“道生一，一生二，二生三，三生万物”。这几段言论，表面上看是在讲生成论，其实也讲了本体论，本体论的思想蕴含在生成论之中，尚未完全独立分化出来。后人常常用《易》、《老》互训的方法，或以《易》解《老》，或以《老》解《易》，有的着重阐发其中的生成论的思想，有的则把本体论突出为首位，由此而形成为一种常规。比如汉代的京房在其《易传》中曾说：“且《易》者，包备有无”。“从无入有，见灾于星辰也。从有入无，见象于阴阳也”。“六文上下，天地阴阳，运转有无之象，配乎人事”。郑玄注《易纬》之文云：“太易，无也，太极，有也。太易从无人有，圣人知太易，有理有形，故口太易”。“生与性，天道精，还复归本体，亦是从无入有”。“夫惟虚无也，故能感天下之动”。可以看出，汉代的象数派易学早已运用老子的有无范畴来阐发易义，虽然着重讲“有生于无”的宇宙生成，但也讲了“还复归本体”的问题。魏晋时期的义理派的易学把“有生于无”的命题转化为“以无为本”，着重讲本体论，把太极归结为无，认为“太极者，无称之称，不可得而名，取有之所极，况之太极者也”。虽然如此，这种本体论仍然与“有生于无”的生成论纠缠扭结在一起，比如韩康伯在《系辞注》又认为，“夫有必始于无，故太极生两仪也”。孔颖达在《周易正义》中将太极释为“元气混而为一”，同时又称之为“太一虚无”，认为“言此其一不用者，是易之太极之虚无也。无形即无数也。凡有皆从无而来，故易从太一为始也”。这种情况在道教着作中也表现得十分突出。比如成玄英在《老子义疏》中释“天下之物生于有，有生于无”说：“有，应道也，所谓元一之气也。元一抄本，所谓冥寂之地也。言天地万物皆队应道有法而生，即此应道，从抄本而起，元平妙本，即至无也”。元一妙本指元一之气的根本，即遭的本体，这个本体是无。有是应道，即道的作用，用由体而起。成立英认为，有生于无就是由体起用的意思。据此而论，则元气乃“无中之有，有中之无”，既有生成的功能，也有本体论的意义。从这个角度来看，周敦颐的“无极而太极”实际上是对自先秦以迫于汉唐儒道两家关于本源问题研究成果的一种提炼和总结，既是一个生成论的命题，也是一个本体论的命题。陆象山因其以《老》解《易》，混杂了老氏“有生于无”之旨，而斥之为非儒学正宗，固然有关于偏颇；朱熹则因强调其本体论的意义而否认其与“有生于无”的关系，也不符合事实。就周敦颐本人的意思而言，他十分重视自然的生意。“周茂叔窗前草不除。问之，云：与自家意思一般”。“观天地生物气象”。这些常为后人称道的言行，表明他对生意的重视，意识到生成应该是本体的一个本质属性，讲本体不能脱离生成。这也是继承了儒道两家对宇宙的传统看法而来，与佛教有着根本性的不同。佛教把宇宙看作是由生灭妄想所变之境，本身是虚幻不实，称之为假有，人们不应执迷于此假有，而应返照心源，复归于涅维静寂。中国的传统思想则从来不曾怀疑宇宙的客观存在，一向把宇宙看作是一个生生不已大化流行的整体，肯定其为实有。《周易》所说的“生生之谓易”，“天地之大德曰生”，对这种以生意为特征的宇宙观作了经典性的表述。既然宇宙充满着生意，是一个带着诗意的感性光辉对人的全身心发出微笑的客观存在，那么它一方面是天地万物生成的本源，另一方面又是天地万物所不得不由、不得不依、不得不归的本体，因而在中国的宇宙论中，讲生成不能脱离本体，讲本体不能脱离生成，自是题中的应有之义。但是，生成与本体毕竟是两个性质不相同的问题，生成问题是一个具体的实证科学的问题，而本体问题则是一个抽象的思、辨哲学的问题，如果把这两个问题混在一起来讲，必然产生歧义，引起许多理论上的困难。比如老子所说的“有生于无”，作为一种科学的假说或天才的猜测，应该承认是无可厚非，现代的宇宙学至今仍以有生于无的大爆破理论来解答宇宙起源的问题，假说是否成立，有待于实证经验的检验。至于拿这个命题来作为哲学本体论的理论基础，在逻辑上则很难站住脚。因此，王迅的玄学不大讲“有生于无”，而着重讲“以无为本”。但是，无究竟是什么，也很难说。王弼的本意是指无形无名的本体，裴危的《崇有论》却把无理解为非存在，认为存在不能从非存在产生，对王润大肆攻击。周敦颐的“无极而太极”的命题受到陆象山的攻击，与当年玄学所经历的情形是十分类似的。周敦颐以后，张载明确申言，“大易不言有无，言有无，诸子之陋也”。
张载从根本上否定了以有无言易的玄学思路，直接以太和氤氲之气作为宇宙的本体。到了程颐提出了“体用一源”的命题，这才确定了以体用言易的理学思路，从而避免了歧义，建立了一个较为纯粹的本体论的结构。按照这条思路，生成是本体所固有的功能，即体起用，用不离体，自然的生意本身即是大化流行的道体，人们用不着像以往那样搜集具体的实证材料去描述生成的过程，而可以直接通过自己的生命体验去与道体相契合。由此可以看出，理学的这条思路高于玄学。周敦颐是从直学向理学转化的关键人物，他的“无极而太极”
的命题同时蕴含着生成论与本体论两层含义，说明这个转化的过程尚未完成，但是他由“观天地生物气象”以契入道体的用心所在，以及淡化“有生于无”的色彩，把生成作为一种本质属性纳入本体论结构中来的努力，也说明他确实是为后来的理学开拓了一条崭新的思路。
《太极图说》以“无极而太极”开篇，下边接着说：“太极动而生阳，动极而静，静而生阴。静极复动。一动一静，互为其根；分阴分阳，两仪立焉”。这是依据汉唐易说对《周易》“易有太极，是生两议”之文的具体的诠释。《易纬乾凿度》曾说：“夫有形生于无形，乾坤安从生”？从生成论的角度来看，人们必然要从有形的天地追问到宇宙的最原始的状态，而归结为无形的混饨。《易纬》提出了“五重运转”之说来回答这个问题。周敦颐用“无极”这个范畴概括了太易、太初、太始、太素四个阶段，认为太极是由无极自然演化而来。太极是淳和未分之气，由于一动一静的相互作用而分明分阳，这就产生了两议。一动一静是太极的内在的机制，是分阴分阳的最基本的原动力。阴阳既分，于是“阳变阴合，而生水、火、木、金、土。五气顺布，四时行焉”。阴阳是气，五行也是气，万物化生都是由于阴阳五行的交感配合，称之为“二五之精，妙合而凝”，整个宇宙完全是一种气化的过程，由此而大化流行，生生不已，变化无穷。周敦颐接着依据郑直所说的“还复归本体”的思想逆而上推，指出，“五行，一阴阳也；阴阳，一太极也；太极，本无极也”。朱高也是着眼于其中的本体论的思想诠释说：“盖五行异质，四时异气，而皆不能外乎阴阳；阴阳异位，动静异时，而皆不能离乎太极。至于所以为太极者，又初无声臭之可言，是性之本体然也。”这种诠释应该说是符合周敦颐的原意的。由此可以看出，周敦颐在言太极部分中，一方面按照顺而下推的思路描述了宇宙生成的具体的过程，另一方面又按照逆而上推的思路指出宇宙的本体即寓于此生成的过程之中。把这两条思路结合起来，意思是说，离开生成，别无本体，本体即是大化流行的本身，必然发而为用，不外乎生成。就这种宇宙论的思想实质而言，基本上是本于汉唐以来儒道两家所共同持有之太极元气说，也与宋代刘牧、司马光、苏武言天道的思想相吻合，属于纯粹的自然主义的范畴。
在言人极部分中，周敦颐说：“催人也，得其秀而最灵。形既生矣，神发知矣，五性感动，而善恶分，万事出矣。圣人定之以中正仁义，而主静，立人权焉”。这一段言论也贯穿了两条思路。第一条思路是把人和宇宙联系起来，说明人和万物一样是由自然的气化过程而生，是宇宙的一个有机组成部分，强调人的自然本性。第二条思路是突出人与万物的区别，说明人独得阴阳五行之秀而为万物之灵，具有与万物不相同的五常之性以及为善为恶的道德选择，强调入的社会本性。这种社会本性是人之所以异于禽兽的本质所在，于是圣人依据此人性的本质，定之以中正仁义而主静，建立了人极。顺而下推，由太极以至于人权，莫非阴阳五行的气化，逆而上推，人极本于太极，性即天道，中正仁义无适而非太极之全体。周敦颐把这两条思路结合起来，从而沟通了天人关系，建立了～个与儒家的文化价值理想相符合的宇宙论的理论框架，一方面与佛教相抗衡，另一方面也与道教相区别。下边周敦颐接着论述心注修养的必要与可能以及所要达到的目标。
周敦颐认为，修养的目标既不是成佛，也不是成仙，而是成圣。
因为圣人的行为不假修为而自然合乎仁义中正之道，体现了太极之全体而无所亏欠，为人们树立了一个最高的天人合一的人格典范，如果撇开仁义中正之道而像佛道二教那样去追求成佛成仙，这就违反了太极之理，而不能与天地合其德。由于常人达不到圣人的这个境界，所以必须进行心注修养，修之为君子，悖之则为小人。至于修养的方法，关键在于无欲而主静。如果从寡放做起，寡之又寡，以至于无，就可以把自己逐渐提升到圣人的境界，因此，圣火是人人可学的。
最后周敦颐引《说卦》之文“立天之道日阴与阳，立地之道曰柔与刚，立人之道日仁与义”证成此说，说明《太极图说》的核心思想是以《周易》的经典性的表述为依据的。事实上也确是如此，并没有超出《周易》的原意。因为《周易》所说的天地人三才之道始终贯彻了一条天人合一的思路，一方面由天道之阴阳顺而下推以及于人道之仁义，另一方面又由人道之仁义逆而上推以及于天道之阴阳，说明自然的天道本身即蕴含着人文价值的理想，而入文价值的理想也必以自然的天道作为自己的本源。按照这条思路，如果百天而不及人，偏于自然主义，称之为蔽于天而不知人；如果言人而不知天，偏于人文主义，则称之为蔽于人而不知天。但是，《周易》的这条思路在汉唐易学中却没有得到很好的落实，其太极元气说只是着重发展了天道自然的思想，而没有与人道之仁义相结合，由太极以上人汲。宋代易学的情况也是如此，常常是各有所偏，把天人割裂为两截。从这个角度来看，后人赞颂周敦颐“生平平有余载之后，超然独得乎大《易》左传”(张拭语)，并非溢美之辞。
《通书》原名《易通》，共分四十章，论述了多方面的问题，就其理论特色而言，在于具体落实由太极以立人权的思路，把天道性命之学展开为一个完整的体系。《动静第十六》说：“水阴根阳，火阳报阴。
五行阴阳，阴阳太极。四时运行，万物终始。混分辟兮，其无穷兮”。
《理性命第二十二》说：“二气五行，化生万物。五殊二实，二本则一。
是万为一，一实万分。万一各正，小大有定”。这两段言论是对《太极图说》的解说，但却扬弃了无极的概念，不再讲有生于无的生成论，而致力于把太极树立为宇宙的本体。所谓“二本则一”，此一即指太极。太极化生万物，万物又复归于太极，周敦颐用本体论的语言把太极与万物的这种关系表述为“是万为一，一实万分”。一是本体，万是现象，“一实万分”是从本体到现象，“是万为一”是从现象到本体。理学以太极为本体，而不像玄学那样，以无为本体，这个基本思路首先是由周敦颐确立下来的。王弼把“有生于无”的命题转化为“以无为本”，企图建立一个本体论的哲学体系。但是，从逻辑上看，究竟“无”是什么，这个问题本身就是一个明显的体论，是根本无法正面回答的。如果说出它是什么，它就不再是“无”而变成“有”了，如果不说出它是什么，又很难把它确定为整个哲学体系的理论基石。周敦颐大概意识到百学的这种逻辑困境，所以在《通书》中不讲无极而专讲太极。照周敦颐看来，太极作为宇宙的本体，内在地具有生成的功能，这种生成的功能也就是道教经典《英真君丹诀》所说的“阴阳造化机”，因而“混兮辟兮，其无穷兮”，生生不已，大化流行，当下即呈现为一个化生万物的动态的过程，同时这个过程也呈现为一个富有生意的实在，过程与实在的统一，故万即一，一即万，万是由一自然生成的殊相，一是万之性命的生成的本源，这就是所谓“万一各正，小大有定”。后来理学家所常说的一些本体论的命题，诸如“一本万殊”、“理一分殊”、“体用一源”、“全体大用”，实际上都是依据周敦颐的这种表述提炼而成的。