同时，多尔衮一再重申军法，这一次，他们是“仁义之师”，不可妄动百姓一棵草、一粒米，违者当即处死，长官一体问罪。因此，有记载说，尽管清军食品短缺，“人马饥馁”，但从未发生骚扰百姓的事件，甚至有大军路过处，州县的长官拿着慰问品前来献殷勤时，多尔衮仍然下令“不受所献”。
于是，进军北京的六百里征程，他们走得轻松如意，行进神速——四月二十五日到达抚宁，二十六日到达昌黎，二十七日到达滦州以南，二十八日过开平卫城以西十里，二十九日到玉田，三十日至蓟州，五月一日来到通州西二十里。
北京城已是近在眼前。
北京城里的李自成在四月三十日匆匆即皇帝位，过了一把皇帝瘾，然后便向陕西撤退。临走时，按照军师牛金星的主意，仿效西楚霸王，在美仑美奂的紫禁城中放了一把大火。这把大火烧了三天三夜，除一座武英殿尚完好之外，其余全都残破不堪。
当时，北京城里盛传吴三桂大将军已经从李自成手中夺回了太子，即将要拥戴太子回京登基。李自成退走了，一批前明朝官员准备了全套的法驾卤簿，出朝阳门五里前去迎驾。结果，烟尘起处，大军浩荡而至，只是，这军队拥簇而来的不是大明的皇太子，而是大清摄政王多尔衮。——正如当时的一段民谣所唱的那样，“朱家麦面李家磨，做得一个大馍馍，送给隔壁赵二哥。”朱家—一明朝，李家——李自成，赵二哥—一清朝，说得准确而深刻。
多尔衮在大明皇家仪仗的迎接下，踏进了朝阳门。而那个大将军吴三桂，在通州便接到多尔衮的命令，命他绕过北京城继续向西追赶李自成，
不许他护送太子进入北京。他那个借兵复国的如意算盘已经彻底落空了，只能拖着一条辫子、秃着半边脑门，穿一身大清平西王的袍服，为满洲人征战。
多尔衮的手段太高明、分寸拿捏太到位，吴三桂只能彻底俯首。
两天后，公元1644年、大明崇祯十七年、大清顺治元年五月五日，多尔衮发布了第一份政治宣言，日：“天下者非一人之天下，军民者非一人之军民，有德者主之。我今居此，为你们明朝雪君父之仇，破釜沉舟，一贼不灭誓不返辙。”这是一篇很高明的声明，极力缓解天下汉人的恐惧感与敌意，又为清军的攻伐找到了足够的理由。
毕竟，汉人的天下太大了，汉人也太多了。
此后，他发表的一些文告和谈话也保持着这种姿态，一再声称“非有富天下之心，实为救中国之计”。甚至放出了可以考虑和南京弘光政权“南北分治”的信号，来麻痹和收服汉官汉民的人心。
多尔衮还做了许多收揽人心的实际举动。比如，调派三千名蒙古八旗将士守城时，多尔衮命令他们把武器弓矢等全部包裹起来，运上城墙，以免惊吓百姓；一个叫吴惟华的明朝侯爵在战乱中收罗了一些明朝勋旧子女，从中选了二十个美貌温柔的，敬献给多尔衮。多尔衮却说：“明朝勋旧，不就和你我一样吗？把你我的子女送给别人做婢女侍妾，你会怎么想？”然后一个不留，下令为这些女孩子找良家子弟嫁之；为崇祯帝和周皇后依礼举行国葬，建造陵寝，并为其服丧三日，还在景山东坡找了棵槐树定为崇祯皇帝自缢处，并将此树定为“罪槐”，用铁链锁住，立下马碑，令文武官员临近此处必须步行而过，以示对前朝皇帝的“敬意”，也提醒八旗子弟，要引以为戒，不能重蹈明朝的覆辙。
多尔衮打着“义军之来，为尔等复君父之仇”的旗号，以“官来归者复其官，民来归者复其业”相标榜，争取和笼络人心，把本来满与汉之间的民族矛盾，巧妙地转嫁到明朝人对“流寇”的痛恨之上，为人关拆除了民族樊篱。多尔衮命令明朝原有官员，一律以原有官职恢复工作，和满洲官员一道开始办公，从而，使中央政府部门的国家机器迅速运转起来。当时，在多尔衮的手下，聚集了大明朝遗留下来的庞大官僚队伍。这些人在崇祯皇帝时代曾经分属各个不同派系，党争争得天昏地暗，捞钱捞得天高三尺，有事情拼命推，有功劳拼命抢。如今，在多尔衮麾下，他们争先恐后地表现着自己，仿佛一个个都是廉洁奉公、谦恭能干的良臣，并且，对大清忠心耿耿，愿效犬马之劳。
六月，多尔衮谕令官员百姓，严禁行贿营私。命令中说：明朝之覆亡，皆由于贿赂公行，有钱财者无德无能也能升官，不拿钱的虽然贤明也无用武之地。乱政坏国，罪莫大于此。因此，一经抓住，一定杀头示众。他接受范文程的建议，宣布按照万历年间的标准征收赋税，将崇祯所有加派的苛捐杂税全部取消，百姓积欠的税款全部豁免。并下令，若有巧立各种附加税名目加收加派的，一律按照贪赃枉法处理。
在继续追剿李自成农民军的同时，他又用重兵压境外加招抚手段，使山东、山西两省迅速归附，并立刻建立起两省的地方政权，负起守地治民、筹措粮饷的重任。有了这两省从东西两翼拱卫京师的有利态势，清朝统治者在军事上立住了脚。山东、山西的这种模式，成为后来清王朝统一战争中的定式：军队打到哪里，就把招抚使或总督、巡抚派到哪里，立刻建立起地方政权。这是它在长期的激烈战事中，尽管处境险恶，却始终能立于不败之地的重要原因之一。李自成号称雄兵百万，转战千万里，被他的敌人骂为“流寇”，这个“流”字，正说着了他的弱点。多尔衮的强点却正是避免“流”，着力于“定”。这恐怕也是多尔衮最终打败李自成的一个政治素质上的差异吧。
多尔衮确实雄才大略，他为清朝所建立的功劳，的的确确重如泰山。如果不是他采取恰当的措施，以最快的速度平定中原，战争拖延下去，以后会怎么样，是件十分难说的事。要知道，直到顺治五年，满、蒙、汉八旗男丁总数才有346931人，其中，汉军八旗男丁为262816人，蒙古八旗男丁为28785人，满洲八旗男丁为55330人。而早在万历年间，大明朝的人口总数可能就已经超过了1亿人。
现在，多尔衮的功劳威望如日方中，他如果要自己当皇帝，没有任何人可以再来阻挡。事实上，在盛京皇宫里的太后和皇帝也正在惶恐不安：多尔衮人居明朝大内武英殿，被京师人称作九王，以致关内人只知有九王，不知还有皇帝；多尔衮出征前紧急征兵动员，男丁七十以下、十岁以上无不从军，精兵强将、精壮男丁都被他带去，留守盛京及各要地的，多属老弱病残；他的才略功业已震慑当世，一个六岁的小皇帝、两个深宫中的女子，就算拥有至高无上的名分，又怎么拦得住他的脚步？
但是，多尔衮没有那样做。他回奏盛京，说先帝清太宗皇太极曾有遗愿：“若得北京，当即徙都，以图进取”，而且“燕京势踞形胜，乃自古兴王之地，皇上迁都于此以定天下”，请顺治皇帝迁都北京，并派人前往迎驾。
顺治皇帝采纳了多尔衮的意见。七月初八日，小皇帝前往福陵和盛京太庙，以底定中原、迁都燕京，祭告列祖列宗。八月二十日，顺治皇帝与两官皇太后起驾，由辅政郑亲王济尔哈朗扈驾，离开了盛京，前赴中原。
九月初，顺治皇帝驾过山海关；九月十二日，驾至永平府；九月十八日，驾抵通州，摄政王多尔衮率诸王、贝勒、贝子、公及文武群臣至通州迎驾。
九月十九日，顺治皇帝驾至京师，自正阳门人宫。
十月初一日，七岁的福临行定鼎登基礼，在南郊祭告天地后，即皇帝位于大内武英殿，仍用大清国号，顺治纪元。
十月初十日，顺治皇帝于皇极门颁发登基诏书，布告天下。全文共五十五款，对故明宗室勋臣、文武官员、进士举人、食廪生员、山林隐逸，乃至商贩车户等，在政策上作了种种优惠的规定，同时正式宣布废除明末三饷，并严禁各地官员侵害百姓。这实际上就是清政府的一篇极其完备的开国政策声明，影响极为深远。
就在这一天，顺治皇帝加封多尔衮为叔父摄政王，正式给予他独秉大政的权位，赞扬他的功业超过周公，并且为他建碑，来铭记他定’鼎燕京、征伐中原功劳的大功。顺治皇帝和他背后做决定的两宫太后，尽全力来表彰、安慰和拉拢多尔衮，以补偿他为大清作出的巨大贡献与牺牲。
在那个典礼上，多尔衮忠心耿耿，福临则对叔父充满信任、欣赏与感激。只是，很可惜，这样的君臣和谐、叔侄情深，并没有延续太久。
2．在权臣阴影里长大的小皇帝
十月初十发布登基诏书的那一天，福临不止封赏了多尔衮，还加封郑亲王济尔哈朗为信义辅政叔王，豫郡王多铎为豫亲王，恢复豪格的肃亲王爵位，加封武英郡王阿济格为英亲王，并大封了一大批宗室的有功者郡王、贝勒、贝子、公等爵位。
封赏了这些亲贵之后，就要靠他们来继续平定天下的征程了。
十几天之后，多尔衮发布文告，授命豫亲王多铎为定国大将军，率恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明所部，全军共两万余骑，率大军下江南征伐南明小朝廷。
英亲王阿济格为靖远大将军，率平西王吴三桂、智顺王尚可喜所部，全军共三万余骑，取道大同向榆林延安进兵，西征南下，追剿李自成农民军。
多尔衮派出去的领兵主帅，是他的亲兄弟。兵权在他们手中，他才能放心；而只有他们建立大功之后，不会成为他的威胁。
多尔衮的这一布局，不能不说是相当冒险的。满洲军队战斗力虽强，人数却实在太过有限，就这样投放到相隔数千里的两大战场上，同时发动两个规模巨大的战役，不免把这场战争看得太过容易了些。
李自成退居西北之后，在河南怀庆（今日河南省沁阳地区）与阿济格发动了大规模的战斗，一时间占了上风。
阿济格战局失利，却提醒了多尔衮。幸好此时多铎还没有走得太远，多尔衮便火速命令多铎立即改变行军路线，暂停南下，掉过头去对付怀庆的李自成军队。
而李自成在退出北京、缩回陕西老家之后，方寸大乱。关中地区本是所谓四塞之地，自古易守难攻。李自成若是收缩形势，在此苦心经营的话，将会给多尔衮带来很大的困扰。他却未经周密准备，便冒然与阿济格大战，虽然胜了一时，却无济于大事。
经过一场大规模会战，清军大获全胜。取胜后的多铎渡过黄河，进攻潼关。在潼关大战中，李自成再次失利。此时，阿济格于陕北一路节节进逼，李自成的老家米脂也告易手。由此，形成了阿济格、多铎两路夹击李白成主力的态势。李自成陷入进退维谷、两面受敌的困难境地，此后，他退到哪里，清军便追到哪里，基本丧失了发动大规模反击战的能力。
被击溃的李自成大顺军退往陕南，再退往商洛地区，在顺治二年的六月里，主力全部葬送在湖北通城县，李自成也在通城县的九宫山下被杀。
清朝的大军忙着对付李自成时，山东、河北一带兵力空虚，如果此时南明乘虚而人的话，一定会让多尔衮十分头大。有识之士提议南明立即出兵，“攻其不备，必建奇功”。但是，这样的建议无人理睬，皇帝和大臣没兴趣，他们很忙，臣子忙着彼此争权夺利，弘光皇帝忙着糟蹋女孩子，阉党和东林党忙着对掐，连大名鼎鼎忠肝义胆的史可法都在一心一意地期望“悉简精锐，直指秦关”，在他眼里，还是李自成更可恨，他要“报君父之仇”，联合清军，消灭李自成。这样的建议也无人理会，不管打谁，将军们都没什么兴趣。不过也幸好如此，如果史可法的设想实施了，多尔衮没准会活活笑死，历史上也会少了一位赤胆忠心的史阁部，却会多出一个傻得可笑的汉奸了。
南明的苟安并没能维持多久，多铎配合阿济格完成攻破李自成的任务之后，便率军掉头南下，分别出虎牢关、龙门关、南阳府，分兵三路，不到半个月，就杀到了河南安徽交界处的归德；又十天，攻陷徐州、颍州、太和等处，兵锋所至，凌厉无前，很快就逼近到了长江边。
顺治二年（公元1645年）四月里，多铎挥师南下，强渡淮河，势如破竹，只用了十二天时间，就兵临扬州城下。二十五日，扬州城破。多铎纵兵大杀，血洗扬州。