上客。张继是直隶沧州人，因思想激进与章炳麟在日本就已结识。
因都痛恨清廷腐败，鼓吹革命排满，故章炳麟、章士钊、邹容、张继四人常常相与聚谈。一天，章炳麟邀他们三个去四马路九华楼小饮。入座后，邹容笑着指了指章炳麟油光发亮的衣袖说：“师长的衣袖真可当镜子用了，何不把这身和服置换了呢？”
章炳麟却说：“家父临终时有嘱：我虽做过清朝的官，但死后不敢违家教，无加清时章服。我岂敢有违家教？我外祖亦常提及王船山之语：‘历代亡国，无足轻重，惟南宋之亡，则衣冠文物亦与之俱亡了！我看明亡于清，反不如亡于李闯。”
三人听了，都说此语极精妙。继之，张继拍拍邹容的肩膀，问道：“弟之大作《革命军》在东京时即已在撰写，现在可是写成功了？”
邹容答道：“不瞒兄说，初稿已成。”
章士钊听了说：“好呀，有了老弟《革命军》之煌论，载之《苏报》，又要引起国中风潮了！”
章炳麟亦说：“如发表印行，为兄一定作序。”
邹容嘻嘻一笑，说：“小弟在书中斥今皇上是独夫民贼、无赖之子，骂西太后是卖淫妇，兄长敢作序么？”
章炳麟大笑说：“有何不敢？载恬本来就是个无赖小丑，说说何妨。小弟不是素来主张言论自由、思想自由、出版自由么？”
这时，跑堂的过来请他们点菜，他们点了几样菜、要了四壶酒，一边饮酒，一边敞心畅谈，直至夜阑才散。
序邹容《革命军》和《驳康有为论革命书》
不一月，邹容的《革命军》完稿。他即将它送请章炳麟过目并请为作序，谦虚地说：“写得过于浅显，还请兄长润色。”章炳麟伸手接过来，读了绪论中的几行，便立刻为其革命激情所感染。只见书中这样写道：
扫除数千年种种之专制政体，脱去数千年种种之奴隶性质，诛绝五百万有奇披毛戴角之满洲种，洗尽二百六十年残惨虐酷之大耻辱，使中国大陆成干净土，黄帝子孙皆华盛顿。则有起死回生还魂返魄，出十八层地狱，升三十三天堂，郁郁勃勃，莽莽苍苍，至尊至高，独一无二，伟大绝伦之一目的，曰革命。巍巍哉！革命也。皇皇哉革命也。
章炳麟一气把《革命军》读完，高兴地对邹容说：“此书为义师先声！然中国既灭亡于逆胡，我等不只谋光复，更谋政教学术、礼俗材性之改制，故倡言革命独立，想望共和，实是时之所趋。我当在三刻钟之内为小弟把序作好，你稍等片刻。”说罢，他笔走龙蛇，不一刻便将序言草就，最后落款特写上“共和二千七百四十四年四月，余杭章炳麟序”十八字。邹容立等桌旁，见之大喜。他接过序稿，道谢后，即兴冲冲出门，直奔上海大同书局而去。
章炳麟为邹容的《革命军》写完序后，思绪仍处于亢奋中。他回味着序中之语：“若是能以是书普及四万万人之脑海，中国当兴也勃焉。”由此他又想起前些日子读到的另一书——康有为公开刊之于报上的《答南北美洲诸华商论中国只可行立宪不可行革命书》来。他愈想愈不舒服，觉得该对康有为的保皇言论严加驳斥，不然保皇思想流行，革命思想何以能入四万万人之脑海？于是复又伏案，挥毫写起《驳康有为论革命书》来。成稿后，他细细地看了一遍，心中稍感满意。驳书如此写道：
长素足下：读《与南北美洲诸华商书》，谓中国只可立宪，不能革命，援引今古，洒洒万言。呜呼长素，何乐而为是耶？热中于复辟以后之赐环，而先为是龃龉不了之语，以耸东胡群兽之听，冀万一可以解免，非致书商人，致书于满人也。夫以一时之宝贵，冒万亿不韪而不辞，舞词弄札，眩惑天下，使贱儒元恶为之则已矣。尊称圣人，自谓教主，而犹为是妄言。
夫长素所以不认奴隶，力主立宪以摧毁革命之萌芽者，彼固终日屈心忍志以处奴隶之地者尔。欲言立宪，不得不以皇帝为圣明。而谓亟欲开议院，然后可以言皇帝复辟而宪政必无不行之虑。则吾向者为《正仇满论》，既驳之矣。盖自乙未以后，彼圣主所长虑却顾，坐席不暖者，独太后之废置我耳。殷忧内结，智计外发，知非变法，无以交通外人得其欢心；非交通外人得其欢心，无以挟持重势，而排沮太后之权力。载恬小丑，未辨菽麦，铤而走险，固不为满洲全部计。长素乘之，投间抵隙，其言获用。故百日之政，足以书于盘盂，勒于钟鼎，其迹则公，而其心则只以保吾权位也。则所谓新政者，亦任其迁延堕坏而已。今以满洲五百万人，临制汉族四万万人而有余者，独以腐败之成法愚弄之、锢塞之耳！
长素以为革命之惨，流血成河，死人如麻，而其事卒不可就。然则立宪可不以兵刃得之耶？既知英、奥、德、意诸国，数经民变，始得自由议政之权。近观日本，立宪之始，虽徒以口舌成之，而攘夷覆幕之师在其前矣。故知血流成河，死人如麻，为立宪所无可幸免者。长素之皇帝圣仁英武如彼，而何以刚毅能挟后力以尼新法，荣禄能造谣诼以耸人心，各督抚累经严旨皆观望而不办，甚至章京受戮，己亦幽废于瀛台也？乃至庚子西幸，日在道涂，已脱幽居之轭，尚不能转移俄顷，以一身逃窜于南方，与太后分地而处，其孱弱少用如此。是则仁柔寡断之主，汉献、唐昭之俦耳！长素以为中国今日之人心，公理未明，旧俗俱在，革命以后，必将日寻干戈，偷生不暇，何能变法救民，整顿内治！夫公理未明，旧俗俱在之民，不可革命而独可立宪，此又何也？岂有立宪之世，一人独圣于上而天下皆生番野蛮者哉？人心之智慧，自竞争而后发生，今日之民智，不必恃他事以开之，而但恃革命以开之。民主之兴，实由时势迫之，而亦由竞争以生此智慧者也。征之今日，义和团初起时，惟言扶清灭洋，而景廷宾之师，则知扫清灭洋矣。吾观长素二十年中，变易多矣。始孙文倡义于广州，长素尝遣陈千秋、林奎往，密与通情。及建设保国会，亦言保中国、不保大清，斯固志在革命者。未几，瞑瞒于富贵利禄，而欲与素志调和，于是戊戌柄权，始有变法之议。事败亡命，作衣带诏，立保皇会，以结人心。然庚子汉口之役，犹以借遵皇权，密约唐才常等，卒为张之洞所发。当时是，素志尚在，未尽澌灭也。长素自知革命之不成，则又瞑瞒于富贵利禄，而今之得此，非若畴昔之易，于是宣布是书。其志岂果在保皇立宪耶？荣禄既死，那拉亦耄，载恬春秋方壮，佗日复辟，必有其期，则工部主事可以起复，虽内阁军机之位，亦可以觊觎矣。呜呼哀哉！“南海圣人”，多方善疗，而梧鼠之枝，不过于五，亦有时而穷矣。
为了能劝说康有为回心转意，章炳麟特托人将驳书带去香港以转交康有为，然此时康有为已远游欧洲诸国。黄宗仰闻章炳麟写有《驳康有为论革命书》，便登门索稿，出资将它刊印为小册子。不及一月，此书销行五千余册。稍后，邹容的《革命军》一书也出版。它出版后与章炳麟的《驳康有为论革命书》一样，成为人们争相诵读之书。孙中山在日本得到章炳麟寄给他的这两书后，极为高兴地对秦力山等人说，此二书排满最激烈之言论，开导华侨风气为力甚大。
《苏报》被封查，章炳麟投案