（二）内部控制制度本身建设不到位。
中小商业银行现行许多制度是从传统的计划经济时代演变而来的，有些制度虽经不断修订，但尚未从根本上进行改革。
主要表现：一是制度不完整。尤其是一些新业务和计算机业务的管理制度建设不到位，适应不了新业务的发展。而且，中小商业银行规范改革以后，内部管理体制发生了变化，如法人治理结构的变化，理事会、监事会、股东代表大会等民主管理组织的变化，都需要有完善的管理制度和管理规定与之相配套。只有这样，才能保证新业务的健康发展和内部民主管理组织的正常运行。二是制度本身不完善，与中小商业银行的管理实际脱节。由于行业管理组织没有建立或刚刚建立，没有自上而下统一的管理制度，有的管理制度过时了，有的则不完善，适应不了中小商业银行管理工作和形势发展的需要。影响了内部管理水平的提高。三是制度不系统。目前不少中小商业银行在内部控制制度建设中重此轻彼，各取所需，缺乏系统的统一考虑，使现行的内部控制制度缺乏系统性，影响了内部控制制度整体作用的发挥。
（三）各职能部门之间、业务部门之间、岗位之间缺少必要的制约和监督，基层中小商业银行内部控制制度执行不严，监督不力，制度落实不到位。
上级主管各职能部门、业务部门上下自成体系，各自为政，工作指导只针对本部门，相互之间缺乏协调、制约和监督。部分基层中小商业银行，内部业务岗位之间相互监督，相互制约制度未能完全落实，内部控制制度操作执行情况不尽如人意。在实际工作中，有些制度还没有真正落实到实处，对制度“说起来重要，做起来次要，忙起来不要”的问题，还没有得到根本解决。有些制度由于监督不严或监督脱节，执行起来容易走过场，形成硬制度，软执行。特别是信贷管理方面，“三查”制度流于形式、人情贷款、关系贷款屡禁不止，屡查屡犯，越权放贷时有发生，一部分中小商业银行实质上没有形成真正的审贷分离制度，仍存在“一手清贷款”现象。再就是在财务管理、结算方式、现金管理等方面没有严格按照法律的规定执行，工作上疏于管理，缺乏必要的管理制约机制。
（四）法人治理结构尚未真正建立，对权力缺乏有效的制约手段，基层银行“一把手”难以受上级银行有效监督。
目前全国大部分中小商业银行实行的是多级法人制，从形式看，大都设立了社员代表大会、理事会、监事会、经营班子等一整套治理机构。在这个结构中，社员代表大会代表所有者，是中小商业银行最高权力机构；理事会由社员代表大会产生，拥有决策权；中小商业银行行长由理事会聘任，拥有经营权；监事会拥有监督权，按照这种制度安排完全符合现代企业制度的要求。但在实际运作中，这些相互制衡的“三会”制度并未产生“三权”制约的实际效果。作为委托人的社员代表大会与作为代理人的理事会，由于信息不对称和道德风险的存在，二者之间的行为目标并不总是能够保持一致，社员代表大会实质上也是理事会控制；中小商业银行行长由理事会提名和聘任，而且理事长可以兼任行长，这就将相互制衡的理事会和行长置于同一主体的控制之下；而监事会没有常设机构，对理事会和行长没有弹劾权。这样，所有权力实际上集中在中小商业银行行长一人手中，容易形成“内部人控制”，其经营决策往往失去有效的监督和制约，而失去约束的权力必然产生逆向选择、道德风险和滋生腐败。
（五）中小商业银行组织建设不到位，监督职能弱化，从而造成监督检查不到位。
目前，中小商业银行的内部控制组织建设薄弱，大多数中小商业银行是以内部监察部门为主。而内部监察部门一方面人手少，有的分行数十个网点、五百多名员工，仅有两三名稽核人员，还担负着纪律监察任务。内部控制检查不能形成合力，监督检查的深度广度和频率不够，对有关业务的相关人员的监督检查存在一定的盲区和死角。如对传统业务监督检查多，对新兴业务监督检查少；对操作的合规性监督检查多，对合法性、风险性和效益性监督检查少；对一般员工监督检查多，对决策和管理人员监督检查少；对事后监督检查多，对事前、事中预警和监督检查少。因此，往往会出现有章不循、违章不纠或处理不严、屡查屡犯等问题，稽核监督的质量难以保证。另一方面稽核组织力量薄弱，功能不全，缺乏权威性和独立性，再加上内部控制组织与保卫、会计部门协调配合不够，内部控制组织及人员的专门规定甚少，导致内部控制组织独立行使稽核监督权困难重重。
（六）内部控制制度执行监督不力，责任难落实，处罚力度不够。
目前大部分中小商业银行由于各种原因未执行事后监督制度，无监控设备，因此一人临柜的现象时有发生，对内部控制制度执行的监督流于形式。一些检查大多是事后的，不深入，不细致，往往停留在对业务凭证的审查和账务核对上。即使有的设立了事后监督岗位，也往往存在着重录入，轻审查；重凭证要素，轻资金对转关系，重账表的核对，轻内部科目的对应关系，不能进行全面的检查和对风险的评估，造成内部控制制度执行中深层次的问题难以发现。
责任追究不严，违章操作查处不力。有的中小商业银行对违法违纪行为见怪不怪，麻木不仁，有的问题暴露之后，不及时采取措施，查明原因，进行纠正，而是不闻不问，隐瞒不报，能捂则捂，能盖则盖，搞“内部消化”。究其原因，有的是单位负责人担心把问题捅出去，会损害单位形象，影响个人政绩；有的是单位领导本身不干净，担心拔出萝卜带出泥等等。致使有些问题由小到大，有的人越陷越深不能自拔，最后走向犯罪的深渊，在客观上给犯罪分子开了绿灯。
（七）有内部控制约束规制，缺内部控制激励机制。
从总体上看，大部分中小商业银行的内部规章制度都比较健全的，涵盖了信贷、财务、审计、保卫等各个岗位和各个操作规程，但管理监控性的多，强制性的多，约束性的多，缺乏激励性的内部控制机制，特别是对经营管理者没有建立有效的激励机制。事实上，在出资者一经营者关系中，要强化激励与约束，就必须对经营者实现责任（利益）的货币化和契约化（法律化）。但现实中中小商业银行主任及经营管理层的报酬非货币化和责任非契约化十分明显，出现了事故、风险，可以按规定扣工资奖金和无限赔付，但做出业绩，做大规模却不能随之增加收入，没有引进股份制商业银行的业绩工资制，因而没有调动经营管理者的积极性和创造性。
二、中小商业银行内部管理问题溯源
一般说来，中小商业银行内部控制普遍薄弱。这种内部控制上的问题，其时就是中小商业银行管理上的缺憾。中小商业银行的内部管理问题主要是下面一系列的原因造成的：
（一）中小商业银行长期以来产权不清晰，产权约束缺位
由于缺失一个真正意义上的所有权人，中小商业银行的经营管理缺少来自于财产所有者的监督；同样，由于“剩余索取权”不清晰，就无人真正关心中小商业银行是赚是亏；在此情况下，相当多的中小商业银行经营者误认为中小商业银行就是自己的，想怎么干就怎么干，“经营者主权”至上在此背景下演化为“内部人控制”；即使有一些外部监督，也因中小商业银行缺乏内在机制的原因，达不到预期效果；甚至，管理者与经营者可能产生“合谋”，默许或纵容违规，损害中小商业银行利益。
（二）管理基础薄弱
这不单指中小商业银行行长、县（市）联社经营班子成员的知识素质，更重要的是中小商业银行缺少内部控制方面的经验和其他方面的知识性资产。目前我国中小商业银行还缺乏这方面的学习、培养与积累，尤其是缺乏支撑管理的市场分析技术、信息采集与处理能力、企业文化等方面的知识性储备，如由于中小商业银行机构小、规模小、布局分散，单个的中小商业银行或是县联社很少也很难对市场、产业景气和风险做出前瞻或系统性的预测或判断，反映在信贷内部控制上就是指导性差，信贷决策或信贷行为的调整不适应现实经济的要求。
（三）内部控制意识淡薄
信贷内部控制作为一项重要的管理活动，必然要付出成本，如设置相应工作人员的成本，学习和借鉴管理经验的成本，取得累积性组织能力的成本等等，这对中小商业银行而言可能是一种“沉没成本”，因为它不可能在经营活动中得到直接、可计算的补偿，出于这种考虑，一部分中小商业银行就或多或少放弃了对内部控制的追求。在他们看来，通过制度实现信贷内部控制，还不如把主要精力放在对下级所谓的“一把手”的信贷控制上，因此，在管理的价值取向和行为选择上缺少以制度为主进行内部控制的动力，难以建立一个以制度为核心的内部信贷管理机制。
（四）个人利益或小范围部门利益与组织整体利益的冲突
主要表现是许多中小商业银行为追求“小金库利益”或小范围部门利益而忽视规章制度的存在；只注重短期内账面结果的平衡而忽视实质性违规的存在；为追求所谓的效率而忽视遵守程序性规则的必要性；缺乏外部有效的监督而使内部程序发生颠倒、混乱等等。在这个方面，目前普遍存在的现象是，尽管对许多违规行为大家都心知肚明，对其潜在的风险也不是不知道，但是在各项考核指标的巨大压力下，这些做法还是成为中小商业银行系统内不少人都默认的“潜规则”，如果严格照章办事反而会影响业绩增长。在这种情况下，中小商业银行传统的盈利性、安全性和流动性三大原则在实际运营中，变成了忽视安全性和流动性，只追求盈利性的单一目标，“败德”行为、机会主义于是盛行一时。
（五）稽核部门的非独立性
主要表现是：第一，审计地位不超脱。稽核部门作为联社的内部机构而存在，这种稽核管理体制，不能对由于主任决策失误造成的损失进行有效的监督。第二，稽核部门不能独立行使监督职能。稽核部门要对主任负责，对审计查出的，不经主任同意就不能上报，不能独立做出处罚决定。第三，监督的滞后性。稽核部门是对已经发生的经营行为进行事后监督，没有渗入到经营管理的开始与过程中进行监督。第四，审计机构与审计人员缺乏必要的地位和权威。
三、加强中小商业银行内部管理的对策
根据上述对中小商业银行内部管理问题的分析和溯源，我们完全可以通过一系列的管理措施来提高中小商业银行的管理水平，从而获得核心竞争力的提高。
（一）加快改革，理顺现行管理体制，是加强中小商业银行内部控制建设的治本之策。
多年来，中小商业银行由于管理体制不顺，产权制度不明晰，法人治理结构不健全，管理职权和责任未落实，导致了中小商业银行内部控制建设严重滞后于业务发展，给中小商业银行的健康可持续发展带来了极大的隐患。因此，加强中小商业银行内部控制建设，必须首先理顺现行管理体制，改革产权制度，完善法人治理结构，要根据国务院深化中小城商行改革试点方案要求，因地制宜，按照不同的产权模式选择确立相应的法人治理结构。重点是明确社员代表大会、理事会、监事会和经营班子各自的职责，切实发挥决策、管理、监督、执行职能。唯有如此，中小商业银行内部控制建设才能事半功倍，金融风险也才能得到有效控制和化解，中小商业银行的各项业务也才能得到进一步规范、健康地发展。
（二）抓思想认识到位，打牢思想基础。
必须充分认识加强内部控制制度建设和执行的重要性，完善和执行内部控制制度不仅是防范和化解金融风险的需要，也是经营管理水平的体现和实现金融资产安全性、流动性、效益性的基本要求，对中小商业银行来说内部控制制度的建设和执行像人的眼睛一样重要而不可缺少，是生命线。内部控制制度不健全、执行不到位，易产生内部人员作案，造成重大的资金和财产损失。健全的内部控制制度是规范、保障和促进中小商业银行健康发展的前提。特别是管理层一定要提高认识，把执行内部控制制度建设放在防范和化解风险的第一位。
人的思想素质是内部控制制度落实的关键。因此，要从提高全员内部控制意识，增强法纪观念人手，把加强员工思想政治、职业道德教育与加强内部控制意识工作有机地结合起来，帮助员工树立正确的人生观、价值观，发挥员工的主观能动性，提高工作效率和质量，促进内部控制制度的贯彻落实，将失误风险降到最低。
（三）不断修订和完善各项内部控制规章制度，增强内部控制制度的系统性和可操作性
制度是对我们每个员工业务行为的一种管制和约束，我们的工作如离开规章制度，必将屡出差错，甚至酿出大乱，金融风险将随时可能发生。因此，必须建立一套完整、配套的规章制度作为我们各项工作的基本行为准则。一是对现行的一些内部控制制度要进行梳理和修订，对已经过时或部分过时的内部控制制度该废弃的要废弃，该完善的要完善；同时要根据新业务的发展需要和中小商业银行民主管理体制的新变化，及时制定与其相配套的新的内部控制制度，从而形成完整的、系统的内部控制制度体系。二是要制定和完善内部责任体系。一方面要通过授权、授信明确各部门、各分支机构的职责权限；另一方面要健全岗位责任制，将内部岗位进行职责细分，明确每个员工的岗位责任，使每个员工在其岗，明其责，从而形成完善的岗位责任体系。三是要按照从严治社的原则，进一步完善违规行为和失职行为的责任追究制度体系。构建上述制度体系，需要统一规划，具体操作过程中可以从基层抽调部分有经验的业务骨干组成专门班子，在充分调查论证和广泛征求意见的基础上，按照上述三大内部控制制度体系，分工进行梳理、修订和完善，力求新的内部控制制度体系具有完整性、统一性，并努力使其规范化、科学化。
（四）建立合理的内部控制组织机构