湛若水的心学思想体系，在宋明理学中按其基本理论特色来说，是和王守仁一样属于陆九渊开创、陈献章中兴的心学系统，而和程、朱理学系统相对立。然而值得注意的是，他却有不少非议自己思想先驱的言论或与他们相窰牾的观点；而于程、朱理学思想反而每有褒扬或契合。他和自己同时代的王守仁也发生了理论上的争执。这样，就显得湛若水的心学思想具有不同于其它心学家的独特面貌。
(一)对宋代理学的态度
湛若水对宋代理学朱、陆两派，采取平等对待的态度，他从自己的“心事合一”或“知行并进”的观点来看，认为他们各有所蔽。
他说：
在心为性，在事为学；尊德性为行，道问学为知，知行并进，心事合一，而修德之功尽矣。德凤而道自凝矣，此圣门合一之学。后世支离之弊寝兴，朱熹与项平父书日：“子静专尊德性，而熹平日道问学为多。”臣谓二者会其全，无独用之理也。虽以朱、陆大儒未免此说，而况于他者乎？(《圣学植物通》卷二十七《进德业》）
湛若水认为，“尊德性”、“道问学”应该是合一的，犹如一体之两面，朱、陆则各见其一，故是有弊。或者说，孔孟之学与道，本应“上下体用一贯，大中至正而无弊”，而“朱陆各得其一体者，朱语下而陆语上”(卷七《答太常博士陈惟浚》)，故是有偏。所以，他对朱、陆学术都表现出不太尊重的态度。例如，他认为朱熹的《大学章句》用来科举应试是可以的，但作为修身指南就难以胜任了。他说：“诸生读《大学》，须读文公《章句》应试，至于切己用功，更须玩味古本《大学》。”(卷六《大科训规》)但是，他并非否定或反对朱熹，故当有人非议朱熹时，他说：“如之何其非之！其志也，学也，行也，将班诸孔门可也。”(卷一《樵语》）
对于陆九渊，他虽然明确表示“若于象山，则敬之而不敢非之，亦不敢学之”(卷七《寄崔后渠司成》)，而实际上却并不乏非议之词。
如他对陆九渊“心皆具是理”之说，就颇疑其非。他说：“说‘具’者是二之也九渊谓读《论语》疑有子之言支离。臣亦敢以是疑九渊焉。”(《圣学格物通》卷二十《正心》)对于陆九渊的高足杨简，湛若水则更尖锐地批评其为“以圣贤之格言，文自己之邪说”(卷二十四《杨子折衷》)，并着《杨子折衷》六卷，逐条辨析杨简言论“乃异教宗旨也”(同上)。
但是，毫无疑义，湛若水心学和陆九渊心学不仅在本质上是一致的，而且也确有着源流和承继关系。如上所述，湛若水主张的对“本心”自我反省、自我体认的“随处体认天理”，和陆九渊的“发明本心”就是一致的。湛若水心学中的不少观点或命题，也早就在陆九渊心学中出现，如“心即理”，“六经皆注我心者也”(卷十八《广德州儒学新建尊经阁记》)。陆九渊曾设喻论为学当先须“明心”：“若田地不净洁，则奋发植立不得”(《象山全集》卷三十五《语录》)；湛若水也持相同之论：“如不好的田地，虽有美种，亦将奚施？”(卷二十三《天关语录》)不过，他们也有不同。陆九渊重视心为自明之体，而湛若水则重视心的反思之用。前者更加接近于所谓“顿悟”，而后者对于心理活动层次之分析则更为深入。总之，无论是陆学和湛若水思想，对人之知觉、情感、理性诸主观范畴之分析，在中国理论思维发展史上有着重要的贡献。
湛若水认为宋代理学诸儒中，能得孔孟心事，体用一贯之旨的是周筇颐、程颢，故唯对周、程二人极表尊崇。他说：
明道得孔、孟、濂溪之传者也，故其语学语道，上下体用一贯，大中至正而无弊故愚尝云：乃所愿则学明道也。 (卷七《答太常博士陈惟浚》）
于是，他着《遵道录》八卷，明确表示对宋代理学诸儒的态度：
夫遵道何为者也？遵明道也。明道兄弟之学，孔、孟之正脉也，合内外、彻上下而一之者也。今夫为朱、陆之辨者赜矣，或失则上，或失则下，吾弗敢遵焉尔。(卷十七《叙遵道录》）
湛若水对陆九渊和周筇颐、程颢之所以有如此不同的态度，是因为他没有觉察到、也不承认自己的哲学基本观点和陆九渊心学是完全相同的，如他用来批评陆九渊“心具是理”命题的“心即理”观点，原来也正是陆九渊心学的基本观点，而他对于自己“随处体认天理”
的方法和周、程“无欲主一”、“无丝毫人力，浑然与物同体”思想之间的联系也是很清楚的。因为所谓“主一”，就是排除杂念，唯一地以伦理道德规范制约思想言行，这正是湛若水“随处体认天理”方法中的“敬”；所谓“无丝毫人力”，“浑然与物同体”，就是保持心境的空虚本然状态，这正是湛若水“随处体认天理”方法中的“勿忘勿助”。
故他说：“‘敬’字宋儒之论详矣，惟明道‘主一’之言为至当。”(卷七《答黄孟善》)“‘自然’之说，本于明道‘明觉自然’之说，‘无丝毫入力’之说，明道‘无丝毫人力’之说，本于孟子‘勿忘勿助’之说。”(卷二十一《自然堂铭序》)因此，他认为“孔孟之道在周、程”(卷十八《默识堂记》)，对他们表示尊崇。
但是，湛若水的修养方法与周筇颐及二程也并非完全一致。如程颐的“主敬”功夫，据朱熹的概括是：“只云但庄整齐肃，则心便一，则自无非辟之干；又云但动容貌，整思虑，则自然生敬，只此便是下手处”(《朱文公文集》卷四十一《答程允夫》)，则颇多于自我约束。
与此相较，湛若水则着重于任心自然。他说：“心本活物，不必防闲太过，但得使之有路可循，如流水或淮或泗，各循其道，久之自无泛滥之患。”(卷二十三《天关语录》)周筇颐、程须不除窗前草，则是完全放任自然。与此相较，湛若水则又有所检束，主张“恶草”仍须剪除。他赋诗曰：“窗前草不除，吾除惟恐后。不除恶草根，芝兰安得茂？兰德馨通天，草秽虫蛇薮。无为无不为，自取为何有！”(卷二十七《禺山除草呤示同志》)这些说明他们关于修养的具体步骤或方法是不完全相同的。总之，湛若水与周、程、陆之间，固有所同，亦有所异。
(二)对陈献章心学的修正
湛若水生平对陈献章极为尊崇，认为“白沙先生之学，追濂、洛、关、闽之轨，以入孔、孟、禹、汤、文、武、尧、舜之大道”(卷十七《庐陵黄氏总谱序》)，并且认定白沙之学是自己思想的渊源。他说：
孟子之道在周、程，周、程没，默识之道在白沙，故语予日用间随处体认天理，何患不到圣贤佳处。(卷十八《默识堂记》）
先师白沙先生云：学以自然为宗。当时闻者或疑焉，若水服膺是训，垂四十年矣，乃今信之益笃。(卷二十一《自然堂铭序》）
这表明，湛若水认为自己的“随处体从天理”即是陈献章的“默识之道”，自己的“勿忘勿助”即是陈献章的“以自然为宗”。所以，他把陈献章当作自己的思想先驱，称为“道义之师”。
陈、湛之间，在思想上有明显的师承关系，这是符合实际情况的。
但是，湛若水并不是完全沿袭陈献章的思想，而是对它有所修正、有所发展。
首先，湛若水的为学或修养方法和陈献章相比，虽然在本质上是相同的，但在具体内容和提法上，则有显着的差别。陈献章的心学修养方法，是“静坐中养出端倪”，认为“惟在静坐，久之然后见吾此心之体”(《白沙子》卷二《复赵提学佥宪》)。但湛若水对此却颇不以为然，且持怀疑态度。他说：“古之论学，未有以静坐为言者；而程氏言之，非其定论，乃欲补小学之缺，急时弊也。后之儒者，遂以静坐求之，过矣！古之论学未有以静为言者，以静为言者皆禅也。”(卷七《答余督学》)湛若水的修养方法是“随处体认天理”，他主张动静、心事合一，随时随地去发现“本心”、践履“天理”。他说：“盖道、心、事合一者也，随时随事何莫非心；心定则何动非静，随处体认则端倪随现，何必静养？”(卷七《答欧阳崇一》)故他认为自己的“随处体认天理”方法，包含和发展了陈献章的“静坐”法。他说“‘静坐久隐然见吾心之体’者，盖先生(指陈献章)为初学言之，‘随处体认天理’自初学以上皆然，不分先后，‘居处恭，执事敬，与人忠’即随处体认之功，连静坐亦在内矣。”(卷八《新泉问辨录》)湛若水进而提出“孔门之教皆欲事上求仁，动时着力”(卷七《答余督学》)，批评“舍书册.弃人事而习静即是禅学”(卷六《大科训规》)，这表明湛若水的随处体认天理的方法对于江门心学由“惟在静坐”出发而进一步向禅学发展的趋势，具有某种遏止作用。
其次，陈献章心学中的修养目标，在湛若水心学中演变为修养方法。陈献孝心学“以自然为宗”，是指一种无任何负累的、本然的、绝对自由自在的精神状态，他又称之为“浩然自得”。所以在陈献章心学里“自然”是一种为学或修养的目标。但在湛若水心学里，却把陈献章的“自然”理解为、修正为体认天理时的“勿助勿忘”、无一毫杂念的一种态度，一种无任何纷扰的心理状态。如湛若水说：“忘、助皆非心之本体，此是心学最精密处，不容一毫人力，故先师(指陈献章)又发出自然之说”(卷七《答聂文蔚》)，“故予体认天理必以勿忘勿助、自然为至”(卷二十三《天关语录》)。这样，“自然”就变成一种识得“天理”，完成修养的方法(“勿忘勿助”)，而不是为学或修养所要达到的目标(“浩然自得”)。如湛若水说：“日用之间随时随处随动随静存其心于勿忘勿助之间，而天理日见焉”(卷十九《进圣学疏》)，“欲见中道者，必于勿忘勿助之间”(卷二十三《天关语录》)。
湛若水将陈献章心学中的修养目标修改为修养方法，同样也是使江门心学的禅、老色彩淡薄而儒家色彩加重了。
陈、湛二人在修养或为学方法上的差异，是因为他们具有不同的生活经历，因而具有不同的修养经验和理论需要所造成的。陈献章生平仕路蹇塞，乃一蛰居学者，故多追求个人的精神超脱；而湛若水则宦海半生，为一代学官，当然每思索贯彻封建伦理道德。
(三)与王守仁心学思想的分歧
湛若水与王守仁的分歧，是明代心学阵营内部的分歧。这种分歧并不是由于政治立场或哲学世界观上的对立所产生，而是由于各自承受先前的思想影响不同，对理学中的某些范畴、命题理解有所不同而引起的；并且集中地表现在为学方法，即如何完成儒家所主张的伦理道德修养这一问题上。在湛、王之间，这种分歧又具体表现在如下三个问题上：