董仲舒的易学哲学思想是他的整个哲学体系的核心内容。其内涵丰富而深刻，主要表现在董仲舒赋予《易传》中的“元”以逻辑在先和价值根源之意义，表明“元”是一个价值本体范畴；他把《易传》的“继善成性”论改造为“天止人继”说，反映了人类在宇宙万物中之地位与意义的一种自觉精神；又把《易传》“人文化成”的思想观念发展为一种“人文宇宙观”，从宇宙观高度审视人类文化，又从人类文化角度看待宇宙，宇宙观与文化观合二为一，表明了宇宙是人类文化创造的本源和基础，而人类文化是宇宙的发展和完善。这就从宇宙观的高度肯定、突出了人文价值的崇高意义。
自近代康有为着《春秋董氏学》以来，学界探讨董仲舒思想时，大多讨论他的春秋公羊学，而鲜有论及董仲舒思想中的易学问题。
这是令人遗憾的。从古代天人关系论角度而言，《周易》和《春秋》这两部经典具有密切联系。《周易》善推天道而落实于人事，《春秋》善言人事而上达天道。可以断言，董仲舒作为西汉大儒，他除了精治《春秋》的“微言大义”，还深研《周易》的“天人之学”。事实上，董仲舒不仅多次论及《周易》内容及其特点，而且更为重要的是，董仲舒还改造、吸收了《易传》天人观，从而构成董仲舒哲学思想中的核心内容，也即董仲舒的易学哲学思想。
(一)元论
研究董仲舒易学哲学思想，首先面临的一个根本性问题，就是如何理解和把握董仲舒元论的确切内涵。冯友兰先生指出，“董仲舒所讲的‘元’究竟是什么东西，我们还不能作出明确的说明。有一点是明确的，在董仲舒的体系中，‘元’不可能是一种物质性的实体。
仅仅依据后来某些公羊家认为‘元’就是‘气’的说法，便得出董仲舒的哲学体系是唯物主义结论，这是站不住的。”这里有三点需要说明：其一，冯先生是从公羊学角度探讨“元”的内涵；其二，他探讨这个问题的目的，在于说明董仲舒哲学思想的性质(即唯心、唯物问题)；其三，探讨的结果是尚不清楚“元”的内涵。那么，董仲舒所讲的“元”，究竟是什么呢？
“臣谨案《春秋》谓一元之意，一者万物之所从始也，元者辞之所谓大也。谓一为元者，视大始而欲正本也。《春秋》深探其本，而反自贵者始。故为人君者，正心以正朝廷，正朝廷以正百官，正百官以正万民，正万民以正四方。”(《天人三策·第一策》）
“是故《春秋》之道，以元之深正天之端，以天之端正王之政，以王之政正诸侯之即位，以诸侯之即位正竟内之治，五者俱正而化大行。”(《春秋繁露·二端》。以下引用该书只注篇名)“唯圣人能属万物于一而系之元也。终不及本所从来而承之，不能遂其功。是以《春秋》变一谓之元，元犹原也，其义以随天地终始也。故人唯有终始也而生，不必应四时之变，故元者为万物之本，而人之元在焉。安在乎？乃在乎天地之前。故春正月者，承天地之所为也，继天之所为而终之也。其道相与共功持业，安容言乃天地之元。天地之元奚为于此？恶施于人？大其贯承意之理矣。”
(《重政》
从上述关于“元”的使用意义上看，董仲舒赋予“元”以一种人文性的内涵，这种人文内涵贯穿于所谓“反自贵者始”(实即“正身”观念)至“五者俱正而化大行”(即指“王化”大行)，可谓“其义以随天地终始也”，体现了“大其贯承意之理”的理念。这一理念一方面与《公羊传》关于隐公元年“元年春王正月”的阐释相通；另一方面，也继承了《易传·彖》关于“大哉乾元，万物资始，乃统天”的思想。但董仲舒所讲的“元”，从形式上讲要比《公羊传》的“元年”和《易传》的“乾元”更为抽象；从内容上讲，却又包涵了更为丰富的人文内涵，表示其“纯正”、“重始”的价值理念。董仲舒所谓“以元之深正天之端”，这个“天”本是天地之天、自然之天，但经过“元之深正”以后，这个自然之天也就获得了一种人文意义。董仲舒讲“元者为万物之本”，特别是，所谓“人之元”“乃在乎天地之前”，表明了“元”具有逻辑在先的重要意义，而“元”本身并非一种实体性的存在。由此表明，“元”是董仲舒的一种价值理念，表示其“纯正”、“重始”的人文价值内涵。或可借用宋儒张载的一句话来帮助阐明，就是“为天地立心”。这个“心”并非实体，而是人文之义。
如上所述，“元”与“天”的关系主要表现在以“元”正“天”，从而赋予“天”以一种人文内涵。所谓“仁，天心”(《俞序》)，即集中说明了这一点。当然，董仲舒所讲的“天”，并非只有人文性，它还包涵宗教性与自然性。其中，宗教性是由董仲舒所处的历史条件和思想背景所决定的，这一意义的“天”主要用于“君权神授”和“神道设教”。
人文性是由董仲舒思想中的儒学内容所决定的，这一意义的“天”主要用于伦理政治方面。自然性是由宇宙万物的自然本性所决定的，这一意义的“天”(即“气”)主要用于一切自然事物(天地、阴阳、五行与万物)和人(包括人事治乱)，这是董仲舒天人感应论的基础。
应该说明，这三种含义的区别只是相对而言的。实际上，董仲舒所讲的“天”往往同时涵盖这三种含义，而不能截然分开。也就是说，这三种意义的“天”常常互相渗透、互相融摄。学术界以往过多地讨论、批判董仲舒哲学思想中关于“天”的神学意义，这显然是很偏颇的。
总而言之，董仲舒所讲的“元”具有人文价值的终极根源之意义，可以说是一个价值本体范畴；而“天”则是宇宙万物的本原依据，是一个哲学本体范畴。以“元”正“天”表明，宇宙万物的价值意义都是由人所赋予的，从而改造、发展了《易传·彖》关于“大哉乾元，万物资始，乃统天”的哲学思想。
(二)天止人继
说天人观是《易传》哲学思想的精华。而《易传》关于“继善成性”的人性论思想，又是《易传》天人观的精髓。学术界讨论董仲舒的人性论思想时，只注意到董仲舒所受孟、荀的影响，而没有注意到，董仲舒所受《易传》人性论的影响更为重要、更为深刻。董仲舒的人性论主要就是对《易传》人性论的一种继承和改造，成为董仲舒易学哲学思想的重要内容之一。
“故性比于禾，善比于米。米出禾中，而禾未可全为米也；善出性中，而性未可全为善也。善与米，人之所继天而成之外，非在天所为之内也。天之所为，有所至而止。止之内，谓之天性；止之外，谓之人事。”(《深察名号》）
“善如米，性如禾。禾虽出米，而禾未可谓米也。性虽出善，而性未可谓善也。米与善，人之继天而成于外也，非在天所为之内也。天所为，有所至而止。止之内谓之天，止之外谓之王教。王教在性外，而性不得不遂。故曰：性有善质，而未能为善也。”(《实性》）
这两段话的中心意思是一致的，可以概括为“天止人继”说。
“止”是指“善质”乃“天之所为，有所至而止”，“继”则指“性善”乃“人之所继天而成之外”。由“善质”到“性善”，关键在于一个“继”字。显然，这是接受了《易传》“继善成性”说的思想。“一阴一阳之谓道，继之者善也，成之者性也。”(《系辞上》)对此，余敦康先生阐释得很好，他说：“天人之间的沟通，关键在一个继字，继是继承，继续，继之则善，不继则不善。如果人不继承天道之阴阳，就没有本源意义的善。如果人不发挥主观能动性去实现此本源意义的善，就不可能凝成而为性。”当然，董仲舒并没有全盘接受《易传》“继善成性”说，而是有所改造。不过，这种改造在今天看来欠缺积极意义，主要表现在：第一，董仲舒过份强调“止之内”与“成之外”的区别，从而有割裂天人之道的连续性之嫌。因为，从天人连续性的观点看，“人道”即“天道”，“人为”即“天为”，其间不存在截然之别，正所谓“道一也，岂人道自是人道，天道自是天道！”(《二程遗书》卷十八)第二，董仲舒赋予“一阴一阳”以伦理善恶、主次等级的性质，从而有损《易传》所谓“一阴一阳之谓道”哲学思想的普遍性意义。第三，在此基础上，董仲舒过份抬高了“王教”对于完善人性的重要性，从而降低、甚至于消除了个人所具有的“继善成性”的主体意义和普遍意义。这一点应该说是严重的不足。不过，从董仲舒所处的历史背景看，他之所以抬高“王教”，目的是为了维护和推崇西汉“大一统”的政治格局。这在当时倒是有积极的历史意义。