湛若水心学世界观的最后形成，经历了一个和陈献章相似的逻辑发展过程，即它也有三个环节：由“宇宙一气”开始，经过“理气一体”、“道、心、事合一”而最后得出“万事万物莫非心”的心学结论。
(一)宇宙一气
湛若水深受张载的影响，把“虚无”当作其自然观中的基本范畴。他说：“‘虚’之一字，先儒鲜有道及者。后之学者无识见，便以为佛老之学，怕向此中寻求，惟有张子‘虚者仁之原’何等识见天地至虚而已。”(卷七《答王宜学》)但湛若水所谓“虚无”，实是指万物尚未形成时和消亡后那种宇宙空虚状况。宇宙的变化过程，就是万物由无到有，由有到无的变化过程。正是在这个意义上，他认为“虚无”是天地之始终，他说：
天地之初也，至虚。虚，无有也。无则微，微化则着，着化则形，形化则实，实化则大大变而实，实变而形，形变而着，着变而微微则无矣，而有生焉。有无相生，其天地之终始乎？(卷二《新论》)
湛若水还接受了张载“太虚即气”的观点，认为宇宙就其变化状况言，是从无到有，从有到无，就其变化的实体言，是“气”。他说：
虚无即气也。如人之嘘气也，乃见实有，故知气即虚也。其在天地，万物之生也；人身，骨肉毛血之形也，皆气之质，而其气即虚无也。(同上所以，湛若水把“气”或“虚”比作生成万物的“种子”或“根本”。
他说：
空室空木之中有物生焉，虚则气聚，气聚则物生，故不待种也。气即种也。得之气化而生也，故虚者生之本。
湛若水的这个观点，和张载“气不能不聚而为万物，万物不能不散而为太虚”的观点(《正蒙·太和篇》)，是极为相似的。
湛若水进而指出，不仅天地万物是由“气”构成，而且精神意识现象也是“气”的表现，因而得出“宇宙一气而已”的结论。他说：
宇宙间一气而已，自其一阴一阳之中者谓之道，自其成形之大者谓之天地，自其主宰者谓之帝，自其功用者谓之鬼神，自其妙用者谓之神，自其生生者谓之易，自其生物而中者谓之性，自其精而神、虚灵知觉者谓之心，自其性之动应者谓之情，自其至公至正者谓之理，自其理出于天之本然者谓之天理，其实一也。
张载说：“由太虚，有天之名；由气化，有道之名；合虚与气，有性之名，合性与知觉，有心之名。”(《正蒙·太和篇》)正是把天、道、性、心都看作是太虚与气的某种存在形式。可见，湛若水“宇宙一气”的观点与张载的气一元论是相近的，这表明湛若水在自然观上受到张载的很大影响。
(二)理气一体与道、心、事合一
张载的“太虚即气”、“气生万物”固然是彻底的气一元论自然观，但它有一个明显的缺点，就是认为精神是至清之气(“清极则神”)万物是粗浊之气(“万物形色，神之糟粕”)，认为“合虚与气，有性之名”。这里，他没有分清物质与精神在本质上是有所不同的。
湛若水从张载自然观中的这个缺陷处向前走去，得出“理气一体”的结论，他说：
以理气对言之也者，自宋儒始也，是犹二端也形而上者谓之道，形而下者谓之器，器即气也。气有形故曰形而下，及其适中焉即道也。夫中何形矣，故曰形而上。上下，一体也。以理气相对而言，是二体也。(卷二《新论》)
《易》一阴一阳之谓道，即气即道，气之中正者即道，道气非二也。
湛若水认为“道”、“器”，或“理”、“气”，或“性”、“气”，只有存在状态的有形或无形、偏或正的区别，而无本质的不同。
湛若水“理气一体”的观点，把物质性的“气”和精神性的“理”、“性”，看作是同一的，就使他的思想由唯物自然观走向唯心的伦理观、世界观接通了桥梁。既然“理”与“气”或“性”与“气”同一；那么，由“天地一气”进而得出“天地一性”、“天地一理”的结论，在逻辑上也就是必然的和合理的了。他说：
天地间只是一个性，气即性也，性即理也，更无三者相对。
天理浑然在宇宙内，又浑然在性分内，无圣无愚，无古无今，都是这个充塞流行。(卷二十《韶州明经馆讲章》)
湛若水认为理、气或性、气一体，所以由“宇宙一气”，推演出“宇宙一理”、“宇宙一性”的结论。这样，他的思想开始蜕去了具有张载气一元论自然观的色彩，而呈现了具有朱熹理气观的色彩，因为朱熹也认为，就事物的现存状态言，理气是不可分的。但湛若水的“合一”思想，并没有停止在“理气一体”上，而是进一步发展，提出心、事、理三者“合一”。他说：
甘泉子五十年学圣人之道，于支离之余而得合一之要合一有三要，曰心、曰事、曰理，所谓合一也。(卷十七《送方直养归齐云诗序》
心也、性也、天也，一体而无二者也。(卷二十《天泉书堂讲章》)
同样，既然心、理、气(事)同一；那么，由“天地一气”、“天地一理”，进而得出“天地一心”的结论，在逻辑上也是必然和合理的了。
故他说：
天地古今，宇宙内只同此一个心。(《明儒学案》卷三十七《甘泉学案一·语录》)
盖道、心、事合一者也，随时随事何莫非心。(卷七《答欧阳崇一》)
至此，湛若水逻辑地提出了具有个性特色的心学定义：
何谓心学？万事万物莫非心也。(卷二十《泗州两学讲章》)
(三)万事万物莫非心
湛若水心学思想的基本观点“万事万物莫非心”具有怎样的理论内容，这要从他对“心”的理解开始分析。
当然，湛若水也是把“心”理解为具有知觉作用的实体，他说：
知觉者心之体也，思虑者心之用也。(卷一《樵语》)
心也者，知也。(卷二《新论》)
但是，他又认为，并不是凡具有知觉作用或能力的皆是“心”；而是只有能认识“天理”的才是“心”。他说：
夫心非独知觉而已也，知觉而察知天理焉，乃为心之全体。(卷八《与吉安二守潘黄门》)
盖知觉是心，必有所知觉之理乃为真知也。(卷八《新泉问辨录》)
“知觉是心”，这是湛若水所谓“心”的一个方面的涵义。他关于“心”的另一个更重要方面的涵义，是“心即天理”。他说：
虚灵方直而不偏，心之本体，所谓天理。是心也，人人之所固有。(《圣学格物通》卷十八《正心》)
天理只是心之生理，如彼谷种，仁则其生之性，仁即是天理也。心与天理何尝有二。(卷十一《问疑续录》)
可见，湛若水认为，本体状态的“心”，是没有任何偏邪之念的，“心之本体无一物也，忿萮、恐惧、好乐、忧患四者皆私也，而有一焉，即失其本体而心不正矣。”(《圣学格物通》卷二十《正心》)一切伦理道德都由此而生，“亲亲、仁民、爱物，无不由此流出。”(同上卷二十七《进德业》)而“仁即是天理”，“礼是天理之见于实事者”(同上卷四十四《事君使臣》)。所以，在湛若水看来，“心”即是“天理”，二者是一个东西。陆九渊曾说：“人心至灵，此理至明，人皆有是心，心皆具是理”(《象山全集》卷二十二《杂说》)，也是主张心不仅有知觉作用，而且心即是天理，心有伦理意义。但湛若水仍认为他表述得不够准确，对他的说法提出批评：“心即理也，理即心之中正也。一而已矣。而云‘具’者，是二之也。”(《圣学格物通》卷二十《正心》)可见，湛若水的心学观点是很明确的。
知觉、天理，这就是湛若水心学中“心”的涵义。湛若水把他的这种对“心”的理解绘成一图，称之为“心性图”。图为一个大圈，内含三个小圈。大圈标明为“宇宙”，三个小圈分别标为“性”、“情”、“万事万物天地”。他解释说：“何以小圈？曰：心无所不贯也，何以大圈？曰：心无所不包也。”(卷二十一《心性图说》)所谓心“无所不包”，是说上下四方、古今往来，心无所不知；所谓“心无所不贯”，是说天地之万事万物，人之性情，无不是融贯天理。这样，“心是知觉”、“心即天理”，用“心”来包含一切，就得到了进一步的、明确的阐述。
湛若水对“心”的这种理解，使他的“万事万物莫非心”的心学观点具有两方面的内容：
一是从认识论的角度解释心。既然心具知觉作用，那么，“万事万物莫非心”也就意味着万事万物皆是心的知觉的产物，心之外则无事无物。湛若水说：
万事万变生于心。(《圣学格物通》卷十九《正心》)
心体物而不遗，何往非心。(卷七《答太常博士陈惟浚》)
“心外无事，心外无物，心外无理”三句无病。(同上这些都表明湛若水的“万事万物莫非心”的结论具有明显的主观唯心主义性质。他还说：“天地万物皆我分内”(卷二十三《天关语录》)，“非人，亦无天地矣”(卷八《新泉问辨录》)。所以，这种主观唯心主义还带有某种唯我论的色彩。
二是从本体论的角度解释心。既然“心即天理”，那么，“万事万物莫非心”也就意味着由心所生之万事万物，同时也是“理”的表现，为“理”所充塞。湛若水说：“天理者，吾心中正之本体而贯万事者也”(卷七《复洪峻之侍御》)，“动容周旋中礼，则无非天理之流行矣”(《圣学格物通》卷二十一《正威仪》)所以这种“心”，就不仅仅是个体知觉之“心”，而且是古往今来的人的共同的、客体化了的“心”。
他说：
一人之心，即千万人之心；一时之心，即千万世之心。 (《圣学格物通》卷十九《正心》)
圣贤之学本乎心，千万世之上，千万世之下，同此心同此理。(同上卷六十一《用人》)
天地古今，宇宙内只同此一个心，岂有二乎？初学之与圣人，同此心，同此一个天理。(《明儒学案》卷三十七《甘泉学案一·语录》)
这样，湛若水“万事万物莫非心”的心学观点，从“心即天理”这个角度来解释，似乎具有某种客观性质，和程、朱理学有某种接近。
但湛若水最终还是强调“心”，他说：“谓之在物为理则不可，此理毕竟在心，通贯乎万事万物”(卷八《新泉问辨录》)，“格致诚正修齐治平皆心也”(卷七《答太常博士陈惟浚》)，从而使他的思想体系仍然保持着鲜明的主观唯心主义色彩，属于心学的理论阵营。