祭陵回城吃罢午宴，已是下午二时，孙中山顾不上休息，又与临时政府官员及部分军界人士在总统府举行庆贺南北统一共和成立礼。庆典礼开始，升二十一礼炮、奏军乐、唱国歌后，典礼官胡汉民请孙中山致辞。孙中山在致辞中赞扬南北军民协力推翻清王朝的功绩，推崇袁世凯在民国事业中的作用并申明自己会解任，同时强调临时政府的地点必须设在南京。他说：“清帝退位，南北统一。袁公慰廷为民国之友，盖于民国成立事业，功绩极大。今日参议院选举总统，若袁公当选，余深信必能巩固民国。至临时政府地点，仍设南京。余解任后，亦愿尽力于新政府也。”
总统府这边的庆贺会尚在进行之中，临时参议院在继议决定都之事后，选举出了新的临时大总统。尽管议员们知道袁世凯早于两日前宣布改清内阁为民国临时政府，并命现有内外大小文武官员均照旧供职，但十七省代表仍一致选举袁世凯为大总统，故袁世凯以十七票全票当选。选举结束后，参议院即电告袁世凯祝贺他当选为大总统，要他即日驾临南京参议院受职，并盛赞他是中华民国之第一华盛顿。
孙中山在开完庆贺会后，得知参议院一致选举袁世凯为第二届中华民国临时政府大总统后，也立即致电北京表示祝贺，恳请袁世凯驾临南京参议院受职，并言准备派专使北上迎接他南下。贺电说：
今日三点钟由参议院举公为临时大总统，临时政府地点定在南京。现派专使奉请我公来宁接事。民国大定，选举得人，敬贺。
致电袁世凯后，孙中山接着致电黎元洪、各省都督以及北方各将领，告知选举结果，并贺南北统一成功。
当接到南京参议院和孙中山的贺电后，袁世凯喜不自胜。但是在给孙中山、黎元洪、南京临时政府各部总长、参议院和各省、各军回电时，袁世凯却又假惺惺地推辞一番。他一面解释自己并非清帝委任，而是由北方军民推举为临时大总统，一面又强调北方局势险象环集而不能南下就职。其电云：
清帝退位，自应速谋统一，以定危局，此时间不容发，实为惟一要图。世凯德薄能鲜，何敢肩此重任。南行之愿，真电业已声明。然暂羁绊在此，实为北方危机隐伏，全国半数之生命财产，万难恝置，并非由清帝委任也。孙大总统来电所论，共和政府不能由清帝委任组织，极为正确。现在北方各省军队暨全蒙代表，皆以函电推举为临时大总统，清帝委任一层，无足再论。然总未遽组织者，特虑南北意见因此而生，统一愈难，实非国家之福。若专为个人职任计，舍北而南，则实有无穷窒碍。北方军民，意见尚多分岐，隐患实繁。皇族受外人愚弄，根株潜长；北京外交团向以凯离此为虑，屡经言及；奉、江两省，时有动摇；外蒙各盟，送来警告。内讧外患，递引互牵，若因凯一走，一切变端立见，殊非爱国救世之素志。若举人自代，实无措置各方面合宜之人。然长此不能统一，外人无可承认，险象环集，大局益危。反复思维，与其孙大总统辞职，不如世凯退居。今日之计，惟有由南京政府将北方各省及各军队妥筹接收以后，世凯立即退归田里，为共和之民。当未接受以前，仍当竭智尽愚，暂维秩序。总之，共和既定之后，当以爱国为前提，决不欲以大总统问题酿成南北分歧之局，致资渔人分裂之祸。
孙中山当然清楚袁世凯假辞让背后的真实意图，他接电后便复专电催袁世凯速赴南京，请袁世凯举人维持秩序，给以镇守北方大权，并告之迎接总统专使即日北上。
迎袁专使北京遭遇兵变
2月18日，孙中山特命教育总长蔡元培为欢迎专使率领欢迎员，赴北京迎请袁世凯南下就职。欢迎员有外交次长魏宸组、海军顾问刘冠雄、参谋次长钮永建、法制局局长宋教仁、陆军部军需局长曾昭文、外交司长王正廷、前议和参赞汪精卫等人，他们偕同由北京南下的唐绍仪由海路乘船赴北京。
袁世凯闻讯后，即吩咐布置隆重仪式欢迎专使团，他特派赵秉钧、胡惟德、周自齐、王树堂、颜庆惠、范源濂、汪宝荣等十三位要人为招待员。赵秉钧等人受命后立即行动，他们辟出东城煤渣胡同东口路北前清贵胄学堂为招待所，还调拨了六百人的警卫队专门保护专使，安排周至。为作姿态，袁世凯更预先指示直隶省和天津地方当局张锡銮、杨以德等对专使团予以特别照料，并派长子袁克定代表自己前往天津迎接。在迎袁专使团由海路登陆、尚未从天津动身登车赴北京之前，赵秉钧等人即令在北京车站、东交民巷、内外城各商铺悬旗结彩，摆出一副热烈欢迎的场面。
2月25日，蔡元培一行到达北京，袁世凯独出心裁地命开正阳门迎接，以让专使们受到像过去迎接皇帝般的优礼——清帝未退位之前，正阳门非皇帝大婚及移梓宫等盛大活动不开，平时则从左右门出入。赵秉钧等十三名招待员在迎迓时更是热情致礼，声言代表袁世凯大总统前来欢迎。这种高规格的礼节和周至的安排令南京远来的专使们顿生高尚之情，心情很是激动。尤其是刘冠雄，若有宾至如归之感。然而，蔡元培对此安排很是反感，他率全体欢迎员避开正阳门，绕道而行，从东门入城。赵秉钧等人心中虽有不悦，但表面上热情未减，仍陪送笑脸一路陪护，直至入住招待所。
到达住所的当天下午，从天津先期返京的唐绍仪前来致意，并陪同蔡元培率众欢迎员前往总统府，向袁世凯递交孙中山请其南下就职的手书及参议院举其为临时总统的选举状。袁世凯微笑着接受了书信和选举状，客套地致谢后，表示一俟北方各处情形稍为平定即往南京一行。
晚上，外务部举行盛大宴会宴请南使，外务部首领胡惟德受袁世凯委派出面陪宴，其话语友好，使宴会显现出一派和谐的气氛。
次日，袁世凯在总统府举行茶话会，态度极为热情，表示愿意接受邀请。
蔡元培见状，即再三恳请：“大总统必须南行，以联络南北感情，藉巡视军民近状，以资融洽。”
袁世凯满口答应：“极愿南行，一俟拟定留守人选，即可就道。”他只字未提南行有何困难，给人的印象，南下就职是水到渠成之事。
唐绍仪在旁也说：“总统南下就职毫无问题，只是还有些事情要妥为布置，待安排好留守人选，立刻就走。众欢迎员可在招待所安心住上几天，不日即可确定南行时间。”
蔡元培等人见袁世凯回答如此痛快，十分高兴。
这时袁世凯又说：“余非特至宁，并须赴鄂，与黎副总统晤商一切。”
见袁世凯这样说，蔡元培以为他在谈南下路线，便崇敬地说：“还是大总统想得周到。先沿京汉线乘火车南下，到武昌和黎副总统会面共商国是后，再乘轮船到南京就职。——”
“大总统真是中国的华盛顿！”侧座的汪精卫未等蔡元培说完即插了一句，极尽夸赞。
众人听了即鼓起掌来，都以为袁世凯南下就职毫无问题。他们根本未注意，袁世凯在谈话时只是说南行，并未提及就职一事。
与袁世凯谈话完毕后，蔡元培等人从总统府出来，便心安理得地在招待所住了下来。在南京临行之前，他们曾作了充分准备，一定要对袁世凯晓以大义，促其早日南下。他们甚至想到，倘若袁世凯一意孤行，不给欢迎团面子，他们就当面提出要另选新总统，或设法挽留孙中山不使解职，迫使袁世凯就范。现在看来，这些准备都是多余的，袁世凯并不是他们想像中的那样固执。同时，他们到达北京时是阴历正月初八日，尚属春节期间。北京的市政厅更是通知各家商号住户，从正月初十日初起举行庆祝大会三天，晚间还要举行提灯游行。这既表示对中华民国成立的庆祝，也表示对南京专使们的欢迎。凑巧的是，这三天正是旧历灯节的前夕，那些看惯“耍狮子、闹龙灯”热闹的北京市民对兴趣浓郁。在这几天中，北京市白天开大会，晚上各家商铺派人参加提灯游行。城中到处可见的洋洋喜气，更使蔡元培一行的心情轻快下来。
然而29日晚上的兵变却打破了北京的祥和气氛。入夜不久，市民的提灯游行刚刚开始，城东北方向忽然传来轰轰几声炮响。游行的人们开始以为是放礼炮，谁知街头突然枪声大作，拥出许多士兵，乱哄哄地向当街的金号、银钱店、首饰楼、钟表铺、当铺、绸缎庄、洋广货铺等铺面奔去，一些士兵则闯进饭馆。他们口里不断嚷着：“宫保要走了！”“我们没人管了！”“抢哇！”市民们见势不好，立刻四散而逃，大街上顿时乱作一团，哭喊声、呼救声响成一片。
在城内乱哄哄时，城外闹兵变的士兵又蝗虫般的从朝阳门拥进城，并且一路抢来。抢完东四一带，又抢北新桥，接着抢东单牌楼等处。抢过之后，又纵火烧屋。大片房屋着火后，顿时火光冲天，满城浓烟滚滚。这时，大街上看不见一个维持秩序的军警。由于秩序混乱，一些大胆的地痞、流氓也紧跟在变兵后面混水摸鱼，到商店、钱庄、住户各处行抢。
城内的士兵则从东安门、王府井大街开始抢劫，随后径直奔向煤渣胡同专使们下榻的招待所。蔡元培等专使这时正要吃晚饭，饭菜都已摆好，忽然听见外面人声嘈杂，继而枪声大作，顷刻间又见外面数处起火并四处蔓延开来，在玻璃窗上反照出很亮的火光。专使们见了略感恐慌，这时招待所有人前来告知说：“北京驻军因为反对袁宫保离开京城，闹兵变了。”专使们听了这话，一个个无心吃饭。招待所的人见状，即对他们说：“隔壁是个礼拜堂，那里有洋兵保护，乱兵不敢进去，我们不如把饭菜端到那边去吃，吃完再作道理。”由于怕走上街头吃枪子，招待所的人赶紧搬来梯子搭在围墙上，让专使们登梯越墙到教堂那边去。蔡元培即要大家赶紧登梯离开招待所躲避，并相约次日到六国饭店碰面。
当黄恺元等人顺着梯子爬上墙翻到了教堂那边，院内还剩下蔡元培、汪精卫和宋教仁三人时，外面已被乱兵包围了，并且一大群变兵已乱哄哄地闯进了招待所。蔡、汪二人见势不好，急忙避入暗室，闩紧房门，躲过了风险。宋教仁则趁机溜出后门，冒着枪弹躲进一家日本人的寓所过夜。次日清晨，专使们陆陆续续地来到六国饭店，可是个个狼狈不堪，他们的行李和文件等物被洗劫一空且不说，有几名专使连鞋子也跑掉了。奉袁世凯之命前往饭店慰视的叶恭绰不知内情，见状不禁大吃一惊。在得知专使们的住所已被抢劫时，他赶忙挪取三千元交给蔡元培为全体专使置办衣服及作零用。
出人意外的是，这场兵变是驻京军曹锟所统领的第三镇闹的。当警备司令江朝宗将第三镇闹兵变的消息报告袁世凯后，石大人胡同总统府内也是一片忙乱。屋里门窗什物七零八落，皮箱及其他零用杂物、残散文件堆满一地。袁世凯的大公子袁克定坐在一把椅子上发愣，而卫队长已为他们作了随时动身出逃的准备，甚至连身边扈从人员都已挑好了。在兵变开始时，袁世凯见外面火光冲天，须臾间电灯熄灭，顿时显得惊慌失措，因城内军队除了第三镇外只有总统的卫队了。他急忙从楼上走下来，屡问江朝宗、毅军统领姜桂题等人西直门外情况如何，西直门已否关城？又担心驻西苑的禁卫军跟着哗变。袁世凯下楼后，甚是愤怒，在屋里来回踱步，他上身穿一件类似中山装的长上衣，下身着马裤，足登青布便鞋，煞有介事地叫道：“这还得了！他们如此胡闹，快拿我的家伙来，等我去打他们！”当卫士们上来劝阻时，他也就顺势坐下不动了。这时，警卫军统领、执法处处长陆建章正好闪身进来，他见状便说：“这件事总统不用管了。无非是一些兵痞在捣乱，就交给我和姜桂题去办好了。”
“到了这样时候，什么人都躲光了，你怎么倒来了？”袁世凯脸上露出窘笑说，“好吧，这件事就交给你们了。”
陆建章听了这话，即表示奉命。他双足一并，敬了一个军礼，告辞而去。
当江朝宗和姜桂题也跟着要离去时，袁世凯却说：“慢着，你们要调度好自己的军队，必须守卫好自己的防卫地带，切不可擅离防地去打变兵。只要你们守好自己的驻防地区，不叫变兵进来，北京城就乱不了。对付变兵，我有办法。”江、姜二人听了这话，诺诺而退。
由于袁世凯不事镇压，闹兵变的士兵抢掠行为不仅没有被禁止，反而呈扩大之势——他们继续往前门、大栅栏、虎坊桥一带通宵达旦地抢掠，以致遭抢的商号多达四千六百余家，商民损失数千万元。
北京变兵如此猖狂劫市，其实是袁世凯在背后支持。参与闹兵变的全是袁世凯亲自调来控制京师的北洋嫡系，其中第三镇统制曹锟更是唯袁世凯之命是从。兵变发生后，执法处长陆建章不予干涉，赵秉钧传令全城巡警一律撤岗，以让士兵们姿意肆虐。
原来，居在沪上的张蹇得知南京临时政府议决袁世凯南下就职，担心他屈从造就，即致信袁世凯说：“目前第一难题，即要公南来。解此题者只有二法。一从在京外交团着手，一从北数省人民着手。飞箝捭阖，在少川心知其意而妙用之，若不著一毫痕迹，使不欲南下之意不出于公，当可有效。”袁世凯得张蹇信后，自度此议正合己意，即令长子袁克定去把事情办妥。
袁克定受命后，即召集曹锟、姜桂题、杨士琦、杨度等人商议。他说：“南边坚持要大总统南下就职，大总统要走，兵权就得交给别人。听说王芝祥要来当直隶都督。大总统只能带一标人去作卫队，至多也不能超过一协，其余的人恐怕都要裁汰调动。这事你们看怎么办？”说完，袁克定以目环视。可是众人除了叫嚷反对让大总统南下就职外，拿不出半点主意。袁克定见状，不由得火从心起，但他还是压住了，只是对大家说：“我看等那些专使来的时候，把他们吓回去再说。”说完他两眼盯着姜桂题，希望他表态。袁克定之所以期望姜桂题，是因甲午年守旅顺时他曾弃职潜逃，是袁世凯替他求情才免斩罪，后又留在袁军中效力。此刻姜桂题却未领会袁克定的心事，只嘟囔着“这个光景——那个光景——”始终未说出一句整话。一气之下，袁克定宣布事情改日再议。
隔了两天，袁克定又找曹锟到自己的公馆里密商。商妥后，曹锟立即派人把第三镇几位标统叫到袁克定的公馆。众标统到馆后，袁克定便把派人吓走南边欢迎专使的计谋对他们又说了一遍，最后他以挑拨式的语气说道：“难道大清皇上逊位，北洋军官也要逊位吗？”可是，这几位标统一个也不吭声。曹锟见状，十分着急，开口便说：“我想这件事他妈的好办。只要去几个人把专使的住处一围，一放枪，大伙儿嘴里再嚷嚷：‘宫保要走了，我们没人管了’。只要咱们一吓唬，他们就得跑。”袁克定听了，不住地点头说：“只要你们一闹，把他们吓跑了，那就好办了。到那时候，外交团也能出来说话，不放总统南下。这样建都北京就不成问题了，王芝祥也不敢来接任直隶都督了。”众标统听出头绪之后，争着表示效忠，都说要永远跟着总统。计划议定后，袁克定鼓励众标统只管大胆行动，让士兵们捞点好处，说他会通知陆建章叫执法处不干涉这一行动。