送走唐绍仪后，孙中山原拟尽早赴粤，可是招商局当日的早班轮船已开赴香港，另一艘当发的泰顺号轮船又在修理中，他只得留了下来。留沪的几天中，孙中山抽空接见江亢虎，同他谈及编辑社会主义讲义之事；又特到《民立报》社参观，勉励报社同仁。上海各界得知孙中山返沪，许多社团接连宴请他，以致欢宴会不断，直到他动身的当天下午五时还出席了中西商绅在尚贤堂举行的中西董事会欢迎会。近午夜时分，孙中山才在沪军都督陈其美的护送下，与随员赴金利源码头登泰顺轮往福州而去。
孙中山原准备直抵广州中间不再作停留。可是在动身的前一日，福建省特派代表四人坚请他至闽一行。孙中山情不能却，只好答应在福州勾留一日。福州方面对孙中山的接待，准备得十分隆重。4月20日清晨，当泰顺轮快到福州时，福建都督孙道仁派出的代表陈恩焘，早已乘福安轮出闽江口等候相迎。当孙中山的座轮在护卫轮的保护之下过长门时，礼台悬挂的国旗及万国旗迎风飘荡，礼炮升二十一响，各兵士礼服整列向他行举枪礼。上午11时，泰顺号停靠在马尾码头，福建交通、军务两司所派的小轮船都已迎候在那里。孙道仁、沈希南等官员都在马江罗星塔恭侯，福州民众也在此结集企盼。然而，许久不见孙中山下船。孙道仁等官员便上船迎接。孙中山在客套之后，面露不满之色，说道：“刚才江面小船有‘欢迎孙大总统’、‘孙大总统万岁’的纸旗，太不成话。共和国的总统卸任就是平民了，怎么还可称总统？至于‘万岁’两个字，本是专制皇帝硬要手下的官民称他的。我们革命的先烈为了反抗‘万岁’牺牲了多少头颅？我如接受这个称呼，如何对得起许多先烈呢？如不取消，我不能熟视无睹，我不下船。”孙道仁顿感惊惶，连忙叫人把那些纸旗都改为“欢迎孙中山先生”。这样孙中山才走出舱门，换乘小轮船到南台。
午后一时，孙中山一行登岸后，前有军乐队及都督府护卫中军整队迎接，后有都督派出的左右翼卫队作为随侍卫队。到达外交分所后，孙中山在此略作休息。这时，前来迎谒的各司局处所职员及地方官均由各负责长官带领，进来对他谒一鞠躬礼。随后，孙中山起身赴仓前山，在同盟会的机关桥南公益社，接受福建同盟会支部的欢迎，并与支部负责人畅谈。他很是关怀黄花岗烈士遗族的情况，并寄语相慰。在和同盟会同志合影后，孙中山提笔为桥南公益社亲书‘独立厅’三字留作纪念。接着，孙中山去广东会馆。广东会馆陈设颇华瞻，早有粤人持帜馆前，帜上书“同乡欢迎”四字。他与旅闽广东同乡欢聚、留影并共进午餐后，手书“戮力同心”四字相赠。
在孙中山往明伦堂的路上，鞭炮齐鸣，像过节一样热闹。沿途除军警环护外，更有省城数十团体欢迎，国民协会支部、共和实进会、全闽学生会、国民集益会、人社、红十字社、盐业研究会、共进会、警察学会、社会党、海外留学生联合会、统一党支部、桥南公益社、自由党支部、中山自治社、闽侯城自治会的代表，都打着旗子和标语站列，还各举代表一员持柬前往陈述欢迎。
这时，各团体代表不下三千人都聚集在明伦堂，福建国民协会等20个团体和各界代表在此举行欢迎会。人们都想一睹孙中山这位民国首位大总统风采。此时的明伦堂已装饰一新，专门用来欢迎孙中山。堂内匾额、楹联均用鲜花结成，其匾为“中国一人”四字，其联则为：
有天下而不与
微斯人谁与归
孙中山步入明伦堂后，颔首向众代表频频致意。下午五小时许，明伦堂摇铃开会，各代表依次就席，欢迎会赞仪员请孙中山及所有来宾入席。宾主入座后，社会总代表陈君衍报告开会宗旨，雷霆作为福建各团体代表宣读欢迎词。接着，赞仪员请孙中山演说。孙中山在演说中强调：“共和政府如国民公仆，与从前专制政府视人民如犬马不同，是以凡为民国国民者，可组织一大政党监督政府，不可破坏政府，致反阻碍共和，诸君诚能循此而行，即不负吾本意。”出席欢迎会的格致书院主理美国人弼履仁也发表了演说，他在学说中赞美中美交谊，并称孙中山为中国华盛顿。
出席完福建民众的欢迎会后，孙中山又与众代表一起合影。茶叙过后，孙中山与一行人坐凉轿沿南大街鼓楼方向，转入贡院埕大街，在群众的夹道欢迎中，来到已改作咨议局的至公堂。
咨议局是福州军政界欢迎会的会场所在地。孙中山一行到达后，早已等候在此的福建都督孙道仁及福建省文武官员致以热烈欢迎，并请孙中山登台讲演。孙中山在讲演中说：现在我们虽已恢复中华，建立民国，但这不过是革命事业的开始。如何巩固民国基础，如何解决民生问题，都必须靠同志们加倍努力，才能达到革命的目的。他在演说中还提到黄花岗有十九位闽籍烈士壮烈成仁，这是福建人民的光荣，希望闽人能完成烈士未竟之志。
会后，孙中山应邀视察了都督府和政务院。晚餐后，他辞别孙道仁都督及其众官员，又去浙江会馆，出席彭寿松主持的旅闽共和实进会的欢迎会。
至广州后，代理都督陈炯明连夜离府赴港，
孙中山提请省议会正式选举胡汉民为都督
4月21日晚，孙中山一行在彭寿松等人的欢送下登上了泰顺轮，经过两天航行于4月24日抵达香港海面。香港各界团体得到孙中山回粤过港的讯息，特在四邑工商总局设会欢迎，赴会者共有63个团体。而广东官绅、军、学、商、工各界分举代表来港迎接孙中山的团体多至80余个。由于港督不允许孙中山登岸，他们所雇轮船及粤督陈炯明派来的宝璧兵轮，均出泊在鲤鱼门外迎候。孙中山只好委任代表廖仲恺赴香港以慰舆望，说因接北京密电需马上回粤筹商要政，无暇登岸，他自己与一行人则转乘宝璧兵轮往广州去了。
近午时分，宝璧兵轮抵达广州天字码头。这时，长堤上已是万头攒动，前来欢迎的群众都想一见孙中山为荣。粤督陈炯明早已派出数千军队前来迎接、保护。在军乐队的奏乐声中，身穿礼服、头戴高顶礼帽的孙中山与胡汉民及秘书宋霭龄等缓步登岸，乘藤轿往财政公所而去。沿途所至，军队举枪欢迎，商民则引领属望。孙中山一行在财政公所稍作休息后，粤督陈炯明即派代表来迎他们。
到都督府后，陈炯明率各司长及各代表在大堂迎接，众人均脱帽向孙中山致礼。在洋楼坐谈片刻后，孙中山即在陈炯明的陪同下到会议厅出席筵欢宴。与宴者百余人，用的是唐式菜。陈炯明都督坐主陪位，孙中山坐右边第一位，龙济光坐右边第二位。左边第一位则为胡汉民，第二位为宋霭龄。宾主入席后，民政司长黎国廉宣读欢迎会开会词，孙中山即起身致答词。他的答词简短，只是说，今日革命虽已成功，然人民多未明革命真理，故我辈仍不得谓功成身退。孙中山致答词后，陈炯明即起立向众宾客介绍孙中山的革命历史，历述孙中山的道德功业。接着，任外交司长的陈少白代表各司局致欢迎之意，军界代表和商界代表也都致了欢迎颂词。众人致欢迎词后，即举杯欢祝，并高呼民国万岁，孙先生万岁，广东万岁。
欢宴会结束后，孙中山又应陈炯明之邀到楼上商谈政事，数小时方回财政公所，并在公所接见了早已等候在那里的各界团体代表。
次日上午，孙中山去德宣界陆军司令部，出席军界欢迎会。到达会场后，各军官起立致敬。预定主席覃天存致欢迎词。在致词前，他先告明：今日我军界开会欢迎孙先生，本由陆军军统主席，现因军统不到，故代为宣布。欢迎正在进行中，陆军统制龙济光匆匆而来，报告孙中山说：陈都督已于昨晚离府赴港省亲，并说公事暂请胡汉民代行，俟汪精卫回省后乃交卸。说罢，他向孙中山递交陈炯明留下的简函一封。原来，在孙中山来粤之前，陈炯明因枪杀报界人士陈听香而受省议会弹劾，已引起粤省政潮。又因都督府裁冗减薪案未先提交会议商讨而径自决定，从而引起都督府中财政、外交等八大司司长及警察局长于4月16日同时辞职，使粤省政局颇为不稳。孙中山听到这个消息，感到很突然，说：“昨日尚与陈都督谈论要政两小时许，并未提及离粤，今忽有此举动，真是可骇！我现已退为国民一分子，以个人意见，宜仍请陈都督回任。”接着，他详细问明了陈炯明离粤的原因。当众人一致举胡汉民继任粤督时，孙中山亦表示赞成。不过，他仍提议请陈炯明专任粤省军政。
为了使广东政局不致动荡，孙中山在4月27日出席省议会的欢迎茶会时，特地陈述自己的政见。他说：“兄弟到香港时，即闻有人欲行第二次革命，以图推翻广东政府，其印信及旗帜等物均已齐备。兄弟曾亲见到，但未知贵会诸君有所闻否？查此等举动，不独关于广东之安危，实关于中华民国全部之安危。广东为全国之肢体，一有祸乱，全国牵动。我辈若不急起维持，将目前紧要之事件速为筹划，恐祸端即见于顷刻，欲图补救，已来不及了。”说至此，孙中山话锋一转，谈起都督选举之事：“陈都督此次离任，蓄志已久。兄弟到时，闻议长说及，贵会本日经已表决请胡汉民先生暂行权理，另日再开正式选举。以平常论，此为正当办法。今日则不然，盖目下时势如此危迫，亟应即日举定胡汉民先生为正任都督，以安大局，否则乱象立生。贵会为人民代表，窃谓此事关系全粤安危，其责甚重，万不可稍涉迟疑，数日解决固不可，即迟至明日解决亦断不可，务请今日解决，是所厚望。”
孙中山演说毕，众议员全体鼓掌。茶会结束后，议员们恭送孙中山离去后，议长即提议上午立即向胡汉民送达暂行权理都督的公文，下午立即召开会议正式选举。众议员对此提议全都表示赞成。到了下午，议院用记名选举法选举都督，各位议员投票完毕，即当众开票。结果，胡汉民以130票当选为广东省都督。
在广东议院选举都督的时候，孙中山则在招待广州报界人士。这件事他本来打算在当日上午进行的，只是由于陈炯明离任走往香港，他要先行处理继任都督之事，才改在下午开招待会。到会的记者共有公会、安雅、羊城、七十二行商、国民、南越、平民、震旦、人权、民治、公民、民生公社、光汉公论等19家。孙中山向各位到会记者一一点首致敬，接着向他们发表演说。他在演说中说，此次中国推倒满清，固赖军人之力，而人心一致，则由于各报鼓吹之功。而今回粤之后，见各报言论益紊，攻击政府，以致人心惶惶。故他希望报界改易方针，与民主政府合作。演说完毕后，他又回答了记者所关心的北京政府借债的问题，说借债是生死问题。
4月29日，广东中国同盟模范军开会欢迎孙中山。此次广州各界欢迎孙中山，当以同盟模范军最有特色。他们用电灯结成“同盟模范军欢迎”几个大字，并在旁结电灯旗两支，光耀如白日。凡来宾参观者，分东西两路，这两路及大门均用鲜花结成对联。其大门的对联云：
不争权、不争利，始成革命伟人，我公表示襟怀，握定方针，组织完全旋退隐
勿逞气、勿逞威，方为共和民国，吾辈深承训示，喜逢返旆，交游接洽与光荣
当孙中山偕随员入场时，见此对联，又见模范军军官和士兵共四百余人全体恭候致敬，精神为之一振。中国同盟模范军系同盟会会员有志军事者所组成，其中归国华侨壮士有不少。他们的欢迎会开完后，孙中山高兴地与全体人员共摄一影。
在广州近一月的日子里，孙中山同社会各界进行广泛接触。他同耶稣教教会人士谈宗教信仰自由，与佛教总会会长铁禅和尚同登六榕寺的九级浮屠——花塔；同粤路公司总理及工程师詹天佑等人谈粤汉铁路修筑之事，参观农林试验场，同潮州旅省同乡会谈地方自治，在广州岭南学堂演说时，慨谈自己革命思想的产生，并说革命成功只推倒一恶劣政府之障碍物而已，以后建设万端待理。并为禁止鸦片问题以英文致书伦敦报界。他不仅出席了广州各界追悼史坚如烈士大会，倡议为烈士铸造铜像；更是在黄花岗七十二烈士周年纪念日5月15日这天，亲率粤省文武官员及社会各界团体十数万人前往烈士墓举行公祭，并亲致悼词。当得知北江死难烈士遗下的妻儿老小贫苦无靠竟乞讨时，孙中山即将身带的私人款项1080元悉数拿出，分送给18家烈士家属。
这时，袁世凯飞电邀请孙中山迅速入京。孙中山在接到电报后，仍予婉拒，竟离广州去香港转经澳门，于5月26日回到阔别十七载的故里翠亨村去了。在老家住了三天，孙中山又返回广州。当得知总理唐绍仪有辞职意向，便电约黄兴同赴北京，以调和党派。
应邀北上，与继任的临时大总统袁世凯会商国政
6月18日，孙中山自香港搭乘美国“高丽号”邮船开航去沪，于21日夜12时到达，寓上海沧洲旅馆。翌晨，已于6月14日辞南京留守职的黄兴、沪军都督陈其美暨地方各长官均到旅馆面谒孙中山。这时，上海《民立报》记者前来采访，孙中山抽出时间接见了他。记者祝旅途平安后，即问孙中山对政界近情有何意见。孙中山却说：“此时不欲发表。现拟专办铁路事业，欲以十年期其大成。目下正与黄君克强商议一切，俟过数日，当可发表计划。”
记者见状，又说：“北京政界近颇险恶，南方人心因之摇动，若得先生一言，国民当可知所遵守。”
孙中山闻言笑道：“时局虽少混沌，然亦无大变动。现时，我已别有所图，故不欲于预时事。鄙意欲握政权者既大有人，似尽可使之肯负责任。假设时局竟不可为，我固不能坐视，惟目前则小小争执，不足为虑。”
记者听了这番答复，诺诺而退。
孙中山对记者所说的完全是实话。他与黄兴等革命党人尽管关心时局，但是以在野派的身份来关注的，甚至还有旁眼静观的意思。在7月下旬接见纽约《独立杂志》特约代表李佳白时，孙中山向他表明：现在我正在集中思想和精力，从社会实业和商务几个方面重建我们的国家。当然，他在回答共和政体是否真正适合于中国人民这一问题时，着重指出没有理由以君主政体来妨害民主观念。但孙中山更为关心的是中国的经济问题和铁路计划。由于忙于社会建设，上海各界召开的一些欢迎会，同盟会上海支部召开的常会，他也总是托黄兴代为参加。而中华银行董事局决定请他担任该行董事，他即表同意。他还与黄兴分别担任铁道协会正副会长职务，并于7月29日在上海举行的就职仪式上发表铁道政策的演说。