然而，苏轼的厄运才刚刚开始。谪居杭州洞霄宫数年的章惇，此时已奉诏回朝，任尚书左仆射兼门下侍郎。章惇官拜宰相，以他一贯的悍厉作风，必会将元祐诸臣斩草除根，首当其冲的便是与他有四十年故谊的苏轼。
章惇能回朝因为是哲宗看章惇拥护神宗变法新政最为坚决，元丰年间拜相时政风果敢，多次被贬在外却矢志不渝，最堪倚用。章惇拜相的消息很快传开了。这天，一艘巨大豪华的舫船停泊在杭州运河的码头。众多达官贵人在码头上排着长长的队，等候新任宰相的召见。一见章惇等人出来，众人“呼啦”一下拥上去，请求单独召见：“相公，请先召见我。”“相公，我等您多时了！”
正巧这时秦观来了。他刚被以“影附苏轼，增损先帝《实录》”的罪名，由杭州通判贬为处州监税。章惇请宣旨官带话，要他到船上一见。章惇远远见了他，忙请他上船，对众人却正眼瞧也不瞧，淡淡地敷衍：“诸位贤达，请少安毋躁，本相尚有公务在身，请回吧。”
秦观走上船，恭贺章惇荣升宰相。章惇笑得合不拢嘴，热情地请他到船舱中喝茶一叙。原来，章惇听说秦观被贬为处州监税，要邀请他做相府秘书。秦观起身施礼，婉拒道：“承蒙相公错爱，下官戴罪伏入相门，恐对相公不便。”章惇站起来摆手说：“不妨，本相奏明圣上即是。”
见秦观仍面有难色，章惇皱眉问道：“这有何难？”秦观道：“相公若不与苏公决裂，少游自当乐从。但时下二公南辕北辙，少游若依附相公，则会背上‘叛师’之名。少游焉能做此苟且之事？”章惇赞许道：“有节、有风，章某就喜欢你这种人。”
章惇指着码头上的那些人，不屑地说：“看到那些人了吗？在我被贬冷落在这洞霄宫时，这些人何曾把章某放在眼中。”又回过头来看着秦观，赞道：“少游你就不同了，仍把老夫视为上宾，柴米油盐，一切生计之物及时相送，不曾一日怠慢章某一家人。患难之时知真情，逆境之中辨君子！章某曾三次被贬，深知世态炎凉，人情冷暖。”秦观连连摆手：“相公过誉了，此乃少游分内之事，举手之劳。是恩师苏公特别嘱咐关照，少游乃遵师命而为之。”
章惇见秦观不为所动，又以富贵相诱：“你若入我之门，高官任你坐，美差任你选，享不尽荣华富贵。怎么样？”秦观听了这话，不由得面露愠色：“相公把秦观看成何种人了？”章惇傲然道：“时下章某一人之下，万万人之上，你入老夫门下，不比跟着苏轼穷困潦倒好吗？”秦观听他说得越发不入耳，怒道：“相公差矣。古往今来，不缺宰相，就缺苏东坡。宰相千千万万，但东坡先生仅有一人。”
章惇大怒，猛一拍桌子，震得茶杯掉下来摔得粉碎，茶水四下里横流。他走到窗前，指着窗外的运河，怒气冲冲地说：“不错！前些年，这条运河积淤甚厚，这样的大船已经行不通。现在好了，水深八尺，船行通畅。可苏轼又怎能料到，疏浚此河也不过是为章某开了一条通天水路！”秦观冷笑道：“祖宗积德行善，做好事，自知利不在己而在后人，但祖宗还是祖宗！”说罢，也不告辞，转身而去。
章惇先是一脸惊愕，回过神来，气得咬牙切齿，大骂：“不识抬举！”对着秦观的背影，两眼瞪得如怒牛一般，扶着桌子，浑身发抖。
如此一来，章惇更感到“蜀党”的团结与强大，视之为执政的最大障碍，一定要除之而后快。回到朝中，“一朝权在手，便把令来行”。章惇决意痛下杀手，将“蜀党”连根拔起，赶尽杀绝，其他元祐诸臣也一个不留，可谓“除恶务尽”。其实，苏轼他们哪里有什么党，不过是志同道合的君子之交；然而，“君子无罪，怀璧其罪”，自古如此。
这日，章惇把蔡京请来，说：“本相三度被贬，零落江湖之远，其中忧苦只有自知。最难耐者是自司马光为相以来，独揽权柄，不务绍述先烈，肆意大改新政，以奸邪误国！而今本相主政，当一举荡涤元祐诸党，将诽谤诬诋、变乱法度者清除君侧，绍述先帝之策，重整新政大计，以告天下，福泽大宋。此乃你我责无旁贷之事！”蔡京惯于做戏，当即便眼含热泪，站起来慷慨激昂地表忠心：“下官誓死追随宰相，但凭驱驰！”
章惇点头赞许，示意他坐下，又道：“‘百足之虫，死而不僵。’大局初定，有隙可乘。故而此时断不可心慈手软，居安忘危。元祐诸大臣当贬谪的则贬谪，子弟当禁锢的则禁锢，家产当籍没的则籍没。”蔡京最能揣摩人意，凑上去迎合道：“对苏轼和范祖禹等人，尤其不可等闲视之。他们随时都可东山再起。”章惇毅然决然地说：“自本相与苏轼恩断义绝之后，已没有交情，只有公义！”蔡京谄笑道：“下官明白，知道怎么做了。”
章惇做事向来雷厉风行，再加上蔡京、蔡卞这两个得力的帮手，没过几日，就将两范先后罢去，“蜀党”悉数扫地出京。右相范纯仁以观文殿大学士出知颍州，范祖禹以龙图阁学士出知陕州。苏辙贬汝州军州事，黄庭坚贬涪州别驾，晁补之出知蕲州。
苏轼的贬谪更富有戏剧性。绍圣元年四月，依附章惇的御史虞册、殿中侍御史来之邵弹劾苏轼以前在起草制诰诏令中“语涉讥讪”、“讥斥先朝”，结果苏轼落两职，即取消端明殿学士、翰林侍读学士的称号，追夺一官，即取消定州知州之任，以左朝奉郎知英州，诰命天下。虞策还认为“罪罚未当”，又降官为“充左承议郎”（正六品以下）。六月，苏轼赴贬所，行至安徽当涂时，又被贬为建昌军司马，惠州安置。途经江西卢陵又被贬宁远军节度副使（地位比“司马”低的官员）仍惠州安置。
章惇最大的眼中钉是苏轼。苏轼无论怎样被贬，在文人之中的地位始终撼动不了，更兼为政、治军都很有手段，实为全才、奇才。元祐诸臣中，吕大防、刘挚等人都是已死之虎，只有一个苏轼能高举元祐大旗。章惇生怕一旦有个风吹草动，苏轼就会卷土重来，故而又对他下了第三纸贬书，将他远谪到惠州。那里常闹瘟疫，外乡人水土不服，贬官多不能生还。章惇此举，就是要让苏轼有去无回，埋骨在岭南荒野之地。
元祐重臣三十多人被贬，天下官员受牵连者达三百之多。就连王岩叟这样的官场不倒翁，也被算作元祐党人。他在御史台监狱中还大喊大叫：“我能算元祐党人吗？我多次弹劾过苏轼！”何钦听了这话，阴笑着骂了句：“没有骨头的东西！”命两个狱卒开了牢门，把他往死里打。经过一顿拳打脚踢，外加鞭子抽、棍子揍，王岩叟七窃流血，体无完肤，连惨叫和动弹的力气也没有了。
章惇等人如此丧心病狂，连曾布都看不过去了。曾布与苏轼同岁，又是同年进士，又同是欧阳修的门生，虽政见不合，但元祐时期苏氏兄弟对他并没有施加过一丝迫害。几十年宦海浮沉，风雨历尽，甘苦备尝，回想年轻时的争强好胜、好狠斗蛮，曾布心中颇有悔意。见苏轼此番凶多吉少，他多次劝告章惇手下留情，当心鸟尽弓藏，兔死狗烹。但章惇无动于衷，不肯善罢甘休。
但章惇始料不及的是，他推许秦观的那句“患难之时知真情，逆境之中辨君子”，此时用在一干“蜀党”身上再恰当不过。苏轼的好友中高风亮节者大有人在，这对章惇来说简直就是莫大的讽刺，让他心中更加忌恨。
这日，晁补之带着一家老小前往蕲州赴任。他生性清高耿介，不事干谒，虽为官有年，却一直未脱穷苦之境，自诩一身穷骨。这次被贬，也不甚在意。出了城门，正巧见李公麟骑马而来，忙迎上去热情地打招呼。不想李公麟见了他，忙打开纸扇遮住脸，勒着马避开他，一溜烟儿进了城门。
晁补之怒不可遏，当即翻身下马，将马车带向路边，忙不迭地连声大嚷，让夫人把车上李公麟的字画悉数取出来，又让童儿快些点火烧个精光。许多人好奇地围拢上来，一见烧的是李公麟的画，眼看已烧了两幅，都大惊失色，议论纷纷，痛惜不已：“这可是千金难买啊！”
夫人也不敢深劝，不解地问道：“此乃名画，价值连城，相公何以付之一炬？”晁补之怒道：“它在我眼中就是狗屎一堆！如此势利小人，与之恩断义绝！”又喝命，“烧！”
正巧这时米芾从外地回来，路过这里，听了围观者的议论，不由得大吃一惊，忙挤进人群，问道：“无咎兄，慢来慢来！怎把龙眠字画烧掉呢？”有人见了那一身唐装，认出他就是与李公麟齐名的大书画家米芾，一时都惊叹起来。
晁补之说明原委，围观者纷纷摇头叹气。米芾竟比晁补之还生气，把地上一时没烧的画捡起，撕得七零八落，喊道：“童儿，烧！《西园雅集》！《西园雅集》！呸！”又把撕出的纸条、纸片丢到地上，在上头连跺几脚，夺过童子手中的火把，亲自烧得一干二净，道：“此乃第一把火，我回府后再烧第二把，断不能留这腌臜货在世！”眼看都烧成了灰，又往灰上踏了几脚，把烟也踩熄了，才算解了些气。
米芾丢下火把，拍手叫了声“痛快”，转身对晁补之道：“我当以酒送行，咱们西池一饮。”晁补之忙摇手婉谢：“贤弟之意，愚兄心领了。愚兄如今是坐罪之人，西池乃达官贵人聚会之地，会连累你的。”米芾眼一瞪，扭头道：“达官贵人算个什么东西，他们去的地方我偏要去！”
见晁补之还在犹豫，米芾不由分说，拉起他就走：“你跟我走就是。苏公从不以画换钱，今儿我米芾就是要以画换钱，西池买酒，为兄送行。我就是要给那个姓李的看看，免得别人说画院中没有好人！”众人都赞叹：“这才是真义气！”“李公麟与米芾画品不相上下，但没有米博士的人品！”
这日，黄庭坚赶去京外为范祖禹送别。范祖禹正在长亭中与送行的几位朋友饮酒，见他策马而来，放下酒杯，十分惊喜地说：“鲁直！你不是也被贬了吗？怎么还来送我呢？”黄庭坚翻身下马，施礼道：“焉能不送呢！你我一别，还不知何年何月才能相见。”二人不免唏嘘。
黄庭坚此次被贬，罪名是在《神宗实录》中讪谤先帝。范祖禹后悔当初不该邀他一同编修，十分歉疚。黄庭坚对此倒十分释然，反劝道：“淳甫公，不能这么说。但凡害人，何患无辞。连令叔父范百禄作古之人都不放过，对活着的人就可想而知了。”
范祖禹摇头叹道：“‘覆巢之下，焉有完卵。’章惇已给你们的大先生下了第三道贬书了。”黄庭坚怅然道：“垂老投荒千万里，先生一去到何时……”范祖禹愤然道：“还有更令人痛心之事。我听说，章惇、蔡京之流，扬言要对司马公和吕公著掘墓鞭尸！”黄庭坚不由得“啊”了一声，久久说不出话来。
章惇等人迫害元祐诸臣已红了眼，活着的固然在劫难逃，他们还要将司马光、吕公著掘墓鞭尸，更有甚者，连太皇太后也不肯放过。在他们眼里，太皇太后就是元祐之政的“元凶首恶”。一干臣子对死去的太皇太后下毒手，实在是闻所未闻，可谓前无古人、后无来者。
这日，章惇等人在崇政殿奏事。哲宗说起九年的傀儡皇帝生涯，难过得落下泪来。章惇和蔡京交换了一下眼色，心中登时会意。章惇奏道：“元祐之政，陛下虽为皇帝，但天下权柄全部掌握在太皇太后一人之手。期间若非是迫于公愤，陛下之龙位早被太皇太后之子夺去。太皇太后实为汉之吕后、唐之则天。众臣一致请求，撤去太皇太后灵位！”哲宗虽记恨太皇太后独揽大权，却还没有烧昏头脑，做不出这等大逆不道的事，于是断然否决：“不可！朕将来有何脸面去见先人？不准再出此言！”
蔡京见机奏道：“太皇太后灵位可以不去，但司马光、吕公著罪大恶极，是为元祐元凶，必须治罪！”哲宗一愣，问道：“人都死了，如何治罪？”蔡京恨声道：“掘墓鞭尸，剥夺其一切爵位。”与此同时，章惇脱口而出：“撤去其子孙承袭的一切待遇！”
哲宗一时拿不定主意，退朝后，拿此事问梁惟简：“朝堂之上，许多大臣提议对司马光刨坟掘墓。你有年纪，也见得多了，你以为如何？”梁惟简躬身赔笑道：“微臣斗胆乱说了。司马光再有罪过，也不至于此。刨坟掘墓，岂是盛世所为？”哲宗悚然一惊，大为所动。
哲宗又问道：“有人提议毁掉《资治通鉴》一书，你以为如何？”梁惟简忙摆手道：“哎呀，陛下，使不得，使不得！《资治通鉴》序言乃先帝亲笔书就。若毁此书，岂不是对先帝大不敬吗？”哲宗当下恍然，颔首不语。
至此，将司马光刨坟掘墓的动议被哲宗否决，议毁《资治通鉴》一事也不了了之。章惇等人得知是梁惟简进言所致，视之为司马光之余党，发狠要除掉他。梁惟简一时忠直进言，不料却给自己招致杀身之祸。
次日，章惇等人又诬言太皇太后当年有另立新君的企图。哲宗不悦地摆手道：“好了，好了，太皇太后是女中尧舜，绝无另立新君之意，此事不要再提了。”章惇还不死心，又说：“但此事早在元祐时就已盛传，如今传言复炽。此事关乎国本，谁敢无端造谣？恐怕绝非空穴来风。”顿了一顿，加重语气：“臣还听说，有多位元祐大臣曾参与此事。”
哲宗疑云满面，“啊”了一声，脸色骤变，忙站起来问道：“朕前次听说过苏轼涉嫌，但并无证据。章卿家，你又听说有谁？”章惇道：“此事非同小可，臣当知无不言，言无不尽。传言司马光和王珪等人皆有此意。”