人们的知识、才能和道德品质是从哪里来的？是先天所固有的还是后天形成的？这是中国古代思想家和教育家一直争论不休的一个老问题。唯心主义者认为，知识、才能和道德品质是先天所固有的，是与生俱来的；唯物主义者则认为，这一切都是后天形成的。在这个问题上，二程是属于前者而不是后者。
首先，二程把“知”分为“真知”和“常知”。他们说：“真知和常知异。常见一田夫，曾被虎伤，有人说虎伤人，众莫不惊，独田夫色动异于众。若虎能伤人，虽三尺童子莫不知然未尝真知，真知如田夫乃是。故人知不善而犹为不善，是亦未尝真知，若真知，决不为矣”。这是说人们的认识有来自亲自经历的“真知”，也有来自间接得来的“常知”，并且有“真知”认识深刻，“常知”体会肤浅的意思。这里所说的“真知”和“常知”实际上都是通过人的感官而获得的，都属于“闻见之知”的范畴。这种见解，应该说是不错的。但是，我们不要忘记，二程的真实意图决不是强调尽人皆知的生活经验和常识，而是在“故”字之后作文章：“故人知不善而犹不善，是亦未尝真知”。他们企图用“虎伤人”这个妇孺皆知的“真知”引发出抽象的“善”也是“真知”，从而把生活经验和抽象的封建伦理道德标准混为一谈，其目的在于说明封建伦理道德也是“真知”，要人们恪守不违。在逻辑上偷换概念，这是包括二程在内的唯心主义者迷惑人的通用的思维方式。
其次，二程把“知”分为“闻见之知”和“德性之知”，并指出前者来自后天，后者为先天所固有程颐说：“闻见之知，非德性之知。物文物则知之，非内也，今之所谓情物多能者是也。德性之知，不假见闻”。这里的“闻见之知”，就是前面所说的“真知”和“常知”，也就是我们所说的感知，它是人们的耳、目、口、鼻、肤等感觉器官作用于外界客观事物即“物交物”而产生的。例如神农作《本草》，就是通过视、色、嗅、味，作药治病，认识到各种药性的。所谓“德性之知”，就是孔子所说的“生而知之”，孟子所说的“不学而知”、“不学而能”的“良知”、“良能”，这是一种与生俱来、超感官的神秘主义的知识。前一种说法，承认“知”来自后天的生活经验，具有唯物主义的因素；后一种说法，认为“知”是与生俱生的，是唯心主义的先验论。
尽管二程主张有“闻见之知”和“德性之知”，但从其思想和言论来看，他们轻闻见而重德性。二程之所以轻闻见，是因为他们认为人的视、听觉由于受“气”的限制，不能认识较远时空所存在的事物。
他们说：“耳目能视听而不能远者，气有限耳，心无远近”。例如，用肉眼就不能测定天体之大小：“今人所定天体，只是且以眼定，视所极处不见，遂以为尽。然向曾有于海上见南极下有大星十，则今所见天体盖未定”。二程之所以重德性，是因为他们认为德性之知来自思维器官“心”，而心具有非凡的“顿悟”、“感通”能力，不受任何限制，用他们的话说叫“心无远近”或“心无限量”。“千里之远，数千岁之日，其所动静起居，随若亡矣。然时而思之，则千里之远在于目前，数千岁之久，无异数日之近，人之性则亦大矣”“在此而梦彼，心感通也；已死而梦见，理感通也。明乎感通，则何远近死生今古之别哉？”所以他们称赞说：“德性谓天赋天资，才之美者也”。但是，二程所说的“心无远近”、“心无限量”决不是如有的论者所说的那样是指人的思维可以超越时空去认识事物，而是指“知者吾之所固有”，“人心莫不有知”。既然知为人心所本来就有，所以“天下无一物非吾度内者”，“天下无性外之物”，便是其必然的逻辑结论。因此，发挥感觉器官的闻见作用，也就毫无实际意义了。所以，二程一再强调“学也者，使人求于内也。不求于内而求于外，非圣人之学也”。程颢、程颐关于闻见有限度和思维无远近的见解，在理论思维上有一定的深度，孤立地看似乎不无道理。但从感性认识和理性认识的辩证关系来看，显然是形而上学的。二程所说的“闻见之知”，相当于感性认识，“德性之知”即“心”或“思”指思维活动，属理性认识。感性认识是认识的第一阶段，理性认识是感性认识的发展和深化，是认识的第二阶段。没有前者就不可能发展到后者；后者不以前者为基础，就会流于空想。事实上，闻见离不开思，思也离不开闻见两者是互为条件，相互促进的。二程把两者截然分开，看不到其间的必然联系，这样，二程最终便把人的认识活动与客观存在的事物割裂开来，从而使认识的主体和客体分了家。认为人的认识活动可以脱离开物质基础，这样他走入唯心主义的死胡同便是不可避免的了。
再次，二程认为“死者不可谓有知，不可谓无知”为什么人死后不能说有知，也不能说无知？对此二程并没有直接解释，但在《二程集》中也不是没有蛛丝蚂迹可寻。他们在批判佛教要求人们“清静”到“形似槁木，心如死灰”时指出：“盖人活物也又安得为槁木死灰？既活，则须有动作，须有思虑。必欲为槁木死灰，除是死也”。又说：“物生则气聚，死则散而归尽。有声则须是口，既触则须是身。其质既坏，又安得有此？乃知无此理，便不可信”。这是说，人死之后，其口、身等感觉器官都“坏”了，因而也就无法感知了；而“良知良能，皆无所由，乃出于天，不系于人”，与人的死活毫无关系。所以人死之后，既不能说有知，也不能说无知。尽管二程的理论注意了自圆其说，然而却最终把人的心理活动与人体分离开来。认为人的心理活动可以游离于人体之外，而飘乎于茫茫宇宙之中，实质上这是灵魂不死的另一种说法而已。
关于认识过程，二程说：“莫先乎正心诚意。诚意在致知，致知在格物。”“格犹穷也，物犹理也，穷理然后足以致知，不穷则不能致也”。在这里，他们提出了诚意——格物穷理——致知的认识过程或次序。
所谓诚意，实际是为学的态度和心理状态问题。二程说的“真近诚”，“无妄之谓诚”，“思无邪，诚也”，等等，都是对诚意的解释或说明。一个为学之人，如果具备了真实、无邪、不虚滑的精神状态和品质，怀着到神庙佛殿祈祷时的心境和虔诚，那他在为学的过程中就能够专心主一，排除一切干扰和拖累，从而达到进学致知的目的。所以程颐说：“学者不可以不诚”。
所谓格物穷理。什么是格物？二程说：“格，至也”，“格犹穷也，物犹理也，犹日穷其理而已也”。从字面上看，似乎是接触外界事物，认识事物之理。其实，这完全是一种误解。因为二程明确表示，他们一生致力于研究的是“圣人遗书”，而不是自然技艺。程颐说过：“今农夫祁寒暑雨，深耕易耨，播种五谷，吾得而食之。今百工技艺作为器用，吾得而用之。甲胄之士披坚执锐以守土宇，吾得而安之。却如此闲过了日月，即是天地间一蠹也。功泽又不及民，别事又做不得，唯有补辑圣人遗书，庶几有补耳”。这是说，农工兵之事他不愿做，也“做不得”，但他又不愿做一个混日子的虫，于是只好钻在故纸堆中，做些“由经穷理”的工作，来发挥自己的优势。事实上，在科学技术相当发达的宋代，二程的自然科学知识是十分贫乏的。例如，他们在解释天地动静之理时，认为“天园则须转，地方则须安静”；在谈到日月时则说：“日月之在天，犹人之有旦，目无背见，日月无背照也”，且认为日月的高度是相同的；在谈到霜与露之不同时则说：“霜，金气也；露，星月之气；露结为霜，非也”；还认为陨石种于气；螟蛉化为蜾蠃，等等。这些说法，显然缺乏科学根据。二程对物质世界缺乏常识性的了解，是自然科学的时代落伍者；其次二程清晰地亮明，他们的格物穷理不是研究外部物质世界及其规律。
他们说，“知者吾之所固有”，所以“不须外面只务观物理”。更何况他们所说的“物”并非物质世界，而是“物则事也”，主要指封建的纲常伦理等“事”；他们所说的“理”，既有泛指一般的道理，但更多的是指“天理”或“天道”。二程还说过穷理是多方面的，“或读书，讲明义理；或论古今人物，别其是非；或迎接事物而处其当，皆穷理也”。这里所说，尽管所格之物不少，但却没有自然之物，全是意识形态之事；所穷之理虽众，但都不是探索自然规律，而是以“天理”为准则去判断是非善恶。
二程说，尽管知识为人心所固有，但人不能直接认识心中之知必须通过格物的途径或手段，才能达到自我认识。究竟怎样自我认识心中之知呢？这就是格物的过程了。二程说，格物是“物来则知起”，只要“意诚不动”，则“物各付物，不役其知”，“今日格一件，明日又格一件，积习既多，然后脱然自有贯通处”。那种想只格一物便能通众理的想法是不可能的，这就是格物的过程。在这个过程中如果“心不主定”，“揽他事”，那就“不能使物各付物”，“则是役于物”。役于物，则“天理灭”，因而也就不能“致知”了。二程的格物过程，不是要人们去一次次地接受新信息和丰富、积累知识，而是要人们把心即思维投归到永恒不动的“理”的本体之中，然后用“理”去“照”外界一件件事，从而进入理、物、我合一的奇妙境界。所以，二程的格物穷理不是通过接触外物由感性认识上升到理性认识的唯物过程，而是在内心修养上下功夫，从而达到“万物皆备于我”，“天下物皆可以理照”的唯心主义的直觉领悟过程。
所谓致知，就是致力于求知，包括求得认识、获取知识两层意思。
在这里，二程说的不是一般的认识，也不是一般的知识。他们说“若致知，则智识当自渐明，智识明，则力量自进”。这里说的认识是深化为“智识”的认识，即理性认识，这里所说的知识是物化了的知识，即转化为能力的知识，有“知识就是力量”的含义。杨时说的致知只有求得认识这一层意思。他说：“致知所以明善也”。他认为致知就是认识人性是善的。所以他说：“欲明明德于天下者，必先于致知”。
以上就是二程关于认识过程的思想。当然，在二程看来，光有认识即“致知”是不够的，还必须把认识转化为行为，落实到“行事动容周旋”之中。所以，二程反复指出：“以识为本，行次之”，“须是识在所行之先”，“故人力行，先须要知”，等等。但是，有的论者把二程这一主张斥为颠倒了知行关系，我们认为这是不公平的。在这里，二程并不是讲认识的来源问题，而是讲的学者学知识的目的，讲的知识转化为行为的问题。
二程之所以强调“识为本”、“知为先”，乃是因为他们认为认识是行动的先导。程颐说：“譬如人欲往京师，必知是出那门，往那路，然后可往。如不知，虽有欲往之心，其将何之？”又如要想于君臣父子夫妇兄弟朋友五伦上行乐，学者必须先识五伦道之大本，“须是知得了方能乐得”。可见“知为先”即提高认识，对人生行为的自觉是何等重要。反之，如果缺乏必要的认识，就会在人生运行轨迹中出现“曲线”：“力能行之，而识不足以知之，则有异端者出，被将流宕而不知反”。“然不致知，怎生行得？勉强行者，安能持久？”二程这种以识为本，知是为了行的主张，应该说是有道理的。这正如“百工治器，必贵于有用。器而不可用，工不为也。学而无所用，学将何为也”。