在连环三案中，有一个人身陷其中，成为东林党人打击的主要目标，那就是方从哲。
首辅方从哲于万历四十一年（1613年）进入内阁，第二年成为首席大学士。万历朝的最后几年，内阁中就只有方从哲一人独相，权势极大。
其实方从哲并不是一个强势的独裁者，史料对其评价是“性柔懦，不能任大事。”
首辅方从哲作为帝国官僚集团的带头大哥，这是东林党人最不能容忍的地方。为了壮大己方势力，他们自然会将方从哲视为自己的打击目标。礼部尚书孙慎行（东林党党人）在劾疏中就直接指认方从哲犯下弑君之罪，“纵无弑之心，却有弑之事，欲辞弑之名，益难免弑之实。”而且请求天启皇帝为帝国除恶，杀了方从哲。
这时候，方从哲为了能够摆脱东林党人的纠缠，做了一件自认为聪明的事。
他在征得中书省各位阁臣的同意后，颁布了由他亲自起草的遗诏。在这份遗诏里，他以明光宗的名义褒奖了李可灼，并诏赐钱物。方从哲以为这样就可以平息言官的攻击。结果事与愿违，这份褒奖李可灼的遗诏刚一颁发，就引得朝堂内外群情沸腾，攻击更甚。
方从哲本来就因为“三大案”成为众矢之的，在避无可避的情况下，他只好提出退隐的要求。为了缓和政治斗争引发的矛盾，天启皇帝也就顺势批准了他的要求。
泰昌元年（1620年）十一月初，在帝国权力场上执政八年的方从哲，在萧瑟的秋风中黯然地离开了帝都。
对于少年朱由校来说，他来到这个世界上，接受的第一门人生课就是政治斗争，这在一定程度上影响了他后来的思维判断和行为方式。
一是成年后的天启皇帝始终对政治意兴阑珊，以旁观者的姿态参与帝国事务；
二是天启皇帝缺乏安全感，始终在极力地逃避现实，将自己固着在幼年状态。而这种心理幼稚的外在表现，就是对母性（他的乳母）长久依恋。
少年天子朱由校在运作皇权时急需一位政治代理人，或者说是权力经济人。从朱由校从政的经历来看，他应当属于那种不愿意承担皇帝职责的“甩手派“君主。他的“甩手”并不是将权力完全甩出去，而是将政务当作一个皮球踢给了他的权力代言人——宦官。
在天启皇帝登基前后的一个月时间里，对于帝国的新主人而言，这一个多月的风云激变，无疑是个人社会化进程中的一个重要关节点。更何况朱由校只是个心智初开的少年，又加上本身属于断奶比较迟的晚熟型男人，对未知的帝国命运缺乏安全感。
在这三十多天的时间里，他耳闻目睹了太多的宫闱阴谋和权力党争。而这所有的一切都集中于：篡夺或者分肥帝国的权力。
这时候内官中的第一号人物是大太监王安，王安不光是先帝（明光宗）的伴读太监，更是东林党中许多政界要人的好朋友。在“移宫”案中，就是他与东林党人里应外合，逼走了李选侍。
王安在明光宗朱常洛即位之后就迅速晋升为司礼监秉笔，成为光宗身边最为信赖的宦官。