袁世凯支持赵惟熙取得了甘肃全省的统治权，赵惟熙则竭诚拥护袁世凯“中央集权”，并像袁世凯那样在甘肃实行个人专制。甘肃省临时议会远不是真正的“民意”机关，议长李镜清只是一个开明绅士，与革命党人有过来往，可是赵惟熙挑拨、操纵回族将领马安良派兵围困省议会，接着又派人刺杀了李镜清。在赵惟熙统治下，专制秩序重新笼罩了整个甘肃。不仅甘肃一省如此，西北各省也大体如此。
唐绍仪奉命南下组阁。黄兴哭劝南方各军将校
不要再争陆军总长。内阁阁员很快议定
袁世凯就任临时大总统之后，立即着手筹组南北统一的政府。作为南京参议院选出的新任临时大总统，他须得按照参议院制订的临时约法行事，采用责任内阁制进行组阁，尽管临时约法是参议院在他宣誓就职后的第二天公布的。不过袁世凯并不在意什么约法，他任清廷的封疆大吏时是玩弄权术的好手，旧式北洋军人领袖的经历使他只迷信武力。在他手中握有军事实权时，临时约法及约法赋予内阁的权力对他来说不过是一纸空文，他尽可听任革命党人在纸面上做文章。袁世凯切操的是如何驾驭内阁，在他心目中，责任内阁不过是自己的秘书处或办事机构。尽管如此，他对于内阁的人员配备不容稍作让步。
袁世凯在表面上是尊重临时约法的，他暂时也还需要借用内阁的名义号令天下，故他对约法、对内阁都得敷衍行事。对于内阁总理人选，同盟会认为应当是孙中山或黄兴。当时，安徽都督孙毓筠发出通电推孙中山组阁，并且立即得到广西都督陆荣廷的支持。然而，袁世凯心有盘算，他想让心腹唐绍仪出任总理。
任职的次日，袁世凯坐在石大人胡同总统府二楼豪华的办公桌旁，一面翻阅着《中华民国临时约法》稿本，一面与《中华民国临时政府组织大纲》相对照。当他看到临时约法中有关国务总理及各部总长均称国务员，由总统任命，但须得参议院同意；国务员辅佐临时大总统负其责任；国务员于临时大总统提出法律案、公布法律及发布命令时须副署之等新增条文时，脸上现出了冷笑：你们这些革命党在台上时，总统掌握着全部行政大权；轮到我执政时，国务员却直接对参议院负责，各部总长的任命也都要经参议院同意，那我这个大总统还有啥权力？于是，他叫人传唐绍仪到总统府来，向他交待责任内阁的组织办法。
唐绍仪本是袁世凯的亲信。早在甲午中日战争前，时年二十五岁的唐绍仪被袁世凯调往朝鲜办理税务并任西文翻译，颇得袁世凯赏识。后来他又随袁世凯在小站练兵，与徐世昌一起经管营务处。袁世凯出任山东巡抚时，唐绍仪以道员随往，办理外交和商务。袁世凯继李鸿章任直隶总督兼北洋大臣时，特荐唐绍仪为天津海关道。在随袁办事20多年中，袁、唐关系甚为洽合。至武昌革命军起义爆发时，袁世凯复被摄政王载沣起用后，曾担任过邮传部尚书的唐绍仪即被袁世凯派赴南方与民军议和。但是，唐绍仪处世办事同袁世凯判然有别，这是他少年时所受教育的不同之故。唐绍仪年幼时随经商的父亲唐巨川在上海学外语和洋务知识，后来经清廷选派，由容闳带领到美国留学，就读于哥伦比亚大学。在美国多年的经历，他对美国的民主制度印象尤深。
南北议和期间，唐绍仪身受南方各派民主政治精神的感染，倾向于同盟会的民主共和主张，并尽力促成南北统一。加之他也是广东香山人，与孙中山同乡，于是对同盟会有亲近之感。不过，唐绍仪所负的使命是为袁世凯效劳，他作出一些妥协是为了使南方确认袁世凯的大总统地位。而袁世凯一心想窃政，心中根本无共和观念，在南北议和期间不断玩弄花招，往往使唐绍仪处于两难境地。
唐绍仪到达总统府后，袁世凯示意他坐在他左侧的一把椅子上，迫不及待地说：“少川，南北统一，你的功劳不小。我看你做新内阁总理最合式。组织新内阁政府，这个还望你不辞劳苦。”
“甚谢大总统的信任。为大总统效命组阁，绍仪不敢谓劳苦，旬日内我即南下组阁。”唐绍仪连忙说。他作为全权议和代表，出任总理是南北和谈时由双方协定的。唐绍仪知道袁世凯看重自己，故他对袁世凯感谢的话来自心底。
“这个阁怎么个组法，你说说看。”袁世凯喝了口参茸茶，盯着唐绍仪说。
“我看人员南北各半为好，这样好收拾人心。和议时，南边多数人说，总统既已就任，总理一职自应属于同盟会。现由我出任总理，阁员中南边的人少了，恐怕说不过去。”
“人数各半没有什么不可以的，只是重要机关要由你来掌握。新内阁必以段祺瑞长陆军，赵秉钧长内务。”
“大总统恐怕要考虑到南方的要求。”
“孙文的要求么？我现在是大总统，有任命国务总理之权，也有任命各部总长之权。内阁成员，应以有军事、政治经验者为主，而不能以南方、北方为藉口。这个，你懂不懂啊！”
“你懂不懂啊”本是袁世凯的口头禅，唐绍仪今天听了这句话感到有些刺耳。他还想说些什么时，袁世凯接下来又以一口河南腔说：“政府机关不容间断一日。你把新政府组织起来，旧日政务就可交接了。还有，南京之公务，以及公款、公物，均应照常办理，切实保管检查。你现在就去电告南京，说我已正式任命你为总理，不日南下组阁。”说完，他示意唐绍仪离府。
唐绍仪将袁世凯提名自己为国务总理的电报拍发南京后，南京临时参议院即讨论通过，于3月13日正式任命他为总理。接电后稍作安排，唐绍仪即乘船南下，于3月25日抵达南京，着手组阁并接受南京临时政府移交权力。
到达南京的次日，唐绍仪即到总统府访问孙中山及黄兴等人，又同军界将领周旋，亦与赵凤昌、张謇等名流电报联络，商讨组阁之事。在内阁人选上，发生争执尤烈的是陆军总长一席。早在南北和谈时期，南方军界政界都希望黄兴继任陆军总长一职，使革命党人能在新的统一政府中掌握军事权力。袁世凯及北洋将领段祺瑞、段芝贵等也假惺惺地劝黄兴留任。然而，在袁世凯拟定的内阁名单中，安排的却是段祺瑞出长陆军。北方军界也通电拥段，向南方施加压力。同盟会员覃振见此情况，便以黎元洪副总统代表的名义致电沪上各报，指责袁世凯的所为：“所提出阁员，概属亡清旧吏，无一纯粹新人物差强人意者，此间军政学商各界成怀不平，暗潮汹涌。”此电登之报上后，在南方党人中引起共鸣。接着，以第一军军长柏文蔚为首的南方军人举行集会，反对段祺瑞出掌陆军。
唐绍仪到南京后，见南方党人和军人情绪激昂，怕生变乱，便一再挽留黄兴，表示支持他担任陆军总长。黄兴本来想“清检一切，决计归田”，见唐绍仪敦劝，便答应留任。但他向唐提出要求，陆军总长要有用人和筹款之权，否则不就职。唐绍仪当然也想让黄兴不作内阁中的木偶，作一个有职有权的总长。他对于这一要求认为理所当然，即表示同意。于是他电告袁世凯，说南方军队因黄兴辞职颇有不稳之象，已经力劝黄兴继任，调段祺瑞为参谋总长。可是，袁世凯收到电报后竟说：“非段祺瑞长陆军，世凯即辞总统之职。”他还叮嘱唐绍仪，已拟定的内阁各部总长人选名单不可随意变动。为此，唐绍仪向袁世凯电商再三，袁世凯总是不允。为了表面上过得去，袁世凯最后答应让黄兴出任参谋总长。袁世凯的这种安排电达南京后，黄兴心灰意冷，去意更加坚定。于是，在3月28日晚他传集南方各军将校，竭力劝说他们不要再争陆军总长。会上黄兴声泪俱下，说不仅陆军总长一席不就，连袁世凯要他出任参谋总长一职也坚决不就。
由于黄兴不任陆军总长的事情已不是问题，唐绍仪按照袁世凯意图组阁的任务便基本完成。3月29日，南京临时参议院即召开会议讨论内阁一事。唐绍仪列席会议，提出袁世凯所定的内阁十部总长名单。被提名的十总长是：
外交：陆征祥
内务：赵秉钧
陆军：段祺瑞
海军：刘冠雄
财政：熊希龄
教育：蔡元培
司法：王宠惠
农林：宋教仁
工商：陈其美
交通：梁如浩
参议院对这份名单讨论了一整天，至傍晚时分开始投票表决。表决结果是通过了十位提名人中的九位，惟一未获通过的是交通总长梁如浩。后来，参议院决议这一职位由总理唐绍仪兼任。当南京参议院将内阁阁员议决结果告知袁世凯后，袁世凯即于次日委任各部总长，并同时委任黄兴为陆军参谋总长，统辖两江一带军队。
唐绍仪签字入盟，众同志报以热烈掌声；
孙中山主盟，唐绍仪起立宣誓
统一政府内阁成立的当晚，孙中山即邀黄兴到府商议说服唐绍仪加入同盟会的事。黄兴到总统府小会议室入座后，孙中山即对他说：“克强兄，现在内阁是组成了，蔡元培、宋教仁、王宠惠、陈其美都已入阁，十位阁员中同盟会员占了四位。可是他们只是长教育、司法、农林、工商，虽不属闲曹，也总不那么重要；而陆军、内务尽为袁氏掌握。长海军的刘冠雄虽属南方阵营，但颇近袁党。总理唐绍仪虽是我的同乡，又有些同情革命，但毕竟不是党人。黄总长你说，能否尽快接纳他入同盟会？”
黄兴听了这话，顿了顿说：“你这位同乡毕竟跟随袁世凯多年，要他入会就要多做些努力。我看赵凤昌与他容易谈得拢，让赵凤昌出面说合，有可能成功。”
“如唐绍仪能入会，内阁的党人就占了一半。”孙中山顿时来了精神，他半开玩笑，“如能这样，总长即便真的解甲归田，革命事业也有人去做了。”
黄兴则说：“我即使解甲归田，也会静观时局。”他顿了顿，又说：“财政总长熊希龄与我是总角之交，临时政府成立，他出任盐运使，颇能经营。这次他任财政总长，我亦大力支持。依我看，南方在内阁中会占优势。”
孙中山有些高兴地说：“这样最好。不过，重要的是唐绍仪。他跟随袁世凯多年，如能使他摆脱袁氏的掣肘，成为同盟会员，这个新内阁就不是袁氏内阁了。克强兄，你务必立即同赵凤昌联络，动员少川马上入盟，这样他至少可以成为代表南北各方的首脑。”
黄兴表示这事立即去办。他告退后，即发电报到上海，请赵凤昌说动唐绍仪入盟。
赵凤昌本是南北议和的鼎力人物，见南方众党魁有说服唐绍仪入盟的意思，即扮演起居间调停的角色。他连夜致电唐绍仪说：“我认为新总统的第一任内阁，是新旧总统交替的一个桥梁，所以这国务总理必须是孙文、袁世凯两位新旧总统共同信任的人物。我以为只有少川先生最为适当，只要孙、黄两先生不反对，我很想劝少川先生加入同盟会为会员，这就是双方兼顾的办法。”
唐绍仪在夜半时分收到赵凤昌劝自己入同盟会的电报后，踌躇不定。虽然他在来南京后的几天内，对孙中山、黄兴要他入盟一事已略有所闻，但尚未作出最后打算。他想，加入同盟会，为争取南方党人对内阁的支持无疑有好处，但袁世凯肯定会大为光火。若不加入同盟会，南方革命党人就不会信任自己，弄不好南北还会分裂。他思来想去，一宿未曾睡好。
次日，唐绍仪得知黄兴不仅坚辞不受陆军参谋总长职，而且也不愿就任南京留守，便前去相劝。他知道黄兴为出掌陆军总长一事心中不平，见面后犹抱歉意地说：“南京兵多，故以留守职请公担任，且他人无一能胜任。”黄兴却说：“南京留守任与不任，我都会协助做好民军善后的事情。我在给袁大总统的电报中说过，两江一带军队，维持整理，刻不容缓。兴纵怀归隐之志，断不敢置经手未完事宜于不顾，以负我军界同胞。已商请唐总理妥定办法，务使南方各军队，布置得直，各安其所。”唐绍仪便劝道：“克强兄既然关心两江军队，还是出任留守为好，这样名正言顺。”黄兴见唐绍仪言谈真诚，便说：“如令我就留守职，公须入同盟会后永不退会，且以王芝祥督直，我方担任。”唐绍仪听了，即慨然答应，说如其入盟，决无他顾；并说王督直一节，在总理权内，等到京后与总统商定发表。这样，黄兴才勉强接受留守职。然而他又表示：“因南方军队尚待整理，故暂任斯职；俟办理就绪，即当归田。”
正在这时，孙中山派人来请唐绍仪，说在总统府设公宴招待他。唐绍仪正想趁赴宴时听听众党魁的意见，特别是同乡孙中山的意见，故他与黄兴高兴地来到总统府。谁知宴会开始后，蔡元培即代表临时政府致词欢迎，他热情欢迎唐绍仪加入同盟会，并在行动中实行同盟会政纲政策。对在公宴上公开提出来要自己入盟，唐绍仪毫无准备，使得平时善言的他竟然一时无语。这时，黄兴起立敦劝，并盛赞他在南北统一中作出的努力。孙中山更以同乡身份表示欢迎，希望他真正做好中华民国的总理。全体在宴的革命党人和军方高级将领更是向他鼓掌致意，一致要求他入盟。此情此景，唐绍仪深有感触。这时，内务部次长居正迅速离席取来同盟会入会盟书摆在他的面前。唐绍仪下意识地看了看盟书后，他默思一会儿后，终于表示愿意入盟，并在盟书上签了字。
众人见唐绍仪签字入盟，再次报以热烈的掌声。这时，由黄兴、蔡元培作介绍人，孙中山主盟，让唐绍仪起立宣誓。宣誓后，众人举杯相庆，轮番敬酒，并对唐绍仪以同志相称，气氛甚是热烈。