第一，对“格物”的不同解释“格物”，按《大学》中的提法，它是完成儒家道德修养的一个开始阶段，或一种初步方法。宋、明以来，儒家学者们的解释很不一致。就湛、王二人来说，湛若水的解释是融会程、朱的，而王守仁的解释是反对程、朱的。程、朱基本上是从认识论的意义上来解释“格物”的：“格者至也，物者事也。事皆有理，至其理乃格物也” (《河南程氏外书》卷第二)；“夫格物者，穷理之谓也。盖有是物必有是理，然理无形而难知，物有迹而易睹，故因是物以求之，使是理了然心目之间而无毫发之差”(《朱文公文集》卷十三《癸未垂拱奏札》)。即程、朱的“格物”具有认识事物之理的意思。但由于程、朱又主张“格物”的主要内容应是“穷天理、明人伦、讲圣言、通世故”(同上卷三十九《答陈齐仲》)，所以程、朱的“格物”论也包含有修养方法的意义。王守仁则反对程、朱这种解释，他完全是从修养方法的意义上来解释“格物”：“朱子所谓格物云者，在即物而穷其理也，是就事事物物上求其所谓定理者也，是以吾心而求理于事事物物之中，析心与理为二矣若鄙人所谓致知格物者，致吾心之良知于事事物物也。吾心之良知即所谓天理也，致吾心良知之天理于事事物物，则事事物物皆得其理矣。致吾心之良知者，致知也；事事物物皆得其理者，格物也，是合心与理而为一者也。”(《王文成公全书》卷二《传习录》中)王守仁认为“心外无理，心外无事”(同上卷一《传习录》上)，又训“格”为“正”，“物”为念头，故他的“格物”不是指认识外事外物，而是指端正本心，纯然是修身的功夫。如他说：“致知必在于格物。物者事也，凡意之所发，必有其事，意所在之事，谓之物。格者正也，正其不正以归于正之谓也。
正其不正者，去恶之谓也；归于正也，为善之谓也”(同上卷二十六《大学问》)，“‘格物’如孟子‘大人格君心’之格，是去其心之不正，以全其本体之正”(同上卷一《传习录》上)。可见王守仁更加着重于修养的“主体”分析，和程、朱所强调的修养的主体对客体的认识过程，各有其侧重点。
至于湛若水的“格物”，则既是指认识“天理”，同时也是修身功夫。他说：
鄙见以为格者，至也。“格于文祖”，“有苗耒格”之“格”。物者天理也，即“言有物”，“舜明于庶物”之“物”，即道也。格即造诣之义。格物者即造道也。知行并进，博学、审问、慎思、明辨、笃行，皆所以造道也。读书、亲师友、酬应，随时随处，皆随体认天理而涵养之，无非造道之功，意、身、心一齐俱造，皆一段工夫，更无二事。下文诚、正、修功夫，皆于格物上用了，其家、国、天下，皆即此扩充故吾辈终日终身，只是格物一事耳。(卷七《答阳明》）
可见，湛若水对“格物”的解释，一方面具有认识方法的意义，另一方面也具有修养方法的意义，基本上同于程、朱，如他自己所说：
“训‘格物’为至其理，始虽自得，然稽之程子之书，为先得同然一也。”(卷七《答阳明王都宪论格物书》)因而他对王守仁的“格物”提出批评，认为其训“格物”为“正念头”于《大学》之篇“文义重复”、于孔子、子思、孟子之说相悖，他称之“四不可”(同上)。
第二、“知行合一”的不同涵义宋代程、朱理学分析知行关系，主要是论其先后，主张“知先行后”。程颐说：“人力行，先须要知”(《河南程氏遗书》卷第十八)，“须是识在所行之先，譬如行路，须得光照”(同上卷第三)。朱熹进一步论其轻重，论其相辅。他说：“程子云，‘涵养须用敬，进学则在致知’，分明自作两脚说，但只要分先后轻重。论先后，当以致知为先；论轻重，当以力行为重”(《朱子语类》卷九)，“知行常相须，如目无足不行，足无目不见”(同上)。明代心学分析知行关系，则主张“知行合一”。然而，心学中的湛、王两派关于“知行合一”的理论宗旨或出发点并不相同。王守仁提出“知行合一”是为了反对程、朱将知行作明确区分，进而引起知行分离的情况，他说：
“今人学问，只因知行分作两件，故有一念发动，虽是不善，然却未曾行，便不去禁止。我今说个知行合一，正要人晓得一念发动处便是行了，发动处有不善，就将这不善的念头克倒了，须到彻根彻底，不使那一念不善潜伏在胸中，此是我立言宗旨。”(《王文成公全书》卷三《传习录下》)王守仁以“知行合一”的理论，救分裂知行的时弊，认为知中有行，行中有知，知行不可分割。但是他的理论也有偏颇，即以“知”消“行”，以知代行，所以，他提倡的实际上是“知行同一”。
谌若水也讲“知行合一”。他说：
内外合一谓之至道，知行合一谓之至学。
夫学不过知行，知行不可离，又不可混。
“涵养须用敬，进学则在致知”，如车两轮。夫车两轮，同一车也，行则俱行，岂容有二？而谓有二者，非知程学者也。鄙见以为如人行路，足目一时俱到，涵养进学岂容有二？自一念之微，以至于事为讲习之际，涵养致知，一时并在，乃为善学也。(卷七《答太常博士陈惟浚》
可见，湛若水的“知行合一”和王守仁的“知行合一”涵义不同，他基本上是继承了程、朱的知行理论，主要是强调在道德修养过程中，对道德规范的体认和践履是不可分的。所以他对王守仁把知行“合一”理解为“同一”提出批评：“阳明‘知即行，行即知’不能无病。
至于‘知者行之始，行者知之成’，其说即近也。大抵知行终始，是一理一功夫，如点一烛相似，知则初燃也。”(卷二十三《天关语录》)那么，他所谓“知行合一”，实则“知行并进”。他之所以喻知行为车之两轮，谓“涵养致知，一时并在”，就是旨在说明知行不是同一，而是“并在”，“并进”、故说：“尊德性为行，道问学为知，知行并进，心事合一，而修德之功尽矣。”
第三，“致良知”与“体认天理”的不同湛若水和王守仁在修养方法的主张上有所不同。湛若水说：
“阳明公初主格物之说，后主良知之说，甘泉子一主随处体认天理之说。”(卷三十一《阳明先生王公墓志铭》)“致良知”和“体认天理”在本质上都是一种对封建伦理道德的自我反省、自我体验。但因湛、王二人承受先前理学思想的影响不同，故其强调的着重点也就有所不同。一般说来，在这个问题上，王守仁受陆九渊“发明本心”的“易简工夫”影响比较明显，特别强调“良知”为人心所固有的知觉能力和伦理本能。他说：“良知者，孟子所谓是非之心人皆有之者也。是非之心，不待虑而知，不待学而能，是故谓之良知，是乃天命之性，吾心之本体，自然灵昭明觉者也。”(《王文成公全书》卷二十六《大学问》)所以，“致良知”即是将心所固有的伦理道德观念、感情，自觉地表现、发露为道德行为。他说：“良知只是一个天理，自然明觉发见处只是一个真诚恻怛，便是他本体。故致此良知之真诚恻怛以事亲，便是孝；致此良知之真诚恻怛以从兄便是弟；致此良知之真诚恻怛以事君，便是忠良知只是一个随他发见流行处，当下具足，更无去求，不须假借。”(同上卷二《传习录中·答聂文蔚》)“致良知”是修养的唯一方法，“致良知之外无学矣”(同上卷八《书魏师孟卷》)。
湛若水则受程、朱“穷理居敬”的“下学上达”方法影响比较明显，认为“天理”虽为人心所固有，但需要通过“敬”、“勿忘勿助”的学问、思辨、笃行功夫方能体认，“不可徒良知而不加学问”(卷七《答洪峻之侍御》)。正因此，王守仁认为湛若水的“体认天理”是“求之于外”的俗见。他说：“随事体认天理，即戒慎恐惧功夫，以为尚隔一尘，为世之所谓事事物物皆有定理，而求之于外者言耳”(《王文成公全书》卷五《寄邹谦之》)，批评此说是无根柢着落，“捕风捉影”(同上)，讥笑其犹如“烧锅煮饭，锅内不曾渍米下水，而专去添柴放火，不知毕竟煮出个什么物来！”(同上卷二《传习录中·答聂文蔚》)湛若水则否认“求之于外”，而自谓“无内外”。他说：“阳明与吾看心不同，吾之所谓心者，体万物而不遗者也，故无内外；阳明所谓心者，指腔子里而为言者也，故以吾之说为外”(卷七《答杨少默》)，并批评王守仁的“致良知”抛弃了切实的修养功夫，所以是“害道”：“‘良知’事亦不可不理会孟子为此，不过提出人之初心一点真切处，欲人即此涵养扩充之耳，故下文曰‘达之天下’。学问、思辨、笃行，皆涵养工夫。今说‘致良知’，以为是是非非，人人皆有，知其是则极力行之，知其非则极力去之，而途中童子皆能，岂不害道？”(卷二十三《天关语录》)因此，将流为异端：“若徒守其心而无学问、思辨、笃行之功，则恐无所警发，虽似正而实邪，下则为老佛、杨、墨，上则为夷、惠、伊尹”(卷七《答阳明王都宪论格物》)。二人争执，一时颇显不能相容。但最终还是言归于好，王守仁致书湛若水说：“随处体认天理，是真实不诳语，鄙说初亦如是，及根究老兄命意发端，却似有毫厘未协，然亦终当殊途同归也。”(《王文成公全书》卷四《答甘泉》)湛若水为王守仁撰墓志铭则说，“致良知”之说与“随处体认天理”之说，“皆圣贤宗旨也。而人或舍其精义，各滞执于语言，盖失之矣。故甘泉子尝为之语曰：‘良知必用天理，天理莫非良知’，以言其交用则同也。”(卷三十一《阳明先生王公墓志铭》)事实上也正是如此，“致良知”、“体认天理”只是王、湛二人因接受宋代理学的影响不同，对自我反省、自我体验为主要内容的心学修养方法，在侧重点上有所不同，而在理论本质和修养实践上却没有什么根本的不同。
明代学术思想的一个重大发展，是朱学的衰落和王学的勃兴。
它打破了明初以前“此一述朱、彼一述朱”的因循沉闷局面，通过强调“反身理会，推见至隐，”突出了人的自觉能动意识，把理学的发展推至巅峰。与此相适应，便是讲学之风的高度兴盛。所以，黄宗义说：“有明事功文章，未必能越前代，至于讲学，余妄谓过之。诸先生学不一途，师门宗旨，或析之为数家，终身学术，每久之而一变。”
“多派”、“多家”、“多变”，是明代心学传播和发展的一个重要特征。
书院讲学，则是理学家传播自己思想的主要方式。
“有明之学，至白沙始入精微至阳明而后大。”陈献章所开创的江门学派，是由程朱理学到阳明心学的过渡环节。其弟子湛若水建立甘泉学派，与王学鼎足而立。虽然就其实际影响而言，江门、甘泉学派远不如王学学派，但在造就有明一代新学风的过程中，它们也曾发挥过重大作用。