非东林党人士则认为，光宗之死与红丸无关，东林党人的推理只是一种主观臆断。其实细究之下，明光宗在服下红丸之前已经是病入膏肓，服用红丸只是催发了病情的恶性发展。
所谓红丸，其实就是“红铅金丹”，又称“三元丹”。其炼制所用的配方十分变态，取处女初潮之经血，谓之“先天红铅”，加上夜半的第一滴露水及乌梅等药物，搅拌在一起煮，熬成药桨，再加上红铅、秋石（人尿）、人乳、辰砂（湖南辰州出产的朱砂）、松脂等药物炮制而成。
御史王安舜认为：先帝之脉雄壮浮大，此三焦火动，面唇紫赤，满面升火，食粥烦躁。此满腹火结，宜清不宜助明矣。红铅乃妇人经水，阴中之阳，纯火之精也，而以投于虚火燥热之疹，几何不速亡逝乎！
王御史的说法还是有一定科学依据的，李可灼进献红丸促成了光帝之死，并不说明这就是一起有组织、有预谋的弑君事件。李可灼进献的“红丸”与先前崔文升进献的大黄药性相反。身体本就极度虚弱的朱常洛，在最后的岁月连遭性能相反而且猛烈的两味药物的折腾，岂能不暴毙而亡。
东林党人揪住这个问题大做文章，出于两方面考虑：一是要全力以赴将首辅方从哲牵扯到这个案子里，借机将他踢出帝国权力核心地带，由东林党大臣取而代之；二是暗示这个案子的幕后主使是郑贵妃，这样就可以向世人强调数十年来的“国本之争”是合乎天意民心的事，以此标榜东林党人的政治业绩。
东林党人借着“红丸”案将郑贵妃拉下水是一种策略，其实这个案子是不值得推敲的。之所以不值得推敲，是因为这时候的郑贵妃缺乏杀人的动机。宫廷斗争是残酷的，步步惊心，一步错就会将自己陷入万劫不复。任何一个决定，都会产生要命的连锁反应。人都有趋利避害的一面，任何一个参与博弈的人，都不愿意去做赔本的买卖。
光宗这时候已经即位，就算死了也会将皇位传给自己的儿子。而郑贵妃想将自己的儿子福王朱常洵推向帝位，也是不可能完成的任务。而此时光宗的郑贵妃的关系已经有了极大的改善，郑贵妃也有了成为皇太后的想法。
东林党人执意要将郑贵妃拉下水，其目的昭然若揭。此举无非是向帝国的新主人天启皇帝邀功，为长达将近二十年的“国本之争”找到一个理由释放的出口。他们就是要向帝国的臣民们明白一个所谓的真相：郑贵妃一党是邪党，一直以来以褫夺光宗的皇储地位，以加害光宗的性命为奋斗目标。新皇能够顺利登机，也全是东林党人的奋斗结果。
就在“红丸”案纠缠不清，泰昌皇帝死因未明。东林党人又一手炮制了连环三案中的“移宫案”。乾清宫是内廷的正宫，是皇帝和皇后居住的地方。明光宗朱常洛在生命的最后时日里，就是住在乾清宫，李选侍陪侍在侧。
李选侍是光宗最为宠幸的妃子，很受光宗的宠爱和信任。明熹宗朱由校（天启皇帝）和明思宗朱由检（崇祯皇帝）生母早逝，他们都曾由李选侍抚育。一次，光宗当着群臣的说：“先侍数产不育，可惜只有一个女儿。皇五子也没有母亲，也是选侍抚育。”
光宗言下之意，就是要让朝臣们知道李选侍的地位等同于皇后。
光宗驾崩当天，朝臣都赶至乾清宫，要求见皇太子。李选侍不让他们进宫，还命亲信太监将群臣挡在门前。东林党人给事中杨涟、大学士刘一燝和光宗皇帝的亲信太监王安就内外联合，连吓带骗，将朱由校强行弄了出来。
第二天，东林党主将之一的左都御史左光斗等人上书，要求李选侍马上搬出乾清宫。李选侍当然不会同意，她派太监去向天启皇帝朱由检求援，希望朱由校能够为自己争取利益压制群臣。结果派出去的太监被大臣挡在门外，没有见着天启皇帝。
几天后，群臣齐集慈庆宫外，要求朱由校下诏，令李选侍搬出乾清宫。在东林党人一再坚持下，李选侍只好搬到宫女养老的鸾宫去居住。
在这种情势下，东林党人的非常规手段，引发了一些非东林党人的不满。以此为起点，两大党派之间展开了一场拉锯战。
移宫案其实是帝国权力集团的双线运作，明暗两条线互有转换。从明面上看，移宫案是李选侍企图挟太子自重，实际上是东林党人想通过控制皇帝，成为帝国权力博弈的操盘手。一场连环案，东林党人的博弈重点并不是放在“移宫”案上，而是企图利用权力之争，来不断扩大自己的利益版图。
万历皇帝死后，朱常洛重用东林党人。东林党人遍布朝堂，明光宗在位一个月就突然死去，东林党人要想在新的权力结构中，保持胜利的果实，那就要想办法控制住新皇帝。
其实明光宗在临驾崩之前，对帝国的后事已经做好了安排，尤其是册立太子之事。他遗命由朱由校继位，李选侍封为皇贵妃，负责养育太子并帮助太子处理政务。朱由校的生母王氏原是太子宫中地位不高的一位侍妾，因为生了皇长孙，母以子贵，封为才人。但王才人命薄，没等天启帝长大成人就死去了。其后，李选侍以宠妾的身分争取到对太子长子的监护权，直到光宗即位之后。天启帝幼稚晚熟，虽然已经十六岁了，却没有对其监护者李选侍表现出一点独立意识。
明光宗在驾崩之前曾经召集首辅方从哲等大臣于乾清宫开过一个托孤会议，对后事做了专门的安排。明光宗这么安排也是经过一番利益考量的，当时太子朱由校还是未成年的孩子，按照惯例应该由母后辅政，但是太子的生母早已不在人间，太子也是由李选侍抚育。明光宗也有心安排自己最宠爱的妃子担负起母后这个角色，以制衡朝臣。
为此明光宗封李选侍为皇贵妃，专门负责养育太子并处理政务。明光宗去世时，朱由校已经册立为太子，李选侍还没有被封皇贵妃。可以说李选侍履行母后职责，辅助朱由校并住在乾清宫，是明光宗驾崩时已经安排好的。
在这里有一个疑问，那就是明光宗为什么没有一步到位将李选侍封为皇后？这样的话，对于李选侍辅政将会更加名正言顺。
其实明光宗应该考虑过这个问题，他之所以没有这么做，还是因为李选侍毕竟不是太子的生母。李选侍与太子的生母有过矛盾，他也要对李选侍留一手，防止李选侍权力过大威胁到皇权，这也是李选侍没有成为皇后的主要原因。
明光宗看人的眼光还是很准的，也就是在那次病榻托孤中，李选侍拉着朱由校也在场。当时李选侍在朱由校耳边嘀咕了一番，朱由校居然在明光宗的病榻前要求：封李选侍为皇后。这一幕让皇帝和在场的大臣们脸色大变，不禁愕然。他们一方面觉得李选侍太不懂礼数法度，另一方面也感到十六岁的皇长子朱由校的表现像个未断奶的孩子，仍由李选侍摆布，将来难当大事。这也是为什么在明光宗死后，朝臣们催逼李选侍移宫的主要原因之一。
明光宗在驾崩之际，故意在帝国权力核心层造成这样一种三方博弈的格局，朝臣与李选侍相互制衡，朱由校居中摆布。
在明光宗死亡当日，以杨涟、左光斗、刘一燝为首的东林党人就开始为朱由校举行立太子的仪式。这么做的目的就是要在帝国的官员和百姓中造成一个假象，李选侍的存在威胁到了皇权。他们要求李选侍移宫，是为了正本清源。
东林党人打着捍卫大明道德法理的旗号运行权力，其实只是为了能够在将来帝国的权力新格局中实现利益最大化。
东林党人这么做显然是违背了明光宗的遗命，李选侍既受皇命，那就要履行自己应尽的职责，她当然不能坐视东林党人的霸道行为。而东林党人无视先皇遗命，为了能够控制新皇帝，他们就必须在这场三方博弈中，想尽一切办法将李选侍踢出局。他们要求李选侍空尽快搬出乾清宫，与太子脱离关系。
为此他们不惜撕去自己的道德外衣，用尽各种手段。他们结党上门逼宫，催逼李选侍搬出乾清宫。甚至连李选侍想与太子乱伦这样的理由都能生造出来，可见在权力面前，以学术涵养著称的文人也无所谓道德底线。
首辅方从哲认为迟搬几天也可以，可东林党人却心急火燎，表示如果李选侍一天不搬出乾清宫，他们也赖在这里不走。在东林党人的催逼之下，李选侍只好搬到宫女养老的地方去住。离开皇帝身边的李选侍，就像一个武林高手废去了自己的武功。对于李选侍来说，她失去的是参与辅政的能力。
由此可见，移宫案的实质在当时的背景下相当于一次非暴力政变。在帝国皇权的交接时刻，既定的政治格局需要来一次重新调整，有时候面临的还是一种颠覆性的破坏。为了能够通过控制新皇帝而继续掌控权力，东林党人在帝国新旧势力交替之际，不惜使用这种非常规手段。