多铎乘势渡过长江，五月初八日占领镇江，南明的武装力量尽降，多铎没有受到任何阻挡。五月十四日，多铎的前锋抵达南京城下；二十三万守卫南京的军队也很快放下武器，五月十五日，多铎率大军开进南京城，宣告了南明弘光小朝廷的覆灭。
多铎进入南京时，南明的大批官僚冒着滂沱大雨跪在道边迎降。次日，南明的文武各官，争趋朝贺，职名红帖堆了十数堆，每堆高达五尺。
醉生梦死的南明政权，被多铎一举摧垮。
多铎占领南京后，却又如多尔衮人北京时一样，实行了一系列开明的政策：他亲自去拜谒了明太祖朱元璋孝陵，对被弘光帝囚禁的所谓崇祯“太子”，奉若上宾。他命南明大小官员每日照旧人内办事，一概予以留用，还下令建史可法祠，优恤其家属，以示对他忠心的敬重之意。他下令将八名抢劫百姓的八旗兵斩首，还郑重出安民告示于各城门，说：
剃头一事，本国相沿成俗，今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民。尔等毋得不遵法度，自行剃之。前有无耻官员，先剃头来见，本国已经唾骂。特示。
南明小朝廷着实大不像样，把江南蹂躏得太苦，百姓们对新统治者未免存有幻想，多铎这些举措，安定了民心。
这样一来，多铎的大军从南京到杭州，一路长驱直入，节节胜利，兵锋所向，如摧枯拉朽。许多地方，简直是传檄而定，杭州的明潞王、绍兴的明淮王都投降了清朝。
清军顺利地占领了全国最富庶的江浙全境，多铎的战功，可谓空前。
十月七日，摄政王多尔衮命多罗贝勒勒克德浑及洪承畴前往替代驻守江南，以慰多铎部日久劳苦。十月十五日，多铎班师还京。顺治皇帝亲率诸王贝勒、文武群臣到南郊相迎，并赐金五千两、银五万两，又加封多铎为和硕德豫亲王。
顺治三年正月，多尔衮任命在小皇帝第二次登基时恢复了肃亲王爵位的豪格为新的靖远大将军，前往四川对付张献忠。
顺治三年（1646年）三月，豪格统率大军自陕人川，开始了他一生最辉煌的军事业绩。在四川，他连败张献忠领导的大西军。当年十一月，在四川南充地区的凤凰山金山铺，大雾弥天。张献忠刚愎自用，不信清军神速，未加提防。豪格大军突至，张献忠仓促间被一箭射中胸口，当即死去。于是后世编造出一个荒诞不经的故事广为流传，说张献忠在一座古塔中拆出了一块石碑，碑文写着：“造者于化龙，拆者张献忠。吹箫不用竹，一箭贯当胸。”所谓“吹箫不用竹”，是指箫字去掉竹字头为一肃字，指张献忠毙命于肃亲王箭下早有预兆。
是不是天命不好说，总之，李自成、张献忠这两支号称拥有几十万甚至上百万兵力的农民军，至此星散。他们的一部分部下与明朝残余力量合流，试图共同抵抗清军。无奈，强弩之末，又各怀机心，他们再也没有能够形成足够强大的力量。而多尔衮则十分顺利地实现了各个击破的总体战略目标。
而且，在军事胜利的同时，多尔衮主持了制定与完善了各种规章制度，除军事上以八旗制度为其根本之外，其余几乎全部沿袭了明朝的制度设计。多尔衮率大军人关时，一再宣称自己的天下是得自李自成，而不是明朝的朱家天子。顺治三年，还以顺治皇帝的名义作序，将朱元璋的《洪武宝训》颁行天下，直截了当地自认为是明朝的继承人，将与天下共同遵守大明祖训。
大明的整个天下，已掌握在多尔衮手里。清军入关后，不到两年时间，打垮了李自成和张献忠百余万大军，推翻了腐朽的南明政权，统一了整个北方和江南地区，进展神速如霆击飚举，这其中固然有时势的因素，但是多尔衮的雄才大略和高瞻远瞩，在其中起了至关重要的作用。
战功显赫，盖于当世。威权既重，生杀予夺。多尔衮的功劳已经太大了，大到皇帝无法封赏；多尔衮的权势也太大了，大到皇帝坐立不安。
福临还小，但是，他生而为皇子，冲幼便为皇帝，自然而然地唯我独尊。
福临从小聪明过人，天分很高。宫廷里等级森严，使他早就懂得奴与主、君与臣是怎么回事，也很小就有了皇帝的优越感，他的母亲也会不停地向他灌输皇家至尊至贵、皇帝至尊至贵的信条。所以，从他开始懂得人事起，自视甚高、骄纵自傲就成了他主要的性格特征。
按照大明旧制，皇家子女出生后，不能由亲生母亲抚养，要交由宫中女官、乳母、宫女、太监和师傅们养育辅导。清朝继承了明朝的制度，在这一点上，也不例外。孝庄皇太后住进了慈宁官，七岁的福临大约是住在位育宫，他只能和母亲分开来自己单独住。
他是皇帝，却连自己生活中的一点细节都无力安排。这件事对福临刺激很大，多年以后，早已把死后的多尔衮挫骨扬灰的顺治皇帝，仍然充满怨恨地谈到，多尔衮摄政时，自己和皇太后要分别居住在不同的官室里，经常要几个月才能见上一面，以至于皇太后时时牵挂，特别难受。
而且，这样一来，围绕在福临身边的人，全是奴才下人，对他毕恭毕敬，任他生杀予夺，灌输给他天子的无上尊贵；而一到外朝，尤其是面对多尔衮的时候，他便必须克制自己，表达出应有的尊敬。这两种极端的处境，极大地伤害了一个孩子的心理健康。
没有人能给福临应有的教育，也没有人能安慰他迷茫惶惑的幼小心灵。对一个孩子来说，这样的成长环境，实在是太糟糕了。
福临过的是和平常孩子完全不同的生活。他的衣食住行都是全国最高规格的，他的仪仗随从都是全国最庞大最气派的，他要接受除了嫡母、生母之外的所有人的跪拜礼敬，他还要在各种隆重的祭祀活动中，代表国家和全体人民直接和天地神灵打交道。他的至高无上、至尊至贵的天子意识就这样逐渐形成，再加上他先天的敏感气质和后天娇惯出来的任性，在他幼小的心里，种下了狂妄和暴戾的种子。
多尔衮的能力与功劳，对大清是好事，但是，对福临本人，却不是那么好受的存在了。多尔衮太耀眼，他这个皇帝便完全隐在阴影中。
多尔衮的跋扈擅权也表现得越来越明显了。从他的角度讲，这也是很容易理解的：以他的功劳能力威望，没有废帝自立已经是绝顶的委屈了，难道还要在一个什么都不懂、除了身份以外并无所长的小孩子面前谨小慎微？
就在顺治二年（公元1645年）五月，因清军攻占南京叙功的时候，多尔衮由叔父摄政王加封为皇叔父摄政王。有个御史赵开心疏称多尔衮以皇叔之亲而兼摄政王之尊，仪制宜定，“称号必须正名”，他说原来的“叔父摄政王”不妥，“夫叔父，为皇上叔父，惟皇上得而称之。若臣庶皆呼，则尊卑无异矣”，建议正名为“皇叔父摄政王”，经礼部等议定批准。济尔哈朗于是提议说，皇叔父代天摄政，赏罚等同于朝廷，因此必须加礼，开了诸王大臣对多尔衮行跪拜礼的先例，以后便形成了制度。
顺治三年（公元1646年）五月十五日，多尔衮借口处理紧急军情需要，将存放在紫禁城中的皇帝专用印信兵符，取回他的睿亲王府收存使用。顺治四年四月初九日，顺天巡按廖攀因上疏称皇叔父摄政王为九王爷，而被革职，下刑部拟罪。
顺治四年七月初六日，和硕郑亲王济尔哈朗停罢辅政。
顺治四年（公元1647年）年底，新年朝贺大典即将来临，多铎领受多尔衮的示意，联合济尔哈朗上奏，说多尔衮因有风疾，不胜跪拜，请免去君前行礼。十岁的顺治皇帝照准。多尔衮的权势地位极高，却还要步步加封，小皇帝怎能不心生疑惧？
顺治五年（公元1648年）正月，豪格率大军抵达京师。顺治帝亲自在太和殿设宴犒劳风尘仆仆、凯旋的长兄与诸将领。然而，豪格回京只享受了一个月的功臣待遇，就遭到了灭顶之灾。
先是一批以贝子吞齐为首的亲贵，检举郑亲王济尔哈朗，在罗织的各项罪名中，与豪格有关的两条：一是说当皇太极逝世时，“谋立肃王（豪格）为君”，“擅谋大事”；二是偏袒受到罢爵处分的豪格，让豪格的妻子在豫亲王多铎、英亲王阿济格的福晋前面行走。并得出济尔哈朗“向与肃王同谋，心生怜悯，显令僭越”的结论。郑亲王济尔哈朗被定以死罪，后从轻处置，降为郡王，罚银五千两。
济尔哈朗既被治罪，豪格在劫难逃。
两天之后，多尔衮召集诸王大臣会议，专门讨论豪格的问题。于是以豪格犯有庇护部将、冒领军功及欲提拔罪人之弟等罪名，定其死罪。多尔衮表示不忍，诸王大臣揣摩多尔衮的意旨反复上奏，甚至引“太祖长子（即褚英）曾似此悖乱，置于国法”为前例，坚持严惩不贷。最终，免豪格一死，囚禁狱中，削去爵位，没收所属人员。
豪格身陷狱中，绝望到了极点，居然对人说：“把我释放也就罢了，不然的话，我一定要用石头把这帮小子砸死！”不久，便因激愤卒于狱，年40岁。
多尔衮囚死豪格之后，纳其嫡妻为侧福晋，却对豪格的儿子富绶多方呵护，将其接来同住，还让他到自己的府第担任校射。多尔衮的亲信对此很不理解，说：“见到此人，就令人心悸，为什么不除掉他？”多尔衮回答：“因为你们不知道我是爱护他的。”这样，豪格的儿子幸存下来。
豪格死，他名下的正蓝旗收归多尔衮兄弟。不久，豫亲王多铎出痘身亡。多尔衮实领两白一蓝三旗，在朝中形成莫与争锋的实力。
顺治五年十一月初八日，以南郊礼成，颁布恩诏大赦天下，第一条即称“叔父摄政王治安天下，有大勋劳，宜增加殊礼，以崇功德”。经部院大臣集体讨论，多尔衮的称号定为“皇父摄政王”。
这个“皇父摄政王”的称号，引起了后世无数猜疑，并成为“太后下嫁”和证据之一。多尔衮既非皇帝，又不是皇帝之父，既称“皇父”，岂不是娶了皇帝的母亲，由“继父”而称“皇父”？不管太后有没有当真下嫁，这个“皇父”的称呼，令福临大感屈辱却是一定的。
在专制社会，权力集中是一种不可遏制的必然趋势。勋劳日著、地位日崇、威望日高的多尔衮也不出此例。顺治帝福临即位的最初几年，还是个幼童，再聪明也无法过问朝政。一切军国大事，由摄政王掌管。在平定天下的战争中，多尔衮和他的同胞兄弟阿济格、多铎，还掌握了全国最精锐的军队。
多尔衮以皇父摄政王的身份，处理一切政事及批示本章，可以不奉皇上之命，概称诏书圣旨下发。摄政王凡有所请，小皇帝和两宫皇太后无不允准。一些朝廷大臣的尊崇摄政王的提议奏疏，无论是出于他们自己想巴结多尔衮，还是他们受多尔衮暗示所托，小皇帝和两官皇太后也都一概同意，并以皇帝的名义发出诏书，不断给多尔衮加尊号，为多尔衮歌功颂德。
顺治说过：“睿王摄政，朕唯拱手以承祭祀。几天下国家之事，朕既不预，亦未有向朕详陈者。”
皇太后和皇帝的这些举措，在开始的时候，是出于感激之情，后来就成为不得已了。他们只有名分而没有权势，只能采取守势，只能韬光养晦。
这个强权的摄政王带给小皇帝巨大的心理阴影。福临时时感到孤立无援、仰人鼻息，他不仅见不到名义上全部属于自己的天下帝国，见不到大臣，连母亲也不能随意相见。没有人能给他强有力的保护。
这个聪明而敏感的孩子，承受着安全感的极度缺失，以及强烈的孤独感。他没有玩伴，也没有师长，未受系统全面的教育，懂得的东西十分有限。他不知道什么时候能结束这样的煎熬，也不知道未来会怎么样。他保护自己的法子，是装成一个得没心没肺、毫无心机的顽童，整天玩闹嬉戏，闲游乱逛，逗猫惹狗，打猎，驰马，射兔射雉，全然像个没出息的贪玩好动的野小子。对摄政王则感激加恭敬，从无违逆的表情。他的戏演得不错，多尔衮把他当成一个不懂事的孩子，不无轻视，也不无怜惜。
福临用这样的面具，维护了自己的安全，可是在心理上，他因此承受了极大压力。用外表的贪玩嬉戏、恭顺感激来掩盖内心的仇恨和算计；又要以高傲的面孔去压住内心的惶恐和胆怯……他喜怒无常，刚愎狂暴，常常以鞭打侍从太监来发泄仇恨和怒气；内心的自卑与脆弱又使他时常依在乳母怀中落泪。
如果这样的心理状态持续上十年二十年的话，福临说不定会成为一个心理高度扭曲的暴君，或者变成一个真正的疯子。幸好，老天以一种特殊的方式，将他拯救出这种压抑狂乱的生活。