沪宁独立在辛亥革命中占有举足轻重的份量。它不止是强有力地援助了武昌革命政府，更造成革命党之势力在中国三分天下有其二。沪宁独立使晚清三大政治势力的角逐走向明朗：清王朝虽大势已去，但隆裕太后仍不许逊位而责定袁世凯整军再战，并拿出内帑黄金八万两劳军。袁世凯则加紧篡位，他一面向隆裕太后要钱索饷言战，一面则与民军首长和革命党人暗中和谈，以利用民军之力推翻清王朝。而革命党坚持以颠覆满清、建立民国为革命的先决条件，他们一面准备北伐，一面又劝说推举袁世凯为中国之华盛顿。
这三种政治势力的消长使袁世凯暂占上风。他小心翼翼地掩盖着自己的野心，以便以革命的名义轻而易举地将革命党人来之不易的胜利果实取入囊中。
革命胜利之果将被袁世凯取巧，皆因贫穷的中国社会付不起高昂的革命代价。尽管反清民主革命时代是一个鱼龙混杂、泥沙俱下的时代，也容易成为一个投机取巧的时代，但这种投机取巧是以经济和军事实力为后盾的。革命党人之所以到头来将经年奋斗得来的成果转让给一位野心家，其根本原因在于未养成自己的实力：因缺少财政支持，革命党人供养不起庞大的军队，更无力北伐。故摆在他们面前的，便只剩下南北议和一途。
陈、程、汤三督联名通电，邀请各省派代表到沪集会商议成立
临时中央政府。张蹇提议：政府设鄂，议会设沪。
武昌各省代表请黎元洪以大都督名义执行中央政务
上海、苏州、杭州光复后，江苏通州也随之光复。通州军政府成立后，张謇的三哥张詧被推举为总司令。张謇得知家乡在光复之后秩序稳定如常，大生所属各企业照常生产，内心甚安。然而在武昌起义之初，他曾向江宁将军铁良和两江总督张人骏进言，请派兵援鄂，以免革命军顺流而下，危及江宁。他最为担心的是自己用半生精力经营起来的工商业及文化教育事业在变乱中遭毁。回想起这些，张謇不禁失笑：不出三旬，自己竟变成了革命党人，为民主共和政治而穿梭奔走在苏沪之间。鉴于江南各省纷纷独立，他与友人汤寿潜、熊希龄、赵凤昌等商议后，联名致电张家口商会，转请蒙古各界人士推诚布公，与汉族合作。联名电言：“南方民军，对于蒙族，视如同胞。满清退位，共和政治成立，人人平等。大总统由人民公举，汉蒙满回藏五族，皆有选举大总统之权，皆有被选为大总统之资格。蒙汉同胞，并受其福。”继之，他又与程德全联名向袁世凯上书，劝请弃暗投明，力撑大局，作中国的华盛顿。
袁世凯出任内阁总理大臣并组织内阁后，对张謇的劝请电冷置不顾，反而接连向他发来出任江苏宣慰使和农工商大臣的邀请电文，然而张謇亦坚辞不就。他在辞电中言：“清王朝气数已尽，人心尽失，已成土崩瓦解之势，已无情可慰，无词可宣；至于农工商业，更是无从发展。”而当江苏军政府任命他为两淮盐运使时，张謇却慨然受命。
张謇在就任两淮盐运使的当天，即面商江苏都督程德全，说：“现江、浙继上海之后独立，必为列强注视，且上海位居交通枢纽，正好建立政权。有了统一军政府，便可集中民力军力，乘势打下重镇南京，以固东南局势。此是极好机会，程都督千万不可放过。”程德全对张謇的建议极为同意，然而他想建立中央政府：“成立中央政府及攻取南京，都很重要。然后一事可借军事解决，前一事则更为要紧。武昌军政府已在本日发出邀请电，要光复各省派代表至鄂议会。然汉口已失，汉阳战事正紧，在上海成立政权是得天时地利。”二人计议过后，即共同拟电与浙江都督汤寿潜相商。汤寿潜接到电报后，亦赞同尽快建立中央政府，于是他与程德潜联名致电沪军都督陈其美，提议在上海开会筹建政权。陈其美得到程、汤二人联电，心中尤喜，他与军政府各部长商议后，即与程、汤二人联名，以沪、苏、浙三军政府都督名义发出通电，邀请各省派代表两名到沪集会，共商组织临时中央政府，以建共和。通电说：
自武昌起义，共和政治，已为全国所公认，然事必有所取，则功乃易于观成。美利坚合众国之制，当为我国他日之模范。美之建国，其初各部颇起争端，外揭合众之帜，内伏涣散之机，其所以苦战八年，收最后之成功者，赖十三州会议总机关，有统一进行维持秩序之力也。考其第一次、第二次会议均仅以襄助各州会议为宗旨，至第三次会议始能确定国会，长治久安，是亦历史上必经之阶级。吾国上海一埠，为中外耳目所寄，又为交通便利，不受兵祸之地，急宜依照美国第一次会议方法，于上海设立临时会议总机关。
通电发出后，江苏、浙江、福建、山东、湖南、上海及镇江七处代表即赶至上海集会。张謇作为江苏代表至沪后，即与挚友沈恩孚、雷奋相商说：“武昌首义，既已成立中央临时政府，在沪不宜另设新政府。昨日我已电告赴鄂的友人庄蕴宽，建议政府设鄂，议会设沪，请他转告湖北军政府。此议不只因武汉战事正紧，亦在从长远议计。武昌的鄂军都督府可执行中华民国中央政府政务，各省代表会议则以在上海召开为佳。二公意谓如何？”沈恩孚、雷奋听了他的建议，都十分赞成，认为议会设沪，对武昌中央政府有制约作用。于是，他们发起成立各省都督府代表联合会，将政府设鄂、议会设沪的提议，经讨论形成决议后电告黎元洪和黄兴。
可是此议电告武昌后，黎元洪表示异议。鄂省绅商蔡辅卿、宋炜臣等人更不同意，他们知道，建立民主共和制度，掌握立法权的议会要比掌握行政权的政府重要得多。议会若设在上海，他们的作用就小多了。为使武汉能成为未来真正的中央政府，他们正在以地方税作抵押，设法向美商大赉集团借款三百五十万英镑，作为建设新都的经费。为筹集资金，蔡、宋等人与军政府主席、议长汤化龙相商后，经由省议会决定没收汉冶萍公司产业，并想争夺被张謇的大生集团承租的湖北纺织四官局、兴国和马鞍山的矿产，还想让川盐运销湖北以打破淮盐垄断局面。黎元洪有了鄂省财团的支持，便致电上海说：鄂军都督府既被奉为中央军政府，武昌既为中央大都督所在地，各省代表宜莅武汉开会，不然政府、议会隔数千里，办事实多迟滞，非常时期，恐失机宜。为说服上海方面，黎元洪接着立即派出代表居正等人赴沪商洽，并要他们转告各省代表拟请军政府担负汉口交涉全权。上海各省都督府代表联合会接到黎元洪的电报后，经讨论同意各省代表迁往武昌开会；但为周密计，代表会议又决议各省留驻上海一人共组通讯机关，联络声气，以作为武昌代表会议的后援。而当各省代表到达武昌时，汉阳刚刚失守，武昌亦在龟山北洋军的炮火威胁之下，代表们只得渡江至汉口英租界顺昌洋行开会。尽管枪炮之声不绝于耳，但代表们仍然照旧会议，正式决议承认湖北军政府为临时中央政府，请黎元洪以大都督名义执行中央政务，并表决通过由雷奋、马君武等草拟的中华民国临时政府组织大纲。
江浙联军攻克南京
新军第九镇统制徐绍桢因一直受两江总督张人骏猜忌，故心中十分不满。自上海和江、浙独立后，第九镇下属官兵的革命情绪也日益高涨。徐绍桢由此心生起义反正之意，但又犹豫不决，总是瞻前顾后。军中革命党人、协统顾忠琛见此，即用手枪逼迫他发难，徐绍桢这才决心率部举起义旗。
第九镇起义后，徐绍桢即率领他们攻打南京。南京是两江督署所在地，城内外有江防营、巡防营及旗兵两万之众，将军铁良在此坐镇，江南提督张勋的部队不久前也调来城中驻守。由于敌兵势众，义军准备不足，加之弹药不济，徐绍桢攻城失利。危困之间，闻清军管带林述庆已在镇江发动起义并被推举为镇江军政府都督，徐绍桢便率军退走镇江。到镇江不久，徐绍桢即接到沪军都督陈其美要他出任联军总司令、率军攻打南京的电令，顿时兴奋不已，精神复又大振。
陈其美在徐绍桢攻打南京之初，就致电程德全和汤寿潜二督，提议组织江浙各处联军会攻南京，并推举徐绍桢为总司令。陈其美的这一提议立即得到程、汤二督的赞同，于是他便向徐绍桢发出委任令。徐绍桢得令后，即设司令部于镇江，以待各路义军前来结集。不出半月，东南义军毕集镇江，先是刘之洁领三千苏军、朱瑞领三千浙军前来，继之洪承典带六百沪军、黎天才带六百淞军跟至。这四支军队到来后，加上徐绍桢自统的第九镇部队，林述庆指挥的三千镇军，松江、江阴等地的巡防营，义军总兵力已近两万。
一切准备就绪后，徐绍桢即统率联军冒雨向南京进发，他把人马分作四路攻城。城郊百姓闻有大军前来攻打南京，纷纷前往助战，有的帮助领路，有的协助运炮，有的烧茶送水。百姓的支持使义军军心大振，各路官兵都想杀敌立功。进攻中，黎天才指挥淞军及浙军一营奋勇当先，一举攻克乌龙山，接着又攻占幕府山。幕府山上有清军炮台，淞、浙军夺得了山上的炮台后，即转过炮口猛轰城内，使敌军惶恐不已。朱瑞率领的一路是浙军主力，另有一标镇军和苏军巡防队，他们迅速进抵南京麒麟门外，在西向马群高地歼敌千余后，直逼孝陵卫。刘之洁率领的苏军这一路亦节节推进，很快攻占了上方门。联军三路逼进，连连得胜后，徐绍桢乘着士气高涨，下令向南京城发起总攻。江苏都督程德全为鼓舞士气，特留张謇坐镇苏州，自己率都督府人马亲临前线督师。
然而总攻开始后，进展却很缓慢。浙军占朝阳门未成，苏军攻雨花台亦失利。徐绍桢见义军受朝阳门外天堡城的清军炮火轰击造成伤亡，急忙撤军，改令先取天堡城。天堡城雄踞紫金山，革命军若得此要地，可居高临下用炮火控制全城。11月30日晚，徐绍桢令联军全力向紫金山猛攻，经过一夜苦战，终于在次日黎明时分将天堡城攻克。
联军攻城、与清军血战时，江浙绅商给予了大力援助。上海商团领袖、军政府顾问虞洽卿为将联军作战急用的大批军需粮饷运走，特前往说通铁路局，使沪宁路火车开通。接着，他又亲率义勇队押送弹药辎重到南京天堡城下，还让义勇队参加前线作战。张謇更是积极劳军，他先是以江苏省议会名义给联军送去牛五十头，酒千瓶；后又以通海实业公司名义送银六千元，面千袋，布千匹犒赏攻城有功之军。
江南提督张勋见天堡城已失，自知南京无法再守，便向徐绍桢求和，并提出允准其率部队转移他处，但徐绍桢予以拒绝。两江总督张人骏和将军铁良见民军对南京取包围之势，心中惊慌，即于当日晚率少数亲信遁逃。张勋在率残兵渡江逃往浦口时，遭到联军截击，只得北窜徐州。敌首逃亡后，留在城内的清军官兵在徐绍桢挥军直抵南京城下时，纷纷扯起白旗投诚，并打开太平门迎革命军入城。
然而联军入城后内部即发生纷争，林述庆率镇军据守一方后即自称江宁临时都督，想总揽江苏行政大权。总司令徐绍桢及浙军司令朱瑞对此举立表反对，两军之间差点发生火并。这时，宋教仁等人正好从上海来到南京，闻讯后即从中调解，说服林述庆取消临时都督称号。接着，他同程德全相商后，以民军将北伐为由，改请林述庆就任北伐军临淮总司令。张謇见联军内部起纷争，恐将坏了大局，便力劝程德全不要返回苏州，而留南京主持以稳定局势。徐绍桢因不满林述庆争权，亦表示拥护由程德全在南京重组江苏都督府。程德全见众人都推崇自己，便让张謇把督署迁到南京，并立即重新任命军政府官员。他自兼军政府参谋总长，以顾忠琛、钮永建、陶骏保为次长，宋教仁为政务厅长，马相伯为外务司长，张一麐为内务司长，熊希龄为财政司长，沈缦云为通埠司长，陈懋修为军务司长，范光启为参事会长。新的江苏军政府成立后，南京城内人心安定，军政府内更是张灯结彩，喜气洋洋。诸多民军的官佐将士，以及城中的文人墨客此时心舒意畅，纷纷往紫金山明孝陵祭奠，向先祖告庆革命排满复汉的胜利。
黄兴正色道：“革命至此，尚只算成功的开始。”
十一省代表公举他为大元帅，他谦辞不任
新的江苏军政府在南京成立的次日，黄兴一行人已乘轮回到了上海。宋教仁、李燮和及在沪友人胡元倓与沪上诸党人都赶至码头迎接。众人与黄兴热情招呼过后，胡元倓笑着与他握手道贺：“成功矣！”黄兴在苦战力绌之后来沪，见老友反而道贺，有些莫明其妙，便问：“我败来，何出此言？”胡元倓说：“你非军事学家，败乃常事。前者，你一人革命，故难成功。自黄花岗事出后，全国人心皆趋向革命，自成功矣。”黄兴明白胡元倓话中之意，点点头表示赞成，但又正色道：“革命至此，尚只算成功的开始。”这时宋教仁、李燮和等人拥了过来，陪请黄兴一起去为他准备的寓所歇息。
张謇闻黄兴已到上海，即乘火车前往晤访。在与黄兴、宋教仁、章炳麟、于右任等党人商谈时势时，他有些担心地问黄兴：“听说武昌亦失，此可是真？若如此，鄂省局势至危。项城并克武昌，实在可恶。”
黄兴却相告：“张季老大可不必着慌。武昌尚还在手，只是汉阳失陷。北洋军一时还难以过江，不过炮火可达武昌城。”
张謇听后顿感心中一轻，说：“失一汉阳，得一武昌，有失有得。然南京是历史名城，又是东南重镇，光复后正好作为中央临时政府的都城，以取代势危中的武昌。黄总司令来的正是时候，请尽快出面组织中央临时政府。”
黄兴即表同意，说：“南京光复前，湘、赣、云、贵、川、粤、闽等南方各省已先后独立；光复后，长江以南半壁江山尽为革命军所有。故建立中央政权，以统一南方，乃是当务之急。”
章炳麟这时插言：“南京雄居东南，地处要冲，明朝开国皇帝朱元璋在此建都，太平天国时天王洪秀全亦定都于此。在南京建立中央政府，对北方当有推动作用。”
宋教仁也认为，中央政权建立之地，最好是南京。
于右任在对众人的建议和议论表示同意后，还宣告了一个好消息：“新得我报记者来电，武昌军政府都督黎元洪，因北洋军发炮轰击督府而吓得出逃，不知去向。在汉口租界开会的各省代表觉得他已经失却首义英雄的豪气，便顺势推翻成案，议决总统人选暂缺，虚位以待袁世凯反正，并改以南京为临时中央政府所在地。”
众人听了这个消息，分外高兴。
黄兴为了尽快组织中央临时政府，即嘱张謇向日本三井洋行借款三十万元以为临时政府军政费用。张謇一口承应下来，接着他又去找李平书和沈缦云约谈成立政府事。约谈时，李、沈二人告诉他说：他们已相约去见过沪军都督陈其美，陈其美亦十分赞成尽快建立中央政权，定都南京。张謇得知陈其美也有此意，便又兴冲冲地找友人赵凤昌相商去了。