19世纪那些耀眼的研究工作深入大脑解剖的知识，提供了视觉、听觉、语言能力以及记忆功能的定位图谱，心理历程的神经学观点也正是要迎合这样的思潮。就连骨相学家，虽然他们的想法掺杂着古怪或有趣，却也为这个潮流注入一股知识的力量。19世纪后半叶，怀疑论的脑解剖学家打破了骨相学的教条，不再相信每个情绪或者心理能力位于身体的某个部位，但他们实际上并没有脱离骨相学的基本观点，本着类似的信仰，他们转而把心理功能的来源视为大脑中的某个部位。伟大的科学家赫曼·赫姆霍尔兹，以及他的同侪科学家们如艾米尔·杜布瓦雷蒙，根据他们对神经脉冲精密地研究其速度及路径后所做的推论，进一步支持从物质观理解心灵的可信度。心灵渐渐地被视为可以追溯、计算以及衡量电子与化学力量控制的一种机制。随着一个接一个的发现，所有心灵事件的生理学基础似乎都已经奠定了。神经科学是最后的赢家。
布吕克曾把赫姆霍尔兹以及杜布瓦雷蒙的研究结果带回维也纳，弗洛伊德是布吕克的杰出学生，他可以随意地接触到这个思潮，实际上，他从未真正放弃过这个思潮。执业经历给他许多思考这个观点的素材：他的病人让他知道，当许多身体症状是由心理的歇斯底里转换而来的同时，也有一些实际上仍是生理器官上的问题［19世纪90年代中期不幸的“诱惑理论”，清楚地把生理创伤当作官能症的原因。但即使在弗洛伊德觉得有必要抛弃这个理论的时候，他仍然没有放弃心理事件必然有身体上的基础］。弗洛伊德受“神经官能症是来自某些性方面的失调”这个观点所吸引的一个原因是，“终究，性欲不只是单纯的心理活动而已，它也有身体上的层次”。因此，正如弗洛伊德在1898年的时候对弗里斯所说的，他自己“不会让心理的问题独自悬空着，而不考虑生理基础”。弗洛伊德后来对当时所盛行的正统思想的颠覆，完全不是出于计划，乃是他个人渐进的变化。在完成革命之后，他不只抛弃了神经科学理论，更改变了身心互动既存的次序。他把心理层面的影响当作是心灵运作的首要因素，而不是独断的因素。
在弗洛伊德挑战这个普遍化的机械观之前，他很少出现对于心灵机器以物理观点讨论的争议。迟到1895年，弗洛伊德才提出他自己未完成的计划，作为《神经病理学者的心理学》草稿。但是最后，对这个心灵机器如何会出故障，弗洛伊德却跳入这个冗长而没有结论的争议中。总的来说，精神医师们同意心理疾病几乎全是脑部功能损害的显现，他们对这个损害可能的病源产生了不同的意见。在19世纪30年代，艾司奇罗仍然试图提出折中看法，对病因的说法模棱两可——“心理疾病的病因，其繁杂程度正如同其类型，”他这样写道，“不只是气候、季节、性别、年龄、气质、职业，以及生活方式等，会影响心理疾病发生的频率、状态、病程、危机以及对疯癫的治疗；这个疾病还进一步被法律、文明、道德，以及国家的政治型态所影响。”19世纪中期，原来最主要的病因选项——遗传，虽然没有被消除，但已经慢慢失去光彩，此时，它又重新获得某种程度的重要位置。个案历史显示——甚至可以说得到结论，许多心理病人都被不正常的家庭历史所束缚。克拉夫·艾宾关于神经质的专著，就专门谈到这个问题。弗洛伊德在他早期的个案报告中，也对病人“神经质般的”家庭做过细节的讨论，他仔细记录一个病人母亲在精神病收容所的停留，以及他兄弟的疾病妄想症。之后心理学占了上风，1905年，在《性学三论》里，弗洛伊德对与他同期的精神医师过于将心理疾病归因于遗传的说法，做了一番批评。
弗洛伊德对心理疾病其他导因的想法未必更为单纯，克拉夫·艾宾对神经衰弱的研究即证实过有关此种心理疾病的病源，虽然有许多病源学的说法比不上归因于遗传的说法重要，却能在文献上找到可资佐证的对象。有些精神医师完全将突然的惊吓以及拖延数年的疾病排除在外，但弗洛伊德没有。许多人也只对现代文化有害的副作用感兴趣。对于最后这项诊断，弗洛伊德同意大多数人的说法，虽然是为了他自己的理由。如同许多当代的观察者，他同意这种都会的、布尔乔亚的工业文明，的确产生了那种时代特有的紧张，在他看来，此种现象正有逐渐严重的趋势。但是当其他人都把现代文明对紧张问题的影响着重在急促、嘈杂、快速的沟通以及心灵机制过多的负载时，弗洛伊德却独树一帜地将之归因于被压抑的性生活。
这个与主流说法截然不同的观点，是弗洛伊德对心理疾病起因最核心的认知。他并不怀疑同时期的精神医师们在引证强迫性神经官能症、歇斯底里、妄想以及其他精神疾病的解释能力。但是他很清楚地发现，他无法以这样的观点对患者隐藏的本质做进一步探究。究其根源，医师们都忽略了性欲因素的重要性，以及这个驱力在潜意识中产生的冲突。这就是为什么他们喜欢强调病人遥远的前史——遗传，却忽略另一个性欲冲突出现的前史——儿童期。《梦的解析》，是弗洛伊德第一个全面的，但仍然尚未完整的立场说明，这是他献给心理学家的心理学。
马丁·弗洛伊德在许多年后回忆，“我们在1899年夏天假期中几乎很少看到父亲。”这对喜欢与孩子在山里度假的弗洛伊德来说，是很少见的。在那个夏天里，除了加速完成他的书以及开始校阅之外，“他完全陷入他所关注的工作中。”他很自得地对家人提到这本书——对他来说是一本旷世巨著：“他告诉我们这本书即将问世，甚至不断鼓励我们把自己的梦说出来：那是我们很喜欢做的事。”如我们所见，有些弗洛伊德家小孩所提供的梦境标本，被放到书中出版了。“他以简单的话对我们解释书的大意，”马丁·弗洛伊德接着说，“要如何了解梦，以及它们的来源和意义。”这本弗洛伊德企图作为对普遍心理学的贡献精华，并不只是私传之秘。
毫无疑问，一些私密的事还是必须放入弗洛伊德的写作里，当他随意地谈到他人的性欲愿望和性欲冲突所呈现出来的指标力量时，他拒绝以同等的随意度揭露自己梦中原欲的来源。但弗洛伊德会为了没有把自己的过去以及梦境当作一般素材来检验而付出代价。一些弗洛伊德最机警的读者及同僚们，都对他做部分的保留而惊讶不已。卡尔·亚伯拉罕曾经毫无保留地询问弗洛伊德，他是否刻意让自己没有办法完成关于“伊尔玛的注射”这个梦的解释。毕竟，性欲暗示在弗洛伊德的论述中，成为越来越迫切需要得到的解答。带着早期分析家的信任态度，弗洛伊德立即且开放地回答：“性欲的自大妄想隐藏在这些梦里，三个女人，玛蒂尔德、苏菲、安娜是我女儿们的三个教母，而我三个全部都拥有！”卡尔·荣格证明了自己并没有过于敏感，在受邀为《梦的解析》第三版作序言时，他不认为弗洛伊德对自己以及孩子的梦境解释只是表面的。荣格补充，弗洛伊德以及他的学生“严重地错失了（个人的）基本的意义”，那就是在例如“伊尔玛的注射”这样的梦里显现出来的“原欲上的动力”，以及“在自我梦境中个人的伤痛”，他还认为，弗洛伊德使用一个病人的梦，“并残忍地去揭开其中最终的动机”。弗洛伊德同意并且答应要修正这个引用的内容，但不是最终显示的意义：“读者并不值得我在他们面前，更进一层脱下我的外装。”事实上，其他的同僚希望他进一步地揭露关于过去个人的情欲历史，但这些没有一样在以后新的版本中出现。弥漫在《梦的解析》全书中的紧张气氛，正是潜伏在弗洛伊德心灵底层的自我揭露与自我保护之间的冲突。但弗洛伊德并不认为他不进一步揭露自我会对其理论探索的能力有所损害。
把决定论当作弗洛伊德思想的中心，只符合他对梦的研究，他另外还在累积日常生活心理病理学的材料。结果并不使他惊讶，可以说是老调重谈，“正常人的病理学”仍然提供给他表面上看来不可驳斥的材料：那就是所谓“偶然”其实都有其他的因素，远非偶然可以解释。拼错一个熟悉的名字，忘记一段最喜爱的诗句，莫名其妙地把某个东西放错地方，或者忘记在太太生日时送她一束平常会准备的花——这些讯息都等待被解读。这些是欲望或者焦虑的线索，连行动者自己都无法自由地理解。这些发现，确认了弗洛伊德对因果观点明确的认定，诊断成果向他暗示的结论也是再明显不过的了。它显示，用最平常的经验做材料，可以科学式地解读发现，表面上没有关系或者难以理解的事件，其实都是被潜在的心灵规律主宰着。
弗洛伊德对失误现象（如口误、笔误等）的理论感兴趣始自1897年的年底，他找不到在拜访柏林时需要的一个地址。聆听自己的经验对弗洛伊德来说已不是新鲜事，但在他自我分析的那几年之间，他对心灵细微而迂回的运作特别敏锐。从1898年的夏天开始，弗洛伊德不断对弗里斯说明在一般心理病理学的探索上发现的例子。8月的时候他说：“我终于找到一些猜测已久的生活琐事。”当时他“忘了”某首喜爱的诗的作者名字，并且把这个被压抑的名字，与幼童时期的私人记忆连结在一起。其他的例子立刻涌现，特别是他无法记起叫做希诺瑞里的这个名字，那个在奥渥多时代画《最后的审判》的画家。他的名字似乎常常被波提切里或是波他菲欧的名字取代。经过分析，弗洛伊德发现一个联想和压抑的复杂网络，其中包括一个最近发生的关于死亡与性欲的谈话。“现在，谁愿意相信我呢？”不管有没有人相信，弗洛伊德觉得这个刻意遗忘的例子值得发表。文章迟至1898年才出现，发表在一份关于神经学与精神医学的专业期刊上，弗洛伊德为它配了复杂的关系图表。
1899年夏天，弗洛伊德制作了另一个和日常生活里的精神病理学说有关联且更奇特的例子，那时他正在校阅《梦的解析》的稿子。不论他多么努力地要改进这本书，他对弗里斯写道，还是有“2467个错误”。这个数字看起来有武断之嫌，弗洛伊德原来想表达的只是他的书会被无数的错误搞砸。但对弗洛伊德来说，心灵的活动是不可能完全任性的，因此，他在信尾对这个数字做了一番分析。实际上，弗洛伊德对这个调查活动颇为自得，还在一年之后，请弗里斯把原来的信件寄还给他。这个例子在《日常生活的精神病理学》中出现，并且有详细的解释：弗洛伊德在报纸上读到一个将军退休的消息，他在军中服役的时候认识这个将军。这件事让他也兴起计算何时会退休的念头，把可能考虑到的加加减减，他认为自己还有24年才退休。弗洛伊德在24岁时得到少校军衔，他现在是43岁，这两个数字加起来是67，而24和67合并起来就是2467，他把这个数字放到写给弗里斯的信件里。这个看起来没有原因的数字，这时候变成一个想要再有二十几年活跃生活的愿望。
弗洛伊德在1901年1月完成《日常生活的精神病理学》的草稿，5月，他开始第一次校阅这本书，打从心里觉得不喜欢，还表示希望其他人会比他更不喜欢这本书。其中缘由，除了弗洛伊德在著作出版之前惯有的患得患失之外，这本书谈到太多与弗里斯交往的内容是另一个原因。关于他的《日常生活的精神病理学》一书，他告诉弗里斯：“提到太多和你有关的事。明显一点的是因为你提供的素材；隐喻一点的是因为其中的动机追溯到你那里去，就连其中的警句也是你提供的。”总的说来，弗洛伊德把这本书看作“到目前为止，你在我生命中扮演角色”的见证。
这个角色比弗洛伊德所愿意承认以及坦白表明的都还要强大。他现在公开利用他对弗里斯的不公平对待作为日常生活中精神病理实例的展现。他们在某次的会面中，弗洛伊德带着一种发现新事物的姿态对弗里斯说，可以用人类被赋予了双性性欲特质这样的观点，来理解神经官能症者的问题，而弗里斯提醒弗洛伊德注意，事实上，在数年前当弗洛伊德对此尚不表示任何兴趣的时候，是弗里斯他自己率先提出了这个观点。在接下来的一周，为了回应弗里斯，弗洛伊德终于想起一个插曲，并且了解到当时弗里斯是想要宣告其发现的优先性。但弗洛伊德说道，他实际上已经忘记这个讨论的经历，直到此时弗里斯提醒了他。借由压抑之前对话的记忆，弗洛伊德得以取得一些没有得到授权的好处。很悲哀地，他为自己刻意的健忘症加上注解：一个人很难放弃对自己原创性的宣告。弗洛伊德在《日常生活的精神病理学》中的一个章节里加入这个插曲，作为描写遗忘特定印象和意图造成的效果。这样的安排，让读者丝毫没有感觉到其背后情绪的刺激，但对之后马上不再是朋友的两个人来说，这个插曲是极端不愉快的感受，甚至是痛苦。
这个世界原本并不知道这背后的缘由，弗洛伊德反常地希望大家都不喜欢这本书的愿望也没有实现。这本书注定不会成为只是几个专科医师之间的私人财产，书中几乎没有什么专业术语，从他自己和别人的经验里撷取，弗洛伊德在其中填塞了许多故事插曲，汇集成一本有关动机如何造成失误的选集，并且在最后一章保留了他的理论当中决定论、机运，以及迷信等观点。其中一个最适当的故事，是弗洛伊德从他最喜欢的报纸《新自由通讯》中取材出来的，里面谈到奥地利下议会的议长：因为预期一个即将到来的暴风雪，议长先生在议会刚开议时，便慎重地宣布议期马上就要结束了。在这明显的口误背后，有个隐而不宣的愿望可以清楚地被理解。弗洛伊德在例举全书各种不易辨识的思考错误、口误，与行为错误之后，认为这些例证都指向一个结论：心灵被规则所指导。这本《日常生活的精神病理学》对精神分析的理论架构没有任何贡献，而对此书的批评也认为其中的某些例子过于牵强附会，或者说，弗洛伊德式的口误定义太过宽松，以至于没办法以科学方式的测验去验证。即便如此，这本书仍然是弗洛伊德最广为后人阅读的书之一，它在弗洛伊德在世时，就已经再版11次，并且被翻译成12种语言［根据弗洛伊德的决定论，精神分析家正确地指出“自由联想”的技术是个错误命名。因为，被分析者在躺椅上说出的想法和记忆会出现有意思的顺序，被不可见的力量互相融合在一起］。