章炳麟原本是光复会的发起人之一。他在东京入同盟会后，因为《民报》经费的欠缺，而孙中山未能充分接济，两人之间遂产生误解和隔阂。而光复会另两名领袖陶成章、李燮和更不知道，孙中山为革命奔走自己常常陷入经费困顿之中，竟恶意在报上公布“孙文罪状”。武昌起义后，光复会与同盟会的矛盾随之激化起来。上海光复后，同盟会员陈其美自称都督，把光复会员李燮和不放在眼里，尽管李燮和曾率起义同志救助过他。李燮和原拟率部攻陈，后经人劝解而退占吴淞，自称吴淞都督。旧隙新怨，使章炳麟此时更有意拆同盟会的台。南京临时政府成立的第三天，他即宣布正式脱离同盟会，而与沪苏的名流、旧僚一起，在上海组织中华民国联合会。章炳麟自任中华民国联合会会长，以程德全为副会长，又推张蹇为特务干事。在联合会第一次大会上讲演时，章炳麟故意这样说：“中国本因旧之国，非新辟之国，其良法美俗，应保存者，则存留之，不能事事更张也。”在中华民联合会成立的次日，他又创办《大共和日报》。他在发刊辞中公然说：“专制非无良规，共和非无秕政。”显然，他的语锋是指向新生的南京临时政府。章炳麟与孙中山作对，几成病态。连南京临时政府公布自1912年起改用阳历一事，他也在报上以“本社社长”的名义发表《宣言》煽动人们反对：“今日南北未一，观听互殊，岂容速改正朔。况此次参事会，大半即各省都督府代表之变名，既非国民公选，何有决议改历之权。故在议员未选，历书未颁，对于此等少数宣言，断难遵行，愿全国人民审思之，愿各代表反省之。”
南方独立时，陶成章自南洋返国后即担任浙江都督府总参议。可是他并不在杭州任事，而在上海设立光复义勇军练兵筹饷沪局，招兵买马。出于积怨，陶成章为了搞臭临时政府大总统孙中山的名声，竟在沪报上重登当年所捏造的“孙文罪状”。这一下激怒了拥护孙中山的众多革命党人。沪军都督陈其美见陶成章侵犯了自己的地盘，又无端侮辱民国总统，便指使蒋介石将他除掉。蒋介石奉命后，即于1月14日刺杀陶成章于上海法租界广慈医院。想不到的是，陶成章被刺事件轰动一时，不仅在人民心中投下了阴影，也使同盟会与光复会的分歧更加扩大。章炳麟更是怀疑此事与孙中山有牵连，故当孙中山聘请他任南京临时政府枢密顾问时，他断然拒绝，决意自己独立行事。
到了3月份，章炳鲜又将中华民国联合会改名为统一党，他在《宣言书》中声称：“本党本集革命、宪政、中立诸党而成，无故无新，惟善是与。只求主义不涉危险，立论不近偏祜，行事不趋狂暴，在官不闻贪佞者，皆愿相互提携。”总之，章炳联对孙中山和南京临时政府的所有改革措施，无不加以反对。
同盟会改组
自南京临时政府建立以来，同盟会即设本部事务所于南京成贤街，继续扩大组织，遍设支部于各省，势力空前壮大。但同盟会此时缺少有效的领导和管理，内部涣散。随着会员人数的激增，各种人物包括投机分子也涌入其内。不仅如此，一些同盟会员也都想尽快结束军事斗争，投身到议会民主政治的活动中去。更多的会员则是要求同盟会变为公开的组织。甚至同盟会的机关报《民立报》也发表文章说，只有解散同盟会，才能救党派分歧之中国。于是，要求把同盟会从一个秘密从事武装革命的党改组为公开从事议会政治的党形成一股浪潮。
民国建立后，孙中山本不同意马上将同盟会改组为公开的政党。可是，一股解散同盟会的思潮却在盟内漫延。同盟会的重要人物刘揆一，竟在继章太炎提出“革命军起，革命党消”的口号之后，发表《布告政党请取消从前党会名义书》，提出同盟会、宪政公会、宪友会、辛亥俱乐部应一律取消的主张。宋教仁则与张继、景耀月、陈其美、谭人凤等人商议后，声言将选择同盟会中稳健分子，集为政党，变名更署，与同盟会分离。接着，景耀月又与胡瑛、王宠惠、陈其美、钮永建、汪精卫、马君武、于右任等人，联合立宪派张謇、唐文治、赵凤昌等人发起成立“共和统一会”。
这种情况对同盟会的发展十分不利。南京临时参议院派出的迎接袁世凯南下就职大总统的欢迎团北上后，孙中山便想到要整理同盟会了。作为同盟会的创始人，孙中山本来就觉得推翻了满清，已是破坏的告终，建设的开始。他心中憧憬的是一个独立、民主、繁荣、富强的新中国。同盟会要担负起建设民主国家的重任，确实需要一番整理。况且，当袁世凯掌权、同盟会又成为在野党之后，把同盟会建设成为全国性的大党更为必要。
于是，孙中山便同黄兴商议。他说：“临时政府刚刚成立之时，我曾说中国无所谓政党，同盟会趁革命成功之势，若及时扩充规模，改组政党，则风靡全国，亦意中事。同人等屡以是劝，而鄙人不为稍动者，知政府之进步，在两党之切磋。一党之专制，与君主之专制，其弊正复相等。现在看来，同盟会是要改组了。”
黄兴对孙中山的意见表示赞同。他说：“在开始时，我也反对将同盟会改组为公开党的意见，目的也是为了以避免出现‘一党之专制’。当时我想，能利用袁世凯实现共和，南北统一告成后，自己可以去从事实业，建设国家。现在，中国党派将起，同盟会又发生了严重混乱，确实亟需改组、整顿。让立宪派，那些旧官僚和从革命派中跑出去的人组成的党团坐大，到时他们拥袁反孙，对同盟会就十分不利。”
孙中山听了这话，点了点头，对黄兴说：“克强兄说得好，同盟会确实需要改组。现今党人之朝气渐馁，只图保守既得之地位，而骤减冒险之精神；又多喜官僚之逢迎将顺，而渐被同化矣！”
“大总统所言极是。有不少党人热衷于功名利禄，对大总统让位于袁世凯想不通，只想争权争位，当官发财，不想当在野党。”黄兴附同孙中山，进而表达了自己的看法。
“当在野党有什么不好？”孙中山有些激动地说道，“克强兄是知道的，让位给袁世凯，不过是利用他为民国做事，这并不是坏事。我在两个月前就说过，欲率同志为纯粹在野党，专从事扩张教育，振兴实业，以立民国国家百年根本之大计，而尽让政权于袁氏。”
“大总统言而有信，为世之风范。若他日实业救国成功，更是为人民造福。”黄兴话语慷慨。接着，他话锋一转：“只是同盟会的党务需要有人管理，组织更需整顿。大总统眼下忙于政务，无法在党内任事，党务可否让其他同志去做？”
孙中山即点头同意：“这有何不可？将来辞职后我要潜下心来研究建设学说。”
二人最后商定，由居正等人负责改组大会的筹备工作。这样，同盟会改组的事很快就着手了。1912年3月3日，同盟会本部在南京三牌楼第一舞台召开全体大会，到会者足有四、五千人，临时政府各部总长、次长及重要人士参加了大会。会上宣布同盟会新的宗旨是“巩固中华民国，实行民生主义”；其新的政纲则是完成行政统一，促进地方自治；实行种族同化，采用国家社会政策普及义务教育，力谋国际和平等。会议还决定同盟会大为扩张，正式改组为公开的政党，并成为民国之一最大政党。在这次大会上，与会者一致选举孙中山为总理，黄兴、黎元洪为协理，并选举胡汉民、汪兆铭、张继、宋教仁、刘揆一、平刚、田桐、居正、马君武、李肇甫等为干事，又选拔各省支部长二十人，负责主持各地支部。最后，孙中山指定汪精卫、张继为总干事，马君武、田桐任文书，居正任财务。
同盟会改组为公开政党后，在组织上得到迅速发展。数月间，会员增至十数万人，支部遍于18行省。在民国将统一、南京临时政府解散、国都北迁之时，同盟会又计议将本部迁往北京。先由张筹泉、景瑞星、黄复生、吴玉章等人北上，组织一切。
宋教仁热心政党政治，黄兴关心善后事宜
但是，改组后的同盟会，内部仍然存在严重分歧。同盟会改组大会虽然是为着发展会务，严密组织，加强号召，推动建设，但大会开过后许多重要事情并未落到实处，领导层中不团结的现象却时有发生。且不说在同盟会中有影响的会员刘成禺在参议院时时与同盟会作对，并出于地方的利益与湖北党人勾结在一起，就连宋教仁与马君武之间也因争吵而动过手。原来，宋教仁自北京返沪后，在3月9日向上海《民立报》记者口述专使遇险确情时，没有说出自己对北京闹兵变内幕的猜测，尽管他知道“此中隐情，定是手段”。同盟会参议员马君武先是闻他在北京时“多所结纳”，后因他主张建都北京，故对他多有诋毁，说他“卖党与袁世凯”。宋教仁回到南京后，听说此事便怒不可遏，即在总统府对马君武进行质问，竟动手打了马君武一记耳光。马君武挨耳光后，马上挥拳还击，打伤了宋教仁的眼睛。幸亏黄兴急来劝阻，二人方才作罢。事后，马君武在得知事情真相后，即表示了歉意，说“因不识钝初政治之手腕，故有是言。钝初诚愿始终忠于党，我甘承其过”。
宋教仁见误会已消除，也不与马君武计较。他想得最多的是改造同盟会，尽管他并未在同盟会本部召开大会时被选为领导人。宋教仁的设想是，通过扩大同盟会掌握议会多数，进而掌握内阁权力。于是，他全力以赴投身政党政治，并主张民国的体制采用中央集权。一次，他特地找胡汉民讨论时局，提出这样的看法：“改总统制为内阁制，则总统政治上权力至微，虽有野心者亦不得不就范，无须以各省监制之。”胡汉民却对他说：“内阁制纯恃国会，中国国会本身基础犹甚薄弱，一旦受压迫，将无由抵抗专权的总统。兄所倡的中央集权制恐怕难行，可行办法是推行地方自治。今革命之势力在各省，而专制之余毒，积于中央。倘削弱地方势力，噬脐之悔，后将无及。”
然而宋教仁初衷不改，不以胡汉民的话为然。当同盟会员张睿向孙中山提出解散同盟会的要求时，宋教仁得知此情况后，很是赞成。于是，他去找好友黄兴商议，说要么解散同盟会，要么变更党名。他甚至还想清除党内强烈反袁的激烈分子和游民成份，选择同盟会中稳健分子，集为政党，变名更署，与同盟会分离。
黄兴虽然不反对进行政党议会运动，但他作为临时政府陆军总长，考虑更多的是南北统一。他对宋教仁说：“党内有不少同志讲，革命之目的并未达到，让权袁氏，前途尤多危险，党中宜保存从来秘密工作，而更推广之，不宜倾重合法的政治竞争，而公开一切。”
宋教仁则说：“我也听不少党人讲，武装革命已告终了，应改为公开之党，从事于宪法国会之运动，立于代表国民监督政府之地位，不宜复带秘密之性质。”
黄兴说：“这当然是我会今后的一大任务。不过，目前同盟会内部意见分歧，组织上越来越涣散，需要整顿。可是我忙得焦头烂额，无暇他顾。你呢，尽可以去搞你的政党政治，或许至少能限制袁世凯的野心。”
确实，黄兴最关心的是时局。袁世凯当选临时大总统后制造兵变，不仅拒绝南下受职，复拟添招新兵三十营，扩充实力。黄兴得知消息后，即于3月11日致电袁世凯，劝勿添招新兵，并请以南兵北调。说南京现有各军，已苦于难以安插，不如移南方业经编成之军，填扎北省，在南方可节切需，在北方得资保卫。且新募之兵，训练装备，种种困难，又不适急用。但是，袁世凯并不因黄兴电劝而改变主意，更不愿南军北调。鉴于南方军队人数众多，极易酿成祸乱。黄兴又特地通电各省都督及各军师旅长申明军纪，安定军心，言军人遵守国家之纪律，服从长官之命令，乃为当然义务。维持社会，保卫国家，为军人固有之天职。
南方临时政府的善后事宜也是黄兴必办的。在致电袁世凯以后的第三天，黄兴与汤化龙等人联名发起，在上海张园为举兵反袁而遭刺杀的吴禄贞举行追悼大会。是日素车白马，备极哀荣。吴禄贞曾应黄兴之邀到长沙加入华兴会，黄兴甚念旧情。会上，他以陆军部名义批准吴禄贞照大将军例赐一时恤金1500元，遗族每年恤金800元。
几天后，黄兴又与胡汉民、宋教仁等97人呈请设立国史院，以求直叙民国历史，防止袁世凯他日篡改。此议经孙中山大总统咨交参议院审议，得以通过。接着，黄兴与蔡元培、宋教仁等发起组织拓殖协会，同时还与陈其美、于右任等发起开办拓殖学校，以培养建设边疆人才。
与孙中山一样，黄兴也把注意力放到了建设国家方面。因担心民国初建时期五族涣散、人心不固，黄兴于3月23日又与蔡元培、宋教仁、刘揆一等发起组织中华民族大同会，以“共谋统一，同护国权”，并在南京门帘桥事务所开成立大会。会上，黄兴被选举为总理，刘揆一为协理，下设教育、实业、编译、调查四部，各举干事二人。