而万历皇帝也逐渐对东林党感到厌恶，因此直到万历年间，东林党人在这场帝国权力博弈格局中始终没有占得上风。
官员之间的权力党争并没有发展到在朝堂上短兵相接，很多时候，他们只是利用“京察”的机会互相攻击。明代对官吏进行考核有两种制度：“京察”和“外察”。“京察”每六年施行一次，考察对象是在京任职的官员；“外察”每三年一次，是考核在地方上任职的官吏。
“京察”不同于那些随便走过场的干部考核，因为管理京察的，是六部尚书之首的吏部尚书。如果一个官员在“京察”中出了问题，那么他在官场上也算走到了尽头。
万历皇帝虽然在即位问题上一拖再拖，可最后还是做出了妥协和让步。万历二十九年（1601年）皇长子朱常洛被册立为太子。这时候，他已经年满二十岁。
“国本之争”虽然有了一个形式上的结果，可是在这漫长的斗争过程中，对帝国权力系统造成的破坏是无法计量的。
帝国虽然有了名义上的太子，可是在万历皇帝的心中却并不认同这个太子。正因为内心的不认同，导致他对朱常洛的态度也非常冷淡。加上这时候外朝内廷不断有流言传出，皇帝早晚会废了太子，再立皇三子朱常洵（福王）。在这种局面下，使得太子朱常洛和他的身边人都陷入一种焦虑状态。
所有人都不看好朱常洛这个太子，连他自己都对未知的明天充满了怀疑。他无法安心待在东宫做一个享受型的宅男，等待皇权易手的那一刻。
万历三十三年（1605年）年底，皇长孙朱由校（后来的天启皇帝）降临人世。朱由校的降生并没有为这个步履沉重的帝国带来多少轻松，反而让那些帝国言官们又找到了一个更好的炒作话题。
皇长孙朱由校的出生，并没有让万历皇帝对太子改变态度。不仅没有改变，万历皇帝还把施予太子的冷漠又同样复制了一份送给皇长孙朱由校。万历四十三年（1615年），一位御史上奏“皇长孙年已十龄，未闻出阁，岂成燕翼之深谋？”也就是说，太子皇孙的朱由校已经年满十岁，可还是没有接受过宫廷的正规教育，将来怎么能够担当大任。这份奏章始终被万历帝皇帝“留中”，没有做出任何的回应。
这难免会让那些帝国官员们浮想联翩，当年太子朱常洛也有过同样的人生际遇。
万历十八年（1509年）初，当时还不是太子的朱常洛已经八岁，已经过了正式入学读书的年龄。在朝臣的压力之下，首辅申时行等四位大学士集体向万历皇帝请愿，提出“皇长子年已九龄，蒙养豫教，正在今日。”
朱常洛的出阁读书涉及到一系列的仪礼问题，必须要确认他的太子身份。万历皇帝宁可拖着耽误皇子的教育，也不愿意把册立太子的问题提到日程上来。太子受教育的重要性不言而喻，历代统治者无不重视皇帝和太子的教育，制定一系列典章制度，并慎重选择皇子的讲官和近侍，尽心培养帝国的接班人。在太子的教育问题上，
明朝虽然制定了皇太子出阁讲学的礼仪程序，却没有规定皇子入学接受启蒙教育的时间，也没有确立对未册封为皇太子的皇位继承人提前接受教育的权利和规范。
当时的皇家教育(尤其是东宫教育)是建立在册封基础上的，没有取得太子的名分，名不正言不顺，虽贵为皇子，却因为敏感特殊的身份，不仅不能接受正式的教育，甚至连最起码的基础教育也难以进行。
朱常洛的教育问题一拖再拖，主要是因为太子身份始终未决。因为万历皇帝的冷漠态度，使得朱常洛受册封为太子后，也没有得到一个太子应该得到的受教育机会。
由于万历皇帝在位时间过久，他不光耽误了太子朱常洛的教育时机，而且连皇长孙朱由校的受教育机会也给白白耽误了。
天启皇帝朱由校幼年从来就没有跟着真正的文臣儒匠读过书，他的所谓的启蒙老师也不过是东宫里有些文化底子的太监。他长至十七岁仍不能出阁讲学，接受正规的皇室教育。
由于“国本之争”导致东宫始终处于一种尴尬的位置，所以太监所从事的启蒙教育也远非严格正规的教育。天启皇帝就是在这样一种教育环境下成了明朝历史上仅有的不亲史书、没有受过正统儒家精英教育、诗书熏陶，大字不识几个的半文盲皇帝。
更重要的是他的启蒙教师是那些没有文化素养的太监和宫女，他们的人生价值观、世界观与儒家的正统教育是相背离的，他们将人性中幽暗的一面投射于小主人身上。
由于没有受过正规教育，使得天启皇帝在成人后表现出偏执、乖张的性格特征。
从小没有人督促他读书学习，正好养成了他“不好静坐读书”的性情。这种性情的另一面就是好动，喜欢疯狂与热闹。太子受教育的年龄越长，可塑性就越差，对宦官内侍的心理依赖就会越强，他们“昌龄日茂，未离阿保，讲读未就，冠婚已逼”。
朱由校自幼生长于清冷的东宫，母亲很早就离世，平日里围绕于身边的就是宫女和太监，没有机会接触其他人。在人多的陌生场合，帝国的未来小主人往往会表现出笨拙羞涩的一面，像一个涉世未深的孩子。