李亚平在《帝国政界往事：大明王朝》中也指出：“作为帝国的心脏、中枢神经与大脑的皇帝，他所需要做的工作主要是这三项：其一是总揽全局，制订正确的战略；其二是发现人才，使用这些人才实现自己的战略；其三是赏罚分明，淘汰坏蛋和笨蛋，让坏人不能过多的干坏事，让好人干得很起劲，从而实现自己的战略。可是，除了第一条勉强还说得过去外，崇祯皇帝在其他两条上都很糟糕。”
袁崇焕就是崇祯帝用人不善的最大牺牲品。当时明朝最大的敌人还是东北的后金，即后来的满清政权，此时清太祖努尔哈赤已经去世，太宗皇太极在位。双方多次爆发战争，而战争的结果多是以明军的溃败告终，偌大的一个朝堂上竟找不出一个像样的元帅，崇祯皇帝对此当然不能甘心，于是他想到了袁崇焕，这个被百姓称为“袁长城”的人物。当初在宁远城用大炮打伤清太祖努尔哈赤的，就是这个袁崇焕。由于阉党的迫害，他被迫离职，这次被崇祯皇帝重新起用，自然踌躇满志，希望通过自己的努力，恢复大明的江山。一经上任，他就把东北的防务布置的井井有条，使后金不敢窥盱宁锦一线。
可悲的是，皇太极一个小小的反间计，就毫不费力地置他于死地了。
皇太极绕过山海关，从京畿的北面越过长城，威胁北京，袁崇焕率部回京勤王，正当袁崇焕部开到北京城下的时候，清军突然鬼使神差的出现了，给崇祯造成了假象，是袁崇焕引清军来攻城的。
因此，城上的守军坚决不准城外的部队进城，千里奔袭而来的袁军此刻已是筋疲力尽，既不能进城休整，又要面对强大的八旗军队，但是袁军还是成功的打退了清军的进攻。是夜，皇太极派手下心腹将领在明军俘虏面前大肆宣扬如何与袁崇焕约定献城投降，然后故意放俘虏逃跑。
俘虏怎知是反间计，回城后一五一十地向崇祯皇帝作了汇报。本就多疑的崇祯将几件事联系到一起，便认定袁崇焕必是汉奸无疑，于是将袁崇焕诳进城内，打入大牢，并于数月后凌迟处死。从此，明朝失去了惟一的东北屏障，八旗军队得以驰骋东北大地如入无人之境。
“战场上一时的胜败不足以左右一个基本方向：明帝国今后要两面受敌，西北有农民暴动的流寇，东北有满洲的骑兵，而帝国的财政资源大致在南方，无从有效动员利用，去支持这两面的战争。最后，亦即第16个皇帝朱由检，为人急躁而带不妥协的性格，只向各方表现出命中注定他轮上了一个悲剧性格的角色，却又罄其所有地挣扎，结果，成为一段实足道地的悲剧。”（黄仁宇语）袁崇焕一死，辽东的战局更无人可以收拾。“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”（《明史.袁崇焕传》）。因此，当崇祯三年农民起义声势明显壮大后，明王朝从此便陷入内忧外患的双重困境之中。
但是，崇祯帝似乎从来就不会从失误中吸取教训。皇帝督责越严，臣下越不敢担当；皇帝焦劳越勤，臣下就越偷安怠慢。晚明著名的学者刘宗周就在批评崇祯的奏疏中这样说：“求治之心操之过急，不免酿为功利；功利之不已，转为刑名；刑名之不已，流为猜忌；猜忌之不已，积为壅蔽。”崇祯朝的政局，正是这样发展下去的，而崇祯帝最终也只落得众叛亲离。
1642年，崇祯帝密令孙传庭杀了一名在镇压农民起义中颇为悍勇的将领贺人龙。贺人龙被杀后，农民起义军酌酒相庆：“贺疯子死，取关中如拾芥矣！”
1644年正月，李自成在西安建立顺帝国政权后，即出发北伐，穿过山西省，直抵首都北京城下，几乎没有遇到抵抗，连最著名的九边之一的军事重镇大同（山西大同），都望风投降。最使人奇怪的是，各地主张投降最力的，却是那些被认为最忠贞的监视宦官。李自成于同年三月十七日到达北京，明政府用以保卫首都、但却五个月不发给薪饷的十万人的防卫部队，霎时叛变。在宣府（河北宣化）投降的监视宦官杜勋，告诉城上的宦官同僚说：“我们的富贵，另有地方，不要太死心眼。”十八日夜晚，监视城防的宦官巨头曹化淳大开城门，迎接顺兵团进城。像铁铸一样坚固的北京城，没有经过战斗，就告陷落。
是夜，崇祯帝左手掩面，右手持剑，砍杀自己的亲生女儿，喊出了那句伤感的话：“为什么要生在我帝王家？”当夜凌晨一点，朱由检在景山上的一棵槐树上上吊自杀。
第二天，三月十九日，李自成占领北京，历时276年的大明帝国就此灭亡。崇祯皇帝在位17年，死时34岁，被谥为明思宗。
9、帝国续曲：南明政权的半壁江山
明朝灭亡后，明宗室先后在南方建立了一些地区性政权，包括弘光政权、隆武政权、鲁王监国、绍武政权及永历政权，前后五个政权加起来前后共历18年（1644~1662年）。这段时间通称为南明。其中弘光、隆武政权和鲁王监国三个政权都只存活了一年，绍武政权仅存四十一天。而永历政权之所以存在了16年，是因为西南之地向来和大局关系较浅，龙拏虎攫，总在黄河、长江两流域。
弘光政权于1644年五月由马士英、史可法等拥立明福王朱由崧监国于南京。五月十五日即帝位，年号弘光。
朱由菘称帝后，与农民军为敌，幻想和清军议和。他大难当头却又昏庸腐朽，不理朝政，只顾沉湎酒色，强征民女入宫，将大权委于马士英、阮大铖等佞臣宦官，排斥以史可法为首的东林党人。
公元1645年，风雨飘摇的弘光小朝廷内，又闹起了所谓的“三疑案”，即大悲案、太子案、童妃案。首先是大悲案。大悲是个和尚，俗家姓朱，潞王信佛，曾和他认做本家。由于东林党人曾想立潞王为帝，所以弘光帝对潞王一直严加防范，生怕他夺了自己的帝位。此时大悲和尚来到南京，弘光帝怀疑他是来为潞王刺探情报，便将他下狱，定成死罪。其次是太子案，有一个自称是崇祯太子朱慈粮的年轻人，从北方来到南京，弘光帝怕帝座被夺，匆匆定他是假太子，投入狱中。最后是童妃案，当年李自成攻下洛阳时，时为福王世子的朱由菘扒城逃脱，在开封与周王府宫女童氏私订终身，而今童妃千里寻夫到南京，他却坚不承认，将她投入狱中折磨而死。
这三案闹成满城风雨，引起一系列的连锁反应。尤其是太子案，加速了弘光政权的灭亡。当时镇守南京上游的原明将左良玉，以太子案为借口，以清君侧的名义沿江东下征讨。与此同时，清朝豫亲王多铎率领的清军直扑江北，进抵淮河一线。此时的弘光帝与马士英等人，却命令江北防线的明军回师攻打左良玉，以致江北防线大开，不战自乱。
当多铎率清军血洗扬州后渡江直扑南京的警报传来时，朱由菘还在饮酒作乐。他慌忙收拾行装，于10日深夜携带爱妃，暗暗从通济门出走，弃城逃至芜湖黄得功军中。第二天，清军追到，两军展开了水战，黄得功被冷箭射死，部将田维乘机反叛，捆绑了朱由菘及其爱妃，送与清军邀功。5月25日被押回南京。9月，被押送到北京。第二年，被杀于北京宣武门外。
南京沦陷后，唐王朱聿键在南逃时被总兵郑鸿逵、南安伯郑芝龙、礼部尚书黄道周等拥立于福州，改年号隆武，改福州为天兴府，志在抗清。但隆武政权由奸臣郑芝龙独裁，拒不发兵给饷，导致多次北伐计划流产，复兴无成。1646年正月黄道周出兵江西，兵败殉国。二月，朱聿键亲征至建宁。不久，清兵越仙霞岭长驱直入福建，朱聿键在福建汀州被俘，八月在福州被杀殉国，隆武政权灭亡。
与隆武政权几乎同时建立的鲁监国成立于1645年闰六月二十八日。在浙江余姚、会稽、鄞县等地抗清义军及原明官吏缙绅的扶持下，鲁王朱以海监国于绍兴。朱以海刚监国，就为所谓的正统地位与隆武政权相互倾轧，争斗不已。
1646年，清朝贝勒博洛趁朱以海主力与隆武帝作战的机会，渡过钱塘江。前来投靠朱以海的原弘光帝佞臣马士英、阮大铖，乘机唆使部将劫持朱以海降清。朱以海登船入海，逃到澳门岛。1649年入据舟山，谋划复明。1651年，舟山为清兵攻陷，朱以海取消监国名义，赴厦门依靠郑成功。郑成功原为隆武帝政权的坚决支持者，不满朱以海大敌当前还与隆武帝自相残杀，削弱了抗清的力量，但念朱以海为明朝宗室，还是以礼相待，安排他居住于金门。1662年，朱以海要渡海重返澳门岛发展力量，引起郑成功的不满。一说郑成功派人将他沉杀于海中，一说朱以海病死。
唐王朱聿键死后，他的弟弟朱聿锷自福建渡海逃到广州，于1646年十一月初一在广州称监国，初五日即位称帝，改元绍武。而早在此前，另一支皇族桂王朱由榔已于同年十月十四在广东肇庆称监国。朱聿锷称帝后，朱由榔也在十一月十八日称帝，改元永历。大难当前，两支皇族政权旧戏重演，不合力抗清复国，反而自相残杀，互争正统。不久，李成栋所率清兵乘势挥师南下，朱聿锷被俘后自杀殉国，历时仅一个多月的南明绍武政权灭亡。
此后，永历政权成为西南最主要的南明反清力量。永历政权开先和李自成的大顺军余部合作。一时间，控制区域扩大到云南、贵州、广东、广西、湖南、江西、四川七省，出现了南明时期第一次抗清斗争的高潮。但永历政权内部矛盾重重，各派政治势力互相攻讦，农民军备受排挤打击，不久便脱离出去，从而给了清军以喘息之机。1649~1650年，刚刚收复的失地相继丢掉。
1652年，走投无路的朱由榔在贵州安隆所投靠了张献忠的大西军余部孙可望、李定国领导的农民军。这年，李定国发动反攻，率军8万东出广西，下桂林，又攻入湖南、广东。使驻守桂林的清定南王孔有德战败自杀；随后又在衡州杀清军统帅敬谨亲王尼堪，“两蹶名王，天下震动”。抗清斗争再次出现高潮。
不幸的是，孙可望同李定国起内讧，破坏了大好形势。孙可望被李定国所败后，他的部将降清，贵州、广西均为清军进占，使朱由榔失尽了地盘。1659年，清兵三路追逼，朱由榔无奈，于12月逃入缅甸境内，被缅甸人解除武装后安置于草房之中，十分困辱。后吴三桂进兵缅甸，向缅甸国王索取朱由榔，押回云南，拘禁于昆明。1662年4月14日，朱由榔及其眷属25人在昆明篦子坡被绞死，从此，篦子坡改名为迫死坡。
有人将南明和南宋作了比较。南宋偏安一隅，支撑了152年。而当时南明控制着半壁江山，远胜于1127年北宋灭亡时南宋的形势，天时、地利、人和，哪样都不缺少，却只撑了18年。
当年，明太祖确立封藩祖制，希望以此捍卫朱家天下。但是，这些四体不勤、五谷不分的皇子王孙们，长期养尊处优之后，变得柔弱无能，完全丧失了朱氏祖先的“尚武”品质。《清稗类钞·姓名类》记载，明亡后，“天潢贵胄，转徙流亡，无不改姓自晦”。《罪惟录·楚昭王桢传》也记载，楚藩分支祁阳王朱某，在明末楚藩沦陷后逃到福建。后福建沦陷，他与一个叫严炜的书生一起“更姓名入瑶中自保”。
难怪柏杨恨铁不成钢地慨叹：“可惜烂苹果堆里不可能挑出好苹果来，他们全是十足的酒肉皇帝，所以不能成功。”
◎12法则在大明
◆明帝国对军队的控制——武装失控指数9′
明朝军队装备可以说算得上“现代化”和“机械化”，据史料记载：每一营（5000人）用霹雳炮3600杆，合用药9000斤；步枪、大连珠炮200杆，合用药675斤；盏口将军（明代对野战重型炮的称呼）160位，另外有1000人为骑兵。可见军事实力很强，比起很长一段时间只有弓箭刀枪的清军，差距极大。人数方面，明朝军队之多在中国历史上是数一数二的。明代皇帝实行“以兵息寇”法，把原来的土匪草寇都收进自己的帐下。刚建国时，全国军队达180万人，后来永乐到正统时期甚至超过200万，正统以后保持在120万的水平。而满清入关前最多也就十万八旗子弟。
明朝在装备和军力有巨大的优势，为什么会作战失败呢？原因是多方面的。
一是“将不专兵，兵不私将”的军事制度。明朝的兵和将不是在一起，而是分开独立的，需要打仗的时候才集结一起。这样能够防止大将拥兵自重造反，但是作战起来，则是效率低下，管理混乱和训练不足。
二是兵源问题。明军部队主要的来源是“垛集军”。“垛集军”就是把大批人民划为军籍，世代相传。明朝皇帝一般把自己的对头变成垛集军的来源。军户的生活相当悲惨。强制的军事屯田，世代不得脱籍，军饷微薄，战时做炮灰，平时做苦力，逃亡则采取连坐，强制亲戚家人代替。这样的兵源先天缺乏强大战斗力和高昂的士气。而且这种“为战而战”的“职业”士兵很容易军心涣散，厌战心理很强。在明朝后期，采用了募兵制的征集部队方式。一般结果是民众将军饷一抢而空，然后四处逃命。
三是军饷问题。明朝实行军事屯田制度，的确是自力更生，不花国家的钱。但是在战争时期是行不通的，如果皇帝以可以屯田为借口克扣军饷，很容易导致兵变，军人生活已经困苦不堪，还要克扣正常开销，只会使得军队缺乏训练，战斗力低下，并且毫无斗志。
四是将帅问题。明朝重文轻武，军队的统帅基本都是文人出身，文人出真正的帅才很不容易，明朝的运气很好，明末抗清有三个名将，功勋显著：熊廷弼是万历二十六年的进士；孙承宗是万历三十二年的进士榜眼；袁崇焕是万历四十七年进士。可是明朝皇帝偏偏不珍惜，罢斥一个（孙），杀死两个（熊、袁）。其他的文人统帅基本上就是全军覆没。
◆明帝国对官吏的控制——吏治腐败指数10′
明朝反贪最严，却越反越贪；禁吏最厉，却越禁越猖。
明代算是对待大臣最为苛刻的时代，首先是对朝臣存有严重的不信任感，太祖朝起就建立了特务制度，对朝臣实行最严密的监视。其次是疯狂的屠杀。明初一代又一代的屠杀，杀尽了臣节，杀灭了大臣对皇室的感情与信任，只剩下对皇权的畏惧。