“国本”，古代特指确定皇位继承人，也就是指皇太子，他的地位通常能影响到整个王朝的安危。
按照中国君主专制时代的规矩，皇帝与皇后生的儿子是嫡子，与其他妃子生的是庶子。嫡长子通常是皇位继承人，而如果没有嫡子，则以庶子中最年长者为皇太子。而所谓的“有嫡立嫡，无嫡立长”，便是这个意思。
在万历四十三年（1615年），朱常洛还是太子之时，发生了一场以他为目标的谋害事件，史称为“梃击案”。这个案件不过是一场关于权力的宫廷之争，过程非常简单。在这年五月的一天，有一个宫外的男子手持木棒闯入大内东华门，并一直打到皇太子居住的慈庆宫。他打伤了守门的太监，直至殿檐之下，而后被内监捕获交给禁军。次日，太子上奏此事，神宗命刑部进行审理。
经刑部十三司多次会审，终于查明此人名张差，是京畿一带白莲教的一支红封教的成员，其首领为马三道、李守才，他们与郑贵妃宫内的太监庞保、刘成勾结，派张差打入宫内，梃击太子。联系万历四十一年（1613年）曾发生郑贵妃的内侍与奸人勾结诅咒皇太子的事件，梃击案牵连到郑贵妃在所难免。而审理中也的确牵连出了国戚郑国泰，郑国泰急忙自我辩白。大臣们上书，郑国泰仓皇自辩，大有问题，要求再次进行细查，并将矛头直指郑贵妃。但神宗因宠幸郑贵妃，责备众大臣因此事弄得满城风雨，造成不好的影响，就命惩治张差等人外，不许波及无辜人，以解脱郑贵妃。众大臣不依不饶，还想据理力争。神宗进而迫使太子改变态度，太子也不愿多惹是非表态说：“我父子是何等亲爱，使外廷有许多非议，使尔辈为无君之臣，使我成为不孝之子。庞保、刘成是张差乱诬陷的，此事只在张差身上结局足矣。”群臣见太子都这么说了，也不好再说什么。神宗这时也向重大臣表示自己与太子非常亲密：“太子是国家之基，他已经34岁了。你们疑心我有他意，这是不可能的。如果我要换太子早就换了，何必要等到今天。福王在外，不召是不能回京的。”这件事因此才作罢。最终，张差被处死，马三道、李守才发远方戍守。而庞保、刘成在张差死后，见死无对证，便百般抵赖。但是最后，也被神宗下密令处死于内宫。神宗在此以前，已有25年不理朝政，如今竟然为“梃击案”破例，也足以说明当时朝廷为太子的事闹得有多凶。
虽说“梃击案”也被称为一桩疑案，但其实大家心里都明白，这是眼红的郑贵妃，想让自己的儿子登上帝位，铤而走险的一步棋。
而对于39岁的朱常洛来说，帝王的位置一度岌岌可危也罢，招人嫉妒导致生命危险也罢，得到的是一个临近崩溃状态的国家也罢，不管怎样，经过如此多的波折，他终于在万历四十八年（1620年）八月初一这一天登上了帝位。
朱常洛即位后，一改神宗的荒废朝政之举，迅速地做了许多顺应民心的事，进行了一系列革除弊病的改革。他发内廷积银百万两充辽东边饷，以解燃眉之急；取消了一切矿税，并罢了监税的中官；起用曾在神宗面前建言而获罪的诸臣等等。同时他重振纲纪，提拔了一系列新的管理，为朝廷增添了新鲜血液，补足了万历朝中后期官员不足的状况。这一切都是用遗诏的名义进行的，但其实，遗诏只不过是一纸借口而已。朱常洛十分明白，其父神宗在世时诸多做法，给国家造成了严重损害，不除不足以平民愤，开新政是大势所趋。
朝廷上下庆幸国家有又了一个好的君主，仿佛看到了希望，就在要与朝廷同舟共济，渡过难关之时，朱常洛却突然病倒了。对于病倒的原因在很多史料中都有提到。在文秉《先拨志始》中就记载道：“光庙御体羸弱，虽正位东宫，未尝得志。登基后，日理万机，精神劳瘁。郑贵妃欲邀欢心，复饰美女以时。一日退朝内宴，以女乐承应。是夜，一生二旦，俱御幸焉。病体由是大剧。”李逊之的《泰昌朝记事》中也有类似的说法：“上体素弱，虽正位东宫，供奉淡薄。登基后，日理万机，精神劳瘁。郑贵妃复饰美女以进。一日退朝，升座内宴，以女乐承应。是夜，连幸数人，圣容顿减。”原来这一切都是郑贵妃搞的鬼。不愿意看到朱常洛登上皇帝宝座的郑贵妃，虽然暂时无法改变朱常洛登帝位的事实，但这并不证明她放弃了为儿子谋求皇位的野心。
在神宗驾崩之时，曾留下一纸遗诏。在遗诏中要求朱常洛登基后封郑贵妃为皇太后。当时受郑贵妃压抑30多年的朱常洛，怎么会答应这件事呢？如果封郑贵妃为皇太后，这就意味着郑贵妃还可以通过垂帘听政来控制自己。朱常洛并没有按照遗诏中的话去做，虽然这不符合祖宗的典章制度，也遭到了大臣们的强烈反对，可这件事还是这样被暂时搁置了下来。郑贵妃见自己的地位不保，知道明攻不行，便使用了一个更为阴毒的计策。郑贵妃培养出一些心腹美女，从中挑选了八名绝色美女，将他们进献给朱常洛，想以此来控制他。朱常洛的精神长期处在压抑之中，此时作了皇帝，不由得有些飘飘然。他在政务之余，开始贪淫纵欲，整天在后宫与美女们一起厮混，纵情淫乐。无疑朱常洛就这样中了美人计，而且深陷其中不能自拔。他的身体本来就羸弱，又过了不惑之年，加上政务繁忙，酒色伤身，终使得元神大耗。
八月十日，距离朱常洛登基仅10天，他便病倒了，召医官进宫进行诊治。
八月十二日，距离朱常洛登基12天。朱常洛坚持上朝听政，群臣望见皇帝面容憔悴，大为惊讶。谁也不明白十几天前还是神采奕奕的皇帝，怎么突然变成了这般模样？
八月十四日，距离朱常洛登基14天。就是这一天发生了崔文升进药，使光宗病情加剧的事件。其实朱常洛原本也非什么大病，不过是纵欲所致，身体过于虚弱以致卧床不起，吃几副补药，静心调养一段时间便可以好起来了。可御药房的太监崔文升却进了一副药性很强的泻药。朱常洛当晚服药后，一夜之间便腹泻了三四十次。虚弱的身体一下子垮掉，精神萎顿不支，口干唇裂，面色青紫，几近衰竭，随时都有升天的危险。
八月十六日，距离朱常洛登基16天。病倒的朱常洛已无法上朝，辅臣方从哲等人赶到宫门问安，朱常洛命内侍传话：“数夜不得睡，日食粥不满盂，头目晕眩，身体疲软，不能动履。”
大臣们见皇帝突然病重，大臣们认为崔文升是庸医误人，或是另有图谋，对他进药的资格和所进药物提出了质疑。其中给事中杨涟就说：“贼臣崔文升不知医……妄为尝试；如其知医，则医家有余者泄之，不足者补之。皇上哀毁之余，一日万几，于法正宜清补，文升反投相伐之剂。”他分析了皇上身体变差的原因，指责崔文升违反药理，故意用“相伐之剂”，才致使皇上突然病情加重。朱常洛的外戚王、郭二家认为这事与郑贵妃脱不了关系，他们向朝中的大臣们哭诉：“崔文升进药是故意，并非失误。皇长子朱由校也常常私下里哭泣：‘父皇身体健康，何以一下子病成这样？’郑、李谋得照管皇长子，包藏祸。” 他们都主张拘押审讯崔文升，将此事查个水落石出。
调查发现这个崔文升原先是郑贵妃宫中的亲信太监，朱常洛即位后，被提升为司礼监秉笔太监，兼御药房太监。朱常洛患病后，崔文升就以掌管御药房太监的身份，向皇上进奉了这种“通利药”，也就是大黄。虽然大家对郑贵妃都有所怀疑，但是并没有非常明确的证据，来证明崔文升就是受了郑贵妃的指使。
八月二十二日，距离朱常洛登基22天。他召见了首辅方从哲和给事中杨涟等大臣，并对杨涟说：“国家事重，卿等尽心。朕自加意调理。”同时朱常洛将崔文升轰出皇宫，他的这项处罚实在是过于宽泛了。也许在朱常洛心里对这一切都清楚，但考虑到新登基不久，实不愿和郑贵妃撕破脸皮罢了。
八月二十三日，距离朱常洛登基23天。这一天刘一璟等人入阁办公，适逢鸿胪寺官李可灼称自己有仙丹要进呈皇上。内阁首辅方从哲鉴于崔文升的先例，认为向皇上进药需要十分慎重，刘一璟等人也持相同意见，并命李可灼离去。