如果周敦颐的太极本体仅仅停留于此而不与人极相沟通，仍然属于纯粹的自然主义的范畴，蔽于天而不知人，与道家道教划不开界限。最能表现出周敦颐的理学思想特色的，是《通书》中论诚的两章。他说：诚者，圣人之本。“大哉乾元，万物资始”，诚之源也。“乾道变化，各正性命”，诚斯立焉。纯粹至善者也。故日：“一阴一阳之谓道，继之者善也，成之者性也”。元、亨，诚之通；利、贞，诚之复。
大哉《易地，性命之源乎。(《诚上第一》圣，诚而已矣。诚，五常之本，百行之源也。静无而动有，是正而明达也。五常百行，非诚，非也，邪暗，塞也。故诚则无事矣。至易而行难。果而确，无难焉。故曰：“一日克己复礼，天下归仁焉”。
可以看出，这两章的基本思路在于采用《易》、《庸》互训的方法，论证诚为天道的本质属性，力图沟通天道与性命之间的关系，为儒家的道德本体论确立一个天道自然的哲学基础。诚这个范畴是根据人们的道德实践抽象概括出来的，指的是道德实践中的高度自觉的心理状态，也泛指“诚于中，发形于外”的真实无妄的道德品质。《中庸》把诚提升到天人关系的哲学高度进行论证，指出：“诚者，天之道也。诚之者，人之道也”。但是，这种论证过于简单，并没有具体回答何以天道具有伦理的属性而以诚为本质的问题，不能令人信服，特别是不能使道家信服。道家认为，“天地不仁”，天道自然无为，根本不具有伦理的属性，因而儒家以诚作为天道本质的说法，也就缺乏客观确实性的根据。这是儒家建立道德本体论所面临的一道理论难题，自汉唐以来，一直未能解决。李翱作《复性书》，试图沿袭《中庸》的思路来解决这道难题，结果归于失败。因为《中庸》所谓的天，并不是指称客观的自然之天，而仅仅是人性本质的外化，虽然提出了“诚者天之道也”地命题，实际上不过是根据人道的价值理想来塑造天道，反过来又用这个被塑造了的天道作为人道的价值理想的根据，这种循环论证的方法，在逻辑上很难成立。苏武作《东坡易传》，沿袭道家的思路，认为天道自然，无善无恶，人性源于天道，故人性的本质亦为无善无恶的自然本性和生理本能。按照这种说法，则把人降低为与禽兽相等同的地位，不能解释人的道德价值的源泉，当然也无法为儒家建立一个道德本体论。周敦颐在此两章所贯彻的思路既不同于李翱，也不同于苏武，而是忠实地继承了《周易》原有的那种儒道互补的思路，一方面把天道看作是由一阴一阳所支配的客观外在的自然运行的过程，另一方面又把天道看作是与人性的本质有着内在的联结，“继之者善也”，人之善性源于天道之纯粹至善，这就成功地解决了这道难题，论证了诚也是自然天道的一个本质属性。
《周易》以“一阴一阳之谓道”为“性命之理”，这个性命之理是统天、地、人而言的，天地人物，莫不有阴阳，莫不受此性命之理的支配，人作为其中的一个组成部分，是隶属于宇宙之全体的。宇宙是一个生不已、大化流行的实在，就其生成的全过程而言，表现为元、亨、利、贞四德，元者万物之始，亨者万物之长，利者万物之遂，贞者万物之成。就其内部的机制而言，则以乾健为统率，以坤顺为从属，动而生阳，静而生阴，协调并济，共同构成天人整体的和谐。周敦颐称此和谐而洋溢着蓬勃生机的宇宙为“纯粹至善”，也就是诚。诚者，至实而无妄，自然而无为，是性命之理的最基本的表德，囊括天人，通贯物我，既是宇宙自然秩序之本然，也是人性本质之当然。但是，诚毕竟是一个伦理的范畴，主要用于表述人性的本质，尽管人性的本质源于天道之纯粹至善，为了沟通天人关系，关键却在于一个继字，继之则善，不继则不善。所谓“继之者善也”，是就本源的意义而言的，人若不继承天道之阴阳，就没有本源意义的善。“成之者性也”，是就主体性的原则而言的，人若不主动实现此本源意义的善，就不可能凝成而为性。因此，元、亨为诚之通，利、贞为诚之复，通者善之继也，复者性之成也，乾之四德也具有伦理的价值属性，表现了人性本质生成的全过程。
就本源的意义而言，人无有不善，这是普遍的人性，对于任何人都是适用的。但是就实际的表现而言，则有不同的程度之差。把人性实现得完满无缺的最高典范是圣人，其所以如此，是因为圣人以诚为本，能够全此实理，达到了天人合一的境界，圣即诚，诚即圣，“诚者，圣人之本”，“圣，诚而已矣”。因此，诚作为道德的本体，是五常之本，百行之源，五常百行，社会中的一切道德规范和道德行为，如果不以诚为本而为邪暗所塞，那就是根本错误。周敦颐通过这一番论证。为理学的天道性命之学奠定了一个坚实的理论基础。以后的理学家言性命必上溯天道，言天道必落实于性命，而以诚这个范畴作为沟通天道与性命的中心环节。
朱熹释诚，认为“诚即所谓太极也”，这可能超出了周敦颐的原意。周敦颐只是说诚以乾元为本源，依赖乾道之变化而始成立，故诚并非太极本身，而是太极的一种本质属性。太极属于宇宙论的范畴，诚则是一个心性论的范畴。就诚作为“五常之本，百行之源”而言，其着重点是人极而非太极。在周敦颐的体系中，太极是宇宙的本体，诚是心脏的本体，道德的本体。人极本于太极，心性本于天道，虽然分属于两个领域，合而言之，仍然是一个一元论的体系。既然诚是心注和道德的本体，必然有体有用，展现为一个本体论的结构，而落实于心注修养层面，也必然包含有本体与方法的内容。周敦颐在《通书》以下几章围绕着这些问题展开了论述。他说：诚，无为；几，善恶。德，爱曰仁，宜曰义，理日礼，通日智，守曰信。性焉、安焉之谓圣。复焉、执焉之谓贤。发微不可见，充周不可穷之谓神。
寂然不动者，诚也；感而遂通者，神也；动而未形、有无之间者，几也。诚精故明，神应故妙，几微动幽。诚、神、儿，曰圣人。(《圣第四》动而正，曰道。用而和，曰德。匪仁，匪义，匪礼，匪智匪信，悉邓矣。邪动，辱也；甚焉，害也。故君子慎动。
性者，刚柔、善恶，中而已矣。
刚善，为义，为直，为断，为严毅，为干固；恶，为猛，为隘，为强梁。柔善，为慈，为顺，为巽；恶，为懦弱，为无断，为邪佞。
惟中也者，和也，中节也，天下之达道也，圣人之事也。
教圣人立教，傅人自易其恶，自至其中而止矣。
无思，本也；思通，用也。几动于彼，诚动于此。无思而无不通，为圣人。不思，则不能通微；不睿，则不能无不通。
是则无不通，生于通微，通微，生于思。故思者，圣功之本，而吉凶之几也。
可以看出，周敦颐在这几章所阐发的思想，虽然都是本于《周易》，但却偏重于内在的心注，而没有顾及外在于心注的客观自然之理。这也是理学诠释《周易》的理论特色，表现了理学家的基本思路。《系辞》曾说：“《易》，无思也，无为也，寂然不动，感而遂通天下之故，非天下之至神，其孰能与于此”。周敦颐本此说以明小生之体无思无为，其发而为用，则见几通微，无所不通，神妙万物，充周而不可穷。凡是《周易》的一个重要的概念，指客观事物外界环境中的阴阳变化的苗头，吉凶祸福的先兆。《系辞》曾说：“夫《易》，圣人之所以极深而研几也。唯深也，故能通天下之志；唯几电，故能成天下之务”。这是认为，极深的目的在于教人深刻地掌握阴阳变化的客观规律，研几的目的在于帮助人们通权达变，去建功立业，成就天下的事务。所谓极深研几，主要是用于外上层面的经世致用，而不是用于内圣层面的心注修养。周敦颐则把对几的理解由外工引向内圣，从心注论的角度来诠释，认为凡是心注变化的苗头，善恶之分的先兆。
就心控之体而言，无思无为，本然而未发，源于纯粹至善之天道，其本质为善，名之曰诚。当其感于物而动，一念初动，动而未形，介于已发未发之间，则有善有恶，名之曰几。所以说，“诚，无为；几，善恶”。
诚必发而为几，诚为静，几为动，动而正为善，动而邪为恶，因而善恶之分即正邪之分。所谓正邪，是以仁、义、礼、智、信这五种伦理规范作为判断标准的，符合规范的为正，违反规范的为邪。这五种伦理规范虽是客观外在的，其实源于内在的五常之性，统称为德。德的本质是“用而和”。和就是阴阳刚柔两种性质配合得恰到好处，和谐统一，无过无不及，这也就是中。朱熹认为，周敦颐以和为中，与《中庸》不合。因为《中庸》说：“喜怒哀乐之未发，谓之中。发而皆中节，谓之和”。周敦颐则字就已发而言，把中理解为“发而皆中节”的意思。这种理解是本于《周易》的。《周易》认为，刚不必善，柔不必恶，刚若不与柔相配合，则为猛，为隘，为强架，柔若不与刚相配合，则为懦弱，为无断，为邪佞，只有刚柔并济，协调配合，才能无过无不及，而形成～种中和之美。因而中既是判断善恶正邪的标准，也是道德实践所追求的最高目标。周敦颐认为，圣人与天地合其德，诚无不立，几无不明，德无不备，感而逐通，而自然合乎仁义中正之道，故“诚、神、几，自圣人”。圣人之所以能够如此，关键在于圣人以无思为本，以思通为用，“几动干彼，诚动于此”。因此，人们应该学习圣人的榜样，以思为圣功之本，在一念初动、善恶未着之际，见几通微，戒棋谨慎，俗守中道，执着保持。这就是学习做圣火的心注修养的下手工夫。
周敦颐接着提出了心注修养三个不同等级的追求目标：“圣希天，贤希圣，士希贤”。《志学第十》圣人追求与天同体，以天道之诚为本，做到静虚动直，明通公薄，这是心任修养的最高目标。实际上，圣人独得于天，本全于己，先天的禀赋最完美，不必通过心注修养，率性而行，便能达到这个目标，其所以仍说“圣希天”，只是强调圣人的道德行为有着宇宙论的本源依据，以天为法。贤人的禀赋不及圣人，必须学知利行，自明而诚，以圣为法，追求达到圣人的境界。至于一般的土人，则必须困知勉行，“志伊尹之所志，学颜子之所学”，追求达到贤人的境界。虽然圣人、贤人、士人追求的目标不同，所能达到的境界有异，但是共同的主旨都是为了完满地实现自己的道德本性，做一个真正的人。这是一种道德价值的追求，如果把道德价值追求到手，则富贵尊荣，常泰无不足，得到一种很大的快乐。《师友上第二十四》说：“天地间，至尊者道，至贵者德而已矣。至难得者人，人而至难得者，道德有于身而已矣”。《富贵第三十三》说：“君子以道充为贵，身安为富，故常泰无不足。而林视轩冕，尘视金玉，其重无加焉尔”。《颜子第二十三》说：“夫富贵，人所爱也。颜子不爱不求，而乐乎贫者，独何心哉？天地间有至贵至富可爱可求，而异乎彼者，见其大，而忘其小焉耳。见其大则心泰，心泰则无不足。无不足则富贵贫贱处之一也”。所谓“心泰”，就是一种宁静闲适、超然物外、活然自得的精神境界，也就是后来理学家所着意探寻的“孔颜乐处”。这种精神境界是通过道德价值的追求而后达到的，虽然立足于太极，但却“廓之配天地”，而与太极相通，既有浓郁的人文情怀，也有深沉的宇宙意识，与佛道二教的那种蔑弃伦理纲常、脱离名教的修养方法和修养目标有着根本性的不同。
周敦颐按照这条思路，一方面由太极以立人极，以诚作为道德本体，从理论上回答了人在宇宙中的地位以及人之所以为人的本质问题，另一方面又落实于心胜修养层面，从实践上回答了“名教中自有乐地”、“儒者自有名教可乐”的问题，其探索的重点偏于心性内圣之学。虽然如此，周敦颐在《通书》中也论述了许多有关经世外王的问题，不仅只是表达了儒家的道德理想，而且也力求由内圣通向外王，表达了儒家的政治理想和社会理想。比如周敦颐认为，儒家的政治理想是追求“顺化”。所谓顺化，就是顺应天道以阴阳生成万物的自然和谐的规律，以仁育万物，以义正万民，做到政善民安，大顺大化而不见其迹。儒家的社会理想是追求制礼作乐。“礼，理也；乐，和也”。礼的本质是理)顺各种人际关系，使之有条不紊，井然有序。
乐的本质是使各种不同身份地位的人相亲相爱，和睦融洽。礼着眼于阴阳之分，有分始能有序。乐着眼于阴阳之合，有合始能上下和亲而不相怨，把社会凝聚成一个整体。儒家的道德理想所追求的“纯心”，是从属于外王事业，实现这种政治理想和社会理想的一种必要的手段。因为“心纯则贤才辅。贤才辅则天下治”。周敦颐依据《周易》的阴阳哲学的原理，把作为整体性的儒家文化价值理想归结为“太和”。《乾卦·家传》说：“乾道变化，各正性命，保合太和，乃利贞。首出庶物，万国咸宁”。太和即天入整体的最高的和谐，既指宇宙自然的和谐，也指社会人际关系的和谐。周敦颐认为，这种太和就是儒家所追求的最高的价值理想。《乐上第十七》说：“古者圣王制礼法，修教化，三纲正，九畴叙，百姓太和，万物咸若”。这是就社会人际关系的和谐而言的。《乐中第十八》说：“故圣人作乐，以宣畅其和心，达于天地，天地之气，感而大和焉。天地和，则万物顺”。这是就宇宙自然的和谐而言的。周敦颐把太和树立为儒家的整体性的价值理想，对后来的理学家产生了深远的影响。
张载的《正蒙》以太和开篇，并且认为太和即是太极，这个思想是直接受到周敦颐的启发而后形成的。由此看来，周敦颐的思想尽管有所偏重，仍然是一种天人整体之学，一种内圣外王之道，应该置于儒学的大传统中进行全面的把握，而不能仅仅以道德理想主义或心住内圣之学这些片面的词语来概括。