袁世凯就任临时大总统后，立即着手筹组南北统一的政府，并让其心腹唐绍仪出任总理。唐绍仪跟随袁世凯多年，二人关系甚为洽合。然而，唐绍仪处世办事同袁世凯判然有别，这是他少年时所受的教育不同之故。唐绍仪年幼时接受新知识教育，后来到美国留学就读于哥伦比亚大学。他在美国多年的经历，使他对美国的民主制度印象尤深。
袁世凯帝王思想根深蒂固，并不在意具有宪法意义的约法，更喜欢玩弄权术，旧式北洋军人领袖的经历使他只迷信武力。在他手中握有军事实权时，临时约法及约法赋予内阁的权力对他来说不过是一纸空文，他尽可听任革命党人在纸面上做文章。袁世凯切操的是如何驾驭内阁，在他心目中，责任内阁不过是自己的秘书处或办事机构。尽管如此，他对于内阁的人员配备不容稍作让步。
袁世凯作为当选临时大总统，他有权提任内阁人选。而且他所定的内阁十部总长名单，基本得到南方革命党人的同意。被袁世凯提名的十位总长中，同盟会员占了四位：蔡元培、宋教仁、王宠惠、陈其美，尽管他们只是长教育、司法、农林、工商，而陆军、内务等重要部门尽为袁氏亲信掌握。为了权力的大致平衡，便发生孙中山、黄兴邀请总理唐绍仪加入同盟会一事。而跟随袁世凯多年的唐绍仪，在众人的说合之下，居然真的入了盟。表面上，革命党在内阁中的人数占了一半。
袁世凯稳固北方
袁世凯奉清廷2月12日诏书组织临时政府后，即加强了对北方各省的控制。直隶、河南和山东等省是袁世凯的发迹地。武昌起义后，这三省也一度出现过“炸弹横飞，前仆后继，势不可遏”的革命形势。袁世凯为了控制北方局势，不顾南京临时政府和各地人民的反对，安排自己的亲信、死党任各省都督。在他被举为临时大总统后不久，南京临时参议院也通过了一个“接收北方各省统治权办法案”，规定东三省、直隶、河南、山东、甘肃和新疆等未独立各省，须将原有督抚撤除，另由各省临时议会公举都督。可是，袁世凯对此不屑一顾。3月15日，他任命其亲信张锡奕署理直隶都督；3月23日任命其表弟张镇芳署理河南都督；3月28日又任命亲信周自齐为山东都督。南京临时参议院对此不满，要求撤换，袁世凯竟说：“三省都督，业由本总统委定，决无更改之理。”
然而，张镇芳督豫的命令一下，河南全省舆论哗然，各团体纷纷上书，表示“死不承认”。河南省咨议局更是致电袁世凯拒绝张镇芳到豫，提出举同盟会员曾昭文为河南都督，河南旅宁将校团也发电响应。但张镇芳奉袁世凯之命，在举省的反对声中抵达河南。他虽然日不出户，却一次保荐30余名前清旧吏，请袁世凯“破格录用”，以增强自己的势力。河南省临时议会制定《临时省议会法》，规定有议决本省官制、官俸、官规和承诺及否拒本省行政主管官任用的权力。张镇芳借口它与《临时约法》相抵触，坚不承认。对于北京临时参议院议决“河南省会于中央省制未颁行时，有暂行议决本省官制之权”的条文，张镇芳也根本不实行。
为了安全，张镇芳强行改编和遣散革命武装。当时，河南南阳仅王天纵、刘凤同、马云卿领导的民军就有六七千人，马四五百匹，炮十二尊。河南信阳等地有旅沪豫人组织的威武军进驻。张镇芳先是奉袁世凯之意，强令这些民军退出豫境。在王天纵等通电反对后，袁世凯即加委李纯督办豫南剿抚事宜，同时密电张镇芳“收抚”民军“不令多留”。结果，王天纵、马云卿所部各改编巡防两营，刘凤同所部改编为陆军两营、炮队一队，其余一概缴械遣散。对于威武军，采取的也是“剿抚并用”的策略。后来，威武军因国民捐问题发生内江，要求撤换司令，率众回沪。袁世凯密令张镇芳会同李纯乘机将该军勒令缴械，就地遣散。曾在辛亥革命中威震一方的南阳民军和威武军，就这样被相继取消了。而王天纵等人应电召先后入京后，终被袁世凯收买。威武军司令官张鹦翎、主令参谋陈星枢则被袁以“折变公债票”罪名，分别判处有期徒刑八年、六年，各剥夺公权十五年。后因李书城等47人联名上呈抗辩，才又下令“特赦”。
在收拾民军势力时，张镇芳更肆意摧残舆论，禁止人民“私自结社、集会、演说”。在下令逮捕开封《自由报》总编辑贾英时，他毫不顾忌地说：“不懂得什么法律，宁拚着都督不作！”1912年5月10日，开封《大中民报》曾刊载一组题为《哀河南》的诗，其中一首写道：“堂堂贵戚往中州，亡国余威使人愁。大陆依然崇专制，共和若付水东流！”这首诗所描绘的，不只是河南一省的情况，其实也是直隶和山东的真实写照。
周自齐任山东都督后，行前向袁世凯保证：“到任后，一切要政，万不敢自作主张，惟有事事察命大总统而后行。”到山东后，周自齐对革命党人一方面以官禄为钓饵，采取软化手段，另一方面则加以暗害。他先是令登州、黄县所有“有功人员”到济南都督府稽勋局登记，“论功行赏，从优议叙”；又委任同盟会主要负责人徐镜心为济东泰武临首道。徐镜心等人虽然进行了抵制，但山东革命势力终究为周自齐所瓦解。而山东民军重要组织人连成基在军队改编后奉令入京，刚抵天津就被陆建章派人杀害于码头。
对于直隶，袁世凯控制更严。不久，他令得力亲信冯国璋接替张锡奕任总督。冯国璋上任后，独断专行，凡事拒不提交省议会讨论。直隶省临时议会提出要求，都督府各官一律更换；任用司道须得省议会同意；各州县知事考试录用；财政由省议会举人掌理。但冯国璋除各州县知事考试录用这一条曾口头敷衍外，对其他各条表示概不接受。
对于北方各省的革命党人，袁世凯确定的是重治的方针。他以总统府军事处名义密电直隶等三省都督及各统领，“于军队驻扎之所，专设收信处，派亲信员弁专司检查”；如发现革命党人联络函件，“即行扣留，密访下落，以清奸究”。不久，天津“铁血监督团”惨遭剿杀。该团是1912年2月由曾广为、方正、马伯援等人，为防止袁世凯效法拿破仑称帝而组织的，宣称“以铁血监督政府，排去国民公敌，促进完全共和政体为宗旨”，在直隶、河南等地开展活动。6月，赵秉钧以谋刺袁世凯罪名拘捕曾广为兄弟四人，判处曾广为监禁二年，其弟曾广伟等各一年，并武装押解河南光山原籍。但行至信阳，曾广为等人被李纯借“土匪”之手杀害了。在此前后，河南开封等地的“共和中立死士团”、“监察共和团”，“铁血团”等也被取缔了。这些团体或以“流血”相号召，或以“暗杀”为宗旨，决心将不惜生命对付那些“假意共和者”。
直隶省摧残舆论更是明目张胆，巡警道杨以德在天津肆意殴辱、拘捕新闻记者。他手下一个稽查员对新闻人士这样说：“尔等开报馆者，均属目无长官，要造反，再要不改，吾们杨大人有的是势力银钱，不难将尔等按土匪炮制。”
袁世凯对东三省的控制同样不遗余力。早在武昌起义发生后，以东三省总督赵尔巽为首的守旧势力，竟以“保境安民”为旗号，顽固对抗革命。他们通过奉天咨议局表示：“如竟成共和政体，应请将东三省暂予特别办法。”所谓特别办法，就是“举恭王即皇帝位，以赵尔巽为总理”，在东三省成立满洲小朝廷。
袁世凯见赵尔巽心怀异志，便暗中收买东三省将领，加以牵制。他派遣密使，遗赠奉军统领张作霖一柄宝刀和许多贵重物品，同时委张锡奕为东三省边务大臣。当赵尔巽对张锡奕的任命公开抵制后，袁世凯即调北洋第四镇以武力震慑，又派心腹段芝贵到奉天活动。张作霖受到袁世凯拉拢，态度一变，便通电拥戴袁世凯做共和大总统，宣称如满族贵族在东三省建立小朝廷，自有统领等抵制。因此，赵尔巽被迫拥袁，但提出东三省用人、行政不变更。袁世凯满足了赵尔巽这一要求。3月15日，他下令改任赵尔巽、陈昭常、宋小濂为东三省都督和吉林、黑龙江都督，让东三省挂起了五色国旗。
东三省虽然宣布改旗易帜，但用人行政一仍其旧，来往公文、示谕仍用总督印信。赵尔巽更是借机迫害革命党人。他宣称：“今者政体已定，更无革命之可言”，“倘再意图破坏，扰害治安，即属国民之公敌”。他强令所有革命军队及革命团体“立即解散”，凡非奉籍党人，一律驱逐出境，奉籍党人必须“各回旧业”，否则，就“借重武力”。锦州铁血会支部未及全部解散，即被指控“存心扰乱治安，破坏大局”，“一日拿获三十七人”，后经丁开嶂极力营救方陆续开释，但铁血会调查部长王寰已冤死狱中。
黑龙江宣布共和当天，宋小濂即时捕拿革命党人。同盟会支部长管颖侯、理财部长关步青就因揭露他“破坏共和，暗助宗社党”，一个被通缉，一个被逮捕。同盟会虽一再派人交涉，致函诘问，但是宋小濂声称要按律惩办，绝不稍涉宽纵。吉林陈昭常也是阳奉共和之名称，实际上阴施其毒辣之手腕，致使人民空享共和之虚名，常受专制之实祸。
不久，赵尔巽又对袁世凯的“军民分治”谋划提出异议，袁世凯则迫使他去职。其实，袁世凯先前委任张锡奕为东三省边务大巨，派段芝贵赴奉天活动，就有乘机取代赵尔巽的意图。只是赵尔巽宣布赞成共和，他无从下手。4月，袁准备再次采取措施，策划由齐耀琳出任东三省都督，赵尔巽即进行抵制，并鼓动东三省将领联名致电袁世凯，声称东省时局万分危险，若骤易生手，恐将“全局动摇，前功尽弃”。然而袁世凯改用釜底抽薪之法，策动张作霖等将领叛离。张作霖本是雄心勃勃的人，自袁世凯改编其部为陆军第二十七师、任他为师长后，他有恃无恐，处处与赵尔巽作对。赵尔巽见大势已去，不得不提出辞职。袁世凯马上批准赵“辞职”，以张锡奕署奉天都督，完成了对东三省的控制。
山西和西北各省同样是在袁世凯的胁迫下归顺北京临时政府的。开始，袁世凯拒绝承认山西为起义省份。后来虽然承认，袁世凯却严令阎锡山驻守忻州，不准返回省城太原，又放出风来，说将以布政使李盛铎取代阎锡山为都督。鉴于阎锡山当时的声望，袁世凯还是不得已任命他为山西都督，并于1912年3月15日下委任状。但他又同时委任李盛铎为山西民政长，加以牵制。李盛铎不愿与阎锡山合作，托病辞职，袁世凯即改委原太原府知府周勃署理。
阎锡山虽是同盟会员，但权力欲颇强，也善于观察政治风向。他为了保住都督地位，回太原后即投靠袁世凯。他先是以40万重金贿赂总统府秘书长梁士诒，又把袁世凯早年的把兄弟董崇仁派往北京进行疏通，继之将他的父亲送到北京作人质，以表示对袁的恭顺。很快，他博得袁世凯的赏识。有了袁世凯的支持，阎锡山开始打击革命势力，并以老家五台人为中心，以纲常名教为纽带，结成一个拥护他的死党。到1912年冬，阎锡山通过“河东案事件”的处置控制了整个山西。
河东是山西辛亥革命中革命党人力量最集中的地区。在阎锡山回太原任都督后，革命党人温寿泉便宣布取消河东军政分府。但观察使张士秀、驻军旅长李鸣凤等党人认为“袁不可靠”，阎为保地位计“恐将附袁”，故主张拒绝阎锡山的裁军改编命令，以保持革命力量。他们利用河东经济富庶的有利条件，控制全部盐课钱粮，准备坚持长期斗争。
阎锡山则攻击张、李“聚财称雄，俨然割据”，借口统一财政，接连派员向张、李施加压力。随后又派南桂馨为河东筹饷局局长兼会办军务，坐镇河东，伺机夺取军政大权。南桂馨一到运城，不仅控制财权，还以巨款运动各团、营长反抗张、李，但各团、营长不为所动。阎锡山得报，便下令撤免李鸣凤，以亲信孔繁蔚代任旅长。张、李等人见状，便将南桂馨拘捕严讯，并于当天致电袁世凯陈述真相。
阎锡山见状，便宣布张、李为国民公敌，电请袁世凯速派兵“会剿”。袁世凯接电后，即令保定北洋第二师混成一团迅赴太原，又令陕州毅军统领赵倜率军渡河直抵运城，勒令交出南桂馨。赵倜率马兵、步兵、炮兵六营到运城后，即将张、李拘押，解往北京，交军警执法处审判。自此，阎锡山完全控制了山西的军政大权。
对甘肃、陕西等西北各省，袁世凯同样是采用扶植旧势力，打击革命党人的办法。在甘肃，他主要是利用革命党人削弱革命势力。辛亥革命后，甘肃形成了两大政治势力。一是兰州以代理布政使赵惟熙为首的旧官吏和立宪派，他们迫于大势，于1912年3月6日由赵领衔致电袁世凯和资政院表示“承认共和”。一是秦州以黄钺为代表的革命党人，他们于3月11日宣布独立，成立甘肃临时军政府。袁世凯为达到控制甘肃的目的，3月15日下令委任赵惟熙署甘肃都督。随后又以兰州承认共和在先为借口，诬蔑秦州独立是“甘心破坏”，“为全国公敌”，强令黄钺取消独立，一切听候赵惟熙命令办理。