经过张謇的穿梭游说，沪、苏、浙三都督陈其美、程德全、汤寿潜不久即出面邀集留在上海的十一省代表，在江苏教育总会开共和联合会大会，公举黄兴为大元帅，负责筹建临时政府；公举黎元洪为副元帅，仍驻武昌处理鄂事；决定以南京为临时政府国都，并公电孙中山回国主持国政。
举黄兴为大元帅后，程德全和陈其美及各省督抚代表特于次日举行欢迎临时政府大元帅大会。黄兴莅临大会时，欢呼声如雷动。
欢迎典礼开始后，程德全起立致词：“昨日自大元帅举定后，即邀同陈君英士，亲往黄大元帅行辕道欢迎之意，恭请莅会。大元帅谦辞不肯承认，经程德全再三劝驾，仅允到会重新选举。”程德全致词毕，陈其美也起立陈言：“昨日之选举，万不可作为无效。况大元帅责任重大，关系全国。方今北虏未灭，军事旁午，非有卧薪尝胆之坚忍力者，不足以肩此巨任。故其美以为舍克强先生外，无足当此者。”
然而黄兴闻言，起而辞谢说：“兴才力不胜，难以担当大元帅一职。请诸位推举首先起义之黎元洪为大元帅，再由各都督中举一副元帅。兴愿领兵北伐，誓捣黄龙，以还我大汉河山而后已。至于组织政府，则非兴所能担任者也。”
黄兴话刚说完，代表马君武即说：“现今事机危迫，战争未息，黄大元帅苟不俯从众意，其如全国人民何？”
黄兴即答道：“孙先生将次回国，可当此任。”
这时陈其美急声说：“开会已两时之久，西伯利亚铁道所装之军械，已通过二百余里，京汉铁路之兵亦行近百余里了。方今军务倥偬，时间异常宝贵。孙先生诚为数十年来热心革命之大伟人，然对外非常紧急，若无临时政府，一切交涉事宜，俱形棘手。况大元帅为一时权宜之计，将来中华底定，自当由全国公选大总统，是故某以为黄大元帅于此时实不必多为推让。”
黄兴见陈其美如此说，也就答应暂时勉任。
与会人士见黄兴应允，即热烈鼓掌欢呼。
欢迎会后，黄兴仍未行使大元帅职，他只是致电广东都督胡汉民，要他调几营人马至南京，以会合北伐。
上海代表的决议电告武汉后，在汉口集会的各省代表即表同意，且都愿立即离开汉口转往南京开会。然而逃往葛店后被请回都督府的黎元洪接到电报后，心中不满，他对孙武等人说：“黄兴乃汉阳败将，何居我之上，任大元帅？”孙武亦咐和黎元洪所言，说：“若举大元帅，论功论才，只有黎都督才当之无愧。”黎元洪听孙武如此说后，更感气愤，他即致电上海代表及各省都督，说上海代表只负联络之责，无选举权；如公举黄兴为大元帅，情节甚为支离，请设法声明取消。现业已同北方议和，中央政府之选举拟应缓行。不过，黎元洪怕武昌有闪失，在电报中倒是同意以南京作为临时政府所在地。
上海代表得知汉口代表即日东来，黎元洪亦同意以南京为中央政府所在地，甚是高兴。于是他们加紧讨论与清廷议和的条件，并议决与袁世凯和谈的纲要四条：一、推翻满清王朝；二、实行共和政体；三、礼遇旧皇室；四、以人道主义待满人。同时，代表们还议定以汉口为议和地点，任伍廷芳为中华民国中央军政府大都督黎元洪的议和全权代表。
袁世凯请旨和谈，任唐绍仪为和谈总代表赴鄂。
黎元洪在武昌城外毡呢厂设西餐招待唐绍仪一行。
唐绍仪等转赴上海后，南方代表伍廷芳、代行大元帅黄兴、
沪督陈其美、苏督程德全及沪上名流致以热烈欢迎
南方十一省党人代表决议的和谈纲要送达袁世凯后，袁世凯即奏告隆裕太后，请旨和谈。隆裕太后即准奏，授袁世凯为和谈全权大臣。恭亲王溥伟、肃亲王善耆等亲贵闻讯一致反对，他们议商后，让溥伟前去袁世凯办公的外交部大楼质问：“从前洪杨革命，十三省都沦陷，胡林翼、曾国藩都能讨平。现在南方革命党并无多大实力，黎元洪、程德全都是朝廷命官，公然反叛，若不讨伐，成何体统？”袁世凯则辩解道：“讨伐黎元洪、程德全可办得到；讨伐张謇、汤寿潜、汤化龙、谭延闓等却办不到，他们都是百姓代表。假如你们不满意，我只有向太后辞职。”溥伟见袁世凯以辞职要挟，不敢再开口。他回去转告众亲贵后，亲贵们也大多哑口无言了。
隆裕太后授袁世凯为和谈全权大臣后，袁世凯即委任主张民主立宪的唐绍仪为和谈总代表，严修、杨士琦为代表，并暗中以杨度、汪精卫等为参赞，南下武汉与党人和谈。在召见他们时，袁世凯一本正经地说：“君主制度，万万不可变更。本人世受国恩，不幸局势如此，更当捐躯图报，只有维持君主政体，不知其它。将来国民程度渐渐开通，懂得共和真谛，再慢慢改为共和政体。”说话时，袁世凯样子很悲痛。但在私下里，袁世凯却告知唐绍仪：内阁主张民主共和。同时，他再次与南方军政府商定：各战场停战半个月。
唐绍仪率议和团12月11日抵汉口后，南方和谈代表伍廷芳却仍在上海未动身，反而约唐绍仪前往上海开议。黎元洪得知唐绍议率团到汉后，为表示和谈诚意，特邀他过江。因恐在总督府相见遭炮火袭击，黎元洪特在武昌城外毡呢厂设西餐招待唐绍仪，相与聚谈。入座后，唐绍仪却满脸不快，即问南方和谈代表为何失约。黎元洪支吾说：“因武昌干戈才息，各省督抚在鄂代表会议已议决南京为中央临时政府首都，伍代表未来汉或许事因出此。”唐绍仪又问及党人对袁世凯的态度，黎元洪说：“汉口各省代表，十日前就通过了虚临时总统之席以待袁总理反正来归，本人亦多次表示拥护项城。”唐绍仪却责问道：“现在南京的各省代表正准备选举临时总统，不知将选何人？我可以私下告诉你，袁内阁亦主张共和。不过项城的意思是，此事须由国民会议议决后据以告清廷，即可让宣统逊位。”黎元洪见唐绍仪说话似能推心置腹，即热情地说：“请转告袁总理放心。我立刻电上海以说服在南京的代表推迟选举总统。只是眼下伍代表不在武昌，还请唐代表屈身去沪，好与他晤商议和。”黎元洪担心的是在武汉兵败失势时，南京代表匆匆选举总统时会把自己弃之局外，故他赶紧又说：“本督委派胡瑛、王正廷、钮永建及伴总代表一起来汉的著名党人汪精卫为议和参议，立即随总代表一起乘轮东下上海。”
当唐绍仪一行还在轮上时，齐集南京的各省代表已通过黎元洪的转告，得知袁世凯主张共和、议和总代表唐绍仪要求缓选总统，于是他们即决议暂缓选举，以有利拉袁反清。上海党人闻讯，特请于右任在《民立报》发表《告唐绍仪》的社论，社论对袁世凯寄予了厚望：“吾深有待于唐绍仪之婉转陈达，俾袁氏迫令满虏以退让为能，则民国之建，无以为梗。吾族健儿必乐予满虏以特别之优待，而总统之席袁氏终有时当选。”
南京代表决议缓行选举，使江浙联军将领中的居功者乘机起而反对黄兴。其中以刘之洁等人反对最烈：“黄兴最初败于广州，继之败于汉阳，于南京光复亦无寸功，何以能任大元帅职？闻武昌方面电上海反对黄兴出任大元帅，其言据实，本司令特予支持。”章炳麟这时也对沪上一些名流说：“黄兴在武昌曾受黎督委任为汉阳总司令，不得以部将先主帅。大元帅可由黎督出任，黄兴可任副元帅职。”这些话传至黄兴耳中，黄兴并不以为意，对江浙联军将领中有人反对自己也只是付之一笑。黄兴是一个远离名利、极不贪图权位的人，自被推举为大元帅后，他一直就在上海，并未赴南京任职。12月17日唐绍仪抵上海的这天，黄兴即向南京代表会议致电，力辞大元帅，荐黎元洪自代。南京代表遂其意，便改举黎元洪为大元帅，黄兴为副元帅，决议黎大元帅暂驻武昌，由黄兴以副元帅代行大元帅职，组织临时政府。改举后，黄兴对此毫不在意，默默承担代行大元帅职务。他最为关注的是南北议和，以期尽快推翻满清。不过，他坚持表示要推迟组织临时政府，说此大事应待总理孙中山回国决定。
唐绍仪一行到上海后，南方谈判代表伍廷芳，代行大元帅黄兴，沪督陈其美和苏督程德全，及沪上名流对他致以热烈欢迎和盛情款待。次日，南北双方议和代表在英租界南京路议事厅举行首次会议，讨论停战之事。南方代表要求段祺瑞领北洋军撤离汉口汉阳，北方代表则要求林述庆领北伐军撤回南京。几经争论之后，双方同意不准军队擅自行动，否则严加惩处。参议汪精卫一心想和议有成，他垂泪对众代表说：“先烈流血为何？我辈出力为何？所望诸君，切勿躁进。双方主持公道，不存欺诈，即可推倒满清。不然，倒清之事只能欲速而不达。”会后，汪精卫一面与黄兴等人商议，一面给袁克定发去长电向袁世凯陈词。