第十二条，说自己常常贪图安逸，很少上朝，与大臣们缺少沟通联系，情谊也不深。顺治是否像其子康熙一样每日上朝不辍已无从知晓，但可以说，他绝非贪图享乐、不务朝政。顺治十四岁亲政，还正是少年贪玩的年龄，但他却以一国之君的身份亲理政务了。他推行一系列改革措施，整顿吏治，委任汉官，畅通驿政，规整军纪，短短的十余年皇帝生涯，已充分体现了顺治的政治才干，说明他的确是一位勤劳政务、颇有作为的皇帝。
第十三条，说自己自认为聪明，不能充分收纳臣子们的劝谏，以至于无人敢进言。事实上，顺治颇有纳谏的实例，有的臣子进谏之语颇为严峻他也能够接纳。当然，作为皇帝，尤其是一个年纪极轻的皇帝，纵情任性、骄狂暴戾的事情自然也是有的。
第十四条，说有时候明知自己做错了，很是后悔，却只注重表面文章，没能做出有效的更正，导致错误越来越多。这一条应该是对上面所有罪状的总结，对自己的诸多错误已无暇改正而感到遗憾，也可以说是一句结束的套话，一句谦逊的言语。
这十四条罪状，写来不是不严苛的，字里行间充满了自责，对顺治皇帝一直以来的政治措施进行了大幅度的否定，使不少人猜度它并非出自顺治的本意，而是出自他的母亲孝庄皇太后。在康熙皇帝继位以后，大臣辅政，以这份《遗诏》为凭据，推翻了顺治的许多政策。在离开人世之前，顺治皇帝真的对自己本身和自己的政治态度如此充满悔意吗？
《遗诏》的另一部分便是顺治的传位大计，虽然所占篇幅很少，但却算是《遗诏》的核心内容。言道佟妃所生的皇三子玄烨聪颖智慧，特立为皇太子，继承皇帝大位，新帝年幼，特命内大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣，勉励他们尽忠竭力，佐理政务。
顺治生有八个儿子，在他去世时，除长子牛钮、四子、六子奇绶、八子永斡早殇外，还有次子福全、三子玄烨、五子常宁、七子隆僖四个皇子尚在，并且都没成年。还有一种说法，说顺治因为儿子年龄太小，有将皇位传给堂兄弟的意思，为皇太后阻止。当时的皇族里并没有实力强大到可以问鼎皇位的，顺治的这点“国立长君”的念头未曾掀起波澜，便被太后轻而易举地压了下去。
皇位人选要在福全、玄烨、常宁、隆僖中产生，而福全、常宁、隆僖的生母地位较之玄烨生母景仁官主位佟妃都要低几分，并且玄烨自身也的确很聪明敏锐，加之孝庄皇太后的力主，所以最终顺治敲定了八岁的玄烨为继大位者。皇子们尚且年幼再加上皇太后的威慑，这场皇位继承没有血腥的宫廷斗争，一切按照《遗诏》内容有条不紊的进行，十分顺利。
这份顺治《遗诏》真迹档案现存于中国第一历史档案馆，学者们对它的研究也是从来没有停止过。其中最大的争议，便是它究竟出自何人之手，是顺治皇帝本人的意思，还是他驾崩后由皇太后和满洲亲贵篡改而成？
而且，《遗诏》里也没有提及顺治的病因，如果它真是皇帝的意思表达，倒是可以看出撰写之时他神志清醒、逻辑思维颇为严密。
《实录》、《遗诏》和《玉牒》，三种最重要的皇家档案，都对这位皇帝陛下的确切病因讳莫如深。而为顺治起草《遗诏》的大臣王熙，却留下了一份《自定年谱》，其中提及了皇帝的病因：天花。
2．天花
王熙（公元1628-1703年），字子雍，顺天宛平人，清初名臣。他是明代礼部尚书王崇简的儿子，顺治四年中进士，入选庶吉士，授官检讨。曾充日讲官，深得顺治皇帝看重，升迁甚快，历任国史院学士、礼部侍郎，兼翰林院掌院学士，加尚书衔。当时他的父亲王崇简亦为尚书，皇帝说：“父子同官，古今所罕。以尔诚恪，特加此恩。”顺治对他不仅是君臣之谊，更有一份私恩相予，连他的两个儿子都是由顺治起的名字。
王熙《自定年谱》中写道：“辛丑三十四元旦，因不行庆贺礼，黎明入内，恭请圣安。召入养心殿，赐座赐茶而退。翌日，入内请安，晚始出。初三日，召入养心殿，上坐御榻，命至榻前讲论移时。是日，奉天语面谕者关系重大，并前此屡有面奏，及奉谕询问密封奏折，俱不敢栽。”元旦取消了庆贺礼，王熙曾在黎明时入官给皇帝请安，被召入养心殿，顺治赐座赐茶之后，便让他退了出去；初二人大内请安，天晚了才出来；初三那天，亦在养心殿皇帝御榻间君臣谈论多时。所谈论的内容十分秘密，关系重大，王熙不敢留下任何记录，终生也不曾对人提起一星半点。但是并没有说顺治帝有什么不适，更没有说有病。而《世祖实录》里的记载却是“壬子（初二），上不豫”。《东华录》也有“上不豫”的记载。
王熙《年谱》记载中，顺治帝从初一至初三都召见了他，君臣二人相处时间相当长，距离也很近。这三天没有说有什么病。初四、初五两日没记，这两天顺治皇帝的起居，王熙应该知道，为什么没记？
顺治朝内阁中书舍人、迁兵部督捕主事张宸《青琱集》则说：“先是正月初二日，上幸悯忠寺，观内珰吴良辅祝发。”悯忠寺，后来改名法源寺，在宣武门外西南，距皇宫甚远。按照佛门戒律的要求，阉人是不能出家为僧的，吴良辅一个太监，为什么要在此时“祝发”？区区一个太监的“祝发”仪式，何以能让连元旦朝贺都取消了的皇帝亲自前来观礼？还是说，吴良辅的落发，是作为顺治的替身出家为僧，抑或准备先行剃了头发、准备服侍打算出家的皇帝的？
重用内监、设立十三衙门，本是顺治《遗诏》中为自己拟下的一条罪名。而康熙在当年正月初九日即位，二月十五日即裁撤十三衙门，并在罢十三衙门的圣谕中说明吴良辅已经处斩。
这其中，蕴含着什么样的秘密？吴良辅是被康熙皇帝杀掉了，还是追随顺治离去了？而初二日顺治去悯忠寺观太监吴良辅“祝发”，王熙为什么也没有记录？
王熙紧接着说：“惟自念身系汉官，一介庸愚，荷蒙高厚，任以腹心，虽举家生生世世，竭尽犬马，何以仰答万一，岂敢顾惜身家，不力持正论，以抒诚悃也？吾子吾孙，其世世铭心镂骨，以图报效也。”他在后文中又说，“面奉凭几之言，终身不以语人，虽子弟莫得而传。”表白了自己对皇帝、对皇家的忠诚，也隐约可见他决心将这几天来与顺治帝反复交谈的话语变成永远的秘密。是什么样的谈话，神秘至斯？
接下来便是对起草遗诏一事的表述：“初六日，三鼓，奉诏入养心殿，谕：‘朕患痘，势将不起，尔可详听朕言，速撰诏书，即就榻前书写。’恭听天语，五内崩摧，泪不能止，奏对不能成语。蒙谕：‘朕平日待尔如何优渥，训尔如何详切，今事已至此，皆有定数。君臣遇合，缘尽则离，尔不必如此悲痛。此何时，尚可迁延从事，致误大事！’随勉强拭泪吞声，就御榻前书就诏书首段。随奏明恐过劳圣体，容臣奉过面谕，详细拟就进呈。遂出至乾清门下西围屏内撰拟，凡三次进览，三蒙钦定，日入时始完。至夜，圣驾宾天，泣血哀恸。”
从这段记录中可知，作为天子信臣的王熙并不知道、也没有看出来顺治病情危重，是皇帝自己说的“朕患痘，势将不起”。顺治说明了由他来起草诏书的意思，王熙的反应，是“五内崩摧，泪不能止，奏对不能成语”。皇帝则催促他说，朕平时对你待遇十分优渥，详细切实地对你加以教训培养，现在事已至此，都是定数。君臣遇合也是看缘分的，缘分尽了，自然要分开，不必这么伤心。现在这是什么时候，你怎么能一味婆婆妈妈，拖泥带水，误了大事？
顺治在这里用“定数”、“缘尽”来劝说王熙，言辞间颇有佛家意。
王熙在御榻前写下了诏书的第一段之后，退到乾清门下西围屏内，根据顺治的意思撰写《遗诏》，写完一条，立即呈送。一天一夜，御前大臣们三次修改，三次进呈，顺治皇帝则是在病榻上三次过目钦定。到初七日傍晚，《遗诏》的撰写与修改方告完毕。王熙说，初七“入时”诏书“始完”，“至夜”，到了夜里顺治便驾崩了。“始完”与“至夜”里的一个“始”字、一个“至”字，言语间颇有些意味深长。“三次进览，三蒙钦定”，顺治看上去还是颇有精力的，为什么诏书刚写好，到了夜里，便去世了？
而康熙朝《东华录》中则说：“麻勒吉、王熙遵旨于乾清门撰拟，付侍卫贾卜嘉进奏。谕日：‘诏书着麻勒吉怀收。俟朕更衣毕。麻勒吉、贾卜嘉，尔二人奉诏奏知皇太后，宣示王、贝勒、大臣。’至是，世祖崩。麻勒吉、贾卜嘉奉遗诏奏知皇太后，即宣示诸王、贝勒、贝子、公、大臣、侍卫等。宣讫，诸王、贝勒、贝子、公、大臣、侍卫等皆痛哭失声。”与王熙的记录相对照，顺治不但有精力三次审定《遗诏》，其最后的安排也从容安详、井然有序，安排了收藏诏书的人、安排了奏知皇太后与通知诸王贝勒大臣的人选与程序，连更衣这样的小事，都考虑在内。而众人的反应也像排练过一样，做出了恰当合理的反应。
顺治对王熙说，自己得了痘症，势将不起。而这个“痘症”，指的是天花。天花是一种传染性很严重的病，而且死亡率比较高。特别是满族入关之前，在山海关外地广人稀，疾病传播的机会相对少一些，入关之后，到了中原地区，细菌传播就比较厉害，另外他们刚一进关，水土也不服，导致天花对满洲人的杀伤尤其厉害，满洲王公亲贵之中，死于天花的例子已有多起。《汤若望传》记载：“顺治对于痘症有一种极大的恐惧，因为这在成人差不多也总是要伤命的。在宫中特为侍奉痘神娘娘，是另设有庙坛的。或许是因他对于这种病症的恐惧，而竟使他真正传染上了这种病症。在这个消息传出宫外之后，汤若望立即亲赴宫中，流着眼泪，请求容许他觐见万岁。……顺治病倒三日之后，于一六六一年二月五日到六日之夜间崩驾，享寿还未满二十三岁。”康熙皇帝之所以被立为嗣君，一个重要的原因是因为他已经出过痘，不会再因此让大清再一次失去年轻的君主。
《青琱集》则说：“初四日，九卿大臣问安，始知上不豫。初五日，又问安，见宫殿各门所悬门神对联尽去。一中贵向各大臣耳语，甚仓皇。初七日晚，释刑狱，诸囚狱一空，上马逢知、张缙彦二人不释。传谕民间勿炒豆，毋燃灯，毋泼水，始知上疾为出痘。”民间禁止炒豆、点灯、泼水，是皇帝出痘时的举措。
综合这些记录，顺治皇帝死于天花，似乎是有根据的。然而，从天花的症状来看，却颇有可疑之处。《张氏医通》说：痘疮成浆之时，精神倦怠，神思昏沉，不省人事，呼之不应，自语呢喃，如邪祟状。现在西医也认为，天花重症会导致高热昏迷。如果顺治真是得了天花的话，又是几天之内便去世的急症重症，又怎么可能如此神志清醒、思路清晰，亲自口授遗诏、开列自己的十四条罪状，安排下继位和辅政大臣的人选，又更衣后才从容而逝？
张宸的《青琱集》则是从“传谕民间勿炒豆，毋燃灯，毋泼水”中推论出皇帝出痘的，不无揣测之嫌。
从种种史料和迹象推断，顺治患天花而去世，这似乎是最接近真相的答案。但是令人费解的是顺治患病去世，应该属于正常死亡。然而清官档案为什么对顺治的死因只字未提，讳莫如深，难道顺治死亡的背后还隐藏着什么不可告人的秘密？
史料的研究结果，几乎全都倾向了顺治死于天花的说法，这样的说法似乎能够消除所有的疑点，但是为什么几百年来，对于顺治的死亡，依然还有那么多的猜度和怀疑呢？
而顺治皇帝的死亡时间，在这几种相对可靠的笔记中的记载，也不无差异。他的葬礼，也有许多令人疑惑之处。
3．天子之丧：顺治皇帝的后事处理
《世祖实录》及《玉牒》中，都说顺治皇帝崩于十八年正月初七子时。在王熙《年谱》记载的却是：“初六……至夜，圣驾宾天。”《东华录》中说：“丙辰（初六）……至是，世祖崩。”张宸的《青碉集》则说，“初五日，又问安，见宫殿各门所悬门神对联尽去。一中贵向各大臣耳语，甚仓皇。”既然初五便已去了宫中各门的门神对联，说明此时皇帝已死，开始办丧事了；如果说是这样，那后来的谕旨又为何人所下？这几处顺治驾崩时刻的记载，相差虽不甚远，却委实令人生疑。