明朝中期以后，贪官污吏不但上蠹国课，下剥贫民，而且趋炎附势，上下姑息，以至于有令不行，有法不依，政府的行政效率和行政能力都不断下降。后来，张居正整治吏治，实行考成法，以绩效考评，使得行政风气短暂好转。及至神宗怠政，官吏任免处于半停滞状态，在职的不能得到正常升迁，空缺的不能及时补充，一方面“人滞于官”，另一方面又“官曹空虚”。而神宗不喜官吏上疏，故意造成缺官现象。部院缺官，导致政事处理不畅，甚至发生京察不举，狱囚多瘐死的事件，整个国家中枢机构已在神宗的浑浑噩噩中陷于瘫痪。
万历后期，吏治腐败无加。从内阁权臣到地方官吏，都利用职权，上下通同，巧取豪夺，贪污受贿蔚然成风。有个叫赵志皋的动辄受千金之贿，另一个叫张位的“黩货如蝇，每次讨缺不下数十，多者千金，少则数百金。”（《万历邸抄》）弥漫全社会的腐败堕落风气，直接威胁到社会秩序的稳定，正如时人感慨“国家之败由官邪也”！
◆明帝国对财富的控制——税赋沉重指数9′
本章开始已经说明了，明代是一个空前富裕的朝代，但是经过长期的折腾，从嘉靖开始，朝廷的财政经济已经风雨飘摇，入不敷出。各种名目的加征加派，使百姓负担不断加重。张居正改革使得财政压力暂时缓解。可是张居正死后，明帝国偏偏遭遇贪财的神宗。单在万历二十七年的五天之内，就搜括了矿税商税二百万两。神宗重用太监，让太监作为皇帝代表到处搜刮，所收上来的钱全部放进自己的私人仓库，称为“内库”。太监宛如出笼的猛虎，他们在将税上缴给皇帝的同时，也要给自己积累财富，这些钱对明朝老百姓造成了极大的负担，明朝开始溃烂。到了帝国末年，崇祯帝因为拿不出足够的钱来赈灾和发军饷，而致使内外之火，越烧越旺。
◆明帝国对意识的控制——舆论钳制指数10′
柏杨说：“中国悠久而光辉的文化发展，像一条壮观伟大的河流。西汉政府罢黜百家，独尊儒家时，开始由灿烂而平静。宋王朝理学道学兴起时，开始沉淀。明朝时，这河流终于淤塞成为一个酱缸，构成一个最庞大最可哀的时代。明王朝使中国文化淤塞成为一个酱缸的工具有二：一是文字狱，一是八股文。”
明朝初期，相当一部分士人怀念元朝，对红巾军出身的朱元璋持鄙视态度，又畏惧当时的高压政策，因此采取隐居退让的处世方式。朱元璋对此十分痛恨，对不合作的士人严加惩处。江西儒生夏伯启自断手指拒绝出仕，被押到京师审问后枭首。甚至对于士人自取别号的行为，朱元璋也十分反感。湖广参政陶凯当官后自称“耐久道人”，朱元璋认为这是“轻君爵而美山野”的“自贱”，找了借口下狱处死。
明朝规定科举考试以四书五经为限，而且特地规定了试卷格式，即八股制。做八股文，不能发挥自己的意见，也不是自己在说话，而是儒家圣人在说话。儒家文化也被严重篡改过。比如，朱元璋曾声称：“孟子这老头假如还在的话，就把他抓过来给宰了。”为什么？因为孟子说过：“民为本、社稷次之，君为轻。”还说：“君有大过则谏，反复之不听，则易位。”“君之视臣如犬马，则臣视君如国人；君之视臣如土芥，则臣视君如寇仇。”这种民本思想有碍专制。
文字狱与八股统治下的知识分子，“国家之事罔始罔终，在位之臣畏首畏尾”（顾炎武《日知录》）。著名史学家雷海宗认为“八股已经使人才难以产生，国家对一些或真或假的人才与他们的家族又想尽办法去摧残或屠杀，这是一个民族与文化的自杀行动”。
要命的是，中了一句俗语，“东窗不亮西窗亮”，中国在思想意识上开始与世界拉开了距离。“在此期间，文艺复兴照亮了欧洲中世纪黑沉沉的夜空，一架功能强大的发动机轰然启动，逐渐加速。世界再也不是以前的那个世界了。”（李亚平语）
◆明帝国人心向背问题——人民痛苦指数9′
明朝把专制坏的方面发展到了逻辑的尽头。皇帝根本不承认臣民人格的存在，廷杖和诏狱是连元朝统治都没有的野蛮刑制，明朝对文人尤其对功臣的极量屠戮更是千古未有的惨案。
“只有一个已经堕入难以自拔的深渊中的民族能够想像同时又能容忍这种做法。”（雷海宗语）明朝中叶，人民流亡成了全国性的严重问题。由流民引发农民起义此起彼伏，参加人员身份之复杂前所未有，足以反映人民的不满，既有自耕农、佃农、流民、饥民、响马、屯军，也有矿工、矿商以及小手工业者、小商人、中小地主和个别知识分子。万历年间，发生了皇室掠夺工商业，酿成大规模的反矿税的民变。帝国末年，赈灾不力引发无法控制的农民起义，最终灭了明朝。
◆明帝国领导人的统治魅力——帝王糊涂指数8′
明朝称得上英明的皇帝实在屈指可数。前期的几位“铁血”皇帝之后，帝祚接班人一代不如一代。大明帝国最后一位天子崇祯皇帝，比起前任几位皇帝——正德、嘉靖、隆庆、万历、泰昌、天启等，可算是励精图治，奋发向上，颇有中兴之志，但一直生活在帝国无可奈何的衰朽和灰暗中。
从一组对比来看更显明朝末年之帝王昏聩：
明帝国的夷敌满清努尔哈赤有军事天赋，皇太极有政治天赋，多尔衮兼而有之。他们积极进取，都在小心翼翼地强大自己的实力，以前所未有的器量拉拢明朝的人才，一步一步实现自己的战略目标。相反明朝的皇帝，行径却匪夷所思，以常人不可想像的作为逐步毁灭自己的王朝。经过张居正的治理，明朝发展相当不错，国家富强。神宗却破坏得易如反掌，颠覆了张居正的一切业绩，本人贪财怠政，政纲松弛，怨声载道；熹宗更是一绝，爱土木不爱江山，权落阉党；崇祯帝空有一番政治抱负，却刚愎自用，在冤杀重臣袁崇焕之后，最终走上了器重宦官、弃置东林的道路。入侵者积极进取，明帝主却飞速堕落。
◆明帝国抵抗外族入侵的能力——防御薄弱指数9′
有学者认为，明朝晚期有四种新的势力兴起；若无意外的阻力，四者都有吞并中国的可能。
第一股新兴势力是重新兴盛起来的蒙古。明朝对这个威胁实际无法应付；最后因为蒙古内部发生问题，情势才渐渐地缓和下去。
第二股新兴势力是日本倭寇。嘉靖年间，倭寇大盛，明帝国因为人才的缺乏和政治的腐败，使得掺杂闽粤人和日本人的海寇难以抚平。倭寇问题，日本内部平定后倭寇自息。
第三股新兴势力是闯进中国门户的西洋。明初中国对西洋的知识仍很模糊。明朝末叶最早由海路进入中国的是葡萄牙人，开始了西洋人在中国的第一块地盘。西班牙人没有与中国直接交通，但在南洋与闽粤人发生正面的冲突，使得汉族士气大受挫折。中国早就知道而始终没有十分注意的台湾岛在明帝国时被荷兰占据，成为向大陆发展的根据地。西洋传教士多假借中国所缺乏的科学作为传教的秘诀，因此很受一部分人的欢迎，但同时也有人直觉感到西洋文化是一种潜在的威胁，因此天主教的地位时起时伏。西洋人在明末时期一方面忙于新大陆、印度、南洋诸地的争夺与开发，一方面对于中国的实情尚未看透，所以在中国的行动不敢报多大的野心。因此这种在可能性上最大的威胁，暂时在外表上反倒不是一个严重的问题。
第四股新兴势力是崛起的满洲。这其实令当局者意想不到。因为以上三势力已经兴盛之后，满洲仍是东北边外的一个无足轻重的半开化民族。但不久关外大部就被满族征服，满族对新战术能够迅速的学习，所以没有给暮气沉沉的明朝以武器优良制胜的机会。
◆明帝国抗击天灾人祸的能力——物资储备不足指数9′
在万历48个年份里，有灾荒记载的占25年。而天启、崇祯年间，又是灾荒连绵，甚至奇荒大作。如陕北延安府，崇祯元年一年无雨，乃至草木枯焦。是年八九月间，人间已食山间蓬草。至十月以后，则蓬草殆尽，人民只好剥树皮吃。年终，树皮都吃完了，人民开始挖掘山中粘土吃，不数日因腹胀下坠而死的人比比皆是，情状悲惨。
崇祯即位前后，陕西正逢大旱，百姓无以为生。崇祯帝及其朝廷根本无法提供足够的资金。崇祯二年（1629年），崇祯帝开恩，拨银1万4千两赈济。区区万余两银子，就像在一池水中放了一撮盐，自然不足开销，陕西巡抚要求增加款项，而崇祯帝却不肯再拿出钱来了。崇祯四年（1631年），崇祯帝破天荒拿出自己的内库银10万两赈济，结果被乱民们抢走了。难堪的是，朝廷不愿意也拿不出更多的钱来救济。陕北于是爆发农民起义。
◆明帝国对宫廷后闱的控制能力——宫廷不稳定指数9′
明朝王后及外戚的实力较弱，但宦官几乎始终当权，被柏杨称为“中国历史上第三次宦官大时代”。朱元璋虽然极力防止宦官弄权，但自成祖以下政权始终有宦官把持，在宦官的特权中，特务机关东厂成了他们用以排除异己的便利工具。宦官专权始于王振，经汪直、刘瑾，卒于魏忠贤，“考其祸败，其去汉、唐何其远哉”（《明史·宦官列传》）。帝国末年，魏忠贤专政把中华阉党乱政史推向巅峰。“个人崇拜在专制时代并不奇怪，奇怪的是对象不是皇帝，而是太监。……历史上千岁、九千岁时有所闻，九千九百岁闻所未闻，距离万岁仅一步之遥。”（樊树志《魏忠贤与“阉党”专政》）
◆明帝国振衰起废的变革能力——应变力匮乏指数6′
在王朝末年力图振兴颓势的变革中，惟有张居正改革得到成功。他以回天之力使衰老的明帝国体制再现活力。遗憾的是，成功只是昙花一现。诚如前面揭示，张居正改革是在“在死棋局中博弈”。黄仁宇对此的深层解释是：中国古代帝国体制已经走上僵化，在原有体制内进行的改革，面临多方面的挤压，因为帝国体制本身不再具有更大的弹性，无法为全面的改革提供制度空间。历史需要全面的制度创新，但张居正改革无法完成涉及当政者根本利益的体制转换。这是张居正的悲剧，也是时代的悲剧。张居正努力吸取王安石变法的经验教训，但却无法摆脱同样的历史宿命。不同的只是，王安石生前得到排斥，制定新法纷纷被废罢，而张居正的被清算则是病死之后，他没有目睹改革措施的废除。北宋王朝在王安石新法否定之后的40年便在内外交困中灭亡了，40年间王安石成了权力斗争的工具；而明王朝也正是在张居正去世之后无可避免的走上衰亡之路，也因此出现了“门户之祸而大起”的局面。
◆明帝国对地方的控制能力——中央权力分散指数5′
秦始皇开创的中央集权到了明朝走上了巅峰。由于开国皇帝朱元璋对刘邦的个人崇拜，使得明王朝与汉王朝有了很多相似之处。在对待有潜在坐大地方的重臣的做法上，比之汉初的“兔死狗烹”，明朝可谓“赶尽杀绝”。上至宰相、下至庶民，朱元璋所采用的方式，“全部可以用一个词形容，那就是——极端”。朱元璋把他所做的一切，订立为家法，成为帝国传统。“帝国上下，变成了一个具有高度刚性的板状结构。”加上锦衣卫的特务监控，使得地方难以轻动。
与刘邦一样，朱元璋的家天下情结厚重，在立国之初，即抱定了“定天下于一”的志向，声言要“誓清四海，以同吾一家之安”（《明太祖实录》卷96）。他也持“非我祖类，其心必异”的论调，采纳了汉初的分封制，幸运的是，明朝在燕王朱棣登上帝祚后，再无封王之乱。
正是帝国对于地方控制的强有力，使得帝国天子过于自信。崇祯帝登基后，一直把注意力集中在辽东，全力对付皇太极及其后金，对帝国内部存在的严重危机没有给予足够的重视。他总认为只要解决了辽东的问题，其他的问题就会迎刃而解。其实，崇祯帝是弄错了。最终把崇祯帝逼上煤山的，正是明朝自己的臣民，即从黄土高坡上杀下来的李自成及其同伙。
◆明帝国处理多民族融合的能力——民族不和谐指数5′
在吸取了元朝的教训之后，明代统治者意识到民族关系的重要性。“朕既为天下之主，华夷无间，姓氏虽异，抚字如一”（《明太祖实录》卷53）。明成祖时期，也多次宣示各族，“朕承天命，主宰生民，唯体天心以为治，海内海外，一视同仁。夫天下一统，华夷一家，何有彼此之间？”
蒙古族：在明朝，游牧于蒙古地区的鞑靼、瓦剌各部与明朝政府之间也长期处在对立的地位。洪武、永乐时，明朝政府为了解除蒙占在北方的威胁，曾多次出兵漠北。正统以后，明朝的政治日趋腐败，瓦剌和鞑靼又相继兴起。
明朝政府为了防止蒙古的侵扰，“终明之世，边防甚重，东起鸭绿，西抵嘉峪，绵亘万里，分地守御”。蒙古地区与内地的商业关系一直没有中断，到了明代后期，商业关系更加频繁。呼和浩特因此发展成为蒙古地区和内地贸易的商业城市。
藏族：洪武时，明朝政府在西藏设立乌斯藏都指挥使司，又委派藏族的上层僧侣充任宣慰使、宣抚使和安抚使等官职，赐给他们印信，通过他们向所属藏人征收赋税。西藏与明朝政府始终保持着隶属关系。
畏吾儿族：畏吾儿族地区的城市都是各自为政，互不相属，“地大者称‘国’，小者只称地面”。洪武、永乐间，这些小“国”或“地面”很快与内地恢复了联系，以后向明朝称臣奉表的有“七八十部”之多。明朝政府先后在撒里维吾儿、哈密等地设立八卫。景泰时，吐鲁番势力强大，攻占哈密城，从此明朝对西域的控制日益松弛，不得不在嘉靖八年放弃了哈密。但是当时的哈密仍然是通向“西域之襟喉”，经过这里来北京和甘肃贸易的使者，始终没有中断。
西南诸族：明朝政府沿袭元朝的统治制度在云贵两广地区设立土司。通过各族的首领来统治各族人民，但各地的土司与明朝也有矛盾，他们经常发动叛乱。永乐六年贵州三宣慰使的叛乱。正统三年有云南麓川宣慰使叛乱。万历二十七年播州土司叛乱。明朝政府在平定叛乱之后，往往把这些地区的土司裁撤，改设流宫，叫作“改土归流”，建立对少数民族地区的直接统治，但是在客观上打破了农奴制度，促进了这些地区地主经济的发展。
结论：大明末年的衰败指数=武装失控指数9′+吏治腐败指数10′+税赋沉重指数9′+舆论钳制指数10′+人民痛苦指数9′+帝王糊涂指数8′+防御薄弱指数9′+物资储备不足指数9′+宫廷不稳定指数9′+应变力匮乏指数6′+中央权力分散指数5′+民族不和谐指数5′=98分
指数说明：良1－2分；中3－4分；及格5－6分；差7－8分；很差9－10分。分数越高，危险系数越高。最高分合计120分。其中，绿灯区为帝国政权安全区，黄灯区为帝国政权安全警惕区，红灯区为帝国政权安全危险区。