孤云禅师名讳单字一个“行”，俗姓宋，是浙西嘉兴人士。他自小便性格恬淡，一个人独处也能如痴如醉。外面邻里众多小孩征逐嬉戏，他也毫不动心，独坐冥想，常年如此。禅师十九岁出家，前往能仁寺落发为僧。在修行期间严格遵守佛门戒律，俨然好似资深僧人。后来托钵化缘云游四方，途中遇到白山禅师指点佛法，于是他皈依我佛禅宗，前往报国寺参拜密老人（密云悟禅师），并继承了费老人（费隐容禅师）的衣钵，对各种经义贯通于胸，讲解佛经信手拈来，毫不生涩或者磕磕绊绊。旁人认为，要达到他这样的佛学修为，非有九年的潜心修持不可，其实他们不知道，孤云禅师自幼便慧根通明悟性很高，很快就能够举一反三融会贯通。
更难得的是，孤云细心，将密老人和费老人的日常细微的偈赞言语都记载下来，费隐容尤其器重他，于是升擢他为西堂（西堂是寺院四大班首之一。东为主位，西为宾位。本寺住持为主人，相当于东堂首座；其辅助住持教导僧众修行的，待以宾礼故称西堂首座，简称西堂。其实就是“副住持”），孤云年纪轻轻便得到两位高僧的真传，师徒同堂，为晚明东南禅学界放出一大异彩，真是天时地利人和可遇而不可求的啊。
庚辰年（1640年）春，蔡子公居士等人请孤云禅师到钱塘慧旵祖师所鼎兴的东明禅寺为住持。东明禅寺历经三百余年，几经毁坏和劫难，到孤云接手，已经只剩下断井颓垣了。孤云来到东明寺后，亲自以铁犁耕地，吃的是芋艿等粗粮，整整三年辛苦经营，终于使得佛田又变得生机勃勃、山中名胜古迹亦有复原、佛教纲义重新整顿振作、山川草木也都有了灵气。东明山之中兴，实在全赖孤云禅师之力呵。
癸未年（1643年），江苏阳羡有一位名望绅士请禅师去玉泉寺为住持。巳酉年（1645年），溧阳毛姓先生又盛情邀请禅师去法兴寺为住持，他们都以禅师德高望重而争相延请。期间禅师足迹所至（锡杖：有环的法杖，以声音告示高僧法驾来临或者鸣响以驱妖魔。此处喻指孤云禅师所到之处），都有信徒簇拥左右。自然而然，与与居士善信往来交谈中，又生出许多机缘巧合，禅师所得到的施主的捐助也很多，每次讲法，更是人头攒动蔚为壮观（法席，讲解佛法的坐席，亦泛指讲解佛法的场所）。
丁亥年（1647年），禅师回到东明山。戊子年（1648年），又前往德清吉祥寺。到的那天，登座说法，善男信女纷纷前来，墙壁都被挤塌。而禅师语调如常，神色端正威严如故，并无一丝一毫的波动，众人皆惊叹不已，以为神异。
己丑年（1649年），禅师再度赶赴法兴寺，逗留整整一年（浃：整个儿的。浃月即一月，浃旬即一旬），然后前往万古寺，是应了当地乡绅吴元玠的邀请。辛卯年（1651年）秋天，又在淮阴宁寺开坛讲经，金声玉振，出微妙音。禅师浑厚的声音回荡于天地间，花雨缤纷，摩尼四现，唯其身周三丈方圆一片净地，任是天花乱坠，近不得身。文人墨客及善男信女纷至沓来，宝光四射一派祥瑞。其说法处，莽林亦化为宝刹，即便素来号称选佛的五山十刹（五山与十刹的简称。又作五岳十刹，或称列岳。宋宁宗时就禅院而言，五山十刹为杭州径山〔万寿禅寺〕、杭州灵隐山〔灵隐寺〕、杭州南屏山〔净慈寺〕、明州天童山〔天童禅寺〕、明州阿育王山〔阿育王寺〕五山；禅院十刹为中天竺〔杭州〕、护圣万寿寺〔湖州〕、太平兴国寺〔南京〕、报恩光孝寺[苏州]、雪窦寺〔奉化〕、江心寺〔永嘉〕、雪峰寺〔泉州〕、宝林寺〔兰溪〕、灵严寺〔苏州〕、国清寺〔台州〕），其道场之盛况亦未必赶得及禅师讲经。
癸巳年（1653年）冬十月，我所管辖的地方长官郭公请禅师前往金粟寺为住持。禅师人未到，当地的贤士大夫、佛门弟子便已经纷纷在焚香匍匐，虔诚祷祝了，诚心希望禅师能够说法渡化他们出人生苦海。而禅师慈悲为怀，亦素来秉持大乘教法度化众生的教义，虽然所到之处徘徊一年或者两三年，从来没有长期留憩的地方（当年佛陀传教时，曾经“不三俗桑下”，不在同一棵桑树下连宿三夜，以防日久生情，不敢淹留沉迷。佛门子弟戒七情，所以孤云禅师不在同一寺院长期驻足），可是在金粟寺，他却整整待了九年，期间为该寺设立佛教科仪，重振宗教风气。于是该寺一时僧人善信（军持，一种盛水器，又名君迟、净瓶，为云游僧人盛水洗手用具；蘘，一种荷。此处两者均指代虔诚向佛的人）往来如织。禅师袈裟一领，庄严说法，其道场之盛大，想必毗耶化城（毗耶城，指维摩诘居士行经处）亦不过如此吧。
辛丑年（1661年）春末，费公顺世福严禅师（即费隐容禅师）染病不能痊愈，孤云禅师前往桐乡县福严寺与师父诀别，话别良久之后费隐容禅师闭目而逝。就在该年农历四月下旬（浣，即“洗”，唐代定制，官吏十天一次休息沐浴，每月分为上、中、下浣。故“下浣”即“下旬”）孤云禅师临时召集僧众说法，辞别金粟寺。临走只是再三嘱咐大家：“好好牧牛”（“参”是集众说法之意。正式说法称“上堂”，或谓“大参”。“小参”是指禅刹中不定时的说法，多为垂说家风），别无他言。交代完后禅师蓦然拄杖喃喃自语：“现今‘牛’在什么地方？下坡不走快一点，就碰不上了。”（这里孤云禅师交待大家牧牛，其实是嘱咐僧众苦修心性，因为在禅学里面，牛是一个特定意象。唐代禅宗高僧马祖道一就主张以“牧牛”比喻“治心”、“修行”，后代禅师加以发明，唱和的偈颂也更多了。到了宋代，太白山普明禅师作《十牛图》，所绘之牛由黑变白，喻示禅宗修心的十个阶段：未牧、初调、受制、回首、驯伏、无碍、任运、相忘、独照、双泯。其着眼点在于调心证道，以人牛不见、心法双亡为最高境界。）
随后，孤云禅师病转沉重，临终之前，嘱咐弟子：“我一生云游山林萧寺，没有什么积蓄，此去，所余下的衣服被铺都用来买柴火焚化我的佛龛吧。朝死夕焚，分派讣告之后不必多费事，葬礼完全不必遵循世间诸俗礼规矩。东明禅寺要坚持民主选举法嗣的传灯机制，轮流继任住持，以免倒退到混乱状态。”孤云禅师嘱咐完那番话不久便跏趺长逝了，时间正是五月八日酉时，距福严禅师圆寂仅仅迟了四十九天。不久，有人从临海括苍山来，说途中看到孤云禅师与福严法师费隐容着芒鞋拄锡杖携手同上天台山。叹叹，师徒双双驾鹤西归，那姓宋之人所说的，又哪里是空穴来风啊。
孤云禅师一生开设过七个不同的道场（指禅师曾在各处寺院说法），道场讲经二十多年，学徒僧侣云集，禅师都根据各人的佛法悟性和慧根，不知疲倦地教诲度化他们。禅师襟怀坦荡，虚若怀古，视众生皆平等，有前来寻求佛法解脱的，必然一一回应，实在是一代大德高僧。禅师口吐莲花，妙语连珠，谈话高声爽朗，中气十足，每每手挥麈尾谈论佛法，远近之人都倾心聆听，如坐春风。及至空闲时，诸般心绪都发言为诗，所作诗文佛理盎然，潇洒脱俗，当时的高僧齐巳、惠休等人根本不能望其项背。禅师还长于书法，临池狂书行草，自出机杼，并不拘泥碑帖。禅师书法也是从临摹开始起步的，但是渐入佳境后又脱胎换骨自成一家，这恰如禅家修行，顿悟之后折骨还父折肉还母涅盘重生。禅师的书法造诣，即使智永禅师（智永，山阴人，王右军七世孙，右军第五子徽之之后，号“永禅师”。智永善书，书有家法）见了，亦不无佩服。故而当时海内名流贤士都乐于与他相交，又哪里只是刘遗民、雷次宗等文人墨客与佛门惠远禅师的交往称方外椒兰啊！（言下之意即孤云禅师与许多文人雅士亦称君子之交）。
禅师着有《个录》四卷，《诗偈》一卷，《东明志》三卷，门下弟子高徒，自乳峰卓公以下，或在淮扬一带开坛说法，或在吴越之地建立禅院，各自鼎兴，弘扬佛法。而至于其他那些曾经听禅师讲经的善信居士，更是不知其数了。孤云禅师涅盘那天，弟子门徒齐聚佛龛前，膜拜赞颂他的人多达数千。荼毗之后立佛塔，竖于大遮山的山麓。塔上铭文为：
湛公之铭，出无尽手；照耀千秋，余则何有。
粤惟我师，历越六九；万物土置，群言敞帚。
论海经江，决藩辟牖；智珠在胞，宝筏自口。
众难盈口，沉疑悉剖；解虎贮龙，狮搏象吼，
游戏挥毫，睥睨名薮；柢林陨霜，刻期回首。
旧洛天台，师先弟后；神无灭存，超天地久。
壬寅年（1662年），进士出身刑科右给事中、礼科给事中巡视十库监督口米太平两仓户部山东清史邑人张唯杰拜撰。东明禅院继任住持超觉拜书，康熙十五年，丙辰（1667年）仲夏，门下弟子：超卓，超元，海博，超勤，灵藏，智竺，智明，洪约，德昱，普毅，顾周，超周，超灯，超乘，超衍，超忍，超本，超圆，超觉，觉迷，超元，超王，超顺，寂静，超鹫，超岳，照瑞，超智，超心，超玺，超宗，超眼，超启，居士超承，超任立石。“清时有味是无能，闲爱孤云静爱僧。欲把一麾江海去，乐游原上望昭陵”，杜子美的这首七律，嵌着禅师的名讳，可是他当年法号的出处由来？闲爱孤云静爱僧，何等清逸淡泊的境界。孤云禅师一代禅宗冠冕，终其一生，也贯彻了这清静无为的释家精神，一心向道心无杂念，临终还嘱咐座下弟子“山野素无蓄积，所余衣单买薪化龛，朝死夕焚，悉属世法不必沿习”。来去，生死，皆因看淡所以潇洒。世言禅宗悟道之后，折骨还父折肉还母，以“脱胎换骨焕然新生”为终极涅盘，这一副皮囊这一出色相，到了真正得道的宿衲眼中到头来原都是一个“空”字。生如寄，死如归，性水沉明之后心珠自现，照见五蕴皆空——这尘世走一遭，真正带得走什么呢。想通了，看透了，也就一心如水，处处相平了。然而浮躁的当下，文化成了炒作，清净佛地也沦为旅游创汇的手段，本城内重建后的香积寺，商业气息浸淫，寺内居然对远道而来拜谒智缺禅师的佛门子弟也一例收起了门票。可笑由朝至夕，四方檀越们依然香车宝马纷至沓来心甘情愿地做个有脚荷包，只不过，功德箱里放进去的香火钱，不再是渡人而是为自己修来世，说到底终不过是对佛祖的贿赂罢了。而如今重建禅院、当地方上盛情相邀“请住东明”的时候——几百年前的祖师爷们，每次受邀总会秉着普度众生的宏教大志欣然前往，哪管风餐露宿，哪管豺狼虎豹——而现的一些空门中人则会计较佛寺名气的大小、位置的都鄙、薪俸的高低，乃至公然谈条件讲福利。这些都是后世的小和尚念歪了祖宗经，不由得教人慨叹人心不古世道浇漓……滚滚滚滚的红尘，将每一个人都颠簸得意马共心猿，驰骛了外道，还未付出，只计回报。须知布施为六度之首啊——空门内八宝莲花座上佛说诸法，有五色光从口中出，普照十方世界：“功德林中，作福为先，六度万行，布施为首……”可是，那样空明澄澈的花雨雷音，点破天机，点不破人心。
人，从来是本最难读懂的经。