他清醒地看到，英国是当时世界上第一强国。它的工业发达，拥有一流的海军和陆军。而北美大陆只是它的一个殖民地，人口不足300万，从未有过正规军，更遑论海军舰队。民团连队虽然英勇无畏，毕竟无固定兵员、无严格训练、无组织纪律、无后勤保障。战时召之则来，年终自动离队回家。双方的力量对比是如此之悬殊，也是大陆会议迟迟不敢宣布独立的重要原因。
英军一万余人，武器装备精良，弹药储备充足。3座浮动炮群控制着出海口，一艘载有20门大炮的军舰停泊在波士顿城和半岛之间。威廉？豪将军的主力部队布防在前沿阵地，前哨距离民兵仅150码。
北美民兵守卫在一条八九英里长的半圆形战线上，号称15000人，实际远远不足此数，其中9000人来自马萨诸塞，从没受过正规军训，衣着褴褛，武器杂乱，随意出入营地，毫无秩序。就是这样的武器和军装，很多也是士兵自己从家里带来的。按规定，报名应征者需自带枪支，否则交1元钱才能使用一支枪；自带1条毛毯者奖给2元。据华盛顿到任后的普查统计，全军的弹药库存，总共才32桶炸药，每名士兵只有9发子弹，全部家底仅仅够打10分钟。这个情报若被英军知道，后果简直不堪设想（奇怪的是英将盖奇确实得到了这个情报，但他看见民兵毫无胆怯后退的迹象，认为情报不可靠）。营帐的式样如同他们的服装一样五花八门，有用木料搭的、有用帆布扎的、有用砖石砌的，都是匆匆拼凑而成。营地里还住有一些来探望丈夫或儿子的家属，实在不大像军队，倒像是一群拿着武器的农民或猎人。
这种状况与华盛顿的要求相差太远太远。可就是这样的一群农民，用简陋的工具筑起了一系列半圆形炮台群，实现了包围波士顿的计划，使英军不能越雷池半步。官兵们的爱国热情，使总司令激动不已。他明白前两次战斗的胜利，主要是依靠这种热情，英军则是吃了麻痹轻敌的亏。
视察归来，他确信当务之急是迅速认真整顿大陆军，然后才可以采取军事行动。
他的整顿措施从下述几个方面人手：
第一，统一全军建制。民兵们来自四面八方，从现在起他们已是一支属于全北美的军队了。他把全军整编成若干个线式团队，每团由来自同一个殖民地的官兵组成。各级军官佩戴明显的区别标识。每天晨祷之后，定为宣读司令部命令的时间。
第二，严肃军纪。华盛顿制定了一系列规章制度，要求官兵必须做到军容整洁，严守纪律，令行禁止，并熟悉自己的岗位职责。士兵要服从长官的指挥，军官应当忠于职守。严禁奸淫妇女、抢劫财物；凡违犯军规或扰乱社会治安者，视情节轻重处以禁闭、鞭笞、直至开除军籍。士兵的住所，规定每天扫除一次。同时要求军官关心属下士兵的生活，要成立军营厨房，改善膳食。
第三，加强后勤保障。华盛顿不断向大陆会议汇报反映，向各殖民地领导人呼吁，请求尽快给部队供应急需的武器弹药、粮食和1万套军装。在他的催促下，大陆会议陆续成立了一整套后勤供应机构。与此同时，派出小部队四处收集粮食、物资，组织士兵中的工匠就地取材，制造子弹和大炮，以解燃眉之急。
第四，注意内部团结。要把13个殖民地的民兵，从建制和思想上凝结成一个整体。这位总司令还注重提拔新人，唯德才是举，决不搞狭隘地方主义。分配物资或战利品时，尽量一视同仁，分得公平合理，彻底打破地域观念。有功必褒奖，过失定处罚，赏罚分明，令部下心悦诚服。
第五，调整军事部署。华盛顿刚刚上任就发现兵力部署极不科学。战线拉得过长，一万多人马分散在八九英里长的弧形线上，中间暴露出许多薄弱环节，此乃兵家之大忌。英军兵力十分集中，万一以优势炮火实施突然攻击，大陆军必被突破，有拦腰切断之虞。因此果断决定，将部队分为3个大部分：左翼军由查尔斯？李少将率领，驻守冬令山和展望山；右翼归沃德少将指挥，驻守罗克斯伯里的几处高地；中路军由普南特少将统领，驻守剑桥。3支部队相对集中，防区责任明确，进可以合击，退能够联防。
经过一段时间的整顿，大陆军的面貌确实大为改观。官兵们士气高昂，求战心切。华盛顿觉得，现在是出击英军，收复波士顿的时候了。
六、收复波士顿
波士顿围困战进入了沉闷的不战不和的对峙期。大陆军百般诱敌，英军龟缩在工事里不肯出战，每天只胡乱发射大炮轰击。大陆军弹药缺乏，只偶尔回敬一发。也真巧，一发9磅炮弹正好击毁了英军查尔斯顿隘口的一个活动炮队。进入冬季，马萨诸塞的气候是严寒的。积雪盈尺，寒风刺骨，交通为之阻塞。大陆军的将士们衣着单薄，燃料和粮食缺乏，真是困难重重。一股思乡厌战情绪滋长蔓延开来，有人私自离队回家。正在这困难时刻，华盛顿夫人玛莎出人意外地来到波士顿大陆军司令部驻地。
行前她做了大量的准备，携带了很多熏肉、野味、果脯、干鱼之类食物，还有衣物、日用品，装了满满一大车。儿子杰克及儿媳也陪同前来，杰克以费尔法克斯县专使的身份，给大陆军送来一笔经费，为军队补充给养。
他们的马车在风雪中跋涉，颠簸了半个多月总算抵达司令部。自此，大陆军营地里增添了一位可爱而高贵的总司令夫人。她很快就赢得了全体将士的尊敬和崇拜。带来的一大车食物好比雪中送炭，她临时的家成了军官们向往的地方。她有时在副官陪同下深入基层，看看各处营舍，关心下级将士的生活疾苦，像个大嫂子似的和他们拉拉家常。她的到来，给寒冷枯燥的军营带来了些许温暖和生气。不久，大陆会议筹措的物资和各殖民地的援助陆续运到，窘况得到缓解。
1776年元旦，大陆军司令部上空升起了第一面红白相间、饰有13条横杠的旗帜。它象征着13个殖民地团结战斗，争取权利和自由。后来在这面旗帜图案基础上，左上角多了一块蓝底白五角星，星数与美国的州数目相等，成为美利坚合众国国旗。
华盛顿审时度势，在2月16日再次向军事委员会提出作战计划。他强调，大陆军现有9000人能投入战斗，还有1500人的后备队，利用水面冰冻，敌人军舰不能移动的时机，是进攻英国占领军的最佳机会。这次军事委员会经过慎重考虑，原则同意华盛顿的计划，并做了一些调整：此役宜以抢占波城南面的道切斯特高地为目标。这个高地处于两军火力所及的中间地带，占领它便可用火力控制波士顿城区及港口，迫使英军撤出波士顿，或使其冒险出城作战，可收到事半功倍之效果。
总司令采纳了这些合理建议，积极进行战役准备。
3月2日，总司令召开紧急会议，决定3月4日晚由托马斯将军率领2000精锐攻占高地；普南特将军派出4000士兵，攻击波士顿交通要道，以牵制英军主力。当天晚上，大陆军的炮台开始向城内英军射击，英军不明意图，惊恐万状，仓促应战，以3倍的火力还击。沉寂了多时的战场，骤然枪炮齐发惊天动地，变成了一片火海。
炮战连续打了两个夜晚，英军对大陆军的意图浑然不觉，只顾发射出更多的炮弹为自己壮胆。到了第三夜，按照华盛顿的命令，托马斯将军带领800精兵在前开路，其后是1200人的工程队。利用炮战的烟雾和轰鸣声作掩护，300辆马车排成一字长蛇阵，装载着大批蔑筐、草捆和建筑工具，以最快速度向道切斯特高地运动。草捆放置在临近敌人一侧当做掩体，使其不受敌人火力的伤害。
从晚8时起，全体士兵以惊人的毅力，挥动锹镐铲开厚达18英寸的冻土，抢修碉堡工事。作为总司令，华盛顿本无必要亲自到现场指挥，但他去了，提醒士兵们注意，明天是1776年3月5日，刚好是波士顿惨案6周年纪念日，他号召大家为惨遭英军杀害的同胞报仇。士兵们干劲大增，争分抢秒挖土砌砖，一夜工夫，两座碉堡突然耸立在高地顶上。到3月5日黎明时分，英军将领才发现这一伟大的人间奇迹，一个个惊得目瞪口呆。接任波士顿指挥官的威廉？豪将军，不无感慨地叹息：叛军一个晚上干的工作，比我们全军一个月干的还多。
英军非常清楚，丢失道切斯特高地就意味着丢失了波士顿战场的优势。英军阵地和海上舰队已完全暴露在大陆军的火力射程之内，随时都可能有炮弹自天而降。他们别无选择：要么不惜一切代价夺回道切斯特高地，要么放弃波士顿城！
当天晚上，英军果然趁美军立足未稳，组织反扑，集中全部火器猛烈轰击高地。同时出动多路兵力，水陆并进直扑道切斯特。说来也怪，突然狂风大作，暴雨倾盆而下，英军夜袭中途受阻。运兵船只无法停靠预定地点，当夜无功而退。第二天大雨仍然不停，大陆军反而居高临下，不时用大炮轰击英军阵地，使其无法集结部队发动进攻。大陆军已利用战斗间歇加固了阵地，调配了兵力，英军已失去了反攻的机会。英国海军司令警告豪将军，道切斯特高地夺不回来，他的军舰就不能久留在港内，否则有被击沉的危险。豪将军最后不得不作出决定：全部英军撤出波士顿！
波士顿的光复，其政治意义和心理影响远远超过了它的军事价值。北美殖民地的军民以弱胜强，英军不可战胜的神话已成“明日黄花”。
七、独立宣言
载着英国陆军撤离波士顿的英国舰队从海岸边渐渐消失了。华盛顿写道：“他们驶向何方，我不知道。”他猜想他们的目的地是纽约，并且据此作了部署，然而他猜错了。豪将军是朝哈利法克斯驶去的。他要在那里等待英国强大的增援部队和他的兄弟海军上将豪勋爵的舰队。海军上将豪要担任英国北美海军部队总司令。
当时，人们都认为敌人在此后的战役中会把作战的矛头指向中部殖民地和南部殖民地。因此，大陆会议把这些殖民地划分成两个防区。其中一个防区包括纽约、新泽西、宾夕法尼亚、特拉华和马里兰，由一名少将和两名准将带领，另一个防区由弗吉尼亚、南北卡罗来纳和佐治亚组成，由一名少将和四名准将带领。
李将军本来以为，在他离开以后纽约会出现纪律松弛的混乱现象。事实上并非如此。老练的普南特在接手指挥职务以后，把纽约置于严格的军事管制之下。军人在听到归营鼓声以后必须返回军营和宿舍，呆在那里一直到第二天早晨打起床鼓时为止。居民也必须服从同样的规定。没有口令，谁都不准通过岗哨。而只要向任何一个队长提出申请就能得到口令。不准任何人与“英国政府舰队”保持任何联系。不准再向这些舰只提供食物。凡是向他们通风报信的人，只要发现，一律按敌人论处。
华盛顿经过普罗维登斯、诺里奇和新伦敦赶到纽约，为的是督促这些地方的军队迅速登船。他在4月13日抵达纽约。在李将军修筑的工事当中大部分到这时已经完工了，其余的正在进行中。长岛上布鲁克林附近的高地俯视着纽约，因此，华盛顿担心敌人选定长岛作为主要战场。他认为，那个地方需要派一名得力的军官镇守，于是他指派格林率领一支军队驻扎在那里。格林立即着手修建这个要地的防御工事，并设法熟悉周围的地形和防守地点。
纽约及其周围好几个宽阔的阵地以及长岛、斯塔腾岛及其他地方的总兵力只有1万人。其中有一些是病号，还有一些人出差或休假去了，只有大约8000人能够担负作战任务。这些人没有薪饷，没有武器，而且谁也不知道到哪里去弄武器。
华盛顿及时给安全委员会写了一封紧急信件，指出这种通讯联系十分危险，甚至具有叛国的危险。他对这个机构的影响要比李将军大，因此委员会通过一项决议，严禁居民与英国舰船保持任何联系，违者给以严惩。
那时候，华盛顿还不知道英国在不久以前采取了不平常的权宜措施，为下一次战斗做准备。英国给了布伦瑞克公爵、黑森州卡塞尔方伯和卡塞尔世袭亲王哈瑙伯爵一笔津贴，请他们提供军队协助英国征服殖民地。4300名布伦瑞克军队和将近13000名黑森军队已经到英军中服役。上述德国亲王除了得到津贴外，还要求对于他们所提供的每一名士兵，付给7英镑4先令4便士，每阵亡一人，加倍付给。
我们刚才说过，华盛顿那时尚且不知道这种值得注意的部署。在后来的几天中，他得到了关于“黑森军和汉诺威军队即将开来”的模糊的报告。一直到了5月17日他才接到斯凯勒将军转来的加拿大前线指挥官的信件，获悉敌人的一部分作战矛头究竟指向哪里。
大陆会议召他到费城进行会谈。在华盛顿夫人伴随下，他于5月21日从纽约出发。大陆会议主席汉考克先生邀请华盛顿夫妇在费城逗留期间住在他家。
由于他争取的结果，大陆会议通过了一些决议，规定：士兵服役期限为三年，对每一名新兵发放10美元奖金；抽调13800名民兵增援纽约驻军，直到12月1日为止；建造平底船和放火筏子以阻止军舰和敌人的船只进入纽约湾或纳罗斯海峡；由宾夕法尼亚、特拉华和马里兰三个殖民地提供1万民兵，组成一支临时部队，驻扎在东新泽西，以拱卫中部各殖民地，驻扎时间也到12月1日为止。此外，还授权华盛顿在紧急情况下可以要求附近的各殖民地派遣民兵临时支援。
他与大陆会议几次会谈的另一个重要结果是设立一个作战机构。以前，在大陆会议中，军事问题是交给一些随便指定的委员会处理的，因此处理得很不及时，总是被人忽视。从这时起，就由一个名叫“军事与军械委员会”的常设委员会来处理了。第一届委员会由五名委员组成：约翰？亚当斯、本杰明？哈里森、罗杰？谢尔曼、詹姆斯？威尔逊和爱德华？拉特利奇；由理查德·彼得斯担任秘书。这个委员会于6月12日开始工作。
来自加拿大的消息仍然很糟糕。在这一期间，为了保卫哈得孙河进行了准备，同时长岛上的布鲁克林周围的工事也在格林将军的指挥下加紧施工。总之，所有的人都在尽最大努力，设法在敌军再次到来之前把纽约、纽约近邻和哈得孙河的防务布置就绪。
这时英国人的主要目的是夺取纽约和哈得孙河，把它变成作战基地。强大援军随时都可能赶来，参加沿海战斗。他们希望，一旦援军抵达，他们就能达到他们的预定目标。在这个危急关头，传来警报，说纽约和长岛的亲英派妄图在英国军队来到时突然发动叛乱，配合英军作战。对于这件事，各种荒诞无稽的谣传纷纷传开。据说有一些亲英分子准备破坏国王大桥，还有一些亲英分子准备炸毁弹药库、塞住大炮的火门，把全部校级军官杀死。还准备杀死华盛顿或把他捉住交给敌人。据说他自己的一些警卫员也参与了这一图谋。