然而，黎元洪建都武汉的主张应者寥寥，除章炳麟、程德全、汤寿全等几个名流附和以外，大部分旧僚、失意政客和党人、立宪派人士都迎合着袁世凯的打算。更要紧的是，南方一些省份的都督和将领也声明拥护建都北京，浙军司令朱瑞、江苏都督庄蕴宽、烟台都督蓝天蔚、江北都督蒋雁行、粤军司令姚雨平、云南都督蔡锷、广西都督陆荣廷等纷纷通电，主张宜以北京为临时政府所在地。
黎元洪感到孤掌难鸣，只得改变主意。“北京兵变”发生以后，他在3月3日致电全国，表示拥护定都北京，称时局面临着“兵亡”、“民亡”、“国亡”、“种亡”的危险，而追根溯源则“本于争都之一念”。他指责孙中山的坚持定都南京是“争意气”，说“于此时机万分危迫，舍南京不至乱，舍北京必致亡”。接着，湖北省议会也通电各省，声明拥护定都北京。
列强仍不承认中华民国
孙中山得到黎元洪发出定都北京的通电后，并未感到意外，亦未过多地放在心上。此时他正在处理一外交事件。在蔡元培一行北上后不久，荷属殖民地爪哇和泗水发生华侨为中华民国成立举行庆贺而遭枪杀事件，其中三人惨死，十余人不同程度受伤，多人被捕。孙中山闻讯后，即令南京临时政府外交部向荷兰政府提出严惩抗议，并通知袁世凯，要求他与在北京的荷兰驻华公使交涉。2月下旬，孙中山召开了内阁会议，专门讨论爪哇、泗水事件，并决议如下：限荷兰殖民当局在三日内释放被捕华侨；赔偿华侨所损失的财产；对被害者进行赔偿；尊重华人的人权，应将华人与欧侨、日侨一律看待；惩办当事者。临时政府外交部发出抗议后，前清驻荷兰公使也向荷兰当局据理力争，促其释放了被拘华侨，并订立了条约六条：严惩枪杀华侨之荷人；对被杀华侨给予优礼埋葬并对其家属优给抚恤费；对被伤之华侨给予医治，并给调养费；照数赔偿华侨的财产损失；将荷属华侨与荷人一律看待等。
爪哇、泗水事件有了着落，外交总长王宠惠即来府告知，孙中山才算舒了一口气。他顺便向王惠宠问起日本等国对中华民国临时政府最近的态度。早在清帝未发谕退位前，日本外务省大臣内田康哉曾发出过恐吓：“中国行共和政治对日本不利，所以我们反对，必要时，日本将以武力维持中国的君主政体。”孙中山清楚日本的这种恐吓，是为了向临时政府获取在中国更多的权益，故他当时并不理会内田康哉的言论。
王宠惠见孙中山问起日本的态度，即说：“日方态度仍然强硬，不过稍有缓和。”
“那俄国呢？仍与日本一样吗？”孙中山又问。
“俄国的态度仍与日本一样。俄方认为，应特别利用日前的有利时机，以便巩固在中国的地位，并消灭最近几年来中国政府所追求的政策。俄国外务大臣对日本方面说：只要日俄两国政府能显示出强硬态度，对中国共和政府不予承认，其他列强恐不会急于承认。至少法国政府将同俄国政府采取同一立场。万一其他强国违反我两国意志而先予以承认，日俄两国亦不必介意。而且，日、俄两国若能坚持不承认共和政府，相信最后中国必能接受我方条件。日、俄两国政府如欲维持本国在满洲、蒙古的特殊权利及利益，并有意进一步巩固和扩张，除此时机外将无其他良机可寻。”王宠惠答道。
“美国的中立态度有了一些转变么？”孙中山郁郁地接着问道。他记得自己在半个多月前，也就是2月7日提请南京临时参议院制定《中华民国临时约法》的时候，曾在总统府接见过美国特派记者麦高迈，他曾苦心孤诣地想说动麦高迈转告美国政府承认南京革命政府。可是麦高迈固持己见，认为美国政府可能最后才能承认中华民国政府，并言美国政府的这种政策是为中国的利益尽最大的努力与列强周旋。麦高迈还说，最近的葡萄牙新共和国，美国就是最后一个承认的。而当孙中山提到美国在三天之内就承认了巴拿马国这一事实时，麦高迈却说，中国与巴拿马不同，中国是列国竞逐的对象，为外事纠纷所困扰。美国过早的承认，可能会使这种外事纠纷增多。尽管孙中山一再解释，南京政府有三亿六千万人民，在十五个省份行使权利，有远达缅甸的边境，不被承认就不合法。如果民国政府不被承认，到处都是的排外情绪就可能爆发。但麦高迈却强调，假如中国能表现出治理自己的能力，外国的承认是无问题的。照目前的情形，若承认民国并借款给它，或者借款给北京政府，这都是偏袒。不过，假使南方与北方协议把国家划分为二，每边各自建立一个政府，民国就会得到承认。然而孙中山绝然反对南北分裂的主张，声言中国人民的感情是一致的。所有的人都反对满清，都站在南京政府一边，北京并没有政府。然而麦高迈对孙中山的话不大在意。
“美国的中立态度一点也没有变。”王宠惠说，“大总统是记得的，美国驻华使馆参赞邓尼当时由麦高迈陪同前来总统府，曾亲手递交了美国国务卿诺克斯一封关于日美合作、尊重中国权利的信函，美国政府也发表了保持中立的声明。”
王宠惠所说的美国驻华使馆参赞邓尼由麦高迈陪同来访这件事，是在孙中山接见麦高迈之后的第三天。当时，孙中山特地向他们说明了日本的干涉态度，并告知美国客人：袁世凯并非如美国人士想像中的那样无私，那样可资信赖。在与邓尼和麦高迈二人晤谈后，孙中山又引见各部总长与他们见面，以示友好之意。王宠惠当时在同邓尼进行会谈时，见邓尼态度友善，便想商讨美国承认中华民国和中国的国际地位问题。可是，邓尼强调美国政府既已发表声明，就不会违背声明。美国在中国南北尚未统一前会维持对华友谊，且维持严格中立，不过不会很快就承认中华民国。
“美国的中立态度一点也没有变。”孙中山将王宠惠的这句话重复了一遍，怅恨地说：“那天上午，我见到美国国务卿诺克斯那封关于日美合作、尊重中国权利的信函时，不禁想起在四个月前，自己专程往华盛顿请求诺克斯给予财政援助被拒之门外的情景。一个民主国家，对另一个国家的民主革命却不予支持，这算什么民主国家呢？”
“这恐怕是人家瞧不起我们。两个月来，我以外交部的名义致电诺克斯不下三次，要求承认民国，但均无反应！”王宠惠稍带激愤地说，“还有，大总统以我的名义向法国发出希望‘两个姊妹共和国能建立友好关系’的电报后，也一直未接到回电。”
“看来，列强是不把我们当回事了。”孙中山克制地说，“我就职后的第五天，就用英文颁布了《孙大总统对外宣言》，承认革命以前清廷与各国缔结的各项条约，承认清廷所借之外债，照旧尊重各国或各国个人种种之权利，保护各国人民之生命财产，允许国人信教之自由等。可是，西方各国对这一宣言置之不理。元月下旬，我又对《字林西报》等报刊发表书面谈话，宣称如各国承认民国，即举袁世凯为总统，然而，各国仍然以中国有南北两个政府存在为理由，对南京政府不表承认。我在接见英领事伟晋颂时，告之南北和议可成；接见德国领事舒理慈时，更是商谈过德国在山东的利益问题，并令山东民军照中德条约暂时退出即墨。同样，这些国家对我们的承诺和诚意一概置之不理！”
“列强不承认中华民国，这是大总统最感焦虑的事，也是我最为焦虑的事。”王宠惠亦惆怅地说：“几个月来，尽管大总统令外交部照会各国，谓有关交涉事宜，应向新政府磋商；外交部特在三元巷设立迎宾馆，以专门招待外宾之用，但各国都拒绝承认临时政府，不想同我们建立外交关系。”说着说着，王宠惠的语调变得激动起来。
孙中山见王宠惠情绪激动，自己立时冷静下来，他有些自嘲地说：“我们的这些要求落空并不奇怪！与虎谋皮，哪有不落空的！日本、俄国乘人之危，英国、德国、法国没有一个是靠得住的，美国的中立态度算好一点的。”他顿了顿，又说：“列强不承认我们，财政又困难，还有党人相互拆台，我看把政府交给袁世凯也不算失策，时势所迫，由不得人。你说呢？”
王宠惠听了这话，也冷静下来，点了点头说：“时势造英雄，大总统所言极是。激流勇退，当在其时。只是副总统黎元洪也发出了通电，拥护定都北京。看来，想让袁世凯来南京就职是无法办到了。”
“那就晚上召开内阁会议，商议袁世凯就职地点一事吧。”孙中山缓缓地说。
南京参议院议决大总统就职地点在北京，袁世凯一遂心愿
在3月5日晚上举行的内阁会议上，众阁员鉴于南京临时政府内外交困，都想让袁世凯早日组织临时政府统一中国，以保住共和国体；故对蔡元培电报中所提的为速建统一政府，尽可迁就袁世凯的建议，以及对袁世凯决意不南下的意图不再推阻。孙中山亦认为局势难以挽回，只得曲与通融。会议很快议决：咨请参议院审议允许袁世凯在北京就职，并提议电请武昌黎元洪副总统到南京代表受职；同时，由新当选的总理在南京组织政府，与现在政府交代。
3月6日，参议院在得到总统咨请后，即举行会议，作出议决六项：
一、由参议院电知袁大总统，允其在北京受职。
二、袁大总统接电后，即电参议院宣誓。
三、参议院接到宣誓之电后，即复电认为受职，并通告全国。
四、袁大总统受职后，即将拟派国务总理及各国务员姓名，电知参议院，求其同意。
五、国务总理及国务员任定后，即在南京接受临时政府交代事宜。
六、孙大总统于交代之日始行解职。
见到参议院的决议后，孙中山即电告各省，同时复电蔡元培，告知袁世凯在北京受职的具体办法：惟袁总统得参议院电复认可之日，举行仪式，应由专使等代表民国，接受誓词，赉交参议院保存，以昭隆重。3月7日，孙中山又直接电告袁世凯在北京受职，言“尤望即依参议院所开手续，正式受职，速电国务院总理、国务员名单，俾参议院同意，刻日派遗来宁，接受交代，早定大局，无任切盼。”
当孙中山的这份电报送交总统府后，袁世凯拿在手中看了看，便放置一旁。他见自己略施小计就实现了在北京就任总统的目的，洋洋得意地对赵秉钧、胡惟德等几个亲信说：“南京欲以虚荣厚礼诱我就范，此调虎离山之计，施于他人，宁不如愿。若尝试于我，简直是太不自量。岂真三十老娘，今日竟至倒绷小孩儿么！”赵、胡等人听了这话，争相奉承，都说大总统做事高明。袁世凯听了，又轻侮地笑了笑，令赵秉钧将自己就职的誓词电达南京参议院，并说完全承认其所列六条办法。
南京参议院受到袁世凯3月8日的电报后，9日即回电承认袁世凯已受职，同时将《中华民国临时约法》本稿电达袁氏，又在致辞中特别奉告袁世凯：“《临时约法》七章五十六条，伦比宪法，其守之维谨！勿逆舆情，勿邻专断，勿狎非德，勿登非才！”
然而，袁世凯需要的是大总统职位而不是约束自己的约法，他根本不承认自己是由南京参议院所选，始终认为自己得到大总统职位是由于清帝的退位和禅让。不过，南京参议院的承认使他的总统职位有了法定身份。于是，他在得到南京的电报后立即安排在3月10日举行大总统就职仪式，并将临时总统府、位于石大人胡同的前清外务部公署装饰一新，以作为就职地点。
10日下午3时，中华民国临时总统就职仪式开始。袁世凯着军服、佩长剑，面南正立，宣誓就大总统职。他在誓词中宣称要发扬共和精神、谨守宪法，其中言：
民国建设肇端，百凡待治。世凯深愿竭其能力，发扬共和之精神，涤荡专制之瑕秽，谨守宪法，依国民之愿望，蕲达国家于安全强固之域，俾五大民族同臻乐利。凡兹志愿，率履勿渝！俟召集国会，选定第一期大总统，世凯即行解职。谨掬诚悃，誓告同胞。
袁世凯的这次临时大总统就职仪式甚为简朴，除受托代表南京临时参议院和南京临时政府大总统孙中山的迎袁专使蔡元培外，参加者总共不过100余人，且都是他的亲信或在他手下供职多年的文武官员。外国使节中，只有与他关系密切的英国公使朱尔典亲至观礼。袁世凯宣读就职誓词后，蔡元培代表南京临时参议院接受誓词并代表孙中山致祝词。蔡元培致过祝词后，袁世凯接着再致答词。袁世凯致答词完毕，就职典礼即告结束。