然而朱芾煌到汉口北洋军司令部求见冯国璋时，司令部卫队亦疑心他是奸细，搜其身，有袁世凯任直隶总督时的一张通行护照。冯国璋的参谋长张联棻出来讯问时，朱芾煌竟称不见冯国璋不谈。冯国璋见来人派头十足，难辩真伪，即电询袁世凯。袁世凯却令人复电说：“此人不是好人，专门在外破坏你我兄弟名誉，请你就地正法，但克定刻不在京。”冯国璋得回电后，拟将朱芾煌处决，张联棻急忙劝阻说：“总理电文最后一句有文章，此人杀不得。”冯国璋细看了一下电文，目光落在“但克定刻不在京”上，见它果然有文章，便让张联棻电询彰德。袁克定接电后告称：“朱君芾煌系弟擅专派赴武昌。良以海军尽叛，我军四面受敌；英人有意干涉，恐肇瓜分；是以不得不思权宜之计，以定大乱。朱君生还，如弟之脱死也。”冯国璋得袁克定此电后，二话不说，即用专车将朱芾煌送至彰德。
朱芾煌本来就是袁世凯让其子袁克定派至武汉来活动的。袁世凯就任内阁总理大臣后，并不满足，又一门心思放在如何攫取总统的宝座上。当刘承恩奉命再次往武昌军政府与黎元洪谈判返京向他报告后，他得知黎元洪的态度是只要能覆满清，党人将全力推举自己为中华共和大总统。为此，袁世凯加紧了与党人的联络。他通过梁士诒和杨度的介绍，亲切接见出狱后在天津组织京津同盟会并创办《民意报》的汪精卫，对汪一再表示自己同情革命。汪精卫则受同盟会指派，想争取袁世凯反清，故在接见时极表拥戴袁。袁世凯见著名革命党人汪精卫有投靠之意，便让长子袁克定与之结拜为兄弟，借以笼络。袁克定与汪精卫拜把后，日相往还，讨论时局，并向汪提出时局解决的三条件。汪精卫为了迁就，即表同意，并说：“举伊父为临时总统，南北统一，伊父对蒙藏用皇帝名义，此三条件诚然不错。但须待与同盟会总部商定后，以南方革命党人提出为最好。”袁克定见汪精卫愿意投合，即又说：“时局问题甚为紧要，眼下杨度已在京成立君主立宪党，拟发起国事共济会，兄若加入此会，当可执牛耳。”汪精卫即表示愿与杨度合作。于是他以民主立宪党人名义，串联杨度共同成立国事共济会；后又与杨度一起上书资政院，请旨召集临时国民议会，议决君主民主问题，以期南北战事和平了结。
为了取得列强的支持，袁世凯又加紧与各国驻京公使密相往来。他先是让袁克定密见英国公使朱尔典，请支持自己出任总统。而朱尔典则想扩大英国在华利益和发展中英商务，经请示新任外交大臣葛垒后，也奉命力扶袁世凯出任总统。经过多次密商，朱尔典与袁世凯达成了三点默契：一、尽快停战；二、清帝退位；三、袁世凯为大总统。美国公使芮恩见朱尔典与袁友好，亦跟着吹捧袁世凯是弱国中的强人，只有这个强人出来才能维持中国的固有秩序。其他各国公使通过袁世凯的活动，也都想扶袁世凯出掌政权，平息中国内乱，以保护他们的在华利益。
正当袁世凯通过朱尔典从中斡旋停战时，在前线的冯国璋却在命炮队架炮猛轰武昌。冯国璋在攻取汉阳后因功而被新封为男爵，于是想一举攻下武昌以受封更大官爵。
北洋军的炮击致使武昌城内一片慌乱，连汤化龙、李书城等人也相继离去。军务部长孙武为稳定军心民心，便商同于黎元洪，命万廷献为总司令，蒋翊武为监军，总统武昌各军。然而万廷献仅护理总司令一日，即离职去了上海。黎元洪见人心不稳，也准备逃离都督府，并将眷属迁居上海。张振武等人得知黎元洪想逃走，便前往面斥，黎元洪受斥后赧然无语。张振武见黎元洪果然想走，即责人监视。入夜，都督府在北洋军的再次炮击后中弹起火，黎元洪即乘机秘密出走，并拟将府内六十万两银饷运至兵舰。孙武见人心浮动，这时也自行出城办公去了。吴兆麟、蒋翊武率卫队巡视回都督府后，不见黎元洪，以为他去了洪山战时司令部。然而当他们赶至洪山，被告知黎已去葛店。蒋翊武于是立派三位参谋持手书快马追去，这时黎元洪已行至王家店。三参谋即迎请他回洪山，并责以大义，但黎元洪不听，反而要他们送信给英、俄领事和袁世凯，以解决局势之倒悬。
袁世凯眼看武昌军政府就要垮台，恐自己日后不能再借其势力攫取总统职位，急忙一连七次电令冯国璋停战，并调任他为第二军军统，着段祺瑞接任第一军军统。紧接着，袁世凯又下令召冯国璋立即回京，接任禁卫军总统职。
溥伟、善耆等亲贵得知袁世凯在夺取汉阳后，即拟与革命军言和，便在朝见时当着隆裕太后的面厉声质问：“龟山大捷，汉阳亦收复，乘胜渡江，武昌指日可下，为何既打胜仗，尤需停战言和？袁总理是何安心？”与袁世凯早有默契的徐世昌见二人质问，即为之辩解说：“汉口汉阳虽已收复，南京又告陷落。南京要冲，倍于武汉。党人势大，国人受其蛊惑，人心浮动，军心更形不稳。议和是一时权宜之计，岂能忘恩于皇室？期以三年，必败党人。若以天下为孤注，殷鉴不远，噬脐何及！”他一席话说得溥伟、耆善口绌词穷。事后徐世昌将此告诉袁世凯，为打消清宗室王公的怀疑，袁世凯特地接见英国《泰晤士报》记者莫理循，声称自己“始终忠于朝廷，终身不为共和党所用，以维持大清万世一系。作为根本解决时局的办法，我个人始终主张非君主立宪政体不可。”此话传入宫中后，隆裕太后认为袁世凯最靠得住。
段祺瑞接任第一军总统，
与吴兆麟、孙武协定停战
段祺瑞南下署理湖广总督、接统前线各军及接任第一军总统后，即遵袁世凯意旨按兵不动，下令驻前敌部队不准私自与革命军开战。鉴于冯国璋火烧汉口引起公愤，段祺瑞上任后即电奏内阁拨款，请求对汉口难民予以赔偿和救济。同时，他命总参谋徐树铮率执法队佩带大刀、军棍上街维持秩序，发现闹事等不良行为即行制止，情节严重者就地正法，并悬头示众。一时间，汉口等地盛传段祺瑞有儒将之风，不少报社记者也常到北洋军司令部去采访。
一天，上海《民立报》记者在司令部采访段祺瑞，正好他这天心情愉快便未加拒绝。当记者问到北洋军火烧汉口一事时，段祺瑞说：“那是打仗嘛，战争与平时不一样。”进而他侃侃而谈：“《孙子》中就有火攻一说。孙子曰：凡火攻有五：一曰火人，二曰火积，三曰火辎，四曰火库，五曰火队。敌军散布于街内，不用火攻，我军则必有重大伤亡。”
采访结束，记者出门后，徐树铮却与两名士兵拦住他，伸手夺过他的皮包。记者问了声“你要做什么”时，脸上竟重重地挨了一巴掌，接着他被带进一间屋子。徐树铮从皮包中拿出采访本，找到其中有关火烧汉口的谈话记录后把它撕了下来，说不准用。接着，他一字一句地口授记者：“你就这么写：火烧汉口一事，各界反响强烈。段军统已电奏朝廷，请说查人民财产之损失，由国家一律赔偿。对于汉口一战，惨及无辜，段军统深表痛心，并表示要力维停战之全局，以免战端再起，生灵涂炭。”
记者见此军官如此横蛮，问道：“你是什么人？”
旁边的卫兵说：“徐总参谋你还不认识？”
记者一听，吓得张大了嘴巴。他早听说北洋军南下湖北途中，徐树铮在信阳曾将争夺物质的十多名士兵就地正法，在汉口他带领执法队更是什么人都敢抓敢杀。
徐树铮见他口呆目瞪的样子，轻笑着从口袋里掏出一叠钱丢在记者面前，说：“你受委屈了。”
记者回过神来，顿感侮辱，说：“我不收钱，我不能收！”
“那可就别怪我不客气啦！”徐树铮狞笑着说，屈指敲了敲桌子。
门外两名执法队员闻声，手持大刀入内便扑过去捉人。
“慢！”徐树铮抬抬手，对记者说，“天底下哪有不想钱的？看来你是一个好记者，不过我徐某人天生就不喜欢好记者。何去何从，任公选择。我再给你几分钟。”记者无奈之中，把屈辱的手慢慢伸向了那叠钱。
记者走后，徐树铮即入见段祺瑞，进言说：“火烧汉口事，民怒沸腾，记者若按军统所讲的那样写出来是要惹麻烦的。此事是冯军统干的，您何必要引火烧身呢？”
段祺瑞意识到自己刚才对记者失言，即说：“你派人速去追回！”
徐树铮却说：“我已替军统办好了。”说着他把从记者采访本中撕下的两页记录纸递上，同时把自己授意记者如何行事的经过简单讲了一遍。
段祺瑞对徐树铮办事爽快很满意，说：“又铮啊，你是越来越出息啦！你倒是看看，老头子的诱和计策何时能生效？”
徐树铮说：“总理谋事确是老到。先是令冯军统攻取汉口、汉阳以挫伤党人锐气，是谓战而后和。闻攻下汉阳的次日，四镇统制王遇甲曾与黎元洪通电话，黎元洪在大军压境之际，辩称自己是一个傀儡，是党人利用他的名义瞎搞一通，看来制服此人不难。”
段祺瑞却说：“我在平息兵谏后下信阳，赴广水行营进见老头子时，他言此次鄂变是民心思动已久，不是单靠兵力所能平定。各省扰攘，沸羹之势已成，尤其东南半壁党人势力不可低估。鄂乱虽不难平定，但东南却又失之党人之手。如四处讨伐，兵力难敷应用。况民军所争者政体，而非君位，所欲者共和，而非宗社。老头子言自己深荷国恩，左右为难。我自然懂得老头子是要剿抚并重。”
徐树铮谄笑着说：“军统所言极是。取汉阳而失沪宁，自是总理棋高一着。不得汉阳，不足以夺民军之气；不失南京，不足以寒清军之胆。民军与清军两两相挫，总理就等着党人拥他做总统了，到时军统也就是陆军大臣。”
段祺瑞听了此言，开怀大笑。笑罢，他叮嘱徐树铮严格执法，不可让前线军队枉自行衅民军。
12月1日，段祺瑞在得袁世凯电旨后，即委托英国驻汉领事葛福过江与军政府商议停战事宜，并与吴兆麟、孙武签订了停战三日的协定。与此同时，应武昌军政府电邀到汉口英租界开会的各省党人代表也都表示同意葛福提出的和谈要求，还决议如袁世凯反正可举为临时大总统。黎元洪在葛店闻知已与北洋军停战，喜出望外，他迅即返回洪山刘家祠办公。军务部长张振武和总监察刘公因黎元洪弃城出走，主张通电弹劾其失职行为，后被人劝阻，通电没有发出。然而黎元洪得知后，对张振武更加怀恨在心。