兵变发生的次日即2月30日清晨，唐绍仪为此事去袁府商议。掩门谈了一会，这时应袁世凯召唤的曹锟一身戎装推门而入。袁世凯正当庭而坐，曹锟请过安后即说：“报告大总统，昨夜奉大总统密令，兵变之事已办到矣。”言毕，见唐绍仪坐在门侧，曹锟也向他请了一安。袁世凯见曹锟不顾唐绍仪在场而挑明真相，即刻破口大骂：“胡说，滚出去！”骂得曹锟不知所措。曹锟正要怏怏而退时，袁世凯却又大声喝道：“跪下！”曹锟立刻跪下了。袁世凯两个大眼珠子狠狠地瞪着曹锟说：“你摸摸你的脖子，脑袋还在脖子上长着没有？”接着又大骂几句，才叫曹锟真正“滚蛋”。大冷天，曹锟被这一顿臭骂，竟吓得混身是汗。
事后，曹锟终于明白，袁世凯骂自己是骂给唐绍仪看的，于是他的部属在3月1日又开始纵兵抢掠北京西城。当日傍晚，驻保定的北洋二镇士兵由于受北京兵变的影响也开始变乱抢劫，并延及京保铁路沿线各市镇。接着，天津、通州等地的驻军亦通宵放火行劫，致使京奉、津浦铁路局，大清、交通、直隶各银行和造币厂均遭哄抢，店铺、民房被烧毁无数。
直到3月1日下午4时，袁世凯才在迎宾馆召集北京高级军政首长会议，决定立即采取行动，制止兵变乱事扩大。当不明真相的人提出要以禁卫军接管平乱，把在城内的军队调出时，袁世凯却断然拒绝。他只是把参与闹兵变的第三镇一部调往琉璃河和良乡，一部开赴山西；并下令由毅军统领姜桂题宣布戒严，缉捕再图逞乱兵士；另又派陆建章、曹锟等将领分赴各军驻扎处，剀切开导，并照章补发未变各军应领之欠饷。对参与抢劫的总统卫队即拱卫军士兵，袁世凯亦下令把刚刚解到的军饷发给他们。
高级军政会议完毕后，姜桂题奉令亲率卫队四出弹压，遇抢劫乱兵即格杀勿论，对手里拿着包裹物件、行色仓皇的过往行人也抓住就地正法，并把人头挂在通衢示众。一时间，东四、灯市口、西四、前门桥南都挂着血淋淋的人头。这些被杀的人当中大多是流氓混混，还有一些是无辜市民。
袁世凯策划的兵变发生后，英、德、俄、日等国公使以为是中国北方地区的军队发生了变乱，便立即出动驻扎在京津地区的军警在要道上巡逻，继之又从旅顺、哈尔滨、青岛等地调军队进北京保卫使馆。3月3日，英军一千人，美、法、德、日军各二百人到达北京。4日，各国入京官兵在北京示威。5日，又有从旅顺、哈尔滨、青岛等地调来的两千余名俄、日、德军队开往天津。紧接着，日本使馆将山海关及南满驻屯军一千人先行调入北京。一时间，北京城的气氛颇为紧张。
南京来的迎袁专使团对这场兵变发生的背景全然无知。当他们正在懊丧之中时，梁士诒秉承袁世凯的意旨来到六国饭店，说明兵变和兵变后的险恶情形。接着，梁士诒又对专使们说：“现在全国倡行革命，人心动荡，北方秩序很难维持，像目前这种情形，如果不及时调度、弹压，确保地方的安谧，就很容易引起外国对我国用兵的祸事，这一点是应该切实注意的。”
蔡元培等人相信了梁士诒所说的话。他们实在难于明了真相，以为北方政局确实不稳，如果此刻要袁世凯南下就职，只会加剧政局动荡。汪精卫由于受袁克定的影响，即附和梁士诒的话，对变兵抢掠之事大加渲染。他还毫不掩饰地说：“看此情形，袁氏南下就职是作不到了，我们已议决用电报向南京报告。”他这一番话使梁士诒暗中高兴。
送走梁士诒后，迎袁专使们即再行商议，并于次日由蔡元培致电南京参议院。其中言：“北京兵变，外人极为激昂，日本已派多兵入京。设使再有此等事迹发生，外人自由行动恐不可免。培等睹此情形，集议以为速建统一政府，为今日最要问题，余尽可迁就，以定大局。”
蔡元培的电报到达南京后，参议院并未及时答复。这时，北京各团体的代表争往六国饭店访见蔡元培等迎袁专使，呈递说帖。北方各军队首领驰电向迎袁专使相商者，更不下数十次，差不多是众口一辞：袁大总统不能离开北京，临时政府地点不能设在南京。蔡元培等专使迫于形势和压力，连忙开会商议，并很快议定两条：（一）消灭袁世凯南行之要求。（二）确定临时政府之地点为北京。其具体办法是：袁世凯在北京行就职式，而于南京、武昌商定内阁总理，由总理在南京组织统一政府，与南京前设之临时政府办交代。参议院及内阁全部迁北京时，用重兵护卫。议定后，蔡元培将此电告南京，说同意袁世凯在北京就职、临时政府地点设在北京为迎袁专使全体赞同，要南京临时政府“宣布中外，以拯危局”。
这时，袁世凯更是装着难于离开北京的样子。他电告孙中山，说明北京兵变使形势变坏，故请黎副总统代赴南京受职。孙中山接电后，明白兵变必有隐情。他即与黄兴商议，借帮助北京等地秩序为由，从汉口、浦口、烟台等地调兵北上，打入袁氏的心脏之地。袁世凯最防的就是南兵北来，他得到孙中山电报后立即复电相告，说事变之后，兵匪已尽数溃走，他们绝无政治上意见；且现在人心已定，秩序渐次恢复，大可不必远劳军旅，故他要孙中山停止军队出发。为了造成变兵已被弹压的假象，袁世凯又令陆建章从监牢里提了一些重刑犯，砍头后挂在东单和西单示众。但是，他在通电全国时却仍把乱兵抢劫之事过于夸大，声明自己行期无定。其电云：
专使到时，决意南下，组织临时政府，统一南北，用慰国民之厚望。今遇此变，实行维艰，公等见谅。且驻京外交团及吾国驻外各代表等，均云方今欲巩固民国，保全共和，舍速建设统一政府，别无他法。想全国心理，均表同情。因兹事变，南行无期，组织政府，势必从缓，凯实焦灼万状。
为了平息南方的舆论，袁世凯特派唐在礼和范源濂与宋教仁等人一道到南京疏通关系，又令梁士诒与南京临时政府电洽，以从中说合。
在袁世凯声明难于南下的同时，北京、天津、保定各商会、议事会、各政团以及顺直咨议局争相上书袁世凯，请求他声明决不南行。这些团体又致电南京临时政府，指责南方因争议会议地点而酿此大变。与此同时，北洋将领段祺瑞、姜桂题、冯国璋等人也联名致电孙中山，声称临时政府必应设在北京，大总统受任暂难离京一步，统一政府必须旦夕组定。
副总统黎元洪不再言立武汉为新都，转而拥护袁世凯在北京就职
黎元洪当选为副总统后，并不到南京去任职，他仍然在湖北军政府主持一切。军政府秘书长饶汉祥及孙发绪等人则为他出谋划策，以期以湖北为依托扩充势力。然而，黎元洪与湖北革命党人并不同心，故难成大气候。恰在这时，对武昌起义有功的孙武等人自认为是首义的元勋，他去南京活动想谋得陆军次长一职，而负责组阁的黄兴因在感情上念武昌党人的旧恶，拒不安排他入阁，致使孙武怨恨不已。相反，在汉阳保卫战失败后与黄兴一起乘船东下的湖北省咨议局局长汤化龙则被任命为陆军部秘书长，后又改任法制局副局长。汤化龙本来被视为战场逃官，这一任命就更加引起湖北方面的不满。孙发绪见有隙可乘，便向孙武进言：“南京政府排鄂，鄂人功高材多，应另树一帜，以与之相抗。”孙武听了此言，感到正中下怀。他一面诋骂南京政府，谓黄兴、汤化龙是“败将逃官，沆瀣一气”；一面在上海联络失意党人以及湖北籍参议员刘成禺等人，发起成立一个以黎元洪为首的政团——民社。
民社列名发起人除黎元洪、孙武、孙发绪、张振武、刘成禺外，还有一些稍有名气的同盟会员和军队将校如蓝天蔚、谭延恺、王正廷、宁调元等。江苏名流吴敬恒亦列名于发起人中，并被推举为总干事。不过，民社的主要任事者是孙武和孙发绪。它开张后，孙武又偕同刘成禺及鄂籍失意军人唐克明、石星川等回到湖北，在武汉成立民社支部，推举黎元洪为社长。黎元洪成为党魁后，即授意湖北军政府理财部拨款5万元，作为民社经费。他还嘱鄂籍参议员刘成禺等人与湖北方面暗通讯息，将南京临时政府的举动不遗巨细地报告回鄂。借助民社的势力，黎元洪另立门户的野心就大起来。他垄断湖北一切政权，实行“联袁拒孙”的政策，准备拆南京临时政府的台。
南京临时政府因财政极端困难屡屡举债，黎元洪总是带头反对。在继苏路借款后，南京临时政府计议以轮船招商局抵押借款时，就因黎元洪致电反对而未成。后来南京临时政府转而向汉冶萍煤铁厂矿股份有限公司筹款，又因黎元洪反对激烈而夭折。当时，孙中山已让借款代表何天炯与避走日本的汉冶萍公司总理盛宣怀接洽。盛宣怀同意借款，但认为以公司产业加借押款，日人不肯借，如华日合办，或可筹借，但这须授权日商三井洋行。后来，盛宣怀责成公司业务经理王阁臣从日本返沪至宁具体商谈合办事宜，让临时政府与日本三井洋行签订了合办草约及借款续合同。草约规定：以汉冶萍归中日合办，集股三千万元，中日各半，由公司转借五百万元与民国政府。借款续合同则规定：三井洋行代汉冶萍公司备款二百五十万日元借与民国政府，借款以大冶铁矿作抵，以一年为期，周年七厘行息。黎元洪通过鄂籍参议员刘成禺等人得知此消息后，即率先致电南京临时政府表示抗议，要求迅即设法取消借款合同。他还让民社出面纠合一些团体在上海《申报》上刊登公揭，扬言凡助盛宣怀为虐者，即与盛宣怀一同宣布死刑。这一鼓噪，引起全国哗然，迫使孙中山、黄兴立刻咨文参议院废除草约，并告知盛宣怀不得以任何借口继续与日方合办公司。但是，面对巨大的财政支出，南京临时政府无奈之下又同华俄首盛银行签订借款合同，以全国税收为抵押。不意这一借款又遭湖北党人反对。当借款合同交参议院审议时，刘成禺、时功玖、张伯烈等三名鄂籍议员竟愤然退场，还以辞职相要挟。黎元洪则电责孙中山，民社的喉舌《民声日报》更是刊文痛骂南京临时政府，痛骂同盟会，痛骂孙中山和黄兴诸人。这一闹，又使借款未成。
处于经济绝境中的南京临时政府眼见自己不能生存，只得谋求同袁世凯议和，使其迫清帝退了位。孙中山也辞去临时大总统职务，并提请南京临时参议院选袁世凯为临时大总统，决定派人北上迎袁世凯到南京就职。
黎元洪则把孙中山辞职视为自己揽权的机会。在孙中山辞职的次日即2月14日，黎元洪便致电袁世凯，提出以汉口为建都之地。这实际上是他想以武汉为基础建立权力中心。建都武汉，既能将以孙中山、黄兴等人排斥于中央政府权力外，也能把袁世凯调离出自己的势力范围。他的电报云：
民国成立，万众欢呼，去帝制而进共和，化干戈而让揖让，大功所在，国人皆称道我公不止。电示不能南来情形，仰见老谋硕画，无日不为民国前途计安全，钦佩曷已。惟人心所属，众望所归，亦须别筹办法，以顺舆情。现在组织中央政府，为刻不容缓之图，而会集之区，似以汉口为适中之地。前电段军统祈转达此意，倘以为然，敬请速派北方各处代表，会同推举大总统，及中央政府各重要人员，与确定政府所在地点。俟得复电后，即由敝处电告南京临时政府，派定南方各省代表，以便会商。
经黎元洪提议，湖北省临时议会在十天后通过了“请以武昌为国都”的决议。与此相应，孙武等人在《民声日报》上发布通电，鼓吹“折中定制，莫约武昌”，以大造舆论。及南京临时政府派出迎袁专使上北京后，黎元洪特地致电孙中山和南京临时参议院相责，说定都南京是胶执成见，如再不放弃就会“贻全国无穷之祸”。他提出先在北京组建中央政府，同时开辟武汉，建筑新都，以待总统移驻。