辛亥革命以后，北洋政府时期的地方行政建置是省、道、县三级制，其行政机构职能与旧的行政机构职能有了很大的不同。当时的北洋政府一方面继承了清末新政对地方行政机构变革的基础，另一方面又设置了一些具有近代意义的行政机构。但是，由于政治混乱，机构名号不定，有些机构的设置仍不规范。以省级行政官员来看，名称就频繁变更，难有定名。在军阀统治时期，地方行政军政基本是军民兼治。民国元年（1912年）3月，北洋政府实行都督制，袁世凯任命赵惟熙署理甘肃都督，军民兼治，军政一体。1913年3月，军政分离，省民政设民政长职，但实际上仍由赵惟熙兼任民政长。民政长下设内务、财政、实业、教育四司，其中实业司是从劝业道演变而来的，教育司是从提学使司演变而来的，而财政司和内务司是新设立的。各司设司长1人，其下再根据相关事务设科。同时，改甘肃省咨议局为甘肃省议会，并成立了首届省议会，到11月，袁世凯下令解散省议会和县议会。1914年，实行将军制，改都督为督理军务将军，改民政长为巡按使，行政公署改为巡按公署，下设政务、财政二厅，将内务、教育、实业三司裁归附设在政务厅下。政务厅下设总务、内务、教育、实业四科。1916年7月，督理军务将军改为督军，巡按使改称省长，督军由省长兼任，行政公署改为省长公署，恢复省议会。1918年，复设教育、实业二厅。至此，甘肃省计有政务、财政、教育、实业四厅。1927年，甘肃省政府成立，省长遂废，设政府主席，下设财政、民政、教育、实业、司法五厅，各厅设厅长。至此，省级行政机构才算确立。
新的行政机构与传统社会的地方行政机构有本质上的不同，它以事设权，以事为线，诸事分设，各司其事，与传统行政机构权力集中，事权涣散的现象形成了鲜明的对照。省厅科等分层分科的行政机构的设立，具有进步意义。另外，司法机构的独立设置也是近代行政机构一个特点。民国2年（1913年），裁撤清末新政时设的司法筹备处，置高等审判厅和高等检察厅，直隶司法部，又分别设置了第一高等审判、检察厅（驻平凉），第二高等审判、检察厅（驻天水），第三高等审判、检察厅（驻宁夏），第四高等审判、检察厅（驻酒泉），第五高等审判、检察厅（驻武威），第六高等审判、检察厅（驻西宁）以及皋兰地方审判、检察厅。1927年，在民政厅、财政厅、建设厅、教育厅外，增设了司法厅，并将原来的高等审判、检察两厅改为省高级法院和检察处，后统改为高等法院。将原来的分厅改为第一、二、三、四、五、六分院。皋兰地方审判、检察厅改为皋兰地方法院。在对城镇的行政管理方面，将巡警道警务公所改为省城警察厅。民国6年（1917年），设甘肃警务处，掌管全省警察事务，后并人民政厅，设省会公安局。
民国以后，道的官员称为道观察使，也称为道尹。道的行政机关为道尹公署，下设内务、财政、教育、实业四科，置科长。县级行政官员称为知事，行政机关称为知事公署，隶属道尹。1927年以后，县知事改称县长，直属于省。各县行政机构内，相应的设立了财政局、建设局、教育局、公安局等机构。县以下设区（镇）、保甲。1925年，河西地区改三班为行政警察，并六房为一科、二科、三科，后又改为民、财、建、教四科。
其他事务性的行政机构也在逐步设立并完备。民国2年（1913年）设置甘肃国税厅筹备处。为了对烟酒的消费进行管理，民国4年（1915年）设甘肃烟酒公卖局，不久改为烟酒事务局。与此同时，将清末新政时出现的邮政副总局改为甘肃邮政管理局，从陕甘电政管理局分出甘肃电政管理局。诸如此类适应近代社会变革的事务性的行政机构的陆续设立，对人们的社会生活逐渐产生影响。这类机构牵涉的面比较小，故多处在临时设置时期，不太规范。但总的趋势是逐渐发展完善，显示出社会变革的潮流。
3．地方驻军
辛亥革命以后，地方兵制变化明显，仅最高军事机构就易名再三，先是各省以都督为最高军政长官。袁世凯时，废省都督制，实行将军制，都督改为将军，专管军务，都督府改为将军行署。段祺瑞时，将军改为督军，将军行署改为督军公署。1925年，裁督军，改为军务督办。不管最高军事长官名号如何变更，在军事长官之下设的镇守使，名号没有什么变更，当时在陇东、陇南、凉州、甘州、肃州、河西等地分别设立了镇守使，在青海、宁夏两地设立了青海护军使和宁夏护军使。
国民军入甘后，军队最高机构名号也随着政权的变更而变更。民国16年（1927年）：设国民军驻甘总司令，嗣后，裁撤镇守使、护军使。1930年，设甘肃全省保安司令。1932年，中央平息“雷马事变”后，设委员长西安行营兰州行署。1933年，改为特派驻甘绥靖主任公署，设主任一人（由省政府主席兼任）。1937年，又改为委员长西安行营驻兰州副主任办公厅。1938年，改为第八战区长官司令部，设长官一人，副长官三人，辖区为甘宁青新绥五省。1946年，改为军事委员会委员长西北行营，8月，改为国民政府主席西北行辕，设主任一人，甘宁青三省主席均兼任副主任。
北洋政府时期，陆军编制单位依次是师、旅、团、营、连、排。将领实行军衔制度。民国9年（1920年），废甘肃提督，提督所辖标、协、营、汛相继裁尽。固原提督和甘州提督改为两个镇守使，即陇东镇守使和甘州镇守使。提督下辖的原宁夏总兵、西宁总兵、凉州总兵、肃州总兵、河州总兵、秦州总兵也相继改为镇守使。其中，秦州总兵改为陇南镇守使，西宁总兵改为甘边宁海镇守使，西宁总兵和宁夏总兵先改为护军使，后又改称为镇守使。新增甘边阴平镇守使，不久又裁撤。此后清朝的绿营兵制彻底结束，被新的兵制所取代。
20世纪20年代甘肃逐渐形成了八个镇守使，他们拥兵割据，权霸一方。分别是：甘州镇守使马麟、凉州镇守使马廷勷、陇东镇守使张兆钾、陇南镇守使孔繁锦、河州镇守使裴建准、肃州镇守使吴桐仁、宁夏镇守使马鸿宾、甘边宁海镇守使马麒。当时甘肃的镇守使数居全国各省之冠，八个镇守使汉回参半，俗称“陇上八镇”。
地方军阀的军队编制基本沿用的是北洋政府时期的兵制，关于这部分情况，资料十分散乱，分分合合反复无常，在此不多赘述。可以知道的是，民国13年（1924年），北洋政府将省防军改编成陆军第一师，统辖第一旅、第二旅、骑兵团、炮兵团、机关枪营、工辎混成营、宪兵连、军乐连等，以后省驻军的混乱局面略有改观。国民军西进后，先后消灭了陇上军阀。1926年，国民军将领刘郁芬将回族军阀所辖兵力各编为一混成旅，继而又各编为一师。甘肃驻军改编为国民革命军第二集团军第二十四军，1929年又改为第二集团军第七军，不久又缩编为第七师。1928年以后，甘肃的驻军有国防军、省防军及地方巡警团。国防军驻扎在陇东、河西的公路沿线，少数驻扎在兰州及其他县份。省防军为地方武装，主力是保安处所辖的保安队、民政厅所辖的警察队、县政府所辖的自卫队，主要职责是维护地方治安。
三、基层权力
1．保甲
农民是中国社会的基础，农民生活状况如何是社会秩序稳定与否的关键，所以基层政权对农民的控制是相当严格的。这种控制手段的主要组织形式就是保甲制度，它发挥“了编查户口，劝善惩恶，稽查奸宄，守卫乡村”的职能。乡村的广大农户通过保甲组织被联系起来，分别纳入牌、甲、保三个等级。州县地方行政权力通过发给每十家的牌长循环册与门牌，由牌长详细填写每户的户主、丁口、姓名、年龄、职业、田亩以及妻妾、兄弟、子女、孙婢、左邻右舍等情况。其目的就是将农村各家各户置于左邻右舍的严密监视之下，控制人口的流动，稽查往来，防范人民互相串联和结盟拜会，清查窝藏隐匿的“盗匪”。可以说，保长、甲长是国家政权设在基层的耳目，负有稽查和通报的职责。
保甲长主要稽查盗窃、邪教、邪书、赌博、赌具、窝逃、窝奸、私铸、私销私盐等违法犯罪行为，一经发现应立即上报州县政府。这样，保长、甲长就直接控制了每家每户的情况，他们对所属范围内的社会治安向州县长官负责。把广大的分散的农民统统编入保甲之网，每县若干保，每保若干甲，每甲若干牌，每牌若干户，本来对广大农村鞭长莫及的政权，通过这张大网，便实现了对广大农民的控制。近代以来，基层控制基本沿袭的是清代推行的保甲制度。在少数民族聚集地区，其基层组织又有一套独特的运行体系。如东乡族有三十六会，会比以后的乡稍微大一些。撒拉族有工等。
以下将《甘肃通志稿》记载的保甲情况摘录如下，可以看出近代保甲的相关情况。“保甲之制，大而镇集，小而村庄，或千家数百家以及数十家，俱按各街巷之横直长短，单面街挨编，合面街对编。自第一家至十一家内，以一家择为十家长，以统十家为一甲。自第一甲至十甲为一百一十一家，内以十家为十家长。以一家择为保正，以统十，十家长并十甲分之。百家为一保，自第一保起，每保总以百家为率，如此庄编保之外，尚有畸零甲分，谓之畸零甲，即附统于末保之保正，保正如人户不足一甲，谓之畸零户，即附统于末甲之十甲长。其庄村不及百家者，附近有一二十家或十余家之小村，准其附入，以足一保，谓之合保。如村外独户，令其移住大庄，以便照管。”除保甲外，有的地方还有乡约和耆老，有的保甲长由乡约和耆老担任，有的乡约和耆老由民问选出以后，维护地方自治。
2．民团
完备的社会权力体系并不是严密的“蜘蛛网”，其对社会的控制也有局限性。在边远的地方，行政管理比较薄弱，这类地区多实行民间自我控制。一些较偏远的县、乡、村，村民结社自保，维护治安。每个村落或是宗族就是一个小社会，其内部有一系列的自我保护措施。如有的村落，为了本村落安全，采取相应的防范措施，而有的宗族，又有保护本宗族平安的措施。这些小社会的防范措施的良好实施，保证了小范围社会的平安运行。为了保证一村一庄的安全，各村庄在交通要道设墩铺，便于诘奸匿，严警备。乡村墩铺由二三十家或四五十家共筑一墩，每墩设总甲一人，遇警报，则发柴烽信号传示附近各乡，各乡则聚敛人畜，屯聚防卫。
在社会处于动荡的时候，权力体系对社会的控制就显得力不从心了。甘肃近代战事频仍，接连不断的战事使地方安全难有保障，各地纷纷举办团练，结团自卫。“同治初，甘肃回乱，皋兰范铭练黑头勇，静宁张明新练刚子营，皆人民自行团集，选取壮丁，按军法训练，用以防卫乡土，保护身家。”当时在人口密集的村落都有这种地方性的自保团体。进入民国以后，陇东、陇南等地受白朗起事的影响，一些乱事所及地区也出现团练性质的民间自保组织。这些团练都有社会自我防范性质。
在近代世事混乱，土匪蜂起的社会背景下，为了防盗御匪，在某些地方，经乡绅富户倡导，自发组建了自卫武装——民团。民国16年（1927年）11月，甘肃省政府颁布了《保卫团条例》及《剿匪清乡办法》，责令合水、庆阳、宁县等43县试办。于是在官府的倡导下，各地陆续创办了民团，在合水县就陆续办起了二三十个民团。民团的装备是向当地百姓摊款购买。到20世纪30年代，合水的民团组织开始变异瓦解，有的被国民党地方军阀收编利用；有的自行解散；有的则变成了明团暗匪；有的成为地主武装，和根据地为敌。
地方自保除了组建民团，各个小社会还有各种防范措施。如一村一庄，为防匪患，而自发组织了各种民间组织。在陇东的一些县份，每当麦黄果熟时节，为防止行人偷抢、攀折，相邻的数村自发组织祭火庄，俗名“羊头会”。参加会的人须结盟，结盟时杀羊以敬土地神，有歃血为盟之意。庄浪县在每年农历十月朔日在庙宇成立羊头会，首领由地方耆绅担任，器械自备，商议内部的规矩后，写在木板上和羊头同悬于路口。这类民间组织严密实用，防范很有成效，使盗贼不敢祸害乡里。但也有被地方恶霸把持后，出现自卫组织为其所用的情况。当地的一些村落还有狗头会，性质和羊头会同，所不同的是每三年杀一只白狗来祭祀神。
四、城镇警政
近代城镇在规模、职能、构成等方面都有别于传统城镇，传统城镇的权力控制已经不适合近代城镇发展的需要了。传统社会没有警察机构，近代城镇兴起后，设立了警察机构，进行城镇治安管理。光绪三十一年（1905年）十一月，甘肃成立全省巡警总局。总局在城内设立东局（在小石子山）、西局（在百子楼）、南局（在黄家园）、北局（在庄严寺），在城外东关、南关、西关、新关、太清宫及河北庙滩子等处各设1所分局。所谓“省会城关分局十，有文武正副巡四十员，教习十员，绅士十人，巡兵四百六十名，分段梭巡。其各府厅州县均照定章，就地方繁简设局”。以后各县城也陆续设立了巡警局，后改为巡警道，民国初年改为省会警察厅，均系专门设置，但组织简单，章则不备。民国17年（1928年），全省警务始归民政厅接办，各种设施照旧章。1932年，省政府改组，重订组织章程，设立省会公安局，内设四科一处，外设五局及保安、消防、侦缉、清洁、骑巡、水上各队暨长警补习所、警捐所、医疗所、济良所、拘留所等。其职能初具规模，月需经费两万余元。1937年，改为警察局。各县的情形是：民国3年（1914年）政府通令各县将原来的巡警改为警备队，以本营镇守使道尹为警备队总司令，县知事为警备队司令。1932年以后，各县设立了公安局。省政府按各县人口、面积、财政情况将各县公安局分三等，官警名额、经费多寡均按三等执行。1936年奉令裁局改科，仅留天水、平凉、武威公安局，其余各县一律将局取消。仅在县府内设一警佐，掌理全县警务。县设分区以后，各区设一巡官和区警若干。
甘肃近代社会权力对社会的控制，从总体上看，基本处于无序状态，军阀混战，轮番执政，社会无法承载如此多变繁杂的权力体系，老百姓的生活十分困苦。据有关资料记载，青海东部农业区的农民感叹：“乐都在二十余年前，当满清时代，人民安居乐业，生活甚低。自入民国，捐税日重，名目更多，几至数十种，令人头脑皆昏。以致百物昂贵，生活日高，小民胼手胼足，终日勤劳，难得一饱。卖儿鬻女，视为常事，而官府追比，犹不稍贷。古云：‘宁为治世犬，不为乱世人’，此语确有道理。”